a. 生成药物适应系的实验设计示意图。通过增加药物浓度(从 1 到 320 μM)对 Kuramochi 细胞系进行挑战。标明了具体剂量和治疗持续时间。从代表性显微镜图像(放大 5 倍,比例尺 = 50 μm)显示了细胞形态。b. 适应系的细胞活力显示了 9 天治疗期间对 olaparib 的反应。剂量范围与生成线所用的剂量范围相同。所有数据点均相对于载体处理的对照(针对每个相应的线)进行了标准化,并代表 3 个独立实验(每个实验 6 个技术重复)的平均值及其各自的标准误差线 (sem)。c. 适应细胞系平均转录组之间的 Spearman 相关性。d. 各个系上的 scRNA-seq 数据的 UMAP 表示。颜色和数字表示由 Louvain 聚类确定的亚群。e.根据适应系中 Spearman 等级相关系数对亚群进行聚类。标明了定义的五种主要转录状态。f. 适应系中五种状态下每个群体的细胞频率。图 1e 中显示的亚群聚类结果基于属于特定亚群的细胞分配到各自的状态。
基于顺铂的化学疗法是膀胱癌的主要治疗方法,但化学耐药的发展构成了重大的治疗挑战。胰岛素样生长因子II mRNA结合蛋白3(IGF2BP3)是一种RNA结合蛋白,是通过M6A依赖性机制调节各种癌症的关键M6A读取器。然而,其在膀胱癌中抗化疗中的作用尚不清楚。我们的体内和体外实验确定IGF2BP3是膀胱癌中顺铂耐药性的关键调节剂。我们证明IGF2BP3以M6A依赖性方式增强了CDK6 mRNA的稳定性,从而导致CDK6表达增加。这反过来促进了肿瘤细胞的增殖和对顺铂化疗的耐药性。此外,我们表明CDK6抑制剂palbociclib有效地抑制了IGF2BP3过表达引起的促增长和化学抗性作用。这些结果表明,IGF2BP3/M6A/CDK6轴在膀胱癌的进展和化学上起着关键作用,并且使用CDK6抑制剂(如palbociclib)将这种途径靶向这种途径,例如Palbociclib可能会提供一种有前途的治疗策略,以克服叶铂抗药性在Bladder cancer中。
通过等效电路模型对电池进行建模需要确定其参数。可以通过利用电池对当前脉冲的瞬态响应来完成此确定性(通常称为GitT:Galvanostatic的间歇性滴定技术)。一种经典的方法是首先将开路电压(OCV)和过压分开,然后从后者中提取模型参数。然而,OCV的估计很困难,这可能会导致过电压的错误,尤其是对于诸如Di ti ti ti的缓慢动力学时。我们在这里提出了一种在GITT期间估算OCV的方法,以及一种估算过电压的方法,该方法允许提取与缓慢动力学相关的参数。将提出方法带来的结果与更经典的方法进行了比较。doi:https://doi.org/10.1016/j.est.2022.106199
宏基因组学可用于监测抗生素耐药基因的扩散(ARGS)。args在诸如分解和纸牌原理等数据库中发现的源自可培养和致病性细菌,而来自不可培养和非病原细菌的ARG仍然研究了。功能元素基于表型基因的选择,并且可以从具有与已知ARGS共享的潜在低认同性的不可培养的Bacteria中识别出ARG。在2016年,创建了ResfinderFG V1.0数据库,以从功能性研究中收集ARG。在这里,我们介绍了数据库Resfinderfg v2.0的第二个范围,该v2.0可在基因组流行语Web服务器中心(https://cge.food.dtu.dtu.dk/ services/ resfinderfg/)中获得。它包括3913 ARG,由50个精心策划的数据集的功能性宏基因组学鉴定。我们评估了与肠道,土壤和水(海洋 +淡水)全球微型基因目录(https://gmgc.embl.de)相比,我们评估了其检测ARG的潜力。res- finderfg v2.0允许检测未检测到使用其他数据库检测的ARG。这些包括对β-甲酰胺,环素,苯酚,糖肽 /环烯烯和甲氧苄啶 /磺胺酰胺的抗性。因此,ResfinderFG v2.0可用于识别与常规数据库中发现的ARG,从而改善了抗抗性的描述。
“编码抗生素耐药性的 DNA 可能通过医院或农场的废水进入环境。如果留在水柱中,DNA 会迅速降解,但如果它与绕过的矿物表面结合,DNA 就会稳定下来并存活下来。因此,沉积的矿物可以充当一种基因库,将基因从一个环境带到另一个环境,这可能会导致抗生素耐药性的传播,”Krarup Sand 说。
