XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemribosomal
Coltricia sharmae，膜甲科的一个新种......
（稿件收到日期 2024 年 8 月 17 日；接受日期 2025 年 1 月 15 日；在线发表日期 2025 年 1 月 25 日）摘要：根据形态特征和核糖体 DNA 区域内部转录间隔区的系统发育分析，本文将 Coltricia sharmae 列为一个新物种。形态学和分子数据的结合证实了该物种的新颖性及其在 Coltricia 属中的属下位置。该物种与 Rhododendron arboreum 和 Quercus leucotrichophora 相关，主要特征是一年生担子，规则圆形的菌盖，同心分区，中心有深褐色环，边缘为淡橙褐色，不规则有棱角，担孢子球形至亚球形。关键词：Coltricia abieticola、nrITS、系统发育、多孔菌、分类学、北阿坎德邦。简介
调节肠道轴和粪便微生物组在肝硬化中的关键作用
在肠道菌群中，细菌是最近基于非培养的分子技术的出现，例如16S核糖体核糖核酸（RRNA）基因测序和shot弹枪元素分析，允许细菌的表征以及其潜在的作用，而不必在其范围内表征它们，而不必在其范围内进行表征。16S测序放大了这个高度保守的1,500个碱基对基因（在所有细菌和古细菌中发现），以允许属水平鉴定。这在很大程度上被元基因组方法取代，这些方法将样品中所有脱氧核糖核酸（DNA）序列。宏基因组方法提供了更高的系统发育分辨率，从而允许物种水平的鉴定，还可以提供有关细菌基因功能的信息。其他技术，例如转录组学
表征了特定乳酸科属的抑制作用。在高度普遍的细菌
结果：对候选家政基因进行测序：β-肌动蛋白（肌动蛋白），伸长因子1α（EF1A），甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH），Armadillo（ARM），Armadillo（ARM），核糖体蛋白L32（核心蛋白L32），核心蛋白质（Rpl32），固定脱水酶（RPLLAINS）和SDHA酶（SDHA）ix HASE; - 小茶（浴缸）。在Allata（CA）和成年雌性D. punctata的卵巢中分析了这八个基因的表达。Genorm，以及Normfinder都将SDHA，EF1A和ARM的特征是在Allata Corpera Allata中表达最稳定的。在卵巢中，基因级计算显示浴缸，EF1A和RPL32是最稳定的，而Normfinder识别为浴缸，EF1A和ARM是最好的。在卵巢中，最不稳定的基因是肌动蛋白，挑战了其在归一化中的有用性。作为原理证明，在第一个促性腺营养循环中监测了卵泡细胞蛋白3C和CYP15A1的表达。
细胞和空间转录组
使用CellRanger软件套件（v6.1.1）处理测序读数，该读数将读取与人类参考基因组（版本：refdata-Gex-Gex-Gex-Gex-Gex-Gex-grech38-2020-A）保持一致，并最终产生了基因 - barcode Matrix。为了进行质量控制，然后将矩阵导入到r软件包seurat（v4.3.0）中。12为了消除由于随机噪声而识别的基因，排除了少于三个细胞的计数的基因。为了消除次优质的细胞，使用标准（例如基因数量，独特的分子识别剂计数（UMIS），核糖体基因的比例以及线粒体基因的比例）进行过滤。表S2中提供了应用于每个样品的阈值。为了进一步去除双子体，如果通过scrublet（v0.2.3）13> .3预测的双重分数，则将细胞排除在外。
拓扑复杂的 RNP 底物中的序列引导 RNA 重塑
摘要：DEAD-box ATPase 是 RNA 生物学各个方面必不可少的普遍存在的酶。然而，这些酶有限的体外催化活性与它们复杂的细胞作用不一致，最显著的是它们在核糖核蛋白 (RNP) 组装过程中驱动大规模 RNA 重塑步骤。我们描述了 60S 核糖体生物合成中间体的低温电子显微镜结构，揭示了 DEAD-box ATPase Spb4 的上下文特异性 RNA 解旋如何导致 rRNA 二级结构的广泛、序列定向重塑。多个顺式和反式相互作用稳定了催化后高能中间体，从而驱动 rRNA 结构域 IV 内根螺旋结构的组织。该机制解释了如何利用 DEAD-box ATPase 有限的链分离来提供非平衡方向性并确保高效准确的 RNP 组装。
Heterocapsa参见。 Bohaiensis（Winoflagellate）-Archimer
缩写：BI - 贝叶斯推断； FD - 铁蛋白；它 - 内部转录的间隔者； M 0 - 荧光升起的斜率（O – J）； ML - 最大可能性； PAM - 脉冲振幅调制； PBR - 光生反应器； PC - 塑素蛋白； PCR - 聚合酶链反应； PQ - 质喹酮； RC - 反应中心； rDNA - 核糖体脱氧核糖核酸； RLC - 快速光曲线； ROS - 活性氧。致谢：作者承认，伊法勒支持Maorix项目，Cresica支持Microcomet项目，以及新喀里多尼亚的南部省，用于为V. Meriot的博士学位奖学金提供资金，并提供了采样授权（20274-2019/2-ISP/DENV）。我们要感谢Adecal Technopole的技术支持。†这些作者也同样贡献。利益冲突：作者声明他们没有利益冲突。
