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微生物培养物收集（CCS）供应菌株用于许多目的，包括研究，学术界和工业应用。用户依靠这些菌株的真实性和可重复性属性来支持其在i）分类法中的工作； ii）教学iii）作为参考菌株，以按照质量标准执行测定（例如ISO规范）; iv）作为代表性的研究菌株，以确认先前的发现并在科学文献中发表的发现以及其他例子中取得进展。 因此，收集提供的微生物必须是真实的且保存良好的，任何相关的信息都必须有效且足以促进其身份确认。 同时，尚未发现的大量微生物数量需要全球策略来改善生物学材料的识别，纯化，隔离和维护的技术，并提高相关设施保持菌株多样性的能力。 没有一个收藏可以单独执行此任务（Smith，2012年）。ISO规范）; iv）作为代表性的研究菌株，以确认先前的发现并在科学文献中发表的发现以及其他例子中取得进展。因此，收集提供的微生物必须是真实的且保存良好的，任何相关的信息都必须有效且足以促进其身份确认。同时，尚未发现的大量微生物数量需要全球策略来改善生物学材料的识别，纯化，隔离和维护的技术，并提高相关设施保持菌株多样性的能力。没有一个收藏可以单独执行此任务（Smith，2012年）。
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染
政治混乱令韩国经济承压
“我曾担任志愿者，跟随中国村官并与他们一起工作。我看到他们真正了解村民面临的问题以及村民的需求。村民们把当地官员视为中国政府派来照顾他们的人。这是非常温暖的，也是中国独有的。
乳酸杆菌菌株的益生意义
a 韩国首尔国立大学药学院天然产物研究所；b 韩国晋州庆尚国立大学 IALS 应用生命科学部（BK21 Four）；c 巴基斯坦恰克达拉马拉坎德大学生物化学系；d 韩国庆尚南道庆尚国立大学海洋环境工程系；e 巴基斯坦海亚塔巴德白沙瓦开伯尔医科大学药学研究所；f 美国德克萨斯州圣安东尼奥德克萨斯大学健康科学中心口腔颌面外科系；g 巴基斯坦伊斯兰堡国立科学技术大学 (NUST) 阿塔乌尔拉赫曼应用生物科学学院 (ASAB)；h 韩国首尔韩国科学技术研究院 (KIST) 脑科学研究所脑科学融合研究中心； i 农业基因组学研究中心 (CRAG)，CSIC-IRTA- UAB-UB，巴塞罗那 UAB 校区，贝拉特拉，西班牙；j 巴塞罗那大学 (UB) 药学院植物生物技术系，西班牙加泰罗尼亚巴塞罗那；k 沙特阿拉伯利雅得国王沙特大学药学院生药学系；l 沙特阿拉伯利雅得伊玛目穆罕默德伊本沙特伊斯兰大学 (IMSIU) 科学学院生物系
检测汤利亚地区腹泻的大肠杆菌中的耐药性：多药抗性菌株的分析
结果：结果表明，所有40种分离的大肠杆菌菌株均表现出对磺胺嗪钠，Enrorofuins和环丙沙星的耐药性，其中90％的菌株易受多型多糖质B。值得注意的是，应变11、23和24表现出严重的抗性。抗生素耐药性基因TEM-1，TEM-206，Stra，Strb，Qach和Blactx的检测率为100％，表明这些基因的患病率很高。此外，大多数菌株携带抗生素抗性基因与其抗性表型一致。wg菌株11、23和24个揭示了4,897,185 bp，4,920,234 bp和4,912,320 bp的基因组大小。这些菌株分别携带两个，一个和两个质粒。抗生素抗性基因的预测显示了基因组中的这些基因中的大量数量，菌株24具有最高数量，总计77个含有88种抗生素耐药基因的亚种。
在不同组织和条件下的功能优化限制了蛋白质进化的速度
