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糖尿病发作年龄或糖尿病持续时间与随后的胰腺癌风险之间的关联：纵向队列和孟德尔随机研究的结果
上海上海上海北海大学医学院胰岛疾病中心一般手术系上海慢性非通信疾病和伤害的上海司，上海市政疾病控制与预防中心，上海，200336年，中国，中国f心血管医学系，流行病学研究和临床试验中心，临床试验中心和血管评估中心上海上海，上海医学基因组学关键实验室，临床试验中心，上海内分泌和代谢疾病研究所，内分泌学和代谢系，上海医院，上海乔顿医院，康北大学医学院，上海医学院新南威尔士大学，悉尼，新南威尔士州，澳大利亚j医学系，内分泌学，糖尿病和骨病科，伊坎尼山纽约州纽约，纽约州纽约州，美国K上海上海临床研究中心，上海，上海，中国中国，
通过多目标优化的蛋白质序列设计的整合方法
图1。进化多目标优化为多层设计提供了合适的框架。在这项工作中，我们研究了如何通过多物镜优化方法将机器学习模型（例如PMPNN，AlphaFold2/af2rank和ESM-1V）直接集成到蛋白质序列设计中，称为非主体分类遗传算法II（NSGA-II）。左：首先，通过突变操作员提出了新的设计候选。在这里，该操作员由ESM-1V组成，ESM-1V用于对残基位置进行排列，以及用于重新设计最小Nativelike-NativelikeTose的ProteinMPNN（PMPNN）。中间：然后使用源自AlphaFold2和PMPNN置信度指标的目标函数对设计候选者进行评分。右：最后，得分的候选人被分类为连续的帕累托阵线（这里编号为F1至F5），NSGA-II从最佳战线中选择了最佳战线的候选人。为了证明该框架的有效性，我们对RFAH的多层设计问题进行了深入的分析，RFAH是一种小的折叠式蛋白质，其C末端结构域可以在全-αRFAHα状态和全βrfahβ状态之间互连。在中间面板的两个RFAH状态的卡通表示中，以绿色表示可设计的位置（残基119至154）；请注意，N端结构域在RFAHβ态的带状表示中未显示（请参见方法）。
基于公平序列数据和微生物组研究中的元数据共享的标准
微生物组研究是生命科学中增长的数据驱动的领域。存在共享微生物组序列数据并使用标准化元数据方案的策略，但研究人员之间的依从性各不相同。为了促进微生物组研究界的开放研究数据最佳实践，我们（1）提出了两个分层的徽章系统来评估数据/元数据共享依从性，（2）展示了一种自动化评估工具，以确定与Amplicon和Metagenome序列数据出版物中数据报告的依从性。在跨越人类肠道微生物组研究的出版物（n〜3000）的系统评估中，我们发现近一半的出版物不符合序列数据可用性的最低标准。此外，元数据的标准化差为统一和跨研究比较创造了很高的障碍。使用此徽章系统和评估工具，我们的概念验证工作暴露了（i）序列数据可用性语句的无效性，以及（ii）缺乏用于注释微生物数据的一致的元数据标准。从这个角度来看，我们强调了改进实践和基础设施的需求，以减少数据提交的障碍并最大程度地提高微生物组研究中的可重复性。我们预计我们的分层徽章框架将促进有关数据共享实践的对话，并促进微生物组的数据再利用，支持使微生物组数据公平的最佳实践。
基于自然的解决方案：评估农林业的全球碳固存潜力和农业土地上的树木覆盖率增加。
最近发布的IPCC缓解报告将农业条纹作为三大农业，林业和其他土地利用（AFOLU）缓解途径之一，并指出，它提供了多种生物物理和社会经济的共同点，例如诸如土地生产力，多样化的谋生活动，更高的土壤质量，更高的水平，更高的水平，更高的水平，''农林业在现场尺度上的缓解潜力。因此，农业条件是开发策略和报告国家确定的贡献（NDC）中最受欢迎的基于自然的解决方案之一，既有其潜在的缓解效益，但尤其是对于适应性，弹性和生计益处而言，它可以为小型农场提供的规模提供的适应性，弹性和生计益处。在这里，我们根据IPCC Tier 1的估计值介绍了在农业土地上的地上和地下生物量的最新全球和区域估计值，并根据遥感将结果与更新的碳密度图进行了比较，结果表明方法和初始估计是可靠的。评估了两个未来方案，以估计农业土地上树覆盖层增加的碳固换潜力：1。）增量更改和2.）对农林业的系统变化。与基于遥感的树覆盖分析相结合的地面生物量碳的估计值，以估计生物质的增加。全球增加（用于增量变化的4-6 pg C；系统变化的12-19 pg c）突出显示了实质性缓解潜力。巴西，印度尼西亚，菲律宾，印度，美国和中国是顶级国家。巴西，印度尼西亚，菲律宾，印度，美国和中国是顶级国家。在十年中，将农业土地上的全球树木覆盖量增加10％将超过18 pg c。南美的潜力最高，其次是东南亚，西部和中非以及北美。 此外，我们还提供了对山区可以提供的独特和重要贡献的农林业以及减少无法恢复的碳的压力的概述和分析。南美的潜力最高，其次是东南亚，西部和中非以及北美。此外，我们还提供了对山区可以提供的独特和重要贡献的农林业以及减少无法恢复的碳的压力的概述和分析。
