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土壤原生物可以在Medicago truncatula roots
摘要根际是植物根直接影响的土壤区域。根际中的微生物群落包括真菌，原生和细菌：所有在植物健康中都起着作用。有益的细菌中西氏细菌在氮含有的豆科植物上感染了根毛。感染会导致根结节的形成，其中Meliloti将大气氮转化为氨（一种可生物利用形式）。在土壤中，经常在生物膜中发现梅洛蒂（S. meliloti），并沿着根部缓慢行进，沿着未感染的根尖生长的根尖端发出根毛。土壤原生生物是根际系统的重要组成部分，能够沿着根和水膜迅速行进，后者捕食土壤细菌，并且已知未消除的吞噬体已知。我们表明，土壤原生物colpoda sp。可以将S. meliloti沿Medicago trunca-tula根传递。使用模型的土壤缩影，我们直接观察到沿截骨根部的流体标记为Meliloti链球菌，并随着时间的推移跟踪了荧光信号的位移。共同接种两周后，当Colpoda sp。也存在与含有细菌但没有生物的治疗方法相比。直接计数还表明，生存细菌需要生存者才能达到我们缩影的更深层。促进细菌运输可能是土壤生物促进植物健康的重要机制。
来自共生根瘤菌的II型分泌sublase ...
植物的根在与微生物社区相关的群体中生长，称为根际微生物组。免疫Acɵvaɵ响应于诸如艾氏蛋白酶衍生的表位（G22）之类的引发剂限制了植物根部的细菌，但也抑制了植物的生长。一些共同的根部相关细菌能够抑制植物对引起剂的免疫反应。在这项研究中，我们提高了165种根相关细菌抑制含量G22诱导的免疫Acɵvaɵ和生长式restricɵon的能力。我们证明，来自Dyella Japonica菌株MF79的II型分泌的亚lase，我们称其为免疫抑制亚抑制作用A（ISSA）A（ISSA），使免疫Eliciɵngpepɵdepepɵdetof g22裂解并有助于免疫抑制。在其他与植物相关的共同体中发现了ISSA同源物，在xanthomonadales的顺序中具有高度高的保守。这代表了一种新型机制，通过该机制，共生微生物在根际微生物组中调节了抗G22诱导的免疫力。
代表性的Paenibacillus polymyxa，Cereus芽孢杆菌，Fictibacillus sp。和Brevibacillus agri菌株的基因组序列草案序列草案序列。
此处介绍的菌株先前是在2016年从ADE土壤和两个不同的普通豆品种的实验中分离出来的，表现出对土壤传播病原体的抗氧体的抗性水平。该实验是在圣保罗大学农业核能中心进行的（22°42'27.60“ S，47°38'41.17” W）（4）。植物，并摇动根以去除松散的粘附土壤。用无菌刷子收集牢固的土壤，并被认为是根际土壤。用于微生物分离，将1 g根际土壤与9 ml盐水溶液（8.5 g L-1 NaCl）混合。串行稀释液（10 -1至10 -6），然后转移到国王中板上（5）。在25°C孵育48小时后，使用条纹板法分离了菌落。从分离株中提取总DNA。
土壤生物学
土壤生物学A.J. Franzluebbers USDA–Agricultural Research Service, Watkinsville, GA, USA Keywords: Actinomycetes, bacteria, biological nitrogen fixation, bioremediation, carbon cycle, earthworms, fungi, microbial biomass, mycorrhizae, nematodes, nitrogen cycle, organic matter, protozoa, rhizosphere Contents 1. 土壤生物1.1。 细菌1.2。 放线菌1.3。 真菌1.4。 藻类1.5。 菌根1.6。 Lichens 1.7。 Microfauna 1.8。 Mesofauna 1.9。 macrofauna 2。 土壤生物学过程2.1。 分解2.2。 