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在生命科学中共享敏感数据：集中和联合方法的概述
玛丽亚·鲁贾诺（Maria A. Rujano），格罗宁根大学医学科学博士学位，在埃克林（Ecrin）担任项目经理，为欧盟医疗保健数据研究倡议做出了贡献。凭借细胞和神经发育生物学的专业知识，她曾在著名的研究中心工作，包括Curie Institute和Institute Pasteur。化学博士学位Jan-Willem Boiten是Lygaturation的高级计划经理。 拥有超过20年的跨生命科学合作经验，他正在协调荷兰和欧洲一级的大规模生物医学数据基础设施计划。 克里斯蒂安·奥曼（Christian Ohmann）拥有数学博士学位，医学临时检查和“理论手术”领域的关联。 他是德国海因里希海因大学杜塞尔多夫医学院临床试验中心（KKS）的负责人（1999- 2014年），目前与ECRIN有关临床试验数据共享和ECRIN网络委员会的咨询。 ECRIN的高级数据经理Steve Canham具有18年的临床试验数据系统和管理方面的专业知识。 以前，他领导伦敦癌症研究所的IT团队（2002-11）。 Sergio Contrino是ECRIN数据项目的负责人。 是培训的电子工程师，曾在剑桥大学，遗传学系和欧洲生物信息学研究所（EBI）担任高级软件开发人员。 Romain David，海洋学和数据挖掘博士学位，是Erinha的研究人员和数据管家。 他是研究数据联盟（RDA）的共同主席（例如，化学博士学位Jan-Willem Boiten是Lygaturation的高级计划经理。拥有超过20年的跨生命科学合作经验，他正在协调荷兰和欧洲一级的大规模生物医学数据基础设施计划。克里斯蒂安·奥曼（Christian Ohmann）拥有数学博士学位，医学临时检查和“理论手术”领域的关联。他是德国海因里希海因大学杜塞尔多夫医学院临床试验中心（KKS）的负责人（1999- 2014年），目前与ECRIN有关临床试验数据共享和ECRIN网络委员会的咨询。ECRIN的高级数据经理Steve Canham具有18年的临床试验数据系统和管理方面的专业知识。以前，他领导伦敦癌症研究所的IT团队（2002-11）。Sergio Contrino是ECRIN数据项目的负责人。是培训的电子工程师，曾在剑桥大学，遗传学系和欧洲生物信息学研究所（EBI）担任高级软件开发人员。Romain David，海洋学和数据挖掘博士学位，是Erinha的研究人员和数据管家。他是研究数据联盟（RDA）的共同主席（例如，拥有20年的环境信息系统专业知识，他专门研究数据挖掘，图形方法和合适的数据管理。敏感数据）。Jonathan Ewbank于2021年加入Erinha担任总干事，在担任Marseille-Luminy免疫学中心（法国）25年后。Claudia Filippone是一名病毒学家，在Erinha担任高级科学计划经理。她的研究经验着重于欧洲和非洲的病毒出现和人畜共患病。Erinha的欧洲项目经理Claire Connellan专注于传染病爆发研究（Isidore）项目的综合服务，旨在增强大流行的准备。拥有项目管理和政策制定方面的专业知识，她拥有伦敦国王学院的国际和平与安全硕士学位。Ilse Custers是一名药物化学家（VU阿姆斯特丹）和卫生经济学家（庞贝·法布拉大学）。她目前正在担任Lygature的项目经理，管理项目建立基础架构的健康和基因组数据共享。Rick Van Nuland博士是专注于卫生研究基础设施的Lygature计划经理，并在UTRECHT大学医学中心和斯坦福大学接受了分子癌生物学家的培训。 Michaela Th。 Mayrhofer是培训的社会科学家。 她的博士学位研究了生物库治理的模式。 她的研究重点在于GDPR的合规性，人工智能道德规范以及建立和促进生物医学研究中的ELSI最佳实践。 自2019年以来，她一直领导BBMRI-ERIC的ELSI服务与研究部门。Rick Van Nuland博士是专注于卫生研究基础设施的Lygature计划经理，并在UTRECHT大学医学中心和斯坦福大学接受了分子癌生物学家的培训。Michaela Th。 