XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemseque
宏基因组二代测序在传染病诊断中的应用
宏基因组新一代测序 (mNGS) 是诊断传染病的一种变革性方法，它利用无偏高通量测序直接检测和表征临床样本中的微生物基因组。本综述全面概述了 mNGS 技术的基本原理、测序工作流程和平台。该方法的骨干包括对从不同样本类型中提取的总核酸进行散弹枪测序，能够在不了解传染源的情况下同时检测细菌、病毒、真菌和寄生虫。mNGS 的主要优势包括它能够识别稀有、新型或不可培养的病原体，与传统的基于培养的方法相比，可以更全面地了解微生物群落。尽管有这些优势，但数据分析复杂性、高成本以及需要优化样品制备方案等挑战仍然是重大障碍。mNGS 在各种全身性感染中的应用凸显了其临床实用性。本综述中讨论的案例研究说明了其在诊断呼吸道感染、血流感染、中枢神经系统感染、胃肠道感染等疾病方面的功效。通过快速识别病原体及其基因组特征，mNGS 有助于及时和有针对性的治疗干预，从而改善患者的治疗结果和感染控制措施。展望未来，mNGS 在传染病诊断领域的前景看好。生物信息学工具和测序技术的进步有望简化数据分析、提高灵敏度和特异性并缩短周转时间。与临床决策支持系统的集成有望进一步优化 mNGS 在常规临床实践中的利用。总之，mNGS 代表了传染病诊断领域的范式转变，为微生物多样性和发病机制提供了无与伦比的见解。尽管挑战依然存在，但持续的技术进步具有巨大的潜力，可以巩固 mNGS 作为现代医学武器库中的关键工具的地位，使临床医生能够精确、快速、全面地检测病原体。
髓样细胞中受过训练的免疫力的原因和后果
通常，人类的免疫力已被归类为先天和适应性，只有后一种针对特定的抗原或病原体具有免疫记忆/召回反应。最近，一个新的受过训练免疫的概念（又称天生的内存响应）已出现。根据这个概念，在用抗原/病原体刺激后，先天免疫细胞可以表现出对随后挑战的反应性。因此，受过训练的免疫使先天免疫细胞通过暴露或重新暴露于抗原/感染或疫苗的暴露或重新暴露，从而对无关病原体或降低感染严重程度产生增强的抵抗力。例如，接受BCG接种以预防结核病的个体也受到疟疾和SARS-COV-2感染的保护。表观遗传修饰，例如组蛋白乙酰化和代谢重编程（例如向糖酵解的转移）及其相互联系的法规是训练有素细胞免疫激活的关键因素。综合的代谢和表观遗传重新布线会产生舒适的代谢中间体，这对于满足训练有素的细胞产生促进性和抗菌反应所需的能量需求至关重要。这些因素还决定了受过训练的免疫力的效率和耐用性。重要的是，可以利用受过训练的免疫力的信号传导途径和调节分子作为开发新型干预策略的潜在靶标，例如针对感染性（例如，败血症）和非感染性（例如癌症）疾病的疫苗和免疫疗法。然而，由于受过训练的免疫力的不适当发作引起的异常炎症会导致严重的自身免疫性病理后果（例如，全身性硬化症和肉芽肿病）。在这篇综述中，我们概述了传统的先天和适应性免疫，并总结了与训练有素的免疫的发作和调节相关的各种机械因素，重点是髓样细胞的免疫，代谢和表观遗传变化。本综述强调了训练有素的免疫学中免疫学的变革潜力，为为各种传染病和非感染性疾病开发新的治疗策略铺平了道路，这些疾病利用了先天的免疫记忆。
蛋白质结构在遗传控制下；' - 3然而，DNAT影响PR
蛋白质结构处于遗传控制之下；' - 3然而，DNAT影响蛋白质中特定氨基酸序列的形成的确切机制尚不清楚。几年前，发现具有某些有毒的噬菌体的大肠杆菌感染诱导了具有高代谢率的RNA馏分的形成，既具有高代谢率率，又是与感染病毒的DNA相对应的基础成分。4-6在非注射细胞中的存在中，也证明了无源性RNA成分的存在。然而，在这种情况下，RNA的基础组成类似于细胞DNA的基础组成。78这些观察结果集中在这种类型的RNA在蛋白质合成中的可能作用上，并且最近已经概述了与这种观点一致的某些证据。直到最近，最近还没有已知的DNA酶机制用于DNA指定的RNA的DNA酶机制。