矿化 - 毫米化2.3。 硝化2.4。 硝化2.5。 生物氮固定2.6。 根际过程2.7。 土壤结构形成3。 土壤生物学中的艺术状态3.1。 土壤微生物多样性3.2。 酶3.3。 土壤有机物特征3.4。 土壤微生物生物量的定量3.5。 生物修复3.6。 分解3.7。 土壤质量3.8。 土壤碳固换4。 结论言论词汇表传记素描摘要摘要土壤生物学代表了一组各种生物，它们至少在其生命周期中至少存在于土壤中。 这些生物的大小差异很大。土壤生物学A.J.Franzluebbers USDA–Agricultural Research Service, Watkinsville, GA, USA Keywords: Actinomycetes, bacteria, biological nitrogen fixation, bioremediation, carbon cycle, earthworms, fungi, microbial biomass, mycorrhizae, nematodes, nitrogen cycle, organic matter, protozoa, rhizosphere Contents 1.土壤生物1.1。细菌1.2。放线菌1.3。真菌1.4。藻类1.5。菌根1.6。Lichens 1.7。Microfauna 1.8。Mesofauna 1.9。macrofauna 2。土壤生物学过程2.1。分解2.2。矿化 - 毫米化2.3。硝化2.4。硝化2.5。生物氮固定2.6。根际过程2.7。土壤结构形成3。土壤生物学中的艺术状态3.1。土壤微生物多样性3.2。酶3.3。土壤有机物特征3.4。土壤微生物生物量的定量3.5。生物修复3.6。分解3.7。土壤质量3.8。土壤碳固换4。结论言论词汇表传记素描摘要摘要土壤生物学代表了一组各种生物，它们至少在其生命周期中至少存在于土壤中。这些生物的大小差异很大。
植物农业植物系统橡胶树（Hevea brasiliensis）中土壤微生物群落的宏基因组学分析 - 甘尼（Canna sp。）
摘要。橡胶树（Hevea Brasiliensis）是印度尼西亚重要的工业工厂之一。它在印度尼西亚的某些省份被广泛种植，其中一个在西爪哇省，在Subang Regency的PTPN VIII种植园管理下。使用未充分利用的农作物Canna sp。（甘尼）是在橡胶种植园上引入的。这项研究的目的是使用16S rRNA基因的橡皮植物分析在橡皮植物农林系统下分析根际土壤微生物的多样性，丰度和丰富性。这项研究是通过从2种不同土壤条件（Canna（G）的土壤和没有CANCANA（TG）的土壤中收集土壤样品来进行的。2也研究了不同的土壤深度条件（20和40厘米）。结果表明，发现G土壤中的微生物数量比TG土壤中更多的丰度，而基于土壤深度，对土壤微生物的丰度没有显着影响。发现了84个类。在G和TG中大多发现了3个类别，即ktedonobacteria，酸性杆菌和planctromycetia。家庭水平的微生物多样性主要在G和TG中发现，即Koribacteraceae，Gemmataceae，Synobtacteraceae，Hyphomicrobiaceae。
细菌和真菌对植物寄生线虫的生物防治
植物寄生线虫 (PPN) 对全球作物产量构成重大威胁，估计每年造成农业损失 1570 亿美元。虽然合成化学杀线虫剂可以有效控制 PPN，但过度使用会对人类健康和环境造成不利影响。生物防治剂 (BCA)，例如根际细菌和真菌，是安全且有前景的 PPN 控制替代方案。这些 BCA 与植物根系相互作用，产生胞外酶、次生代谢产物、毒素和挥发性有机化合物 (VOC) 来抑制线虫。植物根系分泌物在吸引有益微生物进入受侵染的根系方面也发挥着至关重要的作用。植物与根际微生物之间对抗 PPN 的复杂相互作用大多尚未开发，这为通过多组学技术发现新型杀线虫剂开辟了新途径。先进的组学方法，包括宏基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学，已促成杀线虫化合物的发现。本综述总结了细菌和真菌生物防治策略的现状及其对线虫病（PPN）的控制机制。此外，还探讨了基于组学的方法对于探索新型杀线虫剂的重要性，以及PPN生物防治的未来发展方向。本综述强调了多组学技术在PPN生物防治中的潜在重要性，以确保可持续农业。
