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通过显式能量景观优化进行蛋白质序列设计
摘要蛋白质设计问题是确定折叠成所需结构的氨基酸序列。鉴于安芬森的折叠热力学假设，这可以改写为找到一个氨基酸序列，其中最低能量构象是该结构。由于这种计算不仅涉及所有可能的氨基酸序列，还涉及所有可能的结构，因此大多数当前方法都侧重于更易处理的问题，即为所需结构找到最低能量的氨基酸序列，通常在第二步通过蛋白质结构预测检查所需结构确实是设计序列的最低能量构象，并丢弃在许多情况下并非如此的大部分设计序列。这里我们表明，通过将梯度通过 trRosetta 结构预测网络从所需结构反向传播到输入氨基酸序列，我们可以直接优化所有可能的氨基酸序列和所有可能的结构，并在一次计算中明确设计预测折叠成所需结构而不是任何其他结构的氨基酸序列。我们发现，考虑了完整构象景观的 trRosetta 计算比 Rosetta 单点能量估计更能有效地预测从头设计蛋白质的折叠和稳定性。我们将通过景观优化进行的序列设计与 Rosetta 中的标准固定骨架序列设计方法进行了比较，并表明前者的结果对竞争低位状态的存在很敏感，而后者则不然。我们进一步表明，通过结合这两种方法的优势，可以设计出更具漏斗形的能量景观：低分辨率 trRosetta 模型用于排除替代状态，高分辨率 Rosetta 模型用于在设计目标结构处创建深度能量最小值。意义计算蛋白质设计主要侧重于寻找在目标设计结构中能量非常低的序列。然而，在折叠过程中最相关的不是折叠状态的绝对能量，而是折叠状态与最低位替代状态之间的能量差。我们描述了一种可以捕捉整个折叠景观的深度学习方法，并表明它可以增强当前的蛋白质设计方法。
通过量化景观美度改善可再生能源资源评估
实现经济高效且可持续的能源转型需要可靠的可再生能源分布信息。我们利用来自 Scenic-Or-Not 的约 200,000 张带地理标记的照片的 150 多万个风景评级来量化英国陆上风能设施可能位于的景观的美学价值。对规划申请的分析提供了定量证据，表明在风景更优美的地区提出的陆上风电项目更有可能被拒绝。利用包括 OpenStreetMap 在内的更多开放数据源，我们基于这些发现对英国陆上风电的可行潜力和成本进行了新的估计，我们发现这两个数字分别约为 1700 TWh 和 2800 亿英镑。我们还发现风景和风能资源质量之间存在很强的空间相关性，这意味着成本效率和公众接受度之间不可避免地存在权衡。
转换感知音景属性的定量评估方法：泰语的初始应用
Nanyang Technological University，Nanyang Ave 50，S2-B4A-03，639798，新加坡B音乐技术中心，乔治亚州技术研究所，J。AllenCouch Building，J。AllenCouch Building，840 McMillan ST NW，Atlanta，GA，GA，USANANY CENTRY，NANY NANY NANINANE，NANY NANANY，NANANY，NANY NANANY，NANY NANANY，NANY NANANY，NANY NANANY，NANANY，48 AVE，639818，新加坡D语言学和东南亚语言学研究部，乔拉隆大学艺术学院，254 Phayathai Rd，Wang Mai，Pathum wanm Wan District，曼谷，10330 Luang District，Pathum Thani，12121，泰国F心理学系，Kasetsart大学社会科学系，KASETSART大学，Ngamwongwan Rd 50，Lat Yao，Chatuchak区，曼谷Chatuchak区，10900年，泰国G语言研究中心，泰国G语言学研究中心，艺术与社会科学系，singapore of Singapore of Singapore of Singapore national of SingapeNanyang Technological University，Nanyang Ave 50，S2-B4A-03，639798，新加坡B音乐技术中心，乔治亚州技术研究所，J。AllenCouch Building，J。AllenCouch Building，840 McMillan ST NW，Atlanta，GA，GA，USANANY CENTRY，NANY NANY NANINANE，NANY NANANY，NANANY，NANY NANANY，NANY NANANY，NANY NANANY，NANY NANANY，NANANY，48 AVE，639818，新加坡D语言学和东南亚语言学研究部，乔拉隆大学艺术学院，254 Phayathai Rd，Wang Mai，Pathum wanm Wan District，曼谷，10330 Luang District，Pathum Thani，12121，泰国F心理学系，Kasetsart大学社会科学系，KASETSART大学，Ngamwongwan Rd 50，Lat Yao，Chatuchak区，曼谷Chatuchak区，10900年，泰国G语言研究中心，泰国G语言学研究中心，艺术与社会科学系，singapore of Singapore of Singapore of Singapore national of Singape
当前的光遗传学景观用于增强养子T细胞治疗