花粉数量和核糖体基因表达在花粉数量减少 1 基因的基因组编辑突变体中发生改变
花粉粒的数量在物种内和物种间存在差异。然而，与雄蕊细胞分化方面的研究相比，人们对这一数量性状的分子基础知之甚少。最近，通过拟南芥的全基因组关联研究，分离出了第一个负责花粉数量变异的基因 REDUCED POLLEN NUMBER1 (RDP1)，并表现出自然选择的特征。该基因编码酵母 Mrt4 (mRNA 转换 4) 的同源物，它是大核糖体亚基的组装因子。然而，没有进一步的数据将核糖体功能与花粉发育联系起来。在这里，我们使用标准 A. thaliana 登录号 Col-0 表征了 RDP1 基因。由 CRISPR/Cas9 产生的移码突变体 rdp1-3 揭示了 RDP1 在开花中的多效性作用，从而表明该基因是花粉发育以外的多种过程所必需的。我们发现，天然的 Col-0 等位基因导致 Bor-4 等位基因的花粉数量减少，这是通过定量互补测试评估的，该测试比转基因实验更敏感。结合通过序列比对确定的 Col-0 中的历史重组事件，这些结果表明 RDP1 的编码序列是导致自然表型变异的候选区域。为了阐明 RDP1 参与的生物学过程，我们进行了转录组分析。我们发现负责核糖体大亚基组装/生物合成的基因在差异调控基因中富集，这支持了 rdp1-3 突变体中核糖体生物合成受到干扰的假设。在花粉发育基因中，编码碱性螺旋-环-螺旋 (bHLH) 转录因子的三个关键基因（ABORTED MICROSPORES ( AMS )、bHLH010 和 bHLH089 ）以及 AMS 的直接下游基因在 rdp1-3 突变体中下调。总之，我们的结果表明核糖体通过 RDP1 在花粉发育中发挥特殊功能，RDP1 含有受选择的天然变体。
科学期刊
表观遗传失调已在包括白血病在内的多种癌症中报道。尽管如此，表观遗传读取器帝帝型域在白血病进展和治疗中的作用仍未得到探索。在这里，我们进行了以Tudor结构域为中心的CRISPR屏幕，并确定了SGF29，SGF29是SAGA/ATAC乙酰基转移酶Com-plexes的组成部分，是H3K9乙酰化，核糖体基因表达和白血病的关键因素。为了促进药物开发，我们将CRISPR平铺扫描与复合对接和分子动力学模拟相结合，并提出了一种普遍适用的策略，称为CRISPR-SCAN辅助药物发现（CRISPR-SADD）。使用这种方法，我们确定了一种铅抑制剂，该铅抑制剂有选择地靶向SGF29的Tudor域并证明了针对白血病的功效。此外，我们建议我们研究中使用的结构遗传学方法可以广泛应用于从头药物发现的不同领域。
食品与功能
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 被世界卫生组织 (WHO) 命名为 2019 冠状病毒病 (COVID-19)。1 这种呼吸道病毒已在世界范围内造成严重局势，并对成人和儿童群体产生持久的负面影响。2,3 SARS-CoV-2 属于感染脊椎动物的有包膜正链 RNA 病毒家族。4 其基因组由 14 个功能性开放阅读框 (ORF) 组成，其中包括编码非结构蛋白 (NSP) 以及辅助蛋白和结构蛋白的区域。5 当这种病毒感染宿主细胞时，ORF1a 和 ORF1b 分别通过核糖体移码翻译为多聚蛋白 pp1a 和 pp1ab。 6 然后，NSP 由两种病毒蛋白酶的作用形成，即主蛋白酶 (Mpro)，也称为胰凝乳蛋白酶样蛋白酶 3CLpro，以及木瓜蛋白酶样蛋白酶 (PLpro)。最后，具有少量宿主因子的 NSP 是病毒基因组复制的主要参与者，并且
尿苷RNA在烟草中编辑（Nicotiana
四个组织，而烟草根，茎，叶和花中组织特异性编辑位点的数量相应为5、21、17和35（表S4中列出了详细信息）。同时，有5个组织特异性的编辑基因。两个基因ORF306和ORF151分别在茎和叶中进行了专门编辑，而三个基因细胞色素C成熟基因（CCMB，CCMFC）和30S核糖体基因（RPS14）在花中专门编辑。只有ORF151基因具有两个RNA编辑位点，而其余的四个基因仅具有一个位点。 ，这些基因中的所有编辑位点都位于密码子的第二个位置。 通过比较各种组织中RNA编辑位点的分布（补充图S2），我们观察到NADH脱氢酶亚基的编辑事件在根中显然降低了，这与先前的研究结果一致（Chateigner-只有ORF151基因具有两个RNA编辑位点，而其余的四个基因仅具有一个位点。，这些基因中的所有编辑位点都位于密码子的第二个位置。通过比较各种组织中RNA编辑位点的分布（补充图S2），我们观察到NADH脱氢酶亚基的编辑事件在根中显然降低了，这与先前的研究结果一致（Chateigner-