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基因组组装和教室注释的十二个快速步骤
真核基因组测序和从头组装曾经是资金丰富的国际财团的独家领域，已经变得越来越负担得起，因此适合各个研究小组的预算。第三代长阅读的DNA测序技术越来越多地使用，提供了曾经用于一些精选模型生物的广泛基因组工具包。生成许多水生物种的高质量基因组组件和注释，由于其大型基因组大小，复杂性和较高的染色体数量，仍然提出了重大挑战。的确，为新基因组项目选择最合适的测序和软件平台和注释管道可能会令人生畏，因为工具通常只能在有限的上下文中起作用。在基因组学上，产生高质量的基因组组装/注释已成为更好地理解任何物种生物学的必不可少的工具。在此，我们陈述了12个步骤，以帮助研究人员通过介绍广泛适用的指南（随着时间的推移），并涵盖基因组组装和注释从头到尾的各个方面的所有方面，从而帮助研究人员开始进行基因组项目。我们回顾了一些常用的方法，包括用于提取高质量DNA的实用方法以及最佳测序平台和库制剂的选择。此外，我们讨论了潜在的生物信息学管道的范围，包括结构和功能注释（例如，转座元素和重复序列）。本文还包括有关如何为基因组项目建立广泛社区的信息，数据管理的重要性以及如何通过将其提交给公共存储库并与研究社区共享数据和可重复使用的数据和结果。
COVID-19 和风湿病学：迈向不同未来的第一步？
作为风湿病学界，我们满怀兴奋和雄心壮志地展望新的十年，但现在我们却面临着有生以来最重大的全球公共医疗保健挑战。1 由严重急性呼吸道综合征冠状病毒 2 引起的大流行迅速改变了我们的个人和职业前景。风湿病学界迅速应对这一挑战，并已在全球综合方法中展现出卓越的伙伴关系。风湿病学是一门在过去几十年中以惊人速度发展的学科，其驱动力是治疗风湿病和肌肉骨骼疾病 (RMD) 的革命性战略方法，以及越来越有效地应用现代分子医学所蕴含的丰富可能性。基于对疾病发病机制越来越清晰的理解，以及生物技术和制药行业利用其获得治疗效益的非凡能力，新的治疗方法大量出现。这些正是我们抗击 Covid-19 所必需的技能和方法。当前实施的紧急公共卫生措施无论多么有效，最终都需要强有力的基础分子医学反应，即疫苗和新疗法，以实现让大多数人生活质量恢复正常的长期目标。因此，当我们进入尚未得到充分了解的临床领域时，风湿病学可能非常适合为我们的传染病和重症监护同事提供支持。本月，在《风湿病年鉴》（ARD）中，我们读到了在我们努力抗击病毒及其各种临床表现的过程中出现的有关 RMD 的广泛活动的首批成果。Covid-19 的较差结果似乎尤其发生在老年患者和患有合并症的患者中，例如慢性阻塞性肺病 (COPD)、冠心病 (CHD)，
1 Cas9 以受调控的离散步骤询问 DNA……
Ivan E. Ivanov 1,2,†、Addison V. Wright 3, ‡、Joshua C. Cofsky 3、Kevin D. Palacio Aris 4、Jennifer A. Doudna 3,5、Zev Bryant 2,6
b'one 在某种意义上用 O \xe2\x88\x9a \xf0\x9d\x91\xa1 步量子行走代替经典随机游走的 \xf0\x9d\x91\xa1 步。需要注意的是，量子快进只能以非常小的成功概率产生最终状态。然而，在我们的应用中，它以概率 e \xce\xa9 ( 1 ) 成功。这通过一个富有洞察力的论点表明，该论点根据经典随机游走来解释量子快进的成功概率。也就是说，它对应于经典随机游走从一个随机的未标记顶点开始，在 \xf0\x9d\x91\xa1 步后访问一个标记顶点，但在 \xf0\x9d\x91\xa1 个额外步骤后返回到未标记顶点的概率。我们表明，通过调整游走的插值参数，可以将该概率调整为 e \xce\xa9 ( 1 )。在第 2 节中描述了一些准备工作之后，我们在第 3 节中讨论了算法 1 和主要结果，并在第 4 节中提供了分析的细节。在第 5 节中，我们表明 HT + 和 HT 之间的差距确实可能非常大。