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青少年和年轻人的皮质回旋和睡眠之间的关联
抽象序列特异性的DNA结合蛋白（DBP）在生物学和生物技术中起关键作用，并且对具有基因组编辑和其他应用的新特异性的DBP的工程引起了极大的兴趣。尽管使用选择方法对自然发生的DBP进行重新编程，但识别任意目标位点的新DBP的计算设计仍然是一个杰出的挑战。我们描述了一种用于设计小型DBP的计算方法，该方法通过与主要凹槽中的碱基相互作用识别特定目标序列，并将这种方法与实验筛选结合使用，以生成5个不同DNA靶标的粘合剂。这些粘合剂表现出特异性，与目标DNA序列的计算模型紧密匹配，在多达6个基础位置和低至30 - 100 nm的亲和力下。设计的DBP-TARGET站点复合物的晶体结构与设计模型密切一致，突出了设计方法的准确性。设计的DBP在大肠杆菌和哺乳动物细胞中的功能都抑制和激活相邻基因的转录。我们的方法是迈向通往小型途径的重要步骤，因此很容易用于基因调节和编辑的可交付序列特异性DBP。
对于抗体序列生成建模，混合模型可能是您需要的
抽象的抗体治疗候选者不仅必须与其目标表现出紧密的结合，而且还必须表现出良好的发展性能，尤其是免疫原性的风险。在这项工作中，我们将一种简单的生成型Sam拟合到600万人重和七千万人类轻型连锁店。我们表明，由模型计算出的序列的概率与其他物种在各种基准数据集上与其他模型中的任何其他模型相同或更高的精度区分了具有相同或更高准确性的序列，比文献中的任何其他模型都超过了大型语言模型（LLMS）。SAM可以人性化序列，生成新的序列和人类的得分序列。它既快速又完全可解释。我们的结果强调了使用简单模型作为蛋白质工程任务的基准的重要性。我们还引入了一种用于编号抗体序列的新工具，该工具比文献中现有工具更快。这两个工具均可在https://github.com/wang-lab-ucsd/antpack上获得。
胰腺癌胰腺癌的特异性基因组改变
标题：1次诊断为遗传性眼部疾病的患者的次要发现对二次发现的诊断影响3 4跑步头：5个遗传性眼部疾病患者中的癌症基因6 7作者：8 Setu P. Mehta 1，Bani Antonio Antonio Aguirre 2，Bani antonio Aguirre 2，Wendy Y. N. Guthrie 4，Christy H. Smith 4，Jefferson J.10 Doyle 3,4，Mandeep S. Singh 3,4 11 12隶属关系：13 1。 约翰·霍普金斯大学医学院，巴尔的摩，马里兰州14 2。 杜克眼中中心，达勒姆，北卡罗来纳州15 3。 威尔默眼科研究所，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩，马里兰州16 4。 McKusick-Nathans遗传医学系，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩17号287-8343 25 26利益冲突：27没有作者没有任何相关的利益冲突。 28 29关键字：30个Stargardt疾病，视网膜基因疗法，色素性视网膜炎，蓝色锥单色单色，31个癌症，知情同意，遗传测序32 33承认34 a。资金/支持：基金会战斗CD-RM-0918-0749-JHU 35（MSS），约瑟夫·阿尔伯特·赫基米亚基金会1706611301（MSS），Andreas C. 36 Dracopoulos教授（MSS），Dracopoulos-Finkelstein Rising Professip 37（JJD）38 b。 财务披露：无39 c。其他致谢：无4010 Doyle 3,4，Mandeep S. Singh 3,4 11 12隶属关系：13 1。约翰·霍普金斯大学医学院，巴尔的摩，马里兰州14 2。杜克眼中中心，达勒姆，北卡罗来纳州15 3。威尔默眼科研究所，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩，马里兰州16 4。McKusick-Nathans遗传医学系，约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩17号287-8343 25 26利益冲突：27没有作者没有任何相关的利益冲突。28 29关键字：30个Stargardt疾病，视网膜基因疗法，色素性视网膜炎，蓝色锥单色单色，31个癌症，知情同意，遗传测序32 33承认34 a。资金/支持：基金会战斗CD-RM-0918-0749-JHU 35（MSS），约瑟夫·阿尔伯特·赫基米亚基金会1706611301（MSS），Andreas C. 36 Dracopoulos教授（MSS），Dracopoulos-Finkelstein Rising Professip 37（JJD）38 b。财务披露：无39 c。其他致谢：无40
Montseny Horsehair Worm的基因组序列，Gordionus Montsenyensis sp。 Nov。，研究Ecdysozoa Evolution
nematomorpha，也称为Gordiacea或Gordian Worms，是属于Ecdysozoa的寄生生物的门，这是一种以摩尔为特征的无脊椎动物动物的进化枝（Aguinaldo等人（Aguinaldo等人）1997）。 名称“ Gordian”是从传奇的Gordian结中得出的，因为线虫通常会将自己交织成类似于结的紧凑球。 这些动物的长度最高为1 m，直径范围为1至3毫米。 大约有360种描述的马毛蠕虫物种，但由于这是最研究的动物门之一，因此它们的真实多样性在物种数量方面可能更大（Schmidt-Rhaesa 2013）。 在门内存在两个类别，一个海洋（nectonematida）和另一个淡水（Gordiida）（Schmidt-Rhaesa 2013）。 马毛蠕虫通常在潮湿的环境中发现，例如浇水槽，游泳池，溪流或水坑。 虽然成年蠕虫可以自由生活在淡水或海洋环境中，但幼虫是寄生虫，并且依赖于包括甲虫，蟑螂，甲壳虫，正骨和甲壳动物在内的节肢动物。 宿主必须与水接触才能使成年人从体腔中出现（Hanelt and Janovy 2003）。 寄生虫可能会改变宿主的行为，并增加其在水中最终的机会，成年人离开宿主的身体（Thomas等人） 2002）。 个体的性别和某些字符可以通过简单的光学识别，但是特定的确定需要扫描电子显微镜成像。1997）。名称“ Gordian”是从传奇的Gordian结中得出的，因为线虫通常会将自己交织成类似于结的紧凑球。这些动物的长度最高为1 m，直径范围为1至3毫米。大约有360种描述的马毛蠕虫物种，但由于这是最研究的动物门之一，因此它们的真实多样性在物种数量方面可能更大（Schmidt-Rhaesa 2013）。在门内存在两个类别，一个海洋（nectonematida）和另一个淡水（Gordiida）（Schmidt-Rhaesa 2013）。马毛蠕虫通常在潮湿的环境中发现，例如浇水槽，游泳池，溪流或水坑。虽然成年蠕虫可以自由生活在淡水或海洋环境中，但幼虫是寄生虫，并且依赖于包括甲虫，蟑螂，甲壳虫，正骨和甲壳动物在内的节肢动物。宿主必须与水接触才能使成年人从体腔中出现（Hanelt and Janovy 2003）。寄生虫可能会改变宿主的行为，并增加其在水中最终的机会，成年人离开宿主的身体（Thomas等人2002）。 个体的性别和某些字符可以通过简单的光学识别，但是特定的确定需要扫描电子显微镜成像。2002）。个体的性别和某些字符可以通过简单的光学识别，但是特定的确定需要扫描电子显微镜成像。正如预期的那样，鉴于其寄生生活方式（Hanelt，Thomas和Schmidt -Rhaesa 2005），线虫形态的特征是一系列形态学特殊性，例如失去循环系统，排泄和消化系统（例如，成人已经失去了嘴巴，不喂食 - 他们只是喂养）。对鉴定重要的结构是男性后端的细角结构和表皮结构（Hanelt，Thomas和Schmidt-Rhaesa 2005）。
基于基因组序列的全基因组序列分析躁郁症和精神分裂症
基于基因组序列的躁郁症和精神分裂症的基于基因组序列的关联分析1,2,41，Sarah A. Gagliano Taliun 3,4,5,6,41,42，Kevin Liao 3,7，Matthew Flickinger 3，Janet L.
在多种细胞和疾病状态中基因表达的解码序列决定因素
序列功能模型可预测基因组DNA序列的基因表达，已证明对许多生物学任务有价值，包括了解顺式调节语法和解释非编码遗传变异。然而，当前的最新模型已在很大程度上接受了来自健康组织或细胞系的散装表达谱的培训，并且还没有学会在大型单细胞转录组数据集中捕获的精确细胞类型和状态的特性。因此，他们缺乏在各种组织和疾病环境中的特定细胞类型或状态下执行这些任务的能力。为了解决这一差距，我们提出了Decima，该模型可以从其周围的DNA序列中预测基因的细胞类型和条件 - 特异性表达。decima在超过2200万个细胞的单细胞或单核RNA测序数据上进行了训练，并成功地基于其序列成功预测了看不见基因的细胞类型特异性表达。在这里，我们证明了Decima揭示驱动细胞类型特异性基因表达的顺式调节机制及其在疾病中的变化，以预测细胞类型分辨率下的非编码变异效应，并使用精确调谐的，情境特异性功能设计调节性DNA元件。
grelu：DNA序列建模和设计的综合框架
深度学习模型越来越多地用于在DNA序列上执行各种任务，例如预测组织和细胞类型特异性序列活性，得出顺式调节规则，预测非编码变异效应以及设计合成调节序列。但是，这些模型需要专门的知识来正确构建，训练和解释。此外，由于模型和不同组构建的软件之间缺乏互操作性，该领域受到了阻碍。在这里，我们提出了Grelu，这是一个综合的软件框架，使用户可以轻松地执行高级序列建模管道，包括数据预处理，模型培训，超参数调整，评估，解释，解释，变体效应预测和新型调节元素的设计。该软件伴随着一个模型动物园，其中包含可以轻松下载，应用和微调的最先进的预培训模型。该框架和资源将在DNA序列建模领域加速研究，并实现合成调节元件的有效设计。
世纪尺度的碳固换通量整个海洋由生物泵
海洋生物地球运动员组碳固隔机制中的碳泵。最初创建了这一问题，目的是解释在全球海洋45中观察到的DIC浓度增加，因此没有考虑有机碳在沉积物中的储存。后来将碳泵应用于海洋碳固换，在这种情况下，其定义包括有机碳转运到海洋内部，可能是沉积物。的确，IPCC 7对海洋碳泵的定义如下：溶解度泵是“一种物理化学过程，将溶解的无机碳从海面传递到其内部[…]的内部[...]驱动，主要由二氧化碳的溶解度驱动（CO 2）[CO 2）[…]和大型，热量，热氢键模式的海洋循环”;碳酸盐泵由“碳酸盐的生物形成，主要是由浮游生物产生的生物矿物质颗粒，这些颗粒沉入海洋内部，可能是沉积物[…]伴随着CO 2释放到周围的水，后来又释放到了大气中”；这是本研究的重点，生物碳泵将POC和DOC运送到“海洋内部，可能是沉积物”。
标题是大理石小蛾的基因组序列oligia strigilis（Linnaeus，1758）
背景寡核心（大理石小核心）是英国非常相似的寡寡头物种的三人之一。应安全地识别O. strigilis，O。Latruncula或O. versicolor，应检查生殖器。大理石小的小趋势尤其是用白色和棕色/黑色标记的，但与其他物种的外观有很多重叠，而在这三种物种中均经常出现黑色素形式。雄性生殖器是独特的，在O. strigilis中具有长而薄的竖琴（或“ clasper”），而女性则由bursae和antrum的尖锐的交界处鉴定出来（参见Townsend等人，2010年）。基因组组装来自雄性，并通过生殖器检查以及通过DNA条形码确认了鉴定。南（南部，1907年），在他对英国飞蛾的影响力很大（Grb在开始捕获时，它在开始捕获时很广泛，尽管他还不太老），将这三个物种视为一个物种，大理石大小，并且它们经常被混合在一起以录制，作为一种物种，是一种物种。南（南部，1907年），在他对英国飞蛾的影响力很大（Grb在开始捕获时，它在开始捕获时很广泛，尽管他还不太老），将这三个物种视为一个物种，大理石大小，并且它们经常被混合在一起以录制，作为一种物种，是一种物种。
标题：肠道菌群脑瘤诱导的肠道菌群失调调节1
体细胞变体检测是癌症基因组学分析的组成部分。尽管大多数方法都集中在短阅读测序上，但长阅读技术现在在重复映射和变体相位方面具有潜在的优势。我们提出了一种深度学习方法，一种深度学习方法，用于从短读和长阅读数据中检测体细胞SNV，插入和缺失（indels），具有用于全基因组和外显子组测序的模式，并且能够以肿瘤正常，唯一的肿瘤正常，ffpe pppe的样本进行运行。为了帮助解决公共可用培训的缺乏和基准测试数据以进行体细胞变体检测，我们生成并公开提供了一个与Illumina，Pacbio Hifi和Oxford Nanopore Technologies的五个匹配的肿瘤正常细胞线对的数据集，以及基准的变体。在样本和技术（短读和长阅读）中，深度态度始终优于现有呼叫者，特别是对于Indels而言。