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Legendplex Mouse IL-12 P70捕获珠A8，13X
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AlexaFluor®488抗HISTONE H3 PHOSHO（SER10）抗体
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埃塞俄比亚腹泻儿童及其暴露环境中弯曲杆菌种群的出现和多样性
弯曲杆菌是一种主要的人畜共患食源性病原体，对公共卫生构成重大威胁，尤其是对儿童和免疫功能低下人群。然而，关于埃塞俄比亚弯曲杆菌感染发生和来源的数据仍然很少。本研究使用全基因组测序评估了腹泻儿童弯曲杆菌的发生、多样性和与潜在暴露源之间的关系。通过基于病例的追踪，在 2021 年 11 月至 2023 年 1 月期间从哈拉尔镇和克尔萨区收集了动物、食物和环境样本。使用选择性培养基鉴定弯曲杆菌，并使用 Illumina NextSeq 550 仪器提取和测序 DNA。使用生物信息学工具分析序列读数。暴露源中弯曲杆菌的总体患病率为 5.5%，其中城市为 6.0%，农村为 5.0%。家庭样本中检测到弯曲杆菌的可能性比市场样本高 1.8 倍（8.7%；OR = 1.8；95% CI：0.7–4.5）。食品中弯曲杆菌的出现率为 4.2%，肉类、奶类和其他食品类别之间没有显著差异。与猪相比，有家禽时环境中被弯曲杆菌污染的可能性高 5.8 倍（17.7%；OR = 5.8；CI：1.1–30.6）。序列分析发现弯曲杆菌属多样性较低，仅包含空肠弯曲菌和大肠弯曲菌，其特征是 8 种不同的序列类型（ST）。从系统发育上看，大多数测序的病例分离株与来自看护人、环境暴露或两者的分离株聚集在一起。总之，在腹泻儿童的各种接触源中都检测到了弯曲杆菌，其在 Kersa 和 Harar 之间或食物中的发生率没有显著差异。大多数分离株具有共同的 MLST 谱并聚集在一起，表明多种媒介参与了病原体的传播。建议进行归因模型支持的基于基因组的综合研究，以确定每种来源的相对贡献。
2020 年末出现多种影响 677 位氨基酸的 SARS-CoV-2 刺突蛋白变体谱系
摘要。严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 刺突蛋白 (S) 在宿主细胞进入中起着关键作用。影响 S 的非同义替换并不罕见，并且已在许多 SARS-CoV-2 谱系中固定下来。这些突变的一部分能够逃避中和抗体，或被认为通过增加对细胞进入受体血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 的亲和力等机制增强传播。新墨西哥州和路易斯安那州的独立基因组监测计划同时检测到大量 20G 分支（谱系 B.1.2）感染的快速增加，这些感染携带 S 中的 Q677P 替换。该变体于 10 月 23 日首次在美国发现，但在 2020 年 12 月 1 日至 2021 年 1 月 19 日期间，它分别占路易斯安那州和新墨西哥州测序的所有 SARS-CoV-2 基因组的 27.8% 和 11.3%。 Q677P 病例主要在美国中南部和西南部发现；截至 2021 年 2 月 3 日，GISAID 数据显示美国有 499 个该变体的病毒序列。系统发育分析显示至少六个不同的 Q677H 亚谱系独立进化和传播，首次采集日期从 2020 年 8 月中旬到 11 月下旬不等。来自 20G（B.1.2）、20A（B.1.234）和 20B（B.1.1.220 和 B.1.1.222）分支的四个 677H 分支每个分支包含大约 100 个或更少的测序病例，而一对不同的 20G 分支簇分别由 754 个和 298 个病例代表。尽管采样偏差和奠基者效应可能导致了 S:677 多态性变体的出现，但该位置与 S1/S2 边界的多碱基裂解位点的接近性与其在细胞进入过程中的潜在功能相关性一致，表明可能赋予传播或传播优势的特征的平行进化。总之，我们的研究结果表明了同步趋同进化，从而推动了进一步评估 S:677 多态性对蛋白水解加工、细胞趋向性和传递性的影响。
![arxiv：2409.00613v2 [q-bio.gn] 2024年11月6日](/simg/g:\will\search\icon\source\4\468755969a9f00592d636289d7d0ed282cdccdc6.webp)
arxiv：2409.00613v2 [q-bio.gn] 2024年11月6日
