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肿瘤免疫微环境的患者来源的肿瘤外植体模型揭示了明显且可再现的免疫疗法反应
Patient-derived tumor explant Models of tumor immune Microenvironment Reveal Distinct and Reproducible Immunotherapy Responses Rita Turpin * 1.2, Karita Peltonen 3.4,5 *, Jenna H. Coast 2, Ruixian Juo 1, Anita N. Kumari 3,4 1, Moon Hee Lee 3,4, Minna Mutka 6, Panu E. Kovanen 6, Laura Niinikoski 7，Tuomo Meretoja 7，Johanna Mattson 8，PetrusJärvinen9，Kanerva Lahdensuo 9，RiikkaJärvinen9，Sara Tornberg 9，Tuomas Mirtti 10，PiaBostrti 10，PiaBoström11，Ilkka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskkivuo 12。 Pouwels 1，MaijaHollmén2 **，Satu Mustjoki 3,4,5 **，JuhaKlefström1,14,15,16** 1癌细胞巡回赛实验室，转化癌症医学，医学院，赫尔辛基大学医学院。
一种高效、可重复的农杆菌介导的观赏单子叶植物虎眼万年青的遗传转化方法
悬浮培养物对光照作出反应并开始分化，我们确定了光照后接种农杆菌的最佳时间。为此，将 O. dubium 细胞培养物在接种农杆菌前 0、5、10、15 和 20 天转移到光照下（图 3b）。接种农杆菌后，培养物在选择培养基中再生长十周。值得注意的是，虽然暗生长培养物的转化产生了两个转化子，但接种前 5、10、15 和 20 天暴露在光照下的培养物分别产生了 15、6、19 和 14 个卡那霉素抗性芽，其中 4、6、6 和 5 个芽（共 21 个芽）从第 21 天开始显示出弱的 RFP 荧光（图 4a、b、c）。经过挑选，绿色健康
利用可重复、可解释的深度学习从神经影像数据中对阿尔茨海默病进行诊断、预后和亚型分析
HAL 是一个多学科开放存取档案库，用于存放和传播科学研究文献，无论这些文献是否已出版。这些文献可能来自法国或国外的教学和研究机构，也可能来自公共或私人研究中心。
数据科学（DSCI）
DSCI 636。合成项目顶峰。4个学分。项目驱动的数据科学知识和技能的应用。学生将收集，整洁，可视化和分析有利于预测建模问题的大型数据集。从生物学和材料科学的策划数据集将由计划教职员工提供。Key learning outcomes include a reproducible workflow published in a code repository, original design and implementation of a machine learning model, and communications of finding in a written report.要求：prereq：DSCI 631，DSCI 632，DSCI 633，DSCI 634，DSCI 635，PHIL 623。
职位：初级生物信息学家
• Assist in writing, maintaining, and utilizing tools for processing raw DNA sequencing data • Support the implementation of industry-standard best practices for script-based pipelines and reproducible data analysis • Contribute to bioinformatics research projects that enhance the utility of environmental genomics data • Help with downstream analyses and interpretation of environmental genomics data • Assist in the development of customized analyses and visualizations to support laboratory R&D计划•为视觉吸引人的网站，网络应用程序和/或仪表板的设计做出贡献，用于基因组学数据可视化•支持科学沟通工作，包括对手稿，报告和演示文稿的贡献
第八届国际会议
在这个半天的教程中，我们将首先介绍可重复研究的概念和重要性。然后，我们将介绍如何使用 R 、 L A TEX 和 Sweave 自动生成统计报告以确保可重复研究。将介绍每个软件组件： R ，用于执行所需统计分析（包括图形生成）的免费交互式编程语言和环境； L A TEX ，用于生成统计报告书面部分的排版系统； Sweave ，用于将 R 代码嵌入 LaTeX 文档、编译 R 代码并将所需输出插入生成的统计报告中的灵活框架。然后将使用详细示例介绍使用这三个软件组件从头开始生成可重复统计报告的步骤。还将演示在数据或分析发生变化时重新生成报告以及自动更新输出的能力。我们将展示 Sweave 的更多高级用法和自定义功能，以便制作更漂亮的报告并使研究更具可重复性，并讨论 Sweave 和 knitr 之间的差异。此外，本教程将提供一个实践课程，在此期间将生成和修改实践报告、有用的提示和所需的资源/参考资料。
第八届国际会议
在这个半天的教程中，我们将首先介绍可重复研究的概念和重要性。然后，我们将介绍如何使用 R 、 LA TEX 和 Sweave 自动生成统计报告以确保可重复的研究。我们将介绍每个软件组件：R ，用于执行所需统计分析（包括生成图形）的免费交互式编程语言和环境；LA TEX ，用于生成统计报告书面部分的排版系统；Sweave ，用于将 R 代码嵌入到 LaTeX 文档中、编译 R 代码以及将所需输出插入到生成的统计报告中的灵活框架。然后，我们将使用详细示例介绍使用这三个软件组件从头开始生成可重复的统计报告的步骤。我们还将演示在数据或分析发生变化时重新生成报告以及自动更新输出的能力。我们将展示 Sweave 的更多高级用法和自定义功能，以便制作更漂亮的报告并使研究更具可重复性，并讨论 Sweave 和 knitr 之间的差异。此外，本教程将提供实践课程，在此期间将生成和修改实践报告、有用的提示和所需的资源/参考资料。
另一个偶然基金以重点的威慑计划
包容性和公平108种族和文化敏感性109研究方法110成本数据报告和收集115道德和注册116数据保护117利益相关者和利益120风险121时间表121参考文献125参考126 Appendix 1。青年捐赠基金重点威慑框架128附录2。可重复的功率模拟131附录3：可重复的随机化代码134
Irène Buvat、Fanny Orlhac。用于识别有影响力的人工智能的核医学发现的 T.R.U.E. 检查表：它是真的吗？它是可重复的吗？它是有用的吗？它是可以解释的吗？《核医学杂志》，2021 年，62 (6)，第 752-754 页。10.2967/jnumed.120.261586。hal-03441749
Irène Buvat、Fanny Orlhac。真正的。识别有影响力的人工智能核医学发现的清单：是真的吗？它可重复吗？它有用吗？它可解释吗？核医学杂志，2021 年，62 (6)，第 752-754 页。10.2967/jnumed.120.261586。hal-03441749
