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海冰覆盖对南极陆架沉积物微生物群落的影响
摘要：南极半岛 (AP) 周围地区正面临快速的气候和环境变化，目前尚不清楚这对大陆架底栖微生物群落的影响。在本研究中，我们使用 16S 核糖体 RNA (rRNA) 基因测序研究了对比海冰覆盖对 AP 东部大陆架沿线五个站点表面沉积物中微生物群落组成的影响。无冰期较长的沉积物中的氧化还原条件以普遍存在的含铁区为特征，而冰层覆盖严重的站点则存在相对较宽的上部含氧区。低冰盖站位主要由脱硫杆菌门（主要是 Sva1033 、脱硫杆菌和脱硫球菌）、粘球菌和 Sva0485 微生物群落组成，而重冰盖站位则以伽马变形菌、α变形菌、拟杆菌和 NB1-j 为主。在含铁区，Sva1033 是所有站位脱硫单胞菌目中的优势成员，与其他 11 个分类单元一起，与溶解铁浓度呈现显著的正相关，表明其在铁还原中发挥重要作用或与铁还原剂存在生态关系。我们的研究结果表明，海冰覆盖及其对有机碳通量的影响是底栖微生物群落变化的主要驱动因素，有利于有机物通量增加的站位出现潜在的铁还原剂。
阴道微生物网络分析揭示了新型分类群
摘要：非最佳的阴道微生物组（VMB）通常伴有乳酸乳杆菌的稀少，通常与细菌性阴道病（BV）和性传播感染（ETIS）有关。尽管VMB的组成表征是充分表征的，尤其是对于BV而言，知识仍然限制了不同细菌与事件性传播感染的关系如何，尤其是在青少年中。在这项研究中，我们将肯尼亚中学女孩的VMB（通过16S核糖体RNA基因扩增子测序衡量）与那些在30个月内对STIS和BV持续的负面持续的vMB（淋病，淋病和毛炎的复合物）进行了比较。我们应用微生物网络分析来识别关键分类单元（即，与其他分类单元的联系在与其他分类单元之间的联系最大的分类单元），如是与本特征和特征向量中心的衡量，以及集群分类单元的子群体。VMB网络持续反映了更大的连接性。具有最高中心的分类单元与相对丰度无关，并且没有STI的人之间有所不同。主题级别的分析表明，社会人口统计学（例如，年龄和社会经济地位）和行为（例如，性活动）因素有助于微生物网络结构，并且在设计干预措施以改善VMB健康时可能具有重要意义。
肠道菌群，LADA和1型糖尿病
肠道菌群是一个复杂的生态系统，由细菌，真菌，古细菌和与人类有机体共生的病毒组成。在消化系统上定居的细菌，古细菌和真核生物的收集已与其宿主建立了数千年的这种迷人的共生关系，其特征是复杂的相互利益相互作用[1]。这些微生物的总数估计在10 13和10 14之间，一个接近人体所有细胞的数量[2]。此外，所有这些微生物的遗传构成被称为微生物组，它比人类大[3]。仅在近年来，得到一些非常重要的发现的支持，并且在宏基因组学和16S核糖体RNA基因测序的基本贡献下，对肠道微生物群的组成和许多功能进行了更好的研究和理解[4]。肠道菌群在生理上是由牢固的，细菌，proteobacteria，ptereobacteria，statinobacteria，Euryarchaeota和verrucomicrobia组成的[5]（图1）。最多的细菌门是细菌和企业，占肠道菌群的90％以上[6]。肠屏障构成了针对病原体以及有毒和饮食化合物的保护性防御[7]。它是由外部上皮层和内皮内皮层形成的，该层分别形成肠道上皮和血管屏障[8]。微生物群驻留在肠道中的肠道内粘膜[9]。
线粒体靶向基因传递前沿的合理设计：最新进展和未来展望