多核苷酸磷酸化酶'°11虽然催化了多吡丁而生核苷酸的合成，但本身并不能提供具有特定核苷酸序列的RNA的机制。产生独特的核苷酸序列的一个实例涉及核苷酸仅限于预先存在的多核苷酸链的结束。12-14因此，我们的努力是针对检查RNA合成的替代机制，尤其是DNA可能决定RNA的核苷酸序列的机制。实验过程。物质：未标记的核糖核苷二磷酸和三磷酸盐购自Sigma Biochemical Corporation和加利福尼亚州的生物化学研究公司。在本文中，我们希望报告来自大肠杆菌的RNA聚合酶的分离和某些特性，在DNA和四个天然存在的核糖核苷三磷酸中，它会产生与DNA的碱基成分相互补充的RNA。在过去的一年中，几个实验室报告了类似的发现，并从细菌以及动植物来源的酶制剂中进行了类似的发现。15-24在以下论文中，酶促合成的RNA对大肠杆菌核糖体在蛋白质核糖体中掺入氨基酸的速率和程度对蛋白质的蛋白质的影响。8-C14标签的ATP购自Schwartz生化公司； the other, uniformlv labeled, C14 ribonucleoside triphosphates were prepared enzymatically from the corresponding monophosphate derivatives25 isolated from the RNA of Chromatium grown on C1402 as sole carbon source.26 CTP labeled with p32 in the ester phosphate was obtained by enzymatic phosphorylation of CMP"2 prepared according to Hurwitz.27 The通过Lehman等人的过程获得了脱氧核苷三磷酸。25小牛胸腺和鲑鱼精子DNA通过Kay等人的方法分离。28DNA来自Perolocter Aerogenes Aerogenes Aerogenes，phlei和phlei phlei和细菌T5，T5，T5，T5，T5，T5，T5的phage。如前所述制备了来自大肠杆菌的未标记和p32标记的DNA。根据Schachman等人的32和Radding等人，制备了3'D-AT和D-GC聚体，“ 3”，“ 3，” 3。从枯草芽孢杆菌34的trans形成DNA是E. W. Nester的礼物，DNA来自噬菌体0x
fMRI的多次采集序列：继续谨慎
fMRI的多功能或同时多层采集序列在过去十年中变得流行，部分原因是在大规模研究中采取的方法的影响，例如人类Connectome Project。但是，将这种高度加速的高分辨率序列应用于较小规模的项目可能存在明显的缺点，这在信号与噪声比，可靠性和实验能力方面存在很大的缺点。尤其是，使用较小的体素，较短的重复时间和高水平的多次加速度可能会对信号对噪声，图像伪像和腹侧脑区域的信号脱落产生强烈的负面影响。多功能序列可以是有价值的工具，尤其是对于专业应用程序，但应明智地应用于较小规模的研究，重点关注特定项目的端点，并在适当的测试和试点工作之后。
基于椰子的农业生态系统用于碳螯合
摘要椰子（Cocos nucifera L.）是一种多年生作物，可提供主食，并在许多发展中国家用作经济作物。其生产主要受气候，土壤和疾病的影响。温室气体（GHG）排放构成的威胁，尤其是负责全球变暖和气候变化的二氧化碳（CO 2），呼吁迫切需要减轻气候变化，通过探索环境友好的方式来隔离气氛。椰子养殖及其农业生态系统是可以通过固存存储CO 2的方法之一，并有助于减少大气中存在的CO 2的当前增加。尽管椰子种植园具有与热带森林相似的特征和功能，但它的能力比热带森林更好。除了椰子种植还改善了农民的收入和生计外，这对于利用基于椰子的农业生态系统的潜力来碳固存，以及碳交易所需的投资机会，以及帮助气候变化适应和缓解计划所需的投资机会。
