1. Ferrarini M、Moretto M、Ward JA、Surbanovski N、Stevanovic V、Giongo L、Viola 88 R、Cavalieri D、Velasco R、Cestaro A、Sargent DJ。2013 年。对 89 PacBio RS 平台进行叶绿体基因组测序和从头组装的评估。BMC 基因组学 14:670。91 2. Stadermann KB、Weisshaar B、Holtgräwe D。2015 年。仅 SMRT 测序甜菜 (Beta vulgaris) 叶绿体基因组的从头组装。BMC 93 生物信息学 16:295。 94 3. Pucker B、Holtgräwe D、Stadermann KB、Frey K、Huettel B、Reinhardt R、95 Weisshaar B。2019 年。染色体水平序列组装揭示了拟南芥 Nd-1 基因组及其基因集的结构。PLoS One 97 14:e0216233。98 4. Altschul SF、Gish W、Miller W、Myers EW、Lipman DJ。1990 年。基本局部比对搜索工具。分子生物学杂志 215:403-410。100 5. Koren S、Walenz BP、Berlin K、Miller JR、Bergman NH、Phillippy AM。2017 年。Canu:通过自适应 k-mer 加权和 102 重复分离实现可扩展且准确的长读组装。基因组研究 27:722-736。103 6. Jansen RK、Kaittanis C、Saski C、Lee SB、Tomkins J、Alverson AJ、Daniell H. 2006. 基于完整叶绿体基因组序列的葡萄科(Vitaceae)系统发育分析:分类单元抽样和系统发育方法对解决蔷薇科间关系的影响。BMC 进化生物学 6:32。107 7. Goremykin VV、Salamini F、Velasco R、Viola R. 2009. 葡萄的线粒体 DNA 和猖獗的水平基因转移问题。分子生物学与进化 26:99-110。110 8. Wick RR、Schultz MB、Zobel J、Holt KE。 2015. Bandage:从头基因组组装的交互式可视化。生物信息学 31:3350-2。112 9. Wheeler TJ、Eddy SR。2013. nhmmer:使用概要 HMM 进行 DNA 同源性搜索。113 生物信息学 29:2487-2489。114 10. Chan PP、Lowe TM。2019. tRNAscan-SE:在基因组序列中搜索 tRNA 基因,第 1-14 页。在 Kollmar M(编辑)的《基因预测:方法和协议》中,116 2019/04/26 编辑,第 1962 卷。Springer New York,纽约。117 11. Lowe TM、Eddy SR。 1997. tRNAscan-SE:一种改进基因组序列中 118 种转移 RNA 基因检测的程序。核酸研究 25:955-964。119 12. Laslett D、Canback B。2004. ARAGORN,一种检测核苷酸序列中的 tRNA 基因和 120 种 tmRNA 基因的程序。核酸研究 32:11-16。121 13. Tillich M、Lehwark P、Pellizzer T、Ulbricht-Jones ES、Fischer A、Bock R、Greiner 122 S。2017. GeSeq - 多功能且准确的细胞器基因组注释。123 核酸研究 45:W6-W11。 124 14. Lohse M、Drechsel O、Kahlau S、Bock R. 2013. OrganellarGenomeDRAW——一套用于生成质体和线粒体基因组物理图谱并可视化表达数据集的工具。核酸研究 41:W575-581。127 15. Lohse M、Drechsel O、Bock R. 2007. OrganellarGenomeDRAW (OGDRAW):128 一个用于轻松生成高质量自定义质体和 129 线粒体基因组图形图的工具。当代遗传学 52:267-274。130
Dema B,抗体(2016); DörnerT,Lancet(2019);天·阿德(Tian J,Ard)(2023); Lim S,Morb。 凡人。 wkly。 REP。(2019); Izmirly PM,A&R(2021)Li Y,Arch Immunol Ther ther expDema B,抗体(2016); DörnerT,Lancet(2019);天·阿德(Tian J,Ard)(2023); Lim S,Morb。凡人。wkly。REP。(2019); Izmirly PM,A&R(2021)Li Y,Arch Immunol Ther ther expREP。(2019); Izmirly PM,A&R(2021)Li Y,Arch Immunol Ther ther exp
海拔与经纬度相结合,可提供描述地形的三维 (3D) 位置信息,这对于山地研究和开发至关重要 (Ko¨ rner 2007;Malhi et al 2010)。亚历山大·冯·洪堡是最早认识到这一点的西方探险家之一:他在墨西哥、哥伦比亚和厄瓜多尔山区的探险表明,了解地球表面生物物理特征的 3D 位置对于制图以及了解沿海拔梯度相互作用的生物、非生物和人为因素之间的分布关系非常重要 (Godlewska 1999;Zimmerer 2006;von Humboldt 2013)。从那时起,人类学家、地理学家和生态学家就一直试图量化和可视化海拔如何影响山区的各种现象 (McVicar and K¨ rner 2013)。例如,研究表明,海拔升高会导致物种分布(Feeley 等人,2011 年)、作物多样性(Zimmerer,1999 年)、农业用地(Guillet,1981 年;Brush,1982 年;Young,1993 年)、净初级生产力(Beck 等人,2008 年;Zhang 等人,2013 年)和生物地球化学循环(Girardin
