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长度16S- ITS-23S rRNA操纵子序列
收到2024年2月2日； 2024年5月7日接受；于2024年6月7日发布：1 Doherty应用微生物基因组学，微生物学和免疫学系，墨尔本大学Peter Doherty感染与免疫学研究所，792 Elizabeth Street，Melbourne VIC 3000，澳大利亚澳大利亚墨尔本街792号； 2爱尔兰科克摩尔帕克的Teagasc食品研究中心； 3爱尔兰科克大学科克大学科克大学科克大学的APC微生物组和微生物学院； 4 Vistamilk SFI研究中心，爱尔兰科克Teagasc Moorepark。*信件：John G. Kenny，John。Kenny@teagasc。IE关键字：Amplicons;数据库;长阅读测序；微生物组；纳米孔； rRNA。缩写：COV，变异系数； ESV，精确的序列变体； Grond，基因组衍生的核糖体操纵子数据库； GTDB，基因组分类数据库； IQR，四分位数范围；它的内部转录垫片； NR，非冗余； ONT，牛津纳米孔技术； RRN，16S-ITS-23S rRNA操纵子； rRNA，核糖体RNA； SD，标准偏差； Taxlca，集群中所有序列的最低祖先； Taxmaj，最低的分类学等级，其中所有序列中的所有序列都具有简单的多数协议； Taxrep，集群代表序列的源基因组分类学； UMIS，唯一的分子标识符。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用两个补充表。001255©2024作者
果肉再生疗法使用自体牙髓干细胞在成熟的牙齿牙齿牙齿中：病例报告
在成熟牙齿中使用自体牙髓干细胞（DPSC）再生治疗的效用和可行性在临床上证明了不可逆的牙髓炎。另一方面，没有证据表明DPSC在具有根尖牙周炎的成熟牙齿中效用。该病例报告的目的是描述再生细胞疗法在成熟的牙周炎中的潜在效用。一名44岁的男子因其上颌第一前磨牙而引起了纸浆再生。根管消毒。在残留细菌和真菌之后，使用通用基因通过通用基因分离出从提取的第三摩尔分离的自体DPSC以低于检测水平，以低于检测水平。在79周关注期间，没有评估对临床评估的不良事件或全身毒性，在4周后进行了实验室评估。受影响的牙齿对电纸浆测试有反应。锥形梁计算机断层扫描成像显示，在79周后，在运河的顶端部分的病变大小，根尖组织的缓解和矿化组织形成。受影响牙齿中再生组织的磁共振成像的信号强度与24周后相邻牙齿中正常纸浆的信号强度相当。（J endod 2024; 50：189 - 195.）该病例报告证明了DPSC在牙髓炎成熟牙齿中的果肉再生疗法的潜在用途。
服务指南PACBIO REVIO 16S
所有样本中都包含分析，并且提供了RAW HIFI读取数据，以供客户更喜欢进行自己的分析。PACBIO HIFI全长16S数据使用QIIME2和DADA2进行质量过滤，并“将”“变形”到高质量扩增子单个变体（ASV）。ASV分类采用两种方法：针对基因组分类学数据库（GTDB R207）的共识一致性分类（使用VSEARZERCH）高一致性，以及使用三个数据库的基于贝叶斯的基于机器学习的分类（DADA2），使用三个数据库：GTDB R207，SILVA R207，SILVA RRNA DATABASE（v138）由核糖体数据库项目（RDP）补充，以更好地分类低充足的ASV。
Archées：栖息地和生理学协会 - Archimer
在1776年，在沼泽中，由物理学家和化学家亚历山德罗·沃尔塔（Alessandro Volta）检测到，古细菌并未确定为1977年，因为卡尔·沃斯（Carl Woese）和乔治·福克斯（George Fox）在核糖体阿恩（Ribosomal Arns）的工作之后（Woese and Fox 1977）。在1970年代末期，已知的古细菌主要包括极端嗜性物种，即在大多数生物的致命环境条件下，在生命的极端局限性下实现其生物周期。这些古细菌包括甲烷古细菌 - 在厌氧条件下产生甲烷（CH 4） - 在高温和酸性条件下在高温和酸性条件下发育。在十五年中，古细菌以集体精神与极端环境相关联（图4.1和4.3）。多年来，古细菌研究一直集中在地球上最敌对的环境上。古细菌又是从盐湖，深海水热源，地面地热源，溶液或苏打湖中分离出来的。后来，在1990年代初期，从培养阶段释放的分子方法表明，这些微生物的分布比所指称的，而不是严格地屈服于极端环境。在更普通的条件下发展的古细菌在土壤，海洋或淡水湖等栖息地中得到了强调。今天，我们知道它们无处不在。它们也存在于人类微生物组（肠子，皮肤，口服和呼吸系统）中，并且与感染或过敏有关（Bang and Schmitz 2015）。
