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抗生素耐药性，细菌传播和抗体缺乏症患者的细菌感染预测
结果：对来自痰中的43例患者的痰中的343个细菌分离株进行了测试。大莫里德和四环素耐药性是常见的（分离株的82％和35％）。erm（b）和MEF（a）是大环内酯类耐药性最常见的决定因素。wgs揭示了Viridans链球菌作为AMR基因的来源，其中23％还携带与AMR基因和其他移动遗传元件相关的共轭质粒。对流感嗜血杆菌分离株的系统发育分析表明，在诊所的患者之间可能传播。在前瞻性研究中，痰中嗜中性胞酶浓度与香农熵α-多样性（Spearman'sρ= - 0.306，p = 0.005）与与Berger -Parker优势指数（ρ= 0.502，P <0.001）之间存在负相关。相似的关系是指连续样品之间弹性酶浓度的变化，与降低的α多样性相关的弹性酶增加。
在下呼吸道微生物群中检测甲烷摩托杆菌史密斯和甲烷摩布杆菌口腔
摘要：甲烷的甲烷产生甲烷的甲烷，是人类厌氧微生物群中常见的古细菌。甲烷植物作为与营养不良相关的机会病原体的出现，并且在厌氧脓肿中也被检测和培养。他们在呼吸道中的存在尚不清楚。是对908个呼吸道样品的前瞻性研究，使用多重指导方法结合了PCR测序，实时PCR，原位杂交（FISH）和甲烷植物培养。在21 /527（3.9％）痰样品中检测到甲烷摩托杆菌史密斯和甲烷素的口腔DNA序列，2/188（1.06％）支气管肺泡灌洗，也没有193个Tracheo-Bronchial ChialChialChialChial Chial Chial Chial Chial Chipations。此外，在三个痰液中检测到的荧光原位杂交检测到了用棍子形态的样品研究的标本，暗示了M. oralis，而在另一种支气管肺泡灌洗样本中，研究了次生斑的形态，提示Smithii M. Smithii。这些观察结果将已知的甲烷植物领土扩展到呼吸道，并在任何以后从支气管肺泡灌洗和肺部隔离的情况下进一步解释其检测为病原体。
活动性结核病 (TB) 治疗计划
部门并在 7 天内重新安排另一个预约。_____ 我同意按要求提供痰、尿或血液样本。_____ 我同意将我的健康状况的任何变化告知卫生部门。_____ 我同意如果我搬家或更改电话号码，会通知卫生部门。我同意告诉卫生部门
药房管理药品政策
描述：慢性阻塞性肺病 (COPD) 是一种异质性肺病，其特征是因气道异常（支气管炎、细支气管炎）和/或肺泡异常（肺气肿）导致持续、通常为进行性的气流阻塞而出现慢性呼吸道症状（呼吸困难、咳嗽、痰液产生和/或加重）。1 COPD 包括慢性支气管炎和/或肺气肿，这两种疾病都会使肺部空气排出逐渐变得更加困难。大多数 COPD 患者同时患有这两种疾病。COPD 最常见的症状是呼吸困难、慢性咳嗽和痰液产生。COPD 通常在 40 岁以上的成年人中诊断出来，患病率随着年龄的增长而增加。COPD 是由个体一生中发生的基因-环境相互作用引起的，这种相互作用会损害肺部和/或改变其正常发育/衰老过程。1 COPD 最常见的风险因素是吸烟。然而，其他风险因素包括空气污染、职业暴露、哮喘控制不佳、环境烟草烟雾、传染病和社会经济地位低下。2
•弗吉尼亚医疗补助的首选药物清单（PDL）/ Common Core Formulary仅包括精选药物类别，其他类别将支付，但不包括Limi div div>
o胸部射线照相或高分辨率计算机断层扫描（HRCT）扫描； o至少2种阳性痰培养； o其他疾病（例如结核病和肺部恶性肿瘤）已被排除在外； •患者的多药治疗方案失败了，用大环内酯类（克拉霉素或阿奇霉素），利福平和乙溴二醇未能通过。