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基于系统的基于图像的基于斑马鱼幼虫中复杂性状的遗传筛选
摘要具有数以千计的基因组关联研究对复杂特征鉴定的基因座，需要在体内模型系统中可靠，迅速推断大量候选基因的作用。基于F 0斑马鱼中的基于CRISPR/CAS9的功能屏幕代表这样的系统。然而，到目前为止使用的负面对照 - 包括加扰的指南RNA（GRNA），灭活的CAS9和假注射 - 不会引起与CRISPR/CAS9相同的细胞和有机反应，并且可能会加剧结论。在这里，我们表明，靶向KITA促进了成功的诱变，更高质量的成像数据以及病例和对照的有效分类的有效的光学预筛查。我们鉴定并测试了两个靶向具有类似高诱变效率和对色素作用的kita的GRNA，并且没有对心脏代谢性状的脱靶效应或主要影响。我们提出了几种方法，这些方法将得出有效的，公正的结论。
SpCas9 变体的基准测试可实现对 BRCA1 和 BCL2 进行更深入的碱基编辑器筛选
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通过改进的向导 RNA 文库克隆实现紧凑型 CRISPR 基因筛选
背景 20 多年前，人类基因组计划产生了第一个组装的人类基因组 [1,2]。基因组测序工作揭示了与疾病相关的基因和遗传变异，但大部分并未揭示基因功能。因此，功能基因组学工作对于确定已鉴定的约 20,000 个人类蛋白质编码基因的功能至关重要。在过去十年中，基于 CRISPR（成簇的规律间隔的短回文重复序列）的筛选增加了全基因组遗传筛选的便利性，使研究人员能够发现生物途径的新成分、确定现有药物的机制、确定新的治疗靶点并揭示协同遗传关系 [3-7]。然而，由于全基因组向导文库的规模（20,000–200,000 + 个元素）和典型的细胞覆盖率（500–1000 倍）需要准确量化基因命中并平均整个群体中与表型无关的变异，每次筛选需要每个样本数千万到数亿个细胞 [ 8 – 12 ]。这一要求对需要大规模培养的细胞模型提出了后勤挑战
多物种全基因组 CRISPR 筛选鉴定出冷诱导细胞死亡的保守抑制因子
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 11 月 19 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.07.25.605098 doi：bioRxiv 预印本
利用 CRISPR–Cas9 平铺筛选对人类有丝分裂基因进行功能解析
人类蛋白质编码基因的身份众所周知，但我们对其分子功能和域结构的深入了解仍然受到基于同源性的预测和专注于全基因耗竭的实验方法的缺陷的限制。为了弥补这一知识空白，我们开发了一种方法，利用 CRISPR - Cas9 诱导的蛋白质编码基因突变来先验地识别序列水平的功能区域。作为一个测试案例，我们将这种方法应用于 48 个人类有丝分裂基因，揭示了细胞增殖所需的数百个区域，包括实验表征的区域、基于同源性预测的区域和新区域。我们验证了 15 个区域的筛选结果，包括 Mad1 的 387 - 402 个氨基酸，这些氨基酸以前未被表征，但有助于 Mad1 着丝粒定位和染色体分离保真度。总之，我们证明基于 CRISPR - Cas9 的平铺诱变可以从头识别蛋白质编码基因中的关键功能域，从而阐明功能突变体的分离并允许跨人类蛋白质组的功能注释。
在感染低多样性下单细胞CRISPR屏幕的强大差分表达测试
带有单细胞读数的汇总CRISPR屏幕（例如wisturb-seq [1]）已成为一种可扩展，灵活和强大的技术，可将遗传扰动连接到分子表型，其应用从基本分子生物学到医学遗传学和癌症研究。[2]在此类筛选中，通过CRISPR指南RNA（GRNA）将遗传扰动的库转染到一个细胞群中，然后进行单细胞测序，以识别出存在的扰动并测量每个细胞的富分子表型。扰动可以靶向基因[1]或非编码调节元件，[3，4，5]抑制[1]或激活[6]这些目标；分子读数可以包括基因表达，[1]蛋白表达，[7，8，9]或表观遗传性含量（如染色质访问性）。[10]通常，在低多重感染（MOI）下引入扰动，每个细胞一个扰动。在预期扰动的情况下
Devider：多种单倍型的长阅读重建
单萜因其作为口味，香料，杀虫剂和能量浓厚的燃料而受到重视。微生物生物合成为这些重要分子提供可持续的生物合成途径，但生产水平仍然有限。在这里，我们引入了一种生物传感器驱动的微生物工程策略，以增强单类药物的产生，特别是针对Geraniol。使用Pyr1受体的诱变库（带有可延展结合口袋的植物ABA信号通路的多功能生物传感器），我们筛选了24个单键型，并鉴定出对八种响应于八种的Pyr1变体，包括Geraniol。在耐热酵母kluyveromyces Marxianus中表达了低背景，高度选择性的geraniol敏感的Pyr1变体，作为一种基于生长的生物传感器电路，从而可以快速应变工程。通过将geraniol敏感的Pyr1传感器与全基因组CRISPR-CAS9诱变方法耦合，我们确定了六个基因敲除，可增强香精醇的产生，从而增加了2倍的滴度。这项研究证明了PYR1生物传感器平台可以使快速应变工程和改善所需代谢物滴度的突变体的鉴定。
通过脑电图和Vidinexus的互动屏幕来改善博物馆访问者的参与度和经验
摘要这项研究的主要目的是通过开发包括脑部计算机界面（BCI）和客户端Vidinexus的互动屏幕在内的原型来探索以改善博物馆访问者的体验和参与的选项。这是通过遵循重点关注研究的三个不同方面的方法来完成的；博物馆和艺术，BCI和原型。前两个方面是背景文献研究的重点。这些发现用于指导原型开发的创作过程。系统的原型，包括交互式测验，它根据由EEG设备测量的选择和参与水平与访问者相匹配。该原型是在研究的构想，规范和实现阶段创建的；并在评估阶段进行了测试。
基于 FACS 的全基因组 CRISPR 筛选确定 DNA 损伤信号通路的关键调节因子
DNA 损伤激活信号通路对于协调多个细胞过程至关重要，必须严格调控这些过程才能维持基因组稳定性。为了提供全面、公正的 DDR 信号通路观点，我们在人类细胞系中进行了 30 次基于荧光激活细胞分选的全基因组 CRISPR 筛选，使用识别不同内源性 DNA 损伤信号蛋白的抗体来识别参与 DNA 损伤反应 (DDR) 的关键调节剂。我们发现蛋白酶体介导的加工是细胞触发喜树碱和依托泊苷诱导的 DDR 信号的早期和先决条件事件。此外，我们还确定 PRMT1 和 PRMT5 是调节 ATM 蛋白水平的调节剂。此外，我们发现 GNB1L 是 DDR 信号的关键调节剂，因为它作为辅助伴侣分子，专门调节 PIKK 蛋白。总的来说，这些筛查为进一步研究 DDR 提供了丰富的资源，可能有助于深入了解针对这些 DDR 通路以改善治疗结果的策略。