肠道3凝胶：一种用于培养人肠道菌群nataliasuárezvargas 1 *的高吞吐量粘液模型，Miguel Antunes 1 *; JoãoSobral1，
图3。ABHD12序列的系统发育分析。 （a）代表来自860个生物的ABHD12序列的系统发育树。 外部彩色圆圈分别代表序列所属的类和门。 （b，c）pie-thart分析，代表来自（b）不同门的系统发育树的数据，以及（c）门神经元内的各种类别。 PIE-CHART上的数字表示该类别中的ABHD12序列的数量。 PIE-CHART分析表明，门丘塔氏菌包含大多数ABHD12序列，在类Aves，Actinopterygii和哺乳动物中具有主要分布。ABHD12序列的系统发育分析。（a）代表来自860个生物的ABHD12序列的系统发育树。外部彩色圆圈分别代表序列所属的类和门。（b，c）pie-thart分析，代表来自（b）不同门的系统发育树的数据，以及（c）门神经元内的各种类别。PIE-CHART上的数字表示该类别中的ABHD12序列的数量。PIE-CHART分析表明，门丘塔氏菌包含大多数ABHD12序列，在类Aves，Actinopterygii和哺乳动物中具有主要分布。
EPELX®血液培养鉴定面板的临床影响和成本结果分析，用于快速诊断血液感染：一项单中心随机对照试验
抽象目的评估临床影响并对可快速诊断血液感染的最广泛的多重PCR面板进行成本影响分析（BSI）。方法从2019年6月至2021年2月在法国大学医院进行的单中心，随机对照试验，其机构抗菌管理计划。主要终点是阳性和革兰氏染色后12小时的Opti量抗菌治疗患者的百分比是第一个阳性BC。结果，多重PCR（MPCR）组（90/105 = 85.7％，CI95％，CI95％[77.5; 91.8; 91.8] vs. 68/107 = 63.6％，CI95％，CI95％[53.7; 72.6]; P <10-3）在IMIM分析中，终等研究了309例的患者的。 对于未在基线时未经优化的患者，MPCR组获得优化疗法的中位时间比对照组（6.9 h，IQR [2.9; 17.8] vs. 26.4 H，IQR [3.4; 47.5]; P = 0.001）短得多。 早期优化抗生素疗法导致死亡率从12.4降低至8.8％（p = 0.306），其趋势的趋势是较短的住院时间较短（18 vs. 20天； P = 0.064），而平均每名患者平均成本降低了无数降低的趋势。 MPCR确定了88％样品中存在的所有细菌。 结论尽管实验室成本较高，但使用多重PCR用于BSI诊断会导致早期优化的治疗，但似乎具有成本效益，并且可以降低死亡率和住院时间。 如果24/7实施，可能会改善其影响。。对于未在基线时未经优化的患者，MPCR组获得优化疗法的中位时间比对照组（6.9 h，IQR [2.9; 17.8] vs. 26.4 H，IQR [3.4; 47.5]; P = 0.001）短得多。 早期优化抗生素疗法导致死亡率从12.4降低至8.8％（p = 0.306），其趋势的趋势是较短的住院时间较短（18 vs. 20天； P = 0.064），而平均每名患者平均成本降低了无数降低的趋势。 MPCR确定了88％样品中存在的所有细菌。 结论尽管实验室成本较高，但使用多重PCR用于BSI诊断会导致早期优化的治疗，但似乎具有成本效益，并且可以降低死亡率和住院时间。 如果24/7实施，可能会改善其影响。对于未在基线时未经优化的患者，MPCR组获得优化疗法的中位时间比对照组（6.9 h，IQR [2.9; 17.8] vs. 26.4 H，IQR [3.4; 47.5]; P = 0.001）短得多。早期优化抗生素疗法导致死亡率从12.4降低至8.8％（p = 0.306），其趋势的趋势是较短的住院时间较短（18 vs. 20天； P = 0.064），而平均每名患者平均成本降低了无数降低的趋势。MPCR确定了88％样品中存在的所有细菌。结论尽管实验室成本较高，但使用多重PCR用于BSI诊断会导致早期优化的治疗，但似乎具有成本效益，并且可以降低死亡率和住院时间。如果24/7实施，可能会改善其影响。
