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量子硬件上的超跨性汉密尔顿特征状态的实时演变
摘要CRISPR/CAS9系统最初是从原核生物适应性免疫系统中得出的，已作为有效的基因组编辑工具开发。它可以通过可编程SGRNA与靶DNA的特定结合对染色体DNA进行精确的基因操纵，并且具有内切核酸酶活性的CAS9蛋白将在特定位点减少双链断裂。然而，CAS9是哺乳动物细胞中的一种异物，与引入哺乳动物细胞有关的潜在风险尚不完全了解。在这项研究中，我们对HEK293T细胞中的链球菌CAS9（Spycas9）进行了下拉和质谱分析（MS）分析，并表明大多数Cas9-相关蛋白质由MS鉴定的大多数相关蛋白在核中局部局部。有趣的是，我们进一步发现CAS9蛋白包含编码核仁拘留信号（NODS）的序列。与野生型（WT）Cas9相比，CAS9的点突变变体（MCAS9）较小
来自致病空肠弯曲杆菌的无引导 Cas9......
CRISPR-Cas9 系统在人类致病菌中富集，并通过未知机制与细胞毒性相关。本文表明，空肠弯曲菌感染人类细胞后，会将其 Cas9 (CjeCas9) 核酸酶分泌到细胞质中。接下来，天然核定位信号使 CjeCas9 进入核，在那里它催化金属依赖性非特异性 DNA 切割，导致细胞死亡。与 CjeCas9 相比，化脓性链球菌的天然 Cas9 (SpyCas9) 更适合向导依赖性编辑。然而，在人类细胞中，天然 SpyCas9 仍可能造成一些 DNA 损伤，很可能是因为其 ssDNA 切割活性。这种副作用可以通过用适当的向导 RNA 饱和 SpyCas9 来完全预防，这对 CjeCas9 仅部分有效。我们得出结论，CjeCas9 在攻击人类细胞而不是病毒防御中发挥积极作用。此外，这些独特的催化特性可能使 CjeCas9 不太适合基因组编辑应用。
cas9使用噬菌体抗...
au：preeconfirnheadinglevelsarreepressedCornectedCorcely：噬菌体编码抗蛋白蛋白（ACR）蛋白质，使CRISPR-CAS细菌免疫系统失活，允许成功入侵，复制，复制和预测整合。ACR蛋白使用多种机制抑制CRISPR-CAS系统。acriia1由许多噬菌体和质粒编码，专门与Cas9 HNH结构域结合，是第一个发现抑制spycas9的ACR。在这里，我们报告了ACRIIA1诱导的spycas9和saucas9在人类细胞培养中的降解的观察，这是人类细胞中ACR诱导的CRISPR-CAS核酸酶降解的首次检查。acriia1诱导的spycas9降解被Acriia1中的突变所消除，这些突变破坏了两种蛋白质之间的直接物理相互作用。Acriia1靶向CAS9蛋白降解可以调节人类疗法中的Cas9核酸酶活性。ACRIIA1的小尺寸和特异性可用于CRISPR-CAS蛋白水解靶向嵌合体（Protac），提供了一种用于开发安全且精确的基因编辑应用的工具。
spycas9的核仁定位会影响其稳定性，并干扰哺乳动物细胞中宿主蛋白的翻译
巨型噬菌体（例如铜绿假单胞菌）具有抗菌剂的潜力，也是揭示基本噬菌体生物学的模型。目前，由于蛋白质的“噬菌体核”结构，这两种追求都受到缺乏基因工程工具的限制，该结构可保护DNA靶向DNA靶向CRISPR-CAS工具。为了提供用于DNA巨型噬菌体的逆转苯二酚工具，我们将同源重组与靶向RNA的CRISPR-CAS13A酶相结合，并使用了抗Crispr基因（ACRVIA1）作为可选标记。我们表明，此过程可以插入外源基因，删除基因并为μkz基因组添加荧光标签。内源性GP93的荧光标记表明，它是用噬菌体DNA弹出的，而小管蛋白样蛋白phuz的缺失令人惊讶地对噬菌体爆发尺寸产生了适中的影响。还实现了抗DNA靶向CRISPR-CAS系统的另外两个噬菌体的编辑。靶向RNA CAS13A具有成为一种通用遗传编辑工具的巨大前景，可以实现对未知功能的噬菌体基因的系统研究。
广谱抗CRISPR蛋白促进水平基因转移
CRISPR-Cas 适应性免疫系统保护细菌和古细菌免受入侵的遗传寄生虫（包括噬菌体/病毒和质粒）的侵害。为了应对这种免疫力，许多噬菌体都具有抑制 CRISPR-Cas 靶向的抗 CRISPR (Acr) 蛋白。迄今为止，抗 CRISPR 基因主要在噬菌体或原噬菌体基因组中发现。在这里，我们使用李斯特菌 acrIIA1 基因作为标记，发现了厚壁菌中存在的质粒和其他接合元件上的 acr 基因座。在李斯特菌、肠球菌、链球菌和葡萄球菌基因组中发现的四个已识别基因可以抑制 II-A 型 SpyCas9 或 SauCas9，因此被命名为 acrIIA16-19。在粪肠球菌中，Cas9 靶向质粒的结合通过源自肠球菌结合元件的抗 CRISPR 得到增强，凸显了 Acrs 在质粒传播中的作用。相互共免疫沉淀表明，每个 Acr 蛋白
来自葡萄球菌基因组的强效 CRISPR-Cas9 抑制剂
抗 CRISPR (Acrs) 是抑制 CRISPR-Cas 酶的 RNA 引导 DNA 靶向活性的小蛋白。Acrs 由噬菌体和噬菌体衍生的细菌基因编码，可阻止 CRISPR 介导的噬菌体感染抑制，还可以阻止真核细胞中 CRISPR-Cas 介导的基因组编辑。为了确定能够抑制金黄色葡萄球菌 Cas9 (SauCas9)（最常用的基因组编辑蛋白化脓性链球菌 Cas9 (SpyCas9) 的替代品）的 Acrs，我们使用了自靶向 CRISPR 筛选和关联基因组搜索策略。在这里，我们描述了三种有效的 SauCas9 抑制剂，我们将其命名为 AcrIIA13、AcrIIA14 和 AcrIIA15。这些抑制剂具有一个保守的 N 端序列，该序列对于 DNA 切割抑制是可有可无的，并且具有不同的 C 端，在每种情况下，这些 C 端都是抑制 SauCas9 催化的 DNA 切割所必需的。在人类细胞中，我们观察到 AcrIIA13 对 SauCas9 诱导的基因组编辑具有强烈的抑制作用，而 AcrIIA14 和 AcrIIA15 则具有中等程度的抑制作用。我们还发现 AcrIIA13 – AcrIIA15 的保守 N 端结构域与这些 Acr 基因启动子中的反向重复序列结合，这与其预测的螺旋-转角-螺旋 DNA 结合结构一致。这些数据证明了一种有效的 Acr 发现策略，并确立了 AcrIIA13 – AcrIIA15 作为 SauCas9 的独特双功能抑制剂。