基因组稳定性和复制叉障碍
复制叉阻滞是一个关键的细胞事件，可以破坏基因组稳定性的微妙平衡，尤其是在DNA复制过程中。复制过程是一种重要的机制，可确保遗传物质的准确重复和复制叉进展的任何损害都会导致基因组不稳定性，从而导致诸如癌症之类的疾病。最近的研究强调了在核糖体DNA（rDNA）副本数量维持酵母中的复制叉阻滞的重要性，这是一种模型生物，该模型有生物体对真核生物基因组动力学有很大的见解。研究表明，复制叉堵塞的缺陷可能导致rDNA拷贝数的减少，这可能对理解基因组稳定性和对复制应力的细胞反应具有重大影响。
多发性骨髓瘤的靶向治疗
摘要：尽管多发性骨髓瘤的治疗方法不断改进，蛋白酶体抑制剂和免疫调节药物也得到了广泛应用，但其治疗难度依然很大。尽管患者的治疗效果有所改善，但该病仍难免复发，而且在大多数情况下，仍无法治愈。在过去十年中，针对恶性浆细胞增殖和存活所必需的细胞蛋白的新药数量激增。在这篇综述中，我们重点关注新的可用药靶点，这些靶点可开发针对表面抗原（CD38、CD47、CD138、BCMA、SLAMF7、GPRC5D、FcRH5）、表观遗传调节剂抑制剂（如组蛋白去乙酰化酶 (HDAC)）以及针对抗凋亡 (BCL-2)、核糖体 (eEF1A2) 和核输出 (XPO1) 蛋白的药物的单克隆抗体和细胞疗法。
疟原虫的核糖体异质性和特化
20 世纪 30 至 50 年代，核糖体首次被发现。科学家们认识到核糖体是异质性的，因为他们注意到用电子显微镜观察到的颗粒大小和形状存在差异[4]。一个假说进一步发展了这一模型，该假说描述了每个核糖体如何包含翻译一种蛋白质所需的遗传信息[5]。然而，随着这个假说被推翻和忽视，核糖体异质性模型也被推翻。将外来噬菌体 RNA 引入大肠杆菌后，细菌核糖体会进行翻译，这一发现支持了人们不再依赖核糖体特化模型的观点[6]。科学界普遍认为，核糖体是非特化的机器，能将任何 mRNA 转化为蛋白质。研究方法和技术的进步使得人们能够对核糖体进行更细致的研究，更清楚地表明核糖体的核糖体蛋白质 (RP) 组成可能存在异质性。 RP 组成的差异可能是由于特定 RP 同源物在不同组织或器官中的表达所致，例如拟南芥增殖组织中的 RPS5A 和 RPS18A [ 7 ] 出现在果蝇 [ 8 ] 和小鼠 [ 9 ] 的性器官中，并且随着细胞的不断分化和发育 [ 10 ]。此外，在小鼠中，RP 同源物 RPL39L（核糖体大亚基 L39 样蛋白）掺入核糖体会通过改变多肽出口通道的大小和电荷来影响翻译速度 [ 11 ]，这有助于调节一组必需的雄性生殖细胞特异性蛋白质的折叠，而这些蛋白质是精子形成所必需的 [ 12 ]。在发育中的小鼠胚胎中，含有 RPL10A 的核糖体更倾向于经典 Wnt 信号通路成员的转录本，从而形成了一种特化，这对于发育过程中中胚层的正常产生至关重要 [ 13 ]。此外，虽然进化保守的核心 rRNA 在物种间保持高度保守，但人们认识到真核生物已经进化出包含扩展片段 (ES) 的 rRNA 序列。这些 ES 是从核心
使用免疫信息学方法设计针对 SARS-CoV-2 的多表位肽候选疫苗
摘要 简介：目前，新型冠状病毒感染的肺炎病例数仅略有下降，已成为一项重大的公共卫生挑战。我们仍在鼓励开发针对该病毒的有效疫苗，例如从 SARS-CoV-2 的成分（包括其刺突、核衣壳和 ORF1a 蛋白）设计的多表位疫苗。由于添加包括 HABA 蛋白和 L7/L12 核糖体在内的佐剂被认为有助于提高所设计疫苗的有效性，我们建议通过两种不同的佐剂设计多表位疫苗。方法：我们使用 IEDB 服务器预测使用 VaxiJen、AllPred 和 IL-10 Prediction 等在线工具表征的 BCL 和 TCL 表位。将选定的表位进一步构建成多表位疫苗。我们还在疫苗成分中添加了两种不同的佐剂，以提高疫苗的有效性。使用 trRosetta 构建了 3D 结构的疫苗。进一步用ClusPro和PatchDock将它们与不同的Toll样受体（TLR 3、4和8）以及SARS-CoV-2的进入受体ACE2对接，并用FireDock进行精炼。所有结构均通过USCF Chimera和PyMOL可视化。结果：本研究通过添加HABA蛋白和L7/L12核糖体作为佐剂成功设计了两种不同的候选疫苗。两种疫苗的理化性质和特性几乎同样好。同样，它们与TLR3、4、8和ACE2的强相互作用表明两者的最低能级估计都在-1,000以上。疫苗与ACE2和TLR的相互作用对于激活免疫反应和产生抗体至关重要。结论：设计和构建的两种多表位疫苗具有良好的特性，可能具有激活针对SARS-CoV-2的体液和细胞免疫反应的潜力。值得考虑进一步研究以证实本研究的结果。