单分子实时 (SMRT) DNA 测序技术 (Pacific Biosciences) 生成的长读段是高质量叶绿体 (1, 2) 和线粒体基因组序列组装的起点之一。栽培的葡萄树 Vitis vinifera 极易受到病原体的感染。抗性品种如种间杂交品种‘Börner’ (V. riparia GM183 [母株] V. cinerea Arnold [花粉供体]) 被用作培育优良葡萄品种的砧木。我们从 SMRT 读段中组装并注释了‘Börner’的叶绿体 (cp_Boe) 和线粒体 (mt_Boe) 基因组序列。除非另有说明,所有生物信息学工具均采用默认参数。从品种“Börner”的幼叶中提取基因组 DNA(3),并在 Sequel I 测序仪(1Mv3 SMRT 细胞、结合试剂盒 v3.0、测序化学 v3.0,均来自 PacBio)上进行测序。通过 BLASTN(BLAST 2.7.1)搜索(4)筛选质体或线粒体序列(RefSeq 版本 91),筛选出潜在的质体或线粒体读段。使用的标准如下:读段长度,500 个核苷酸(nt)以上;同一性,70% 以上;查询覆盖率,30% 以上。 292,574 个潜在质体读段(共 2,715,983,671 nt;N50,12,829 nt)和 426,918 个潜在线粒体读段(3,928,350,102 nt;N50,12,624 nt)分别用 Canu v1.7(5)进行组装。每个最长的重叠群都与 V. vinifera 的叶绿体(6)或线粒体(7)基因组序列具有高度相似性。随后,使用 Bandage(8)确认组装正确。手动修剪环状基因组中重叠的末端序列,并将起始序列与葡萄参考序列比对。用 Arrow(SMRT Link 版本 5.1.0.26412)对组装体进行三次完善。最后一轮精炼将起始点移至序列的相反位置。为了帮助注释,根据制造商的说明,使用 peqGOLD 植物 RNA 试剂盒 (Peqlab) 从“Börner”组织中提取 RNA。根据 TruSeq RNA 样品制备 v2 指南,从 1,000 ng 总 RNA 制备索引 Illumina 测序文库。将得到的转录组测序 (RNA-Seq) 文库以等摩尔量汇集,并在 HiSeq 1500 仪器上以 2 100-nt 双端格式进行测序。cp_Boe (161,008 bp;GC 含量,37.4%) 和 mt_Boe (755,068 bp;GC 含量,44.3%) 使用 Web 服务 GeSeq v1.66 进行注释(cp_Boe 的具体设置:
Magan Mohagag 1*,Luca Mazzarella 1, ,阿尔伯特·鲁拉10号,沃尔夫冈·P。哪个10,Nan 1,Aileen ZhaiMagan Mohagag 1*,Luca Mazzarella 1, ,阿尔伯特·鲁拉10号,沃尔夫冈·P。哪个10,Nan 1,Aileen Zhai
Würth Elektronik Eisos GmbH & Co. KG Seat Waldenburg, Register Court Stuttgart HRA 580801 Complementary Würth Elektronik Eisos Verdaltungs-GmbH, Seat Waldenburg, Register Court Stuttgart HRB 581033 Managing Director Thomas Wild, Alexander Gerfer, Dirk Knorr, Josef WörnerBankConnection UniCredit Bank Ag Stuttgart,帐户322 620 136,BLZ 600 202 90,IBAN DE86 6002 0290 0322 6201 36,SWIFT/BIC HYVEDEMM473 UST。 de220618976Würth Elektronik Eisos GmbH & Co. KG Seat Waldenburg, Register Court Stuttgart HRA 580801 Complementary Würth Elektronik Eisos Verdaltungs-GmbH, Seat Waldenburg, Register Court Stuttgart HRB 581033 Managing Director Thomas Wild, Alexander Gerfer, Dirk Knorr, Josef WörnerBankConnection UniCredit Bank Ag Stuttgart,帐户322 620 136,BLZ 600 202 90,IBAN DE86 6002 0290 0322 6201 36,SWIFT/BIC HYVEDEMM473 UST。de220618976
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跳虫(Collembola Lubbock, 1870)是一类内颌、无翅、主要以腐食为生的节肢动物,主要栖息在潮湿的栖息地(Hopkin 1997)。然而,其中许多形式已经发展出不同的生活策略,其中一些形式很好地适应了干燥的栖息地。毫无疑问,Xenylla Tullberg, 1869 属的大多数物种都可以归入这一类。Xenylla 是 Hypogastruridae Börner, 1906 科中最大的属之一(139 种),分布于世界各地(Bellinger 等人 1996-2024),并表现出高度的地方特有性(Babenko 等人 1994)。在该属中,有几个生态组:森林、草原和滨海堆肥物种。它们通常出现在苔藓和地衣中、树干树皮下或岩石缝隙中(Babenko 等人,1994 年)。