Mayrhofer是培训的社会科学家。 她的博士学位研究了生物库治理的模式。 她的研究重点在于GDPR的合规性，人工智能道德规范以及建立和促进生物医学研究中的ELSI最佳实践。 自2019年以来，她一直领导BBMRI-ERIC的ELSI服务与研究部门。Michaela Th。Mayrhofer是培训的社会科学家。她的博士学位研究了生物库治理的模式。她的研究重点在于GDPR的合规性，人工智能道德规范以及建立和促进生物医学研究中的ELSI最佳实践。自2019年以来，她一直领导BBMRI-ERIC的ELSI服务与研究部门。Petr Holub是Masaryk大学计算机科学副教授。自2015年以来，他已成为BBMri-Eric的首席IT官。他具有科学的背景（2001年计算量子化学专业的MSC）和计算机科学（2005年的博士学位，专门研究计算机网络，自组织和多媒体处理）。evaGarcíaálvarez在BBMRI-ERIC担任IT科学家和项目经理。她从圣地亚哥大学（De Santiago de Costela）获得了分子医学博士学位，在那里她研究了癌症中体细胞病毒整合的基因组景观。Emmanuel Bacry毕业于écoleNormaleSupérieure（ENS），并拥有数学博士学位。他目前是巴黎 - 杜普大学的CNRS研究主任，也是法国健康数据中心的科学总监。他领导了Ecole Polytechnique的大数据与数据科学计划超过4年（2016-19）。收到：2024年2月6日。修订：2024年4月19日©作者2024。牛津大学出版社出版。这是根据Creative Commons Attribution许可条款（https://creativecommons.org/licenses/4.0/）分发的一篇开放访问文章，该文章允许在任何媒介中不受限制地重复使用，分发和再现，前提是适当地引用了原始工作。
用肌肉制成的狂犬病病毒G蛋白mRNA的免疫原性
尽管具有革命性的地位，但CRISPR/CAS技术确实具有明显的局限性和负债。CRISPR/CAS的最重要局限性是进行脱离目标编辑的潜力，因此CRISPR/CAS在意想不到的位置削减了DNA。这种脱离目标（OT）编辑可以扭曲功能实验的解释并引入噪声和可变性，从而降低实验结果和功能结论的可靠性。重要的是，在CRISPR的治疗应用中，OT活性尤其危险，即使频率非常低的OT编辑也可能具有深刻的灾难性结果2,3。为了应对这一挑战，该领域的许多努力都致力于改进Guiderna（GRNA）设计，以确保目标特异性4和工程CAS变体具有改善的忠诚度5。同时，测量OT效应的方法，例如指南seq 6，圆形序列7和site-seq 8，也有助于提高我们量化和合理化OT编辑的能力。此外，预测OT的能力对该领域的重要性提高，从而导致开发了多种用于预测OT位点的计算方法。
2025; 15（8）：3275-3288。 doi：10.7150/thno.107488研究论文：CRISPR介导的超敏感，特定和快速的单锅检测策略f
1。医学研究与创新中心，上海朴医院，人类现象研究所，州基因工程主要实验室，生命科学学院，福丹大学药学院，上海200438，中国上海。2。张上海胰腺疾病研究所胃肠病学系，昌伊医院；国家主要的免疫与炎症实验室，海军医科大学，上海200433，中国。3。北京大学北京大学血液学系，深圳北京大学 - 香港科学技术医学中心，深圳518036，中国。4。富裕大学生物科学与工程学院，富裕大学，中国350108。5。中国上海海军医科大学，张海医院肝胰腺外科系，200433年。6。国际人类现象学院，上海，200433年，中国。
5mC 选择性脱氨酶的发现及其在碱基分辨率甲基化位点超灵敏直接测序中的应用
摘要 挖掘噬菌体中的新酶活性对于开发新的生物技术工具仍然很重要。在本研究中，我们使用 MetaGPA（一种将宏基因组数据中的基因型与表型联系起来的方法）来识别脱氧胞苷脱氨酶，这是一种与宏病毒组中的胞嘧啶修饰高度相关的蛋白质家族。出乎意料的是，这些脱氨酶的一个子集在单核苷酸和单链 DNA 底物中都表现出对 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 的偏好，而不是胞嘧啶 (C)。在甲基化组测序工作流程中，这些酶优先脱氨 5mC，这使得甲基化胞嘧啶能够直接转化，同时完全消除任何未修饰胞嘧啶的背景脱氨。这种直接转换允许以单碱基分辨率精确识别甲基化位点，具有无与伦比的灵敏度，为基因组和甲基化组的同时测序提供了广泛的应用。