发现RNA ADP核糖基化逆转酶揭示了可能针对有毒攻击的防御模块
摘要核酸ADP-核糖基化及其在催化和水解中的杂化酶在生命的所有王国中都普遍存在。然而，目前不Xpleder Xpled ，其在哺乳动物和细菌pH y生物学中的作用包括 - 植物间冲突。 R ecently, se v eral e xamples of enzymatic sy stems f or RNA ADP-ribosylation ha v e been identified, sho wing that all major types of RNA species, including messenger RNA, ribosomal RNA, and transfer RNA, can be targeted by ADP -ribosyltransf erases (ARTs) whic h at tac h ADP-ribose modifications either to nucle- obases, the backbone核糖或磷酸盐末端。 对于属于宏观域，ARH或Nadar Superf Amilies的RNA ADP-核糖基化的可抗性知之甚少。 在这里，我们表征了ADP-核糖基y drolase对RNA物种ADP-核糖基化的drolytic活性。 我们证明了Nadar ADP-核糖基Y drolase是唯一能够在磷酸末端RNA ADP-核糖基上不活跃的同时，唯一能够对鸟氨酸RNA RNA碱基ADP-核糖基化。 此外，我们揭示了含宏域的PARG酶是唯一具有具有2'-H y DRO Xyl Xyl Xyl Xyl Xyl Xyl Xyl rNA ADP-核糖基催化催化催化sed b y pseudomonAsAsAsAsuginosa效应的特定和有效性的Drolase类型。 moreo ver，使用Rhsp2 /细菌作为e茎，我们证明了par g酶可以作为对抗Xins抗菌RNA-T的保护性免疫酶的作用。，其在哺乳动物和细菌pH y生物学中的作用包括 - 植物间冲突。R ecently, se v eral e xamples of enzymatic sy stems f or RNA ADP-ribosylation ha v e been identified, sho wing that all major types of RNA species, including messenger RNA, ribosomal RNA, and transfer RNA, can be targeted by ADP -ribosyltransf erases (ARTs) whic h at tac h ADP-ribose modifications either to nucle- obases, the backbone核糖或磷酸盐末端。对于属于宏观域，ARH或Nadar Superf Amilies的RNA ADP-核糖基化的可抗性知之甚少。在这里，我们表征了ADP-核糖基y drolase对RNA物种ADP-核糖基化的drolytic活性。我们证明了Nadar ADP-核糖基Y drolase是唯一能够在磷酸末端RNA ADP-核糖基上不活跃的同时，唯一能够对鸟氨酸RNA RNA碱基ADP-核糖基化。此外，我们揭示了含宏域的PARG酶是唯一具有具有2'-H y DRO Xyl Xyl Xyl Xyl Xyl Xyl Xyl rNA ADP-核糖基催化催化催化sed b y pseudomonAsAsAsAsuginosa效应的特定和有效性的Drolase类型。moreo ver，使用Rhsp2 /细菌作为e茎，我们证明了par g酶可以作为对抗Xins抗菌RNA-T的保护性免疫酶的作用。