我们在 \xf0\x9d\x91\x81 \xc3\x97 \xf0\x9d\x91\x81 网格上构造标记元素的排列，其中 HT + = \xce\xa9 ( \xf0\x9d\x91\x81 2 ) 但 HT = O( \xf0\x9d\x91\x93 ( \xf0\x9d\x91\x81 ))，其中 \xf0\x9d\x91\x93 任意缓慢地增长到无穷大。这表明当有多个标记元素时，Krovi 等人的算法可能严重不理想。原因是他们的算法实际上解决了一个更难的问题：它从限制在标记顶点的平稳分布中采样（在网格的情况下为均匀分布）。因此，当从该分布中采样比仅仅找到一些标记元素困难得多时，他们的算法可能会很慢。在第 6 节中，我们介绍了第二种更简单的新算法，我们推测 2 可以在 O \xe2\x88\x9a' 时间内找到一个标记元素
b'one 在某种意义上用 O \xe2\x88\x9a \xf0\x9d\x91\xa1 步量子行走代替经典随机游走的 \xf0\x9d\x91\xa1 步。需要注意的是，量子快进只能以非常小的成功概率产生最终状态。然而，在我们的应用中，它以概率 e \xce\xa9 ( 1 ) 成功。这通过一个富有洞察力的论点表明，该论点根据经典随机游走来解释量子快进的成功概率。也就是说，它对应于经典随机游走从一个随机的未标记顶点开始，在 \xf0\x9d\x91\xa1 步后访问一个标记顶点，但在 \xf0\x9d\x91\xa1 个额外步骤后返回到未标记顶点的概率。我们表明，通过调整游走的插值参数，可以将该概率调整为 e \xce\xa9 ( 1 )。在第 2 节中描述了一些准备工作之后，我们在第 3 节中讨论了算法 1 和主要结果，并在第 4 节中提供了分析的细节。在第 5 节中，我们表明 HT + 和 HT 之间的差距确实可能非常大。我们在 \xf0\x9d\x91\x81 \xc3\x97 \xf0\x9d\x91\x81 网格上构造标记元素的排列，其中 HT + = \xce\xa9 ( \xf0\x9d\x91\x81 2 ) 但 HT = O( \xf0\x9d\x91\x93 ( \xf0\x9d\x91\x81 ))，其中 \xf0\x9d\x91\x93 任意缓慢地增长到无穷大。这表明当有多个标记元素时，Krovi 等人的算法可能严重不理想。原因是他们的算法实际上解决了一个更难的问题：它从限制在标记顶点的平稳分布中采样（在网格的情况下为均匀分布）。因此，当从该分布中采样比仅仅找到一些标记元素困难得多时，他们的算法可能会很慢。在第 6 节中，我们介绍了第二种更简单的新算法，我们推测 2 可以在 O \xe2\x88\x9a' 时间内找到一个标记元素
给入学的初级保健从业人员，作为西弗吉尼亚州儿童疫苗（VFC）计划提供者应采取以下步骤
3。重新开放诊所后，查看所有DDL数据，并在服用疫苗之前对任何温度偏移（如果有）采取行动。4。查看DDL数据时，重要的是要检查所有日期和时间是否可用。5。确定DDL必须记录温度的时间/容量的长度，并在可能的间隔内安排要下载的数据，然后重置DDL以再次录制温度。6。如果DDL最终没有足够的能力记录在关闭期间或经历的失败期间，则应咨询疫苗制造商，以确定是否可以使用疫苗或应丢弃疫苗。在不幸的事件中，任何VFC供疫苗都被确定为疫苗制造商损害并必须丢弃，您必须记录疫苗回报表上的浪费。可以在此处找到返回表格的副本如果您对使用DDL或其他疫苗存储问题有任何疑问，请致电304-531-3334与VFC计划的Mark Klayis联系。对于其他问题，可以通过304-558-2188与免疫服务部门联系。非常感谢。真诚的，杰夫·尼克西（Jeff Neccuzi）疫苗经理/VFC疫苗协调员部门，西弗吉尼亚州公共局304-356-4035
英格兰实现无牛结核病战略的下一步
