在丹麦,针对严重急性呼吸道综合征病毒2(SARS-COV-2)的疫苗接种已与P-Fierzer-Biontech(BTN162B2)或ModernA(MRNA-1273)mRNA疫苗有关。根据丹麦推出疫苗接种计划,我们诊所随后在我们诊所接受了慢性丙型肝炎病毒(HCV)感染的患者。为了监测HCV感染,从患者血浆中提取RNA,并在Illumina平台上进行RNA测序。在108个HCV患者样品中的10个中,有108例SARS-COV-2尖峰mRNA疫苗序列的全长或痕迹在COVID-19-19-19疫苗接种后28天内发现。疫苗接种后血液中mRNA疫苗序列的检测增加了有关该技术的重要知识,并应进一步研究脂质纳米颗粒的设计以及这些技术的半衰期和人类中的mRNA疫苗。
摘要:基于废水的监视可以用作其他SARS-COV-2监视系统的补充方法。它允许在时间和地点监测感染和SARS-COV-2变体的出现和传播。这项研究提出了一种RT-DDPCR方法,该方法靶向SARS-COV-2基因组的尖峰蛋白中的T19i氨基酸突变,这是BA.2变体(Omicron)的特定的。T19i测定法在硅和体外评估了其包容性,敏感性和特定性。此外,从1月至2022年5月在布鲁塞尔 - 资本区域中,将废水样品用作监测和量化BA的出现的概念证明。硅分析中表明,使用T19I分析可以表征超过99%的Ba.2基因组。随后,成功评估了T19I分析的敏感性和特异性。得益于我们的特定方法设计,与整个SARS-COV-2相比,测量了T19I分析的突变探头和T19I分析的野生型探针的正信号,并且基因组的比例(BA.2突变体的特征)的比例是BA.2突变体的特征。评估了所提出的RT-DDPCR方法的适用性,以监视和量化BA.2变体的出现。为了证明该测定作为概念证明,与含有T19I突变的基因组的特定循环变体的比例相比,在20222年冬季和春季的Brussels-Papital区域的废水处理工厂的废水样本中进行了与总病毒种群相比。Ba.2基因组的出现和比例增加对应于使用呼吸样本监测中观察到的。但是,这种出现稍早地观察到,这表明废水采样可能是一个预警系统,并且可能是进行广泛人类测试的有趣替代方法。
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1个免疫基因组学和炎症研究团队,里昂大学,爱德华·赫里奥特医院,法国里昂69003; frederic.coutant@univ-lyon1.fr 2免疫学部,里昂 - 苏德医院,里昂的医院公民,69310法国Pierre-bénite,法国3号Dendritics-Edouard Herriot医院,法国69003 Lyon,法国; JEAN_JACQUES_PIN@HOTMAIL.FR 4病毒学系,北部医院网络国家参考中心感染剂学院,法国里昂69004; flimence.morfinfin-sherpa@chu-lyon.fr 5 Virpath团队,CIRI,INSERM U1111,CNRS UMR5308,ENS LYON,ENS LYON,CLAUDE BERNARD LYON 1,69100 LYON,LYON,法国6,法国6,感染和热带疾病,HOSTICES CIVER NIVERS,HOSTESSICESS FIVERS,HOSTESSICESS HOSIDERS HOSIDESS HOSIDESS,FIRMANDE SESE SESE SESE,699004,69.9004 004 004 004; tristan.ferry@chu-lyon.fr 7 Stapath Team,CIRI,Inserm U1111,CNRS,UMR5308,Ens Lyon,University Claude Bernard Lyon 1,69100法国里昂,法国8里昂8,圣伊蒂恩大学医院stephane.paul@chu-st-etienne.fr 9 Gimap Team,Ciri,Inserm U1111,CNRS,UMR530,University Claude Bernard Lyon 1,CIC 1408疫苗,42023 Saint-Etienne,法国,法国; bruno.pozzetto@univ-st-etienne.fr 10传染病特工和卫生部,圣泰恩大学医院,42055法国圣伊蒂安,法国11 Sainbiose 11 Sainbiose,Inserm,inserm,U1059,U1059,里昂大学,42270 Saint-Etienne,42270 Saint-Etienne,France,France; myriam.normand@univ-st-eetienne.fr 12,法国里昂69003 Edouard Herriot医院免疫学和风湿病学系