尽管已经对数百万个基因组进行了测序，但其中大多数是从少数物种（例如人，大肠杆菌和结核分枝杆菌）中测序的。结果，现有的基因组序列是高度冗余的。这就是Hunt等人的方式。（2024）压缩了7.86个细菌组件（TB），也称为Alltheberacteria，在分组系统发育相关的基因组后，将其分成78.5 GB（GB）（Bˇrinda等人（Bˇrinda等），2024）。所得的压缩文件无损地保留所有序列，但不能直接搜索。索引对于启用快速序列搜索是必需的。k-mer数据结构是序列索引的流行选择（Marchet等人，2021）。它们可以分为三类。第一类并不将K-MER与数据库序列中的位置相关联。这些数据结构支持会员资格查询或伪字符（Bray等人，2016年），但无法重建输入序列或报告基础对齐。Petabase量表的序列搜索使用所有此类方法（Edgar等人，2022; Karasikov等。，2024; Shiryev和Agarwala，2024年）。第二类将K-MER的子集与其位置相关联。找到K-MER匹配时，此类别中的算法回到数据库序列并执行基本对齐。大多数对齐器都这样工作。但是，由于数据库序列不能很好地压缩，因此这些算法可能需要很大的空间来存储它们。最后一个类别保留所有K-Mers及其位置。，2024）。此类别中的算法可以重建所有数据库序列而无需明确存储它们。尽管可以有效地压缩K-MER的位置（Karasikov等人，2020），他们仍然占用很大的空间。最大的无损K-MER指数由一些terabase组成（Karasikov等人压缩全文索引，例如FM索引（Ferragina和Manzini，2000）R-Index（Gagie等人。，2018年； Bannai等。，2020年； Gagie
低分化高
为罹患极为罕见、高度侵袭性肿瘤（如高级别神经内分泌宫颈癌 (NETc)）的患者寻找新的有效治疗方式仍然是一项尚未得到满足的医疗需求。通过对大量 NETc 患者进行综合全外显子组和 RNA 测序分析，我们确定了反复突变的基因和改变的细胞内信号传导细胞通路，为靶向治疗提供了应用。使用两个完全测序的患者来源的异种移植瘤（ERBB2/PIK3CA/AKT 通路发生改变），我们发现 copanlisib (PIK3CAi)、阿法替尼 (pan - HERi) 和 elimusertib (ATRi) 单药治疗以及 copanlisib/阿法替尼和 copanlisib/elimusertib 的组合可显著抑制 NETc PDX 生长。我们的综合基因分析结合体内临床前验证实验表明，大量高级别 NETc 可能从靶向药物的重新利用中受益。
Illumina DNA准备外显子组2.5富集
Illumina DNA Prep和Exome 2.5富集提供经济的人类全外观测序（WES）结果，具有出色的性能和数据质量。易于使用的库的准备和富集解决方案是从样本到报告的端到端工作流程的一部分（图1）。Illumina合格的方法可通过我们的合作伙伴提供一系列自动化平台。Illumina DNA与Exome 2.5富集的PrEP始于提取的基因组DNA（GDNA）或直接血液或唾液输入，并结合了快速的珠宝上标记文库制备化学化学，然后进行混合捕获外部体富集（图2）。1具有富集化学的Illumina DNA准备支持高质量输入DNA（≥50ng）的综合归一化，这可以实现简单的基于体积的合并进行杂交，并提供来自每个富集外来图书馆的测序输出。库在Novaseq
受体激酶需要特定谱系特异性exo70 ...
在陆地植物的进化中，植物免疫系统在免疫受体和信号通路中经历了扩展。谱系特异性扩张。在这里，我们表明RPS8介导的大麦抗性对病原体的肌张力肌f。 sp。tritici（小麦条带锈病）由遗传模块：PUR1和EXO70FX12赋予，这些模块是必要和足够的。pUR1编码富含亮氨酸的重复受体激酶，是米饭XA21的矫正物，exo70fx12属于Poales特异性EXO70FX进化枝。在bromeliaceae和poaceae发散后出现了Exo70FX进化枝，在测序的草中包括2至75个成员。这些结果证明了在PUR1介导的免疫力中谱系特异性EXO70FX12的要求，并且表明EXO70FX进化枝可能已经在受体激酶信号传导中演变出了专门的作用。
MNYC/BZ/62/M379 表达 Cas9 和 T7 RNA 聚合酶
简介 墨西哥利什曼原虫是一种可感染人类的单细胞真核生物，是引起利什曼病的物种之一。由于其毒性较低（引起皮肤利什曼病而非内脏利什曼病）并且能够在适当的无菌培养中容易分化为无鞭毛体形式，它通常被用作分子细胞生物学的模型利什曼原虫物种。我们之前曾描述过表达 Cas9 和 T7 RNA 聚合酶的转基因墨西哥利什曼原虫 MNYC/BZ/62/M379 的生成，该菌株可进行快速反向遗传修饰 1 。由于这不是参考基因组菌株（参考基因组菌株为 MHOM/GT/2001/U1103） 2 并且可能在实验室培养和/或 Cas9 或 T7 表达的选择压力下积累了突变，因此我们对这种广泛使用的菌株的基因组进行了测序，作为设计反向遗传策略的高质量参考。