英国受益于世界领先的科学，政府认为我们应该利用我们的专业知识来加速开发一种可部署的牛结核病疫苗。尽管目前的 BCG 疫苗永远无法提供全面的保护，但政府将加快工作，授权一种可以区分疾病和疫苗的测试，并启动必要的研究和试验工作，以实现在未来五年内拥有可部署疫苗的目标。接种疫苗显然比接种野生动物更容易给牛群接种，并且可以显著减少疾病在牛群之间以及牛群和野生动物之间的传播。BTB 是一项全球性挑战，并非每个国家都有能力测试和移除牛。英国可以利用其世界领先的科学来开发疫苗等解决方案，这对其他试图抗击该疾病的国家也大有裨益。
Cas9 通过错配和超螺旋调节离散步骤来查询 DNA
CRISPR-Cas9 核酸酶因其可编程靶向和切割 DNA 的能力而被广泛用作分子和细胞生物学工具。Cas9 通过解开 DNA 双螺旋并将其相关向导 RNA 的 20 个核苷酸部分与一条 DNA 链杂交，形成 R 环结构来识别其目标位点。需要对 R 环形成进行动态和机械描述，以了解目标搜索的生物物理学，并开发合理的方法来减轻脱靶活动，同时考虑基因组中扭转应变的影响。在这里，我们使用转子珠跟踪 (RBT) 研究了 Cas9 R 环形成和坍塌的动力学，这是一种单分子技术，可以同时以碱基对分辨率监测 DNA 解旋和实时荧光标记大分子的结合。通过测量双螺旋解旋时的扭矩变化，我们发现 R 环形成和坍塌通过瞬时离散中间体进行，与初始种子区域内的 DNA:RNA 杂交一致。通过在受控机械扰动下对靶序列和脱靶序列进行系统测量，我们描述了序列错配的位置依赖性效应，并展示了 DNA 超螺旋如何调节 R 环形成的能量景观并决定进入能够稳定结合和切割的状态。与此能量景观模型一致，在批量实验中，我们观察到生理负超螺旋下的混杂切割。本文提供的 DNA 询问的详细描述提出了改进 Cas9 作为基因组工程工具的特异性和动力学的策略，并可能启发利用对 DNA 超螺旋的敏感性的扩展应用。
Cas9 通过错配和超螺旋调节离散步骤来查询 DNA
CRISPR-Cas9 核酸酶因其可编程靶向和切割 DNA 的能力而被广泛用作分子和细胞生物学工具。Cas9 通过解开 DNA 双螺旋并将其相关向导 RNA 的 20 个核苷酸部分与一条 DNA 链杂交，形成 R 环结构来识别其目标位点。需要对 R 环形成进行动态和机械描述，以了解目标搜索的生物物理学，并开发合理的方法来减轻脱靶活动，同时考虑基因组中扭转应变的影响。在这里，我们使用转子珠跟踪 (RBT) 研究了 Cas9 R 环形成和坍塌的动力学，这是一种单分子技术，可以同时以碱基对分辨率监测 DNA 解旋和实时荧光标记大分子的结合。通过测量双螺旋解旋时的扭矩变化，我们发现 R 环形成和坍塌通过瞬时离散中间体进行，与初始种子区域内的 DNA:RNA 杂交一致。通过在受控机械扰动下对靶序列和脱靶序列进行系统测量，我们描述了序列错配的位置依赖性效应，并展示了 DNA 超螺旋如何调节 R 环形成的能量景观并决定进入能够稳定结合和切割的状态。与此能量景观模型一致，在批量实验中，我们观察到生理负超螺旋下的混杂切割。本文提供的 DNA 询问的详细描述提出了改进 Cas9 作为基因组工程工具的特异性和动力学的策略，并可能启发利用对 DNA 超螺旋的敏感性的扩展应用。
在本文中，我们描述了巴西联邦税务特别秘书处 (RFB) 2019 年的人工智能计划。RFB 涵盖巴西的海关部门和国税局，这两个领域都有人工智能计划。其中之一是全国范围内成熟的人工智能，其核心技术由 RFB 创建和开发：通过机器学习的海关选择系统 (Sisam)。在海关领域，我们还有其他正在生产的人工智能，如 Aniita 系统中的专家系统和 Iris 人脸识别系统。其他一些计划已部分实施、处于测试或开发后期。海关和国税局都有此类计划。越来越多的计划正处于起步阶段。
在本文中，我们描述了巴西联邦税务特别秘书处 (RFB) 2019 年的人工智能计划。RFB 涵盖巴西的海关部门和国税局，这两个领域都有人工智能计划。其中之一是全国范围内成熟的人工智能，其核心技术由 RFB 创建和开发：通过机器学习的海关选择系统 (Sisam)。在海关领域，我们还有其他正在生产的人工智能，如 Aniita 系统中的专家系统和 Iris 人脸识别系统。其他一些计划已部分实施、处于测试或开发后期。海关和国税局都有此类计划。越来越多的计划正处于起步阶段。