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使用全基因组 CRISPRi 筛选来探测遗传修饰因子的双 sgRNA 文库设计
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高通量 PRIME 编辑筛选可识别人类基因组中的功能性 DNA 变异
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2023 年 7 月 12 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.07.12.548736 doi：bioRxiv 预印本
全基因组药物锚筛选将CAAP1和AKAP17A识别为PRMT5抑制剂敏感性的调节剂
MTA合件PRMT5抑制剂是一种新兴治疗选择。确定对PRMT5抑制剂敏感性的潜在调节剂，我们在存在和不存在MTA合并PRMT5抑制剂的情况下进行了基因组宽CRISPR敲除筛选。敲除CAAP1和AKAP17A的敲除是代表不同组织学的多个MTAP缺失的癌细胞系中最强的致敏效果之一。引人注目的是，CAAP1基因在9p21染色体上与MTAP和CDKN2A共定位。在TCGA Pancancer Atlas中，有20％的MTAP删除癌症中有20％的CAAP1的删除CAAP1。CAAP1或AKAP17A在MTAP缺失的癌细胞系中的敲除将细胞敏感到PRMT5抑制剂，包括临床阶段的MTA合并抑制剂TNG908和TNG462，以及非MTA合作抑制剂GSK33226595。此外，我们发现CAAP1和AKAP17A蛋白水平是相互依存的，因为两个基因的敲除导致另一个基因的蛋白质水平降低。与这一发现一致，CAAP1在CAAP1删除细胞系中的重建导致AKAP17A水平升高。内源性CAAP1和AKAP17A蛋白水平在一系列癌细胞系和MTAP缺失的患者衍生异种移植模型之间呈正相关。与先前的报告（Ni等，2023），外源CAAP1和AKAP17A共免疫沉淀研究一致，这表明蛋白质形成蛋白质复合物。共同表明CAAP1和AKAP17A相互依存并介导对PRMT5抑制剂的敏感性。AKAP17A和CAAP1不是特征良好的蛋白质，但是PRMT5抑制剂在癌细胞中诱导全球替代剪接事件（ASE），基于初步研究，CAAP1/AKAP17A复合物的可能功能可以减轻PRMT5抑制引起的ASES。在MTAP缺失的情况下，共定位和CAAP1缺失的发生率为20％，可能表明此类患者对PRMT5靶向治疗的反应会提高。
屏幕背后的外观：检查社交媒体和视频流服务的数据实践
今天，委员会正在批准发布一份开创性报告，阐明了这些强大的公司的运作方式。它显示了科技行业的个人数据货币化如何为商业监视创造了一个市场，尤其是通过社交媒体和视频流服务，并且护栏不足以保护消费者。该报告发现，这些公司从事用户的大规模数据收集，在某些情况下 - 非用户。它表明，许多公司未能实施足够的保护措施，以抵御隐私风险。它阐明了公司如何使用我们的个人数据，从提供超颗粒的目标广告到为塑造我们看到的内容的算法的动力，通常是要让我们迷上使用该服务。发现这些做法对儿童和青少年构成了独特的风险，这些公司对政策制定者，心理学家和父母对年轻人的身心健康的有效关注做出了有效的反应。
体内 CRISPR 筛选可确定骨髓瘤中 CAR-T 细胞功能的关键修饰因子
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2024 年 11 月 19 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2024.11.19.624352 doi：bioRxiv 预印本
在人类多能干细胞衍生的培养物中使用CRISPR筛选了解神经发育和疾病
大脑可以说是人体最复杂的部分形式和功能。对调节其正常生理和病理生理的分子机制尚不清楚。缺乏知识在很大程度上源于人脑的无法访问的本质以及动物模型的局限性。因此，脑部疾病很难理解，甚至更难治疗。产生人类多能干细胞（HPSC）衍生的二维（2D）和3维（3D）神经培养的最新进展提供了一个可访问的系统来模拟人脑。基因编辑技术（例如CRISPR/CAS9）的突破将HPSC进一步提升到了可遗传障碍的实验系统中。强大的遗传筛选，以前保留用于模型生物和转化的细胞系，现在可以在人神经细胞中进行。结合了快速扩展的单细胞基因组学工具包，这些技术进步最终创造了使用功能基因组学研究人脑前所未有的机会。本综述将总结在HPSCS衍生的2D神经培养物和3D脑器官中应用基于CRISPR的遗传筛查的目前进展。我们还将评估所涉及的关键技术，并讨论其相关的实验考虑和未来应用。
CRISPR筛选确定基因靶标和药物重新定位机会，乳腺癌风险基因>
全基因组关联研究（GWAS）已确定与乳腺癌（BC）风险相关的200个基因座。大多数候选因果变体（CCV）在非编码区域，很可能通过调节基因表达来调节癌症风险。我们最近开发了一个评分系统询问，以预测BC风险基因座的候选风险基因。在这里，我们使用了汇总的CRISPR激活和抑制屏幕来验证询问预测，并定义了它们介导的癌症表型。我们测量了2D，3D和免疫缺陷小鼠中的增殖，以及对DNA损伤反应的影响。我们进行了60个CRISPR屏幕，并确定了21个介导癌症表型的高信任审讯预测。我们使用Hichip和CRISPRQTL验证了BC风险变体对基因子集的直接调节。此外，我们还显示了针对这些靶标的药物重新利用的表达分析的实用性。我们提供了一个平台，用于识别风险变异的基因靶标，并为降低风险和治疗的干预措施构成蓝图。
双向基因组CRISPR筛选揭示了调节SARS-COV-2，MERS-COV和季节性HCOV的宿主因素
ARS-COV-2是冠状病毒疾病2019（COVID-19）大流行的病因学药。SARS-COV-2是在2002 - 2003年SARS-COV-1之后的第21世纪越过物种障碍的第三个高度致病性冠状病毒（参考文献。1 - 3）和2012年的MERS-COV（参考4）。已知另外四个HCOV（HCOV-229E，HCOV-NL63，HCOV-OC43和HCOV-HKU1）在人类的季节性循环中循环，大约有三分之一的常见冷感染感染5。像SARS-COV-1和HCOV-NL63一样，SARS-COV-2进入靶细胞的进入是由血管紧张素转化酶2（ACE2）受体6-10介导的。SARS-COV-1和SARS-COV-2使用细胞丝氨酸蛋白酶跨膜蛋白酶丝氨酸2（TMPRSS2）用于质膜6，11的尖峰蛋白启动。组织蛋白酶还参与SARS-COV峰蛋白裂解和融合肽暴露于进入时（参考文献。12 - 15）。已经报道了几个用于鉴定冠状病毒调节剂的全基因组KO CRISPR屏幕16 - 21。这些屏幕使用肾脏起源的自然允许的Simian Vero E6细胞20；肝脏起源的人类HuH7细胞（或衍生物）（非定位表达ACE2和TMPRSS2）16、18、19;和A549肺部的细胞，异位表达ACE2 17，21。在这里，我们进行了全基因组，功能丧失的CRISPR KO屏幕和功能获得的CRISPRA屏幕，包括生理学上