集成分析工具将空间RNA测序转变为成像师
新的计算工具，具有伪单细胞分辨率组织学（Spotiphy）的现场成像仪，采用机器学习算法来显着改善常规的空间转录组技术。这些技术着眼于捕获基因表达的网格上的预定义的“斑点”。这些本质上是在整个组织段中形成最终基因表达图像的像素。每个位置通常包含多个，通常是异质的细胞，使它们难以分类和分析单个细胞。
Illumina如何设计基因序列
证明是在Poka-Yoke中：客户反馈在Miseq I100系列中工作的每个设计团队的潜在客户都为最终产品感到自豪，尤其是当他们听到其第一批客户的轶事有关他们喜欢的新功能时。“回头看研究并说，‘是的，我们将其确定为差异化的战略领域，” Settipani说。“这是一个很好的例子，说明，如果您尽早参与客户，您有时间嵌入这些想法，测试它们，并确保我们正在开发一种将受到好评的产品。”
![arxiv：2503.07948v1 [cond-mat.supr-con] 2025年3月11日](/simg/b/b7fe77e862d2a74130d1e2e51748d475ab242687.webp)
arxiv：2503.07948v1 [cond-mat.supr-con] 2025年3月11日
顺式调节元件（CRE），例如启动子和增强子，是直接调节基因表达的相对较短的DNA序列。CRE的适应性，通过其调节基因表达的能力来衡量，高度取决于Nu-Cleotide序列，尤其是特定的基序被称为转录因子结合位点（TFBSS）。设计高素质CRE对于治疗和生物工程应用至关重要。当前的CRE设计方法受两个主要缺点的限制：（1）他们通常依靠迭代优化策略来修改现有序列并易于局部Optima，并且（2）他们缺乏序列优化的生物学先验知识的指导。在此过程中，我们通过提出一种生成方法来解决这些局限性，该方法杠杆化的增强学习（RL）以微调预先训练的自动回旋（AR）模型。我们的方法通过得出基于综合推理的奖励来模拟激活剂TFBS并去除阻遏物TFBS，从而结合了数据驱动的生物学先验，然后将其集成到RL过程中。我们在两个酵母媒体条件下的启动子设计任务和三种人类细胞类型的增强剂设计任务中评估了我们的方法，这表明了其产生高素质CRE的能力，同时保持序列多样性。该代码可在https://github.com/yangzhao1230/taco上找到。
使用加固学习的调节DNA序列设计
顺式调节元件（CRE），例如启动子和增强子，是直接调节基因表达的相对较短的DNA序列。CRE的适应性，通过其调节基因表达的能力来衡量，高度取决于Nu-Cleotide序列，尤其是特定的基序被称为转录因子结合位点（TFBSS）。设计高素质CRE对于治疗和生物工程应用至关重要。当前的CRE设计方法受两个主要缺点的限制：（1）他们通常依靠迭代优化策略来修改现有序列并易于局部Optima，并且（2）他们缺乏序列优化的生物学先验知识的指导。在此过程中，我们通过提出一种生成方法来解决这些局限性，该方法杠杆化的增强学习（RL）以微调预先训练的自动回旋（AR）模型。我们的方法通过得出基于综合推理的奖励来模拟激活剂TFBS并去除阻遏物TFBS，从而结合了数据驱动的生物学先验，然后将其集成到RL过程中。我们在两个酵母媒体条件下的启动子设计任务和三种人类细胞类型的增强剂设计任务中评估了我们的方法，这表明了其产生高素质CRE的能力，同时保持序列多样性。该代码可在https://github.com/yangzhao1230/taco上找到。
有史以来最大的DNA测序数据集提供了英国儿童发展研究
“ MRC的资金是我们在理解疾病驱动因素的整体投资的一部分，以实现预防和个性化治疗，并最大化现有的基础设施以确保实际价值。这项工作与MRC和ESRC的新的令人兴奋的国家资源完全吻合，英国人口研究，这一切都涉及协调和利用英国同伙。” Richard Evans博士说。