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应用于大肠杆菌核心代谢
摘要：基本通量模式（EFM）为系统地表征稳态，细胞表型以及代谢网络鲁棒性和脆弱性提供了严格的基础。但是，EFM的数量通常随代谢网络的大小而成倍增长，导致过度的计算需求，不幸的是，由于系统限制，这些EFM的很大一部分在生物学上是不可行的。这种组合爆炸通常阻止对基因组规模代谢模型的完整分析。传统上，EFM是通过Double Description方法计算的，这是一种基于矩阵计算的有效算法；但是，只能将少数几个约束集成到该计算中。他们必须对辅助的设定包含是单调的；否则，必须在后处理中对其进行处理，因此不能节省计算时间。我们提出ASPEFM，这是一种基于答案集编程（ASP）和线性编程（LP）的混合计算工具，允许在实施许多不同类型的约束时进行EFM的计算。我们将方法应用于包含226×10 6 EFM的大肠杆菌核心模型。在考虑转录和环境调节，热力学约束和资源使用方面的考虑时，解决方案空间被降低至可直接使用ASPEFM计算的1118 EFM。使用后处理和Pareto前部分析，可以将完全有氧厌氧的O大肠杆菌生长到O的2个完全有氧厌氧的O 2梯度上的大肠杆菌生长。
研究使用富含微生物的蚯蚓堆肥对番茄生长和根部抗性的影响
控制土传疾病是番茄生产的主要问题之一。本研究旨在调查使用富含细菌和真菌的蚯蚓堆肥对感染根结线虫 (Meloidogyne javanica) 和枯萎病 (Fusarium oxysporum) 的番茄植株生长参数的影响。蚯蚓堆肥的应用量包括控制量、最佳量和过量量。生物防治剂是菌根真菌 (Glomus mosseae) 和两种拮抗细菌 (枯草芽孢杆菌和恶臭假单胞菌)。这些生物防治剂可单独使用、二元组合使用，也可在不同蚯蚓堆肥应用量下以三元组合使用。实验结束时测量了生长参数，包括茎干湿重、根干湿重和叶绿素指数。结果表明，在两种水平上施用蚯蚓堆肥以及在所有组合处理中接种生物防治剂，显著 (P < 0.001) 改善了感染病原体的植物的生长参数。在两种水平的蚯蚓堆肥和感染镰刀菌的三种生物防治剂组合中获得的大多数研究参数最高，而在蚯蚓堆肥施用和生物防治剂以及感染两种病原体的对照条件下获得的生长参数最低。总体而言，我们的研究结果表明，蚯蚓堆肥和生物防治剂的组合使用在提高番茄植株对根结线虫和镰刀菌的防御能力方面具有显著效果，因此可以提高植株的生长水平。
在低成本富硅支持上移植的氧化石墨烯膜的稳定性和性能：两种激活方法的比较研究
Youness Kouzi，Zakarya Chafiq Elidrissi，Brahim Achiou，Dounia Beqqour，Saad Alami Younssi等。在低成本富硅的支持上增强了氧化石墨烯氧化石化膜的稳定性和性能：两种激活方法的比较研究。过程安全与环境保护，2024，188，第1574-1583页。10.1016/j.psep.2024.06.015。hal-04646077
丰富计划2025-2026呼叫
该计划为一组合格的学生提供了机会，就我们的国防和安全团队开发的项目进行研究合作。可以在附件1中找到团队涵盖的研究领域的概述。这与上面概述的小组协作机会不同。在国防与安全下，丰富的学生将嵌入一个项目中，与主题领导和团队紧密合作，以进行更直接的参与。在此研究领域不需要防御和安全背景。将要求学生描述他们当前的博士学位工作，技能和感兴趣的领域，并将与项目进行审查和匹配。我们正在寻找来自各种研究领域的独特观点和专业知识的申请人，而不仅仅是博士学位研究与图灵的国防与安全工作完全一致的申请人。
在最深的海洋中富集卤代有机化合物及其降解的微生物
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年2月12日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.11.637578 doi：biorxiv Preprint
Perin, F. (2024)。用于先进生物制造的多功能多组分（生物）墨水平台。[博士论文，马斯特里赫特大学，特雷弗大学