抽象免疫疗法是宿主对更好地抗击病原体或疾病的免疫反应的药物调节，近几十年来改变了癌症治疗。t细胞是自适应免疫系统的重要组成部分，对治疗成功是最重要的。最近的免疫治疗方式更频繁地针对癌症治疗和其他病理的T细胞，称为收养T细胞（ATC）疗法。ATC疗法的特征是各种类型的免疫疗法，但主要属于三种ESTAB租赁的技术：肿瘤浸润淋巴细胞，嵌合抗原受体T细胞和工程T细胞受体疗法。尽管有希望的临床结果，但所有ATC治疗类型都在提供长期持续肿瘤清除率的同时对实体瘤尤其无效，旨在了解和防止ATC治疗的典型缺点。光遗传学是一个相对较新的发展，将光敏蛋白质结构域纳入感兴趣的细胞或组织中，以调整特定于特定的生物学过程。免疫功能的光遗传学操纵正在迅速成为免疫学的研究工具，现在使用光敏系统来优化许多细胞治疗方法和ATC疗法。本综述着重于目前如何利用光遗传学方法来改善临床环境中的ATC疗法，通过加深我们对治疗方法背后的分子原理的理解。此外，这篇综述进一步批评了当前的免疫原性系统，并推测了最近发展的扩展，从而增强了当前基于ATC的治疗方式，以铺平临床进度的道路。
b'由于 TGF- 信号在免疫稳态中的作用，其紊乱是炎症性疾病的根本原因。许多慢性炎症性疾病都以纤维化为特征，纤维化与细胞外基质的过度沉积同时发生，导致受影响器官的正常功能丧失。TGF- 家族还通过激活成纤维细胞向肌成纤维细胞表型转变，在纤维化的启动和进展中发挥着重要作用。在肿瘤发生的早期阶段，TGF- 可能通过诱导肿瘤前细胞的细胞停滞和凋亡而充当肿瘤抑制因子。然而，在后期，当癌细胞获得致癌突变，从而脱离 TGF- 肿瘤抑制因子功能时，它会通过刺激肿瘤细胞进行上皮\xe2\x80\x93间质转化 (EMT) 而成为肿瘤促进剂，从而增加迁移和侵袭。 TGF- 在肿瘤微环境内的免疫抑制中也发挥着核心作用，最近的研究揭示了它在肿瘤免疫逃避和癌症免疫治疗反应不佳中的作用。'
b'由于 TGF- 信号在免疫稳态中的作用，其紊乱是炎症性疾病的根本原因。许多慢性炎症性疾病都以纤维化为特征，纤维化与细胞外基质的过度沉积同时发生，导致受影响器官的正常功能丧失。TGF- 家族还通过激活成纤维细胞向肌成纤维细胞表型转变，在纤维化的启动和进展中发挥着重要作用。在肿瘤发生的早期阶段，TGF- 可能通过诱导肿瘤前细胞的细胞停滞和凋亡而充当肿瘤抑制因子。然而，在后期，当癌细胞获得致癌突变，从而脱离 TGF- 肿瘤抑制因子功能时，它会通过刺激肿瘤细胞进行上皮\xe2\x80\x93间质转化 (EMT) 而成为肿瘤促进剂，从而增加迁移和侵袭。 TGF- 在肿瘤微环境内的免疫抑制中也发挥着核心作用，最近的研究揭示了它在肿瘤免疫逃避和癌症免疫治疗反应不佳中的作用。'
全球 CRISPR 专利格局呈现出强烈的地域偏见
HAL 是一个多学科开放存取档案库，用于存放和传播科学研究文献，无论这些文献是否已出版。这些文献可能来自法国或国外的教学和研究机构，也可能来自公共或私人研究中心。
2025 年稀土格局（二）——流沙
执行。OEM 的采购部门缺乏完成这项工作的核心能力。一个完美的典型例子是通用汽车 (NYSE: GM) 对锂离子电池和稀土永磁电机 (REPMM) 的自然资源生产或最终用户产品制造供应链中的单一实体进行“投资”。OEM 未能注意到，除非存在垂直整合，以便成本可以沿着供应链分摊并产生有利可图的最终用途产品，否则补贴将成为强制性的。
神经科学的不断发展的景观
神经科学在20世纪成为一门独特的学科，从那时起就经历了快速扩张。但是，仍然缺乏对其不断发展的景观的全面分析。本研究提供了神经科学研究的大规模，数据驱动的映射。利用大型语言模型和聚类技术来分析1999年至2023年之间发表的461,316篇文章，这项研究揭示了该领域的结构组织，并突出了主题的主要主题。引用网络分析发现了塑造更广泛研究景观的令人惊讶的整合图像和关键的智力枢纽。对研究群体如何与预定的维度保持一致的分析表明，实验的重点，广泛依赖于微观理论以及对应用和翻译研究的越来越重视。同时，基础研究有下降的风险，而理论工作和跨尺度整合仍然有限。本研究提供了一个理解神经科学轨迹的框架，并确定了加强领域的潜在途径。
系统的元蛋白质组学映射揭示了人肠道微生物群对治疗药物的功能和生态景观
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年2月14日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.13.637346 doi：Biorxiv Preprint
高级疫苗学教育：展望其发展和全球影响力
为筹备 2018 年首届全球疫苗学培训研讨会，我们对 27 门高级疫苗学课程进行了调查，以了解全球疫苗学教育的概况。过去 20 年来，高级疫苗学课程规模急剧扩大，几乎所有地区都开设了课程，但欧洲东部、地中海东部和西太平洋地区的课程较少。大多数课程持续时间较短（不到 2 周），具有全球或地区影响力，吸引了来自高收入、中收入和低收入国家的各类参与者，他们来自公共卫生、学术界、工业界，但监管机构的代表较少。缺乏可持续的资金和教师及协调员的时间投入是大多数疫苗学课程的制约因素，需要加以解决。随着越来越多的新型和更复杂的疫苗问世、疫苗安全问题和谣言持续存在，以及一些疫苗可预防疾病的重新出现，需要一支有能力的劳动力来推进和部署免疫接种，使更多的人群受益，因此有必要继续并扩大全球疫苗学培训。2020 作者。由 Elsevier Ltd. 出版。这是一篇根据 CC BY 许可协议 ( http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ ) 开放获取的文章。