高通量测序在生物医学领域已变得无处不在。随着新技术的出现和测序成本的下降,可用数据的多样性和数量呈指数级增长,成功浏览数据变得更具挑战性。尽管数据集通常由公共存储库托管,但科学家必须依靠不一致的注释来识别和解释有意义的数据。此外,高通量生物数据的实验异质性和广泛的质量意味着即使具有所需细胞系、组织类型或分子靶标的数据也可能不易解释或整合。我们开发了 ORSO(社交组学在线资源)作为一个易于使用的 Web 应用程序,将生命科学家与基因组学数据联系起来。在 ORSO 中,用户在数据驱动的社交网络中交互,他们可以收藏数据集并关注其他用户。除了来自主要生物医学联盟的 30,000 多个数据集外,用户还可以将自己的数据贡献给 ORSO,以方便其他用户发现它。 ORSO 利用用户交互,提供了一种新颖的推荐系统,可自动将用户与托管数据连接起来。除了社交互动之外,推荐系统还考虑了主要读取覆盖率信息和带注释的元数据。ORSO 以图形显示方式呈现推荐系统使用的相似性,从而允许探索数据集关联。网络图的拓扑结构反映了已建立的生物学,相关系统的样本被分组在一起。我们使用从胚胎干细胞分化到心肌细胞的 RNA 序列时间过程数据集测试了推荐系统。ORSO 推荐系统正确地预测早期数据点源为胚胎干细胞,晚期数据点源为心脏和肌肉样本,从而推荐了相关数据集。通过将科学家与相关数据联系起来,ORSO 提供了一种重要的新服务,促进了广泛的研究兴趣。
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特征: - 海洋航行和海面体验 - 商业嵌入式系统,IT/软件/编程经验 - 与成熟和指导机电一体化学生的成熟和指导的能力 - 能够与大学/自治系统的热情与大学的热情 - 对沃尔德尼大学的最初合同 - 在Systrime -2015年开始 - 2010年与沃尔姆斯大学合同: experience Embedded systems engineering and design: * Competent in electronic design work -part selection, schematic design and sourcing * Competent in production PCB design and layout, manufacture & testing * Competent embedded systems programmer- Expert in C,C++,C# * Competent in Linux both embedded distributions and standard Debian/CentOS distributions * Competent in shell scripting * Must have a strong knowledge of embedded systems communications protocols - SPI,I2C,UART,RS232,RS422,TIA-485,CAN,MDIO,以太网 *网络协议的知识(例如TCP/IP和以太网)。*强大的调查和调试技能 *在Linux和Windows开发环境中开发系统级软件的经验。*动手具有多线程体系结构,线程管理,延迟和吞吐量优化的经验。* ARM平台上自定义Linux驱动程序的知识 *在软件质量保证方面具有丰富的经验,包括审查测试计划,编写测试脚本和验证软件产品。*数据结构和算法中的坚实背景。*经验为网络协议开发软件,包括TCP/IP和
本教科书是主要针对神经科学家和生物医学工程师的信号处理的简介。文本是为我在芝加哥大学和伊利诺伊理工学院的研究生和本科生教授的四分之一课程开发的。本课程的目的是向具有合理但适中的数学背景(包括复杂的代数,基本微积分和差分方程的入门知识)以及神经生理学,物理学和计算机编程的最小背景的学生介绍信号分析。为了帮助基本的神经科学家简化数学,第一章是小步骤开发的,并且添加了许多注释以支持解释。在整个文本中,在需要的地方引入了高级概念,在细节会使“大局”分散注意力的情况下,进一步的解释将移至附录。我的目标是为学生提供所需的背景,以了解商业上可用的分析软件的原则,以使他们能够在MATLAB等环境中构建自己的分析工具,并使更先进的工程文献易于访问。大多数章节基于90分钟的讲座,其中包括MATLAB脚本的演示。第7章和第8章包含三到四个讲座的材料。每个章都可以作为独立单位来考虑。对于需要在支持主题上刷新记忆的学生,我包括对其他章节的参考。数字,方程式和附录也由章节独立引用。
DEMMIN – 使用建模和遥感数据演示生物量潜力评估的试验场 Erik Borg 博士 *) 、Holger Maass *) 、Edgar Zabel **) *) 德国航空航天中心 (DLR)、德国遥感数据中心 (DFD) **) 兴趣小组 Demmin Kalkhorstweg 53 D- 17235 Neustrelitz 与会议 2 相关 摘要:通过“全球环境和安全监测 (GMES)”倡议,欧盟 (EU) 和欧洲航天局 (ESA) 制定了一项雄心勃勃的计划,利用空间遥感技术以及其他数据源和监测系统为欧洲市场提供各种环境、经济和安全方面的创新服务。为了实现这一目标,必须实施自动化的实时和近实时基础设施,以便自动处理遥感数据。空间段和地面段的必要开发和实施已经在推进中。将开发用于获取增值产品的自动化处理链和处理器,特别是开发用于校准和验证遥感任务的测试站点。海报介绍了 DLR 测试站点 DEMMIN(持久环境多学科监测信息网络),它是校准和验证生物质和生物能源增值数据产品、区域规模生物质模型(如 BETHY/DLR)的先决条件,并展示了在实践中使用遥感数据和产品获取生物质潜力的可能性。考虑到这一背景,该演示文稿介绍了 DLR 的测试站点 DEMMIN,包括其特定的区域特征、现场测量仪器和现有数据库。测试站点 DEMMIN 是一个密集使用的农业区,位于德国东北部梅克伦堡-前波美拉尼亚州德明镇附近(距柏林以北约 180 公里)。自 1999 年以来,DLR 与 Demmin 利益集团 (IG Demmin) 一直保持着密切的合作。DEMMIN 的范围从北纬 54°2 ′ 54.29 ″、东经 12°52 ′ 17.98 ″ 到北纬 53°45 ′ 40.42 ″、东经 13°27 ′ 49.45 ″。IG Demmin 由 5 家农业有限责任公司组成,占地约 25,000 公顷农田。该地貌属于上一次更新世 (Pommersches stadium) 形成的北德低地。其特点是冰川河流沉积物和冰川湖沼沉积物以及反映在略微起伏的地貌中的冰碛。土壤基质以壤土和沙壤土为主,与纯沙斑或粘土区域交替出现。试验场的海拔高度约为 50 米,试验场东南部托伦塞河沿岸有一些坡度较大的山坡(12°)。年平均气温为 7.6 至 8.2°C。降水量约为 500 至 650 毫米。由于微地形,气候条件在局部范围内可能存在很大差异。该地区的田地面积很大,平均为 80 - 100 公顷。主要种植的作物是冬季作物,覆盖该地区近 60% 的田地。玉米、甜菜和土豆约占 13%。由于 DLR 与 IG Demmin 的合作,科学家们得到了农民的支持,并为他们的调查提供了重要信息。例如,数字准静态数据(如土壤图、地块图)或数字动态数据(如产量图和应用图)。除了数据库之外,DEMMIN 还实现了农业气象网络,它可以自动测量影响成像过程的所有农业气象参数,同时进行空间或机载遥感。