相关性 过去几十年来，医学取得了巨大进步，提高了全球预期寿命和患者的生活质量。尽管如此，慢性病仍然是一个社会经济负担，也是全球主要的死亡原因之一 [1]。再生医学旨在恢复患病组织的功能，是改善慢性病患者病情的有前途的工具。有一项科学研究一直在探索再生医学方法来治疗导致慢性疾病和死亡的主要原因，例如心血管疾病 [2]、糖尿病 [3] 和癌症治疗 [4]。其中一些新的先进治疗方法目前正处于 II 期临床试验阶段，有望改善全球数百万患者的生活方式 [5]。
在连续培养中进化的大肠杆菌菌株甲酸属依赖型的遗传和生物催化基础
Valley Delmech，Nadia Perthat，Oriane Monet，外国Marion，Darii Ecataria和Al。插入Methabolia，2022，72，pp.200-214。10.1016/j.ymben.2022.03.010。
PKS+大肠杆菌（大肠杆菌）对结肠癌发生的贡献
摘要：结直肠癌（CRC）是全球重要的健康问题，在全球癌症中排名第二，在癌症中排名第二。虽然只有一小部分CRC病例才能归因于遗传基因突变，但由于体细胞突变，大多数出现。新兴证据表明，肠道菌群营养不良是一个因素，其中聚酮化合酶合酶阳性大肠杆菌（PKS+ E. coli）在CRC发病机理中起关键作用。pks+细菌产生共糖蛋白，这是一种遗传毒性蛋白，对宿主结肠细胞内的DNA产生有害作用。在这篇综述中，我们研究了肠道菌群在结肠癌发生中的作用，阐明了结肠癌产生细菌如何诱导DNA损伤，促进基因组不稳定性，破坏肠道上皮屏障，诱导粘膜炎症，调节宿主免疫反应并影响细胞周期细胞周期动力学。共同促进了有利于肿瘤开始和进展的微环境。了解PK+细菌介导的CRC发育的基础机制可能为大规模筛查，肿瘤的早期检测以及诸如微生物群调节，细菌靶向治疗，检查点抑制Colibactin生产和免疫调节途径等治疗策略铺平道路。
fabry-pérot和friedrich-wintgen结合状态在光子三轴腔中的连续体中
连续体（BICS）中的结合状态是零宽（有限的寿命），即使它们与连续的扩展状态共存，但仍在系统中仍然存在的特征模式。产生的高频共振可能在光子整合电路，过滤，传感和激光器中具有显着应用。在本文中，我们证明了基于光子三轴腔的简单设计可以同时显示Fabry-Pérot（FP）和Friedrich-Wintgen（FW）BICS，并且它们的出现非常依赖于将腔附着在外部介质上的方式。我们首先考虑一个对称腔，其中长度D 3的存根被两个长度D 2的存根包围，所有存根均由长度D 1的段隔开。当两个端口之间插入腔时，我们在理论上证明了在长度d 1，d 2 2和d 3之间的可辨式条件下，在实验上证明了FP类型的对称BIC（S-BIC）和抗对称BIC（AS-BIC）的存在。S-BIC和AS-BIC可能会彼此交叉，从而产生双重变性的BIC。通过打破腔体的对称性，AS-BICS和S-BIC可以融合在一起，并实现FW型BIC，其中一种共振保持为零，而另一个共振却宽阔。通过考虑另外的两个配置，其中三端腔与一个或两个端口仅在一个侧连接起来，可以在结构内部诱导其他BIC。通过略微使BIC条件略有失调，后者转变为电磁诱导的透明度 /反射或FANO共振。最后，可以设计这种三重速度腔，以实现某些频率的接近完美吸收。使用同轴电缆在辐射频域中通过实验确认了从绿色功能方法获得的所有分析结果。
莱茵河医学学院临床化学和临床药理学研究所弗里德里希·威廉大学 - 大学
免疫力我们正在寻求一个高度积极进取的博士后研究员，以研究免疫系统代谢调节的基本方面。该项目旨在了解从宿主，饮食或微生物组衍生的代谢产物如何塑造组织居住的免疫细胞的生物学和代谢（例如，t细胞，先天淋巴样细胞（ILC））。特别是该作品旨在确定饮食的方式（例如高脂饮食，生酮饮食），饮食成分，运动和代谢物调节肥胖，慢性炎症和感染的免疫反应（Karagiannis等人免疫2020，Karagiannis等。自然2022，Theodorou等。Biorxiv 2024）。要将发现转化为人类患者，该项目将利用与临床医生的既定合作。候选人将有机会获得额外的外部资金，并在博士后培训期间制定独立的研究计划。，我们正在寻找一位热情的科学家，他们渴望作为一个友好和支持团队的一部分从事一个充满挑战和有益的项目。申请人拥有博士学位。预计将在六个月内获得学位的学位和研究生。理想的候选人将具有免疫学，组织生物学或细胞代谢的背景。在使用动物模型，组织（肺，肠），人体组织样本，多参数流式细胞术，分子生物学和荧光成像的经验。我们提供：我们提供跨学科的研究环境，促进创新和协作，并致力于对下一代科学家的培训和职业发展。该职位在最初的三年内可用，并有可能扩展。