药物输送技术的进步使得各种货物（如小分子药物、核酸和蛋白质）能够被封装，并能够靶向特定的组织和细胞类型，以提高输送效率。1-4此外，近年来，这一策略得到了进一步发展，可以控制输送载体的细胞内运输行为，以靶向特定的细胞器。5-8适当的细胞器靶向性可以增强治疗效果，并最大限度地减少不利的副作用。线粒体是亚细胞器中很有希望的靶点，因为它们通过产生三磷酸腺苷（ATP）作为能量来源、控制活性氧（ROS）和钙离子水平以及调节细胞凋亡，在细胞代谢中发挥着重要作用。9、10线粒体的这些关键功能不仅由核 DNA 而且还由线粒体 DNA（mtDNA）中编码的重要蛋白质支持。 11、12 人类的线粒体 DNA 是多拷贝、环状和双链的，编码 37 个基因；22 种转移 RNA (tRNA)、13 种对氧化磷酸化诱导的 ATP 合成至关重要的蛋白质和 2 种核糖体 RNA (rRNA)。13、14 与核 DNA 不同，线粒体 DNA 不受组蛋白包装和保护，而是与解旋酶形成类核 15，并长期暴露于线粒体产生的 ROS，因此容易受到突变的影响，这种风险会随着时间的推移而增加
评估内部转录序列（其）作为DNA条形码的有效性以估计真菌多样性
通用系统发育标记，例如核核糖体内部转录序列（ITS），特别是ITS1和ITS2，通常用于估计环境样品中的真菌多样性。然而，许多研究报告了ITS1和ITS2在记录真菌多样性方面的性能和功效上的差异。为了更好地理解使用ITS1与ITS2的含义，需要对多种真菌分类群的全面表示，对于对它们在多个真菌分类单元中使用的荟萃分析是必要的。为了解决这个问题，进行了详尽的文献综述，以比较和对比ITS1和ITS2作为有效的DNA条形码。公开可用的数据集用于合成代表多种真菌分类群的模拟真菌群落，并测试了两个扩增子的功效，并将其与完整的效果进行了比较。这项研究假设ITS1和ITS2对于解决真菌分类单元的分辨率同样有效。具体来说，当比较系统发育分辨率的ITS1和ITS2时，通过两种方法都确定了一组重叠的分类单元，而某些分类单元则由单个其扩增子更好地解决。此处介绍的评估应使读者可以更好地理解ITS1与ITS2在研究真菌多样性和生态学方面的用途和局限性，并使他们能够开发出改进的方法，以更好地分类分辨率，并有助于识别潜在的新物种。
几乎无间隙，高度连续的参考基因组，用于populus ussuriensis的双倍线，使高级基因组研究
抽象的人群物种，尤其是trichocarpa，长期以来一直是基因组研究的模型树，这是由于完全测序的基因组。然而，高杂合性和重复区域的存在，包括丝粒和核糖体RNA基因簇，剩下了59个未解决的间隙，占三分法P. trichocarpa基因组的3.32％。在这项研究中，改进了愈伤组织诱导方法，以从P. ussuriensis花药中得出双倍的单倍体（DH）愈伤组织。利用长阅读测序，我们成功地组装了一个几乎没有间隙的，端粒到telomere（T2T）P。ussuriensis基因组，跨越了412.13 MB。该基因组组件仅包含7个间隙，其重叠n50长度为19.50 MB。注释显示该基因组中有34,953个蛋白质编码基因，比trichocarpa多465个。值得注意的是，中心区域的特征是高阶重复序列，我们在所有DH基因组染色体中鉴定了和注释的中心粒区域，这是杨树的第一个。衍生的DH基因组表现出与毛thocarpa的高共线性，并显着填补了后者基因组中存在的空白。此T2T P. ussuriensis参考基因组不仅会增强我们对基因组结构的理解，并在杨树属内的功能增强了我们的功能，而且还为杨树基因组和进化研究提供了宝贵的资源。
病原体代谢产物检查点：NHR在后卫上
如何区分有益与微生物的有害相互作用？生物体使用多种方式来了解它们何时被感染。一个人不依赖于直接检测病原体，而是依赖于感染的后果。果蝇有一个惊人的例子，当真菌蛋白酶通过裂解内源性固定前体Spaetzle（2）来激活Toll信号通路（2）。此类检测系统是多种多样的。在秀丽隐杆线虫中，例如，顶端细胞外基质的破坏或核糖体，线粒体或核仁功能的扰动会通过或多或少理解的机制导致防御基因的表达（3，4）。并行，生物具有不同的模式识别受体（PRR），直接识别非自我。例如，在哺乳动物中，这可以通过类似收费的受体（TLR）。这些结合了一系列原型微生物部分，包括革兰氏阴性细菌的LPS。肽聚糖，另一种细菌细胞壁成分，由昆虫和点头样受体中的PGRP受体和哺乳动物中的TLR2检测到。奇怪的是，除了检测病毒双链RNA外，尽管进行了激烈的研究，但在秀丽隐杆线虫中仍缺乏直接病原体识别的例子（3）。Peterson等人的论文。在本期免疫力中，部分填充了该空隙，因为它描述了秀丽隐杆线虫中的新型PRR，秀丽隐杆线虫是一种检测特定有毒细菌代谢物的核激素受体（NHR）。