巨噬细胞中对OSMO敏感的LRRC8阴离子通道的激活对于微晶蛋白关节炎症很重要
沉积单钠和焦磷酸钙（MSU和CPP）微晶体负责痛风和软骨钙化中的疼痛和复发性炎症。在这些病理学中，炎症反应是由于巨噬细胞的激活引起的，负责释放包括IL-1β在内的各种细胞因子。IL-1β的成熟是由多蛋白质NLRP3插度介导的。在这里，我们发现晶体通过晶体的激活和IL-1β的同时产生的激活取决于细胞体积通过激活OSMO敏感的LRRC8阴离子通道的调节。LRC8的药理抑制和遗传沉默消除了晶体在体外和晶体诱导的胞内肿块模型中的浮游性激活。MSU/CPP晶体暴露时LRRC8激活诱导ATP释放，P2Y受体的激活和NLRP3炎性流向膜体激活和IL-1β成熟所必需的细胞内钙升高。在关节晶体诱导的炎症的背景下，我们确定了LRRC8 OSMO敏感的阴离子Channels具有病理生理相关性的功能。
设计光敏化合物的新型量子经典计算方案可以加速材料发现
最近，量子化学计算与机器学习的结合在加速新材料发现方面表现出了巨大的潜力。虽然这种混合方法与传统方法相比消耗的资源和时间更少，但它仍然面临着根本性的挑战。这些挑战包括训练数据集的大小和质量限制，以及使用离散优化技术有效探索大型化学空间的困难。
CHOPOFF：符号比对可实现快速灵敏的 CRISPR 脱靶检测
然而，尽管 CRISPR/Cas 技术具有革命性的地位，但它也存在明显的局限性和缺陷。CRISPR/Cas 最重要的限制是可能出现脱靶编辑，即 CRISPR/Cas 在非预期的位置切割 DNA。这种脱靶（OT）编辑会扭曲功能实验的解释，引入噪音和变异性，从而降低实验结果和功能性结论的可靠性。重要的是，OT 活性在 CRISPR 的治疗应用中尤其危险，在这种情况下，即使非常低频率的 OT 编辑也可能产生极其灾难性的后果 2,3 。为了应对这一挑战，该领域的许多努力都集中在改进 guideRNA（gRNA）设计以确保靶标特异性 4 和设计具有更高保真度的 Cas 变体 5 。同时，测量 OT 效应的方法，例如 GUIDE-seq 6 、CIRCLE-seq 7 和 SITE-seq 8 ，也有助于提高我们量化和合理化 OT 编辑的能力。此外，预测 OT 的能力对于该领域来说越来越重要，从而导致开发出各种用于预测 OT 位点的计算方法。
通过绝缘体上硅的固态脱湿生长的硅纳米晶体的高灵敏度 MIS 结构，可用于太阳能电池和光电探测器应用
Mansour Aouassa、Saud Algarni、Ibrahim Althobaiti、Luc Favre、Isabelle Berbezier。通过固态脱湿绝缘体上硅生长的硅纳米晶体的高灵敏度 MIS 结构，可用于太阳能电池和光电探测器应用。《材料科学杂志：电子材料》，2022 年，33 (24)，第 19376-19384 页。�10.1007/s10854-022-08774-w�。�hal-03988811�
音乐的神经同步对旋律频谱复杂性很敏感
在听觉感知过程中，神经振荡已知会与声学动态同步，但它们在听觉信息处理中的作用仍不清楚。作为一种可以通过声学参数化的复杂时间结构，音乐特别适合解决这个问题。在一项针对人类参与者的行为和脑电图联合实验中，我们研究了刺激的时间（声学动态）和非时间（旋律频谱复杂性）维度对神经同步的相对贡献，神经同步是一种刺激-大脑耦合现象，在这里操作上定义为声学和神经动态之间的时间相干性。我们首先强调低频神经振荡会稳健地与复杂的声学时间调制同步，这强调了这种耦合机制的细粒度性质。我们还揭示了增强音高、和声和音高变化方面的旋律频谱复杂性会增加神经同步。重要的是，这种操作增强了 theta（5 Hz）范围内的活动，这是一种与旋律音符速率无关的频率选择性效应，可能反映了所涉及的神经过程的内部时间限制。此外，虽然情绪唤醒评级和神经同步都受到频谱复杂性的正向调节，但未观察到唤醒和神经同步之间的直接关系。总体而言，这些结果表明，音乐的神经同步对听觉信息的频谱内容很敏感，并指示了听觉水平的处理，这应该与高阶情绪处理阶段区分开来。