导航：阐明相邻的小序列变体对功能冲击预测的影响
一旦生成了合适的参考序列，通常会通过重新测试来评估种类内的变化。变体通话过程可以揭示菌株，加收，基因型或个体之间的所有差异。这些变体可以根据可用的结构注释（即基因模型）的功能含义来丰富它们的功能含义。尽管这些功能影响预测以每个变化的基础是准确的，但是一些具有挑战性的案例需要同时将多个PLE相邻变体纳入此预测过程。示例包括相邻的变体，这些变体会改变彼此的功能影响。在预测效果时，邻里感知的变体影响预测变量（NAVIP）考虑给定蛋白质编码序列中的所有变体。作为概念的证明，拟南芥加收哥伦比亚-0和Niederzenz-1之间的变体被注释。Navip可在GitHub（https://github.com/bpucker/navip）上免费获得，并可以通过Web服务器（https：// pbb-tools.de）访问。
使用唯一分子标识符从下一代测序中改进高分辨率拷贝数变化分析
摘要背景：最近，涉及致癌途径涉及的基因的拷贝数变化（CNV）引起了人们对管理疾病可疑性的越来越多的关注。CNV是肿瘤细胞基因组中最重要的体细胞像差之一。癌基因激活和肿瘤抑制基因失活通常归因于许多癌症类型和阶段的拷贝数增益/扩增或缺失。下一代测序方案的最新进展允许将唯一分子标识符（UMI）添加到每个读取中。每个靶向的DNA片段都用添加到测序引物中的独特随机核苷酸序列标记。umi通过使每个DNA分子在不同的读取群中使每个DNA分子与CNV检测特别有用。结果：在这里，我们提出了分子拷贝数改变（MCNA），这是一种新的甲基动态，允许使用UMI检测拷贝数变化。该算法由四个主要步骤组成：UMI计数矩阵的构建，使用控制样品构建伪参考，log-Ratios的计算，分割以及最后的统计推断异常分段断裂。我们证明了MCNA在患有弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的数据集上取得了成功，我们强调MCNA结果与比较基因组杂交具有很强的相关性。结论：我们提供了MCNA，这是一种新的CNV检测方法，可在https：// gitla b.com/pierr ejuli en.viail ly/mcNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA/MCNA许可下免费获得。MCNA可以通过使用UMI显着提高CNV变化的检测准确性。
DNA 修复环境与靶序列的相互作用可预测地导致 Cas9 产生的突变
CRISPR/Cas9 产生的双链断裂的致突变结果取决于切割两侧的序列和细胞 DNA 损伤修复。这些特征之间的相互作用在很大程度上尚未得到探索，这限制了我们理解和操纵结果的能力。在这里，我们测量了 18 个修复基因的缺失如何改变小鼠胚胎干细胞中 2,838 个合成靶序列中 Cas9 双链断裂产生的 83,680 个独特突变结果的频率。这项大规模调查使我们能够以无偏见的方式对结果进行分类，从而产生有关双链断裂修复新模式的假设。我们的数据表明，Prkdc（DNA-PKcs 蛋白）和 Polm（Polμ）在创建与 Cas9 切口近端核苷酸（相对于原间隔区相邻基序 (PAM)）相匹配的 1bp 插入方面发挥着特殊作用，Nbn（NBN）和 Polq（Polθ）在创建不同的删除结果方面发挥着不同的作用，并且存在一类独特的单向删除结果，这些结果既依赖于末端保护基因 Xrcc5（Ku80），也依赖于切除基因 Nbn（NBN）。我们利用修复环境中可重复变异的知识，建立了 Cas9 断裂诱变结果的预测模型，该模型优于当前标准。这项工作提高了我们对 DNA 修复基因功能的理解，并为更精确地调节 CRISPR/Cas9 产生的突变提供了途径。
研究人员发明利用 DNA 测序快速检测代谢物的方法
“我们需要测量代谢物，因为它们对我们的健康起着重要作用，但研究如此广泛的分子非常具有挑战性，”这项研究的第一作者、多伦多大学唐纳利细胞和生物分子研究中心的研究员 June Tan 说道。“到目前为止，质谱法一直是测量代谢物水平的黄金标准，但它不像 DNA 测序方法那样方便或快速。我们希望开发一种使用 DNA 测序检测代谢物的方法，以利用这种令人难以置信的测序能力。”