患有不成比例的巨脑症 (ASD-DM) 的自闭症患者,其脑部相对于身高较大,智力障碍的发生率高于脑部大小正常的自闭症儿童,面临的认知挑战也比患有平均脑容量的自闭症儿童更严重。这种神经表型背后的细胞和分子机制仍不甚明了。为了研究这些机制,我们从正常发育的非自闭症儿童和患有和不患有不成比例的巨脑症的自闭症儿童中产生了人类诱导性多能干细胞。我们利用磁共振成像和全面的认知和医学评估对这些儿童进行了纵向评估,从 2 岁到 12 岁。我们发现,来自 ASD-DM 儿童的神经祖细胞 (NPC) 表现出更高的细胞存活率和抑制的细胞死亡,同时伴有
含摘要黄素单加氧酶(FMO)是一种保守的异种生物酶家族,包括多种寿命干预措施,包括线虫和小鼠模型。以前的工作支持秀丽隐杆线虫FMO-2通过重新布线内源代谢来促进寿命,抗压力和健康状态。但是,有五个秀丽隐杆线虫FMO和五个哺乳动物FMO,尚不清楚促进长寿和健康益处是否是该基因家族的保守作用。在这里,我们报告说,秀丽隐杆线虫FMO-4的表达促进了饮食限制和MTOR抑制下游的寿命延伸和偏花应力抗性。我们发现,仅皮下注射中FMO-4的过表达就足以容纳这些好处,并且该表达显着修饰了转录组。通过分析基因表达的变化,我们发现与钙信号相关的基因被显着改变了FMO-4的下游。强调了钙稳态在该途径中的重要性,FMO-4过表达的动物对Thapsigargin敏感,Thapsigargin是一种ER胁迫,可抑制从细胞质到ER腔的钙通量。这种钙/ FMO-4的相互作用通过数据巩固,表明用小分子或遗传学调节细胞内钙可以改变FMO-4的表达和/或与FMO-4相互作用,以影响寿命和抗压力。进一步的分析支持一条途径,其中FMO-4调节激活转录因子-6(ATF-6)下游的钙稳态(ATF-6),其敲低引起并需要FMO-4表达。一起,我们的数据将FMO-4识别为延长的基因,其作用与已知的寿命途径和钙稳态相互作用。
与发病机理相关1(NPR1)的非XPRessor对于通过信号分子水杨酸(SA)激活植物免疫系统至关重要,这会触发拟南芥的全身性获得性(SAR)。在这项研究中,已经在Cacao的基因组中鉴定出了三个与NPR1相关的假定基因,即TCNPR1,TCNPR2和TCNPR3,这表明这三个基因实体之间的功能多样化表明。系统发育分析表明,TCNPR1和TCNPR2与它们的拟南芥直系同源物NPR1和NPR2一起分支,表明这些基因在不同物种的SA信号传导途径中保持了保守的作用。相比之下,TCNPR3存在于单独的进化枝中,表明了独特的功能作用和进化差异。对这些TCNPR的生理化学特性的比较分析显示出不同的亚细胞定位,因为TCNPR1在细胞质中持续存在,而TCNPR3在细胞核中发现,与其在SA信号传导和转录性调节中的作用保持一致。此外,我们确定了针对TCNPR3的microRNA,这表明P. Megakarya可能会利用转录调节网络绕过植物防御激活。通过RNA干扰介导的基因沉默对TCNPR基因的瞬时过表达或抑制可能足以研究对其他分子的产生的影响,例如SA,某些PR蛋白表达以及对巨疟原虫的抗性。由TCNPRS编码的蛋白质与P. megakarya的细胞蛋白质之间的相互作用将提供有关Patho Gen是否操纵宿主防御的洞察力。最后,P。Megakarya响应感染TCNPR基因的表达提供了有关防御反应过程中时间和空间激活的有价值的信息。
黑色素瘤的最新基因组和SCRNA-SEQ分析表明,缺乏转移的复发遗传驱动因素,同时鉴定出与侵袭或耐药性相关的常见转录状态。为了测试转录适应是否可以推动黑色素瘤进展,我们使用了斑马鱼MITFA:BRAFV600E; TP53 - / - 模型,其中恶性进展的特征在于最小的遗传进化。我们进行了80个表观遗传/转录调节剂的过表达屏幕,并发现神经Crest - 间质发育调节剂SATB2以加速攻击性黑素瘤发育。其过表达诱导斑马鱼肿瘤和人黑色素瘤细胞系中的侵袭性形成和侵袭。SATB2结合并激活包括PDGFAB和SNAI2在内的神经rest调节剂。由SATB2引起的转录程序与已知的MITF低AXL高和AQP1 + NGFR1高药物抗性状态重叠,并在功能上驱动肿瘤的传播增强和对Vemurafenib在Vivo中的耐药性。总而言之,我们表明,SATB2向神经rest类中充质的程序转录的黑色素瘤转录可以促进自围候肿瘤的侵袭和耐药性。