尾巴鹰揭示了Compos
摘要。肠道微生物组的组成因饮食习惯而变化。我们使用11种禽类的粪便研究了饮食对肠道微生物组组成的影响，这些鸟类消耗了谷物，鱼类和肉类饮食。我们通过16S核糖体RNA的下一代测序（NGS）分析了肠道微生物组的多样性和组成。谷物差异比肉类和鱼类组具有更高的肠道微生物组多样性。谷物饮食组的细菌植物和坚硬的门比在肉类和鱼类基团中高。谷物基团的Veillonellaceae比肉类比肉类群高，而Eubacteriaceae的比率高于Fish-Diet习惯。为了阐明饮食在同一物种中的影响，将白尾鹰（Haliaeetus albicilla，n = 6）分为两组，仅给出了大约一个月的鹿肉或鱼。通过NGS分析了两组中个体的肠道微生物组的组成。有一些细菌水平（乳酸菌，科罗细菌等）的迹象在每个饮食组中。此外，上周在上周切换每种饮食的每个人都变成了细菌菌群组成的每个特征。上面的结果表明，即使在同一物种中，肠道微生物组的组成也取决于饮食。
Azadirachta Indica（Neem）口香糖的微生物多样性
Azadirachta Indica（Neem）口香糖由于其化学性质而抵抗了极端的环境条件。关于微生物载荷的印em胶组成尚待研究。此外，牙龈胶中的种群结构及其细菌的多样性也很广为人知。当前的研究是关于隔离和识别印em胶的细菌多样性，并表征其植物生长促进（PGP）属性。使用12种不同的生长培养基，总共获得了130种细菌分离株，其中50个分离株在形态，生化和分子特征上表现出显着差异。放大的核糖体DNA限制分析（ARDRA），然后是基于16S rRNA基因同源性鉴定，表明在印em胶中存在20种推定的细菌形式。主要存在肠杆菌，芽孢杆菌，假单胞菌，Paenibacillus和Brevibacterium的种类。在这50个分离株中，有44个分离株显示IAA产生高达2-730 µg/ml。同样，分别由21和12种不同的细菌分离株展示了铁载体和HCN的产生。分离株还表现出磷酸盐（6），钾（6）和锌（18）溶解能力。此外，分离株能够产生水解酶，例如淀粉酶（13），纤维素（12），脂肪酶（14）和果胶酶（31）。研究结果表明，分离株可以帮助农业实践，并在不利条件下优化植物的养分。
在整个ratoon ratoon ricoon rico的生命周期中的根部内生微生物的多样性变化
与植物生命活动密切相关的根部内生微生物的多样性与植物生长阶段有所不同。这项关于稻米jiafuzhan的研究探索了植物生命周期中根部内生细菌和真菌及其动力学的多样性。分别获得了16S核糖核糖核酸（16S rRNA）和内部转录间隔基（ITS）基因，12,154个操作分类学单元（OTUS）和497个Agplicon序列变体（ASV）。使用多样性和相关性分析分析了第一个作物的幼苗，耕作，耕作，接头，标题和成熟阶段，在再生后的13、25和60天（分别在标题，完整的标题和第二个作物的成熟阶段）。在生长阶段的α多样性和β多样性中存在显着差异。此外，线性判别分析（LDA）效应大小（LEFSE）分析显示，每个生长阶段都有生物标志物细菌，但是在每个阶段都不存在生物标志物真菌。相关分析表明，细菌和真菌生物标志物相互作用。此外，在所有生长阶段都存在氮固定属。这些发现表明了在不同生长阶段的ratooon大米的根部内生微生物的模式，并且它们为第二种ratoon大米的高产量提供了新的见解（鉴于各种细菌和真菌的丰度）。