1生物化学和免疫学系,生物科学研究所,米纳斯·格拉斯大学,贝洛·海角31270-901,巴西MG; rafaelapereiranutri@gmail.com(R.D.D.P.); rayane.rabelo10@gmail.com(R.A.N.R.); melonataliaf@gmail.com(N.F.D.M.O。); samuel.porto192@gmail.com(S.L.T.P.); cesarbarbosa_91@yahoo.com.br(C.L.N.B。); souzaluizpedro@gmail.com(l.p.d.s.-c.); felipe.rocha1@live.com(F.R.D.S.S.S.); fernandobento421@gmail.com(F.B.R.O.); ferreiraquel93@gmail.com(R.F.); jadercruzytrio@gmail.com(J.S.C.); mmtex.ufmg@gmail.com(m.m.t.)2生物科学研究所形态学系,米纳斯·格拉斯大学,贝洛·高米特(Belo Horizonte)31270-901,巴西,巴西; anaclaudiaandrade29@gmail.com(A.C.D.S.P.A.); cmqj@yahoo.com.br(c.m.q.-j.); barbaraluisa.ufmg@gmail.com(B.L.V.D.S.)3卫生科学计划:传染病和热带医学,医学调查跨学科实验室,医学院,米纳斯·格拉斯联邦大学,米纳斯·格拉斯大学,贝洛·海上31270-901,毫克,巴西4,生理学和生物物理学系,生物学科学院 巴西; hanna.umezu@gmail.com(h.l.u.); glauber@ymail.com(G.S.F.D.S.)*通信:viviancosta@ufmg.br(V.V.C.); machadofs@icb.ufmg.br(F.S.M.)†这些作者为这项工作做出了同样的贡献。
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T 细胞免疫对于控制病毒感染至关重要。CoVac-1 是一种基于肽的候选疫苗,由源自各种病毒蛋白 1,2 的 SARS-CoV-2 T 细胞表位组成,与在 Montanide ISA51 VG 中乳化的 Toll 样受体 1/2 激动剂 XS15 相结合,旨在诱导显著的 SARS-CoV-2 T 细胞免疫来对抗 COVID-19。我们进行了一项 I 期开放标签试验,招募了 36 名年龄在 18 至 80 岁之间的参与者,他们接受了一次皮下 CoVac-1 疫苗接种。主要终点是安全性分析,直至第 56 天。以 CoVac-1 诱导的 T 细胞反应方面的免疫原性作为主要次要终点进行分析,直至第 28 天,并在随访中直至第 3 个月。未观察到严重不良事件,也未观察到 4 级不良事件。在所有研究对象中均观察到预期的局部肉芽肿形成,而全身反应原性不存在或很轻微。所有研究参与者均诱导了针对多种疫苗肽的 SARS-CoV- 2 特异性 T 细胞反应,由多功能 T 辅助细胞 1 CD4 + 和 CD8 + T 细胞介导。CoVac-1 诱导的干扰素-γ T 细胞反应在后续分析中持续存在,并且超过了 SARS-CoV-2 感染后以及接种已获批准疫苗后检测到的 T 细胞反应。此外,疫苗诱导的 T 细胞反应不受目前关注的 SARS-CoV-2 变体 (VOC) 的影响。总之,CoVac-1 显示出良好的安全性,并诱导了广泛、有效且不依赖 VOC 的 T 细胞反应,支持目前正在进行的针对 B 细胞/抗体缺陷患者的 II 期试验评估。
本预印本的版权所有者(此版本于 2020 年 5 月 23 日发布。;https://doi.org/10.1101/2020.04.23.055467 doi: bioRxiv preprint
用于解释自身免疫性疾病的出现。据推测,免疫系统的遗传倾向在面对流行病时可能对过去的几代人有益,但在现代工业化环境中,它促进了自身反应。在这种情况下,良性病原体之间的分子模拟可引发自身免疫性疾病 [3]。卫生假说认为,感染频率的增加有助于减少自身免疫和过敏性疾病 [4]。相反,缺乏感染会使免疫系统容易攻击自身抗原,导致自身攻击。感染抵抗力和自身免疫之间的联系的一个例子是,编码细胞因子和药物靶标 B 细胞活化因子 (BAFF) 的变异基因与多发性硬化症 (MS) 以及系统性红斑狼疮有关 [5]。自身免疫风险等位基因与体液免疫上调有关,这是通过增加可溶性 BAFF、B 淋巴细胞和免疫球蛋白的水平来实现的。群体遗传特征表明,这种自身免疫变异在进化上具有优势,可能是通过增强对疟疾的抵抗力来实现的。因此,人们推测自身免疫与感染之间存在联系,并且天生具有对抗重大流行病的程序,这是包括 MS 在内的自身免疫遗传倾向的一个主要方面。
表位保护估计为87.6% - 96.5%,在膜(M)中为92.5% - 99.6%,Nucleocapsid(N)为94.6% - 99%。随着病毒的突变,越来越多的s表位降低了预测的结合功能:70%的Omicron BQ.1-XBB.1-XBB.1-XBB.1.5 S的表位经历了预测的结合降低,相比之下,早期的STRAINS DELTA AY.100 - AY.100 - AY.44和OMICICRON。Additionally, we identi fi ed several novel candidate HLA alleles that may be more susceptible to severe disease, notably HLA-A*32:01 , HLA-A*26:01 , and HLA-B*53:01 , and relatively protected from disease, such as HLA-A*31:01 , HLA- B*40:01 , HLA-B*44:03 , and HLA-B*57:01。我们的发现支持以下假设:影响CD8 T细胞表位免疫原性的病毒遗传变异有助于确定急性Covid-19的临床严重程度。实现长期COVID-19免疫将需要了解T细胞,SARS-COV-2变体和宿主MHC I类遗传学之间的关系。该项目是探索SARS-COV-2 CD8 +表位多样性的第一个项目之一,它对美国大部分人口进行了影响。