了解蛋白质进化的主要决定因素是生物学中的基本挑战。尽管有许多积极研究的DEC，但目前尚不清楚跨细胞蛋白的实质性变异性的分子和细胞机制。还不清楚在多细胞物种的背景下如何优化蛋白质分子的功能，以及为什么许多蛋白质（例如酶）平均而言仅是适度的效率。我们对基因组学和功能数据集的分析在多种生物中揭示了蛋白质分子功能的最佳性与蛋白质进化速率之间存在牢固的反比关系。此外，我们发现高度表达的蛋白质倾向于在功能上优化。这些苏尔特表明，细胞表达成本会导致丰富的蛋白质的功能优化更为明显，并且纯化的选择以维持高水平的功能优化性会显着减慢蛋白质的演化。我们观察到，在多细胞物种中，蛋白质进化速率和蛋白质功能的效率程度主要受到几种不同的细胞类型和组织的表达影响，特别是在动物中具有上调的突触过程的NEU RON中，在动物的突触过程中，在植物中的年轻和快速生长的组织中。总体而言，我们的分析揭示了分子，细胞和物种生物组织水平的各种约束如何共同影响蛋白质进化速率和蛋白质功能适应水平。
液 - 液相分离和α-核蛋白的构象菌株：对帕金森氏病发病机理的影响
帕金森氏病（PD）和其他突触核心病的特征在于脑细胞中α-核蛋白（α -Syn）的聚集和沉积，形成不溶性内含物，例如Lewy身体（LBS）和Lewy Neurites（LNS）。α -syn的聚集是一个复杂的过程，涉及从其天然随机线圈到富含β-呈β-片的定义明确的二级结构，形成淀粉样蛋白样纤维。证据表明，在此转化过程中形成的α -Syn聚集体的中间物种是细胞死亡的原因。然而，与α -Syn聚集有关的分子事件及其与疾病发作和进展的关系尚未完全阐明。此外，在各种突触核力病中观察到的临床和病理异质性。液态液相分离（LLP）和凝结物的形成已被提议作为可能是α -Syn病理学的替代机制，并有助于在突触核生石病中看到的异质性。本综述着重于细胞环境在α -Syn构象重排中的作用，这可能导致病理学和存在不同毒性模式的不同α -Syn构象应变。讨论将包括细胞应激，异常LLP形成以及LLP在α -Syn病理学中的潜在作用。
饲料方案和微生物菌株对鸡蛋的影响...
结果表明，与自由采食组相比，蛋鸡饲喂制度显著（P<0.05 和 P<0.01）提高了霍氏单位和蛋壳重量百分比以及受精率，并显著（P<0.01）降低了蛋白指数。而蛋重、形状指数、蛋黄稠度、蛋黄指数、蛋黄重量百分比、蛋白重量百分比以及蛋孵化率和受精蛋百分比没有显著影响。然而，饲喂量差异的影响表明，在 110g 饲料/鸡/天时，净收入 (NR) 和经济效率比自由采食组有所增加。关于微生物芽孢杆菌菌株在蛋鸡饲喂中添加的影响，显著提高了（P≤0.01）蛋黄指数、霍氏单位、蛋黄重量和蛋白重量百分比、精子活力、死精子、精子畸形、精子细胞浓度和受精率
基于高通量测序的中和测定法揭示了重复的疫苗接种如何影响滴度对最近的人类H1N1流感菌株
摘要流感病毒的高遗传多样性意味着传统的血清学测定太低，无法测量针对所有相关菌株的血清抗体中和滴度。为了克服这一挑战，我们开发了一种基于测序的中和测定法，该测定法使用类似于传统的中核测定法的工作流量，同时使用小血清体积来测量许多病毒菌株。关键创新是将独特的核苷酸条形码纳入血凝素（HA）基因组段，然后使用许多不同的条形HA变体池病毒，并使用下一代测序同时量化所有这些病毒。使用这种方法，一位研究人员在大约1个月内进行了2,880种传统中和测定（80例血清样品对36个病毒菌株）。我们应用了基于测序的测定法，以量化流感疫苗接种对中和滴度对最近或尚未接受过疫苗疫苗的个体中和H1N1菌株的影响。我们发现，疫苗接种引起的中和抗体的病毒应变特异性在个体之间有所不同，并且疫苗接种导致上一年也接受过疫苗的个体的滴度较小，尽管在接受和没有上年疫苗接种的个体中疫苗接种后6个月相似。，即使在疫苗接种后，我们还确定了近期H1N1的一个子集的一部分。我们提供实验性Pro tocol（dx.doi.org/10.17504/protocols.io.kqdg3xdmpg25/v1）和计算管道（https://github.com/jbloomlab/jbloomlab/seqneut-pