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青少年和年轻人的皮质回旋和睡眠之间的关联
抽象序列特异性的DNA结合蛋白（DBP）在生物学和生物技术中起关键作用，并且对具有基因组编辑和其他应用的新特异性的DBP的工程引起了极大的兴趣。尽管使用选择方法对自然发生的DBP进行重新编程，但识别任意目标位点的新DBP的计算设计仍然是一个杰出的挑战。我们描述了一种用于设计小型DBP的计算方法，该方法通过与主要凹槽中的碱基相互作用识别特定目标序列，并将这种方法与实验筛选结合使用，以生成5个不同DNA靶标的粘合剂。这些粘合剂表现出特异性，与目标DNA序列的计算模型紧密匹配，在多达6个基础位置和低至30 - 100 nm的亲和力下。设计的DBP-TARGET站点复合物的晶体结构与设计模型密切一致，突出了设计方法的准确性。设计的DBP在大肠杆菌和哺乳动物细胞中的功能都抑制和激活相邻基因的转录。我们的方法是迈向通往小型途径的重要步骤，因此很容易用于基因调节和编辑的可交付序列特异性DBP。
对于抗体序列生成建模，混合模型可能是您需要的
抽象的抗体治疗候选者不仅必须与其目标表现出紧密的结合，而且还必须表现出良好的发展性能，尤其是免疫原性的风险。在这项工作中，我们将一种简单的生成型Sam拟合到600万人重和七千万人类轻型连锁店。我们表明，由模型计算出的序列的概率与其他物种在各种基准数据集上与其他模型中的任何其他模型相同或更高的精度区分了具有相同或更高准确性的序列，比文献中的任何其他模型都超过了大型语言模型（LLMS）。SAM可以人性化序列，生成新的序列和人类的得分序列。它既快速又完全可解释。我们的结果强调了使用简单模型作为蛋白质工程任务的基准的重要性。我们还引入了一种用于编号抗体序列的新工具，该工具比文献中现有工具更快。这两个工具均可在https://github.com/wang-lab-ucsd/antpack上获得。
Montseny Horsehair Worm的基因组序列，Gordionus Montsenyensis sp。 Nov。，研究Ecdysozoa Evolution
nematomorpha，也称为Gordiacea或Gordian Worms，是属于Ecdysozoa的寄生生物的门，这是一种以摩尔为特征的无脊椎动物动物的进化枝（Aguinaldo等人（Aguinaldo等人）1997）。 名称“ Gordian”是从传奇的Gordian结中得出的，因为线虫通常会将自己交织成类似于结的紧凑球。 这些动物的长度最高为1 m，直径范围为1至3毫米。 大约有360种描述的马毛蠕虫物种，但由于这是最研究的动物门之一，因此它们的真实多样性在物种数量方面可能更大（Schmidt-Rhaesa 2013）。 在门内存在两个类别，一个海洋（nectonematida）和另一个淡水（Gordiida）（Schmidt-Rhaesa 2013）。 马毛蠕虫通常在潮湿的环境中发现，例如浇水槽，游泳池，溪流或水坑。 虽然成年蠕虫可以自由生活在淡水或海洋环境中，但幼虫是寄生虫，并且依赖于包括甲虫，蟑螂，甲壳虫，正骨和甲壳动物在内的节肢动物。 宿主必须与水接触才能使成年人从体腔中出现（Hanelt and Janovy 2003）。 寄生虫可能会改变宿主的行为，并增加其在水中最终的机会，成年人离开宿主的身体（Thomas等人） 2002）。 个体的性别和某些字符可以通过简单的光学识别，但是特定的确定需要扫描电子显微镜成像。1997）。名称“ Gordian”是从传奇的Gordian结中得出的，因为线虫通常会将自己交织成类似于结的紧凑球。这些动物的长度最高为1 m，直径范围为1至3毫米。大约有360种描述的马毛蠕虫物种，但由于这是最研究的动物门之一，因此它们的真实多样性在物种数量方面可能更大（Schmidt-Rhaesa 2013）。在门内存在两个类别，一个海洋（nectonematida）和另一个淡水（Gordiida）（Schmidt-Rhaesa 2013）。马毛蠕虫通常在潮湿的环境中发现，例如浇水槽，游泳池，溪流或水坑。虽然成年蠕虫可以自由生活在淡水或海洋环境中，但幼虫是寄生虫，并且依赖于包括甲虫，蟑螂，甲壳虫，正骨和甲壳动物在内的节肢动物。宿主必须与水接触才能使成年人从体腔中出现（Hanelt and Janovy 2003）。寄生虫可能会改变宿主的行为，并增加其在水中最终的机会，成年人离开宿主的身体（Thomas等人2002）。 个体的性别和某些字符可以通过简单的光学识别，但是特定的确定需要扫描电子显微镜成像。2002）。个体的性别和某些字符可以通过简单的光学识别，但是特定的确定需要扫描电子显微镜成像。正如预期的那样，鉴于其寄生生活方式（Hanelt，Thomas和Schmidt -Rhaesa 2005），线虫形态的特征是一系列形态学特殊性，例如失去循环系统，排泄和消化系统（例如，成人已经失去了嘴巴，不喂食 - 他们只是喂养）。对鉴定重要的结构是男性后端的细角结构和表皮结构（Hanelt，Thomas和Schmidt-Rhaesa 2005）。
基于基因组序列的全基因组序列分析躁郁症和精神分裂症
基于基因组序列的躁郁症和精神分裂症的基于基因组序列的关联分析1,2,41，Sarah A. Gagliano Taliun 3,4,5,6,41,42，Kevin Liao 3,7，Matthew Flickinger 3，Janet L.
在多种细胞和疾病状态中基因表达的解码序列决定因素
序列功能模型可预测基因组DNA序列的基因表达，已证明对许多生物学任务有价值，包括了解顺式调节语法和解释非编码遗传变异。然而，当前的最新模型已在很大程度上接受了来自健康组织或细胞系的散装表达谱的培训，并且还没有学会在大型单细胞转录组数据集中捕获的精确细胞类型和状态的特性。因此，他们缺乏在各种组织和疾病环境中的特定细胞类型或状态下执行这些任务的能力。为了解决这一差距，我们提出了Decima，该模型可以从其周围的DNA序列中预测基因的细胞类型和条件 - 特异性表达。decima在超过2200万个细胞的单细胞或单核RNA测序数据上进行了训练，并成功地基于其序列成功预测了看不见基因的细胞类型特异性表达。在这里，我们证明了Decima揭示驱动细胞类型特异性基因表达的顺式调节机制及其在疾病中的变化，以预测细胞类型分辨率下的非编码变异效应，并使用精确调谐的，情境特异性功能设计调节性DNA元件。
grelu：DNA序列建模和设计的综合框架
深度学习模型越来越多地用于在DNA序列上执行各种任务，例如预测组织和细胞类型特异性序列活性，得出顺式调节规则，预测非编码变异效应以及设计合成调节序列。但是，这些模型需要专门的知识来正确构建，训练和解释。此外，由于模型和不同组构建的软件之间缺乏互操作性，该领域受到了阻碍。在这里，我们提出了Grelu，这是一个综合的软件框架，使用户可以轻松地执行高级序列建模管道，包括数据预处理，模型培训，超参数调整，评估，解释，解释，变体效应预测和新型调节元素的设计。该软件伴随着一个模型动物园，其中包含可以轻松下载，应用和微调的最先进的预培训模型。该框架和资源将在DNA序列建模领域加速研究，并实现合成调节元件的有效设计。
标题是大理石小蛾的基因组序列oligia strigilis（Linnaeus，1758）
背景寡核心（大理石小核心）是英国非常相似的寡寡头物种的三人之一。应安全地识别O. strigilis，O。Latruncula或O. versicolor，应检查生殖器。大理石小的小趋势尤其是用白色和棕色/黑色标记的，但与其他物种的外观有很多重叠，而在这三种物种中均经常出现黑色素形式。雄性生殖器是独特的，在O. strigilis中具有长而薄的竖琴（或“ clasper”），而女性则由bursae和antrum的尖锐的交界处鉴定出来（参见Townsend等人，2010年）。基因组组装来自雄性，并通过生殖器检查以及通过DNA条形码确认了鉴定。南（南部，1907年），在他对英国飞蛾的影响力很大（Grb在开始捕获时，它在开始捕获时很广泛，尽管他还不太老），将这三个物种视为一个物种，大理石大小，并且它们经常被混合在一起以录制，作为一种物种，是一种物种。南（南部，1907年），在他对英国飞蛾的影响力很大（Grb在开始捕获时，它在开始捕获时很广泛，尽管他还不太老），将这三个物种视为一个物种，大理石大小，并且它们经常被混合在一起以录制，作为一种物种，是一种物种。
观赏植物的基因组序列digitalis purpurea揭示了花颜色和形态变化的分子基础
digitalis purpurea（foxglove）是一种广泛分布的装饰植物，也是生物医学复合地高辛的生产商。在这里，我们提出了一个长期读取测序的基于测序的基因组序列，该基因组序列和基因模型的相应预测。高组装连续性由4.3 Mbp的N50表示，并且发现约96％的完整BUSCO基因支持完整性。这种基因组资源为对D. purpurea的花色素沉着的深入研究铺平了道路。鉴定了花色苷生物合成的结构基因和相应的转录调节剂。 红色和白色开花植物的比较显示，白色开花植物中花青素合酶基因的插入很大，很可能使该基因具有非功能性，并且可以解释花青素色素沉着的丧失。 此外，花青素生物合成激活剂MYB5在白色开花植物中显示了18 bp的缺失，导致蛋白质中6种氨基酸损失。 此外，我们发现在DPTFL1/CEN基因中插入大量插入，负责大末端花的发展。鉴定了花色苷生物合成的结构基因和相应的转录调节剂。红色和白色开花植物的比较显示，白色开花植物中花青素合酶基因的插入很大，很可能使该基因具有非功能性，并且可以解释花青素色素沉着的丧失。此外，花青素生物合成激活剂MYB5在白色开花植物中显示了18 bp的缺失，导致蛋白质中6种氨基酸损失。此外，我们发现在DPTFL1/CEN基因中插入大量插入，负责大末端花的发展。
炎症是药物代谢酶和转运蛋白的主要调节剂：药物治疗个性化的后果
françoisestanke-labesque，elodie gautier-vevenret，斯蒂芬妮·乔恩（Stephanie Chhun），罗曼·吉尔豪穆（Romain Guilhaumou）。燃料是药物代谢酶和转运蛋白的主要调节剂：药物治疗个性化的后果。药理学和治疗学，2020，215，pp.107627。10.1016/j.pharmthera.2020.107627。hal-03598618
通过注意力预测蛋白质序列的酶促功能
结果：我们表明，我们的Enzbert Transformer模型通过蛋白质语言模型的专业化而受过训练，可预测酶佣金（EC）数量，仅基于序列而优于单功能酶类预测的最先进的工具。在EC40基准上的第二级预测EC数量的预测中，精度从84％提高到95％。为了评估第四级的预测质量，这是最详细的EC数字，我们构建了两个新的基于时间的基准测试，以与最先进的方法ECPRED和DEEPEC进行比较：Macro-F1分别从41％提高到54％，从20％提高到20％。最后，我们还表明，使用一个简单的注意力图与EC预测任务上的其他经典性方法相当，或者比其他经典性方法更好。更具体地，注意图鉴定出的重要残基倾向于对应于已知的催化位点。量化，我们报告的最高F-GEAIN评分为96.05％，而经典的可解释性方法最多达到91.44％。