合成生物学工具箱用于氮固定土壤微生物
摘要：植物根附近的土壤环境称为根际，是各种微生物的家园，可以显着影响附近植物的生理学。根际中的微生物可以提供营养，分泌信号传导化合物并抑制病原体。如果可以在这些非模型微生物中实施方法，则可以用合成生物学来操纵这些过程，以增强用于食品，能源或环境修复的农作物的农业表现。驯化非模型生物的常见第一步是开发一组基因工程工具，称为合成生物学工具箱。工具箱包括转换协议，复制向量，基因组工程（例如CRISPR/CAS9），组成型和诱导启动子系统以及其他基因表达控制元素。这项工作验证了三种固定氮的土壤细菌中的合成生物学工具箱：Azotobacter vinelandii，Stutzerimonas stutzeri（Pseudomonas stutzeri）和一个新的klebsiella kelellable variicola。所有三种生物都可以适合转化和报告蛋白的表达，每个生物都可以使用几种功能性诱导系统。S。Stutzeri和K. variicola显示出更可靠的基于质粒的表达，从而成功地重新组合了无疤痕缺失和插入。使用这些工具，我们产生了具有诱导氮酶活性的突变体，并引入了异源基因，以产生具有相关生物学活性的植醇产物。关键字：重18zotrophs，CRISPR，CAS9，合成生物学工具箱，基因组编辑，氮酶■简介
植物 - 微生物相互作用的影响，重点是对未调查的城市生态系统的影响 - 评论
摘要：从工业革命开始的城市化过程在过去几十年中经历了大幅增长。城市化通常会严重影响生态过程，这通常是有害的，因为它与绿色空间的减少（植被覆盖的土地），自然栖息地的丧失，物种灭绝的速度增加，侵入性和外来物种的越来越高以及人为污染物的积累更大。在城市环境中，绿色空间通过提供许多生态益处并为人类的心理物理福祉做出贡献，从而发挥关键作用。众所周知，在根际中发生的植物与微生物之间的相互作用对于植物健康，土壤肥力和植物生态系统的正确功能至关重要。DNA测序技术和“ OMICS”分析的扩散增长提供了有关根瘤菌的组成，结构和功能的越来越多的信息。然而，尽管根际群落有大量数据及其在自然/农村环境中与植物的相互作用，但目前关于与城市土壤中植物根相关的微生物群落的知识仍然非常稀缺。本综述讨论了植物 - 微生物动力学和因素，这些动力和因素在不良研究的城市环境中促进了根瘤菌的组成，并可能使用有益的微生物作为一种创新的生物学工具，以面对邻苯二豆环境和气候变化所面临的挑战。阐明城市生物多样性将有助于绿色空间管理，保存和发展，并最终有助于公共卫生和安全。
棉叶卷曲疾病抑制的微生物群移植⠎核心微生物组和转录组动力学
微生物群移植是管理植物性疾病的强大工具。这项研究研究了微生物群移植对棉叶毛皮疾病（CLCUD）抗性的影响，该物种长度良好，但对生物胁迫的敏感性很高。分析了抗clcud抗性物种gossypium arboreum的v3-v4 16S rRNA基因扩增子，来自根际和腓骨层的微生物馏分以及易感棉花品种。已经确定了与疾病抗性相关的独特细菌分类群。进行了种间和种内微生物群移植，然后进行CLCUD发病率分析。可以看出，从G. arboreum fdh228中移植的根际微生物群体显着抑制了G. hirsutum品种中的Clcud，表现优于外源水杨酸的施用。虽然浮游移植也降低了疾病的发生，但它们的效率不如根际移植。差异表达分析DESEQ2用于识别与Clcud抑制相关的关键细菌属，包括pseudoxanthomonas和stenotrophomonas在G. arboreum fdh228的根际中。功能途径分析揭示了耐受物种中应力反应和代谢的上调。转录组学揭示了与蛋白质磷酸化和种间根际微生物群移植中有关的基因上调。这项研究强调了微生物群移植是一种可持续的方法，用于控制CLCUD以及有助于Clcud耐药性的特定微生物和遗传机制。