（失败定义为MAC的持续阳性痰培养物，同时粘附于多药治疗方案的最小持续时间为6个月）； •患者记录了对氨基氨基脂蛋白溶液进行雾化剂进行注射的失败或不耐受，包括用支气管扩张剂进行预处理； •Arikayce将与多药抗菌抗菌方案一起处方 *最低使用年龄为6年，所有毒素吸入雾化雾化雾化溶液（Bethkis®，Kitabis™，Kitabis™Pak，Tobi Pak，Tobi®和TobiPodhaler®）数量限制：Arikayce®= 590 mg/8.4 ml（28瓶）/28天的每个纸箱包含28天的药物供应（28个小瓶）bethkis®= 224ml（56 amps）/28天Cayston®= 84 ml（56 amps）/28天（56 amps）/28天为需要podhaler®= 224胶囊/28天TOBI®吸入Neb = 280ml（56 Amps）/28天Tobramycin Nebs = 280ml（56 Amps）/28天
使用奴才序列对SARS-COV-2分析
我们将要使用的数据是武汉海鲜市场肺炎爆发的元文字小奴才数据集[Chan等，2020]。对疾病的病毒进行采样涉及从患者那里获得痰，喉咙或鼻咽拭子或支气管肺泡灌洗液（BALF）样品。因此，样品将包含来自非病毒源的RNA。该数据集是使用独立于序列的单播放扩增（SISPA）方案来制备的，以进行其他病毒序列富集。
Biochip技术解释
通过核酸（DNA/RNA）分析检测病原体可提供病毒，细菌和原生动物病原体的快速，敏感，多重检测。在从各种样本类型（痰，尿液，拭子等）中提取核酸后，目标DNA/cDNA在单个反应中得到扩增，然后杂交到包含23个病原体特异性探针的生物芯片阵列。这个快速，高度敏感和特定的过程可以同时识别初级和共同感染，通常在无症状的患者中，并且具有许多病原体面板的能力。
具有各种生物膜表型的四个假单胞菌临床菌株的基因组序列
囊性纤维化（CF）患者的肺肺部容易受到铜绿假单胞菌的感染（1）。cf肺通常由形成生物膜的非粘液铜绿假单胞菌菌株定植，并且在粘液菌株过量产生藻酸盐的出现后发生慢性感染（2）。他们的生物膜对抗生素和IMUNE介质具有高度抗性，并导致肺部下降（2，3）。铜绿假单胞菌菌株是从慢性感染的成年CF患者的痰液样本中分离出来的，并在法国南特的中心医院大学中心。由于这些痰样品仅用于分离细菌，但不用于人类细胞或人类DNA，因此法国法律（2016-1537，2016年11月16日）不要求由机构伦理委员会审查和批准该研究或参与者提供书面或言语知情的同意。细菌，并使用基质辅助激光解吸离子 - 流量质量光谱法（MALDI-TOF MS [VITEK; VITEK; BIOMERIERIEUX; BIOMERIERIEUX，MARCY-LECELANCE，france）鉴定为铜绿假单胞菌。使用了每个患者的单个分离株。主要基于它们的生物膜结构和粘液表型，分离株MUC-N1，MUC-N2，MUC-P4和MUC-P5被选择构成用于测试抗体FILM化合物的应变板（M. Simon，E.Pernet，E.Pernet，E.Pernet，E.Jouault，A.Jouault，E.Portier，E.M.Boukigb，S.Boukig，S。Pinaud，C。 POC-Duclairoir，M。G。J. Feuilloley，O。Lesouhaitier，J。Caillon，S。Chevalier，A。Bazire和A. Dufour，提交出版），促使我们对其基因组进行了测序。在37°C下在液体LB培养基中生长在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。 使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。 在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。 默认参数用于所有软件，除非另有说明。 使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc 检查其质量在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。默认参数用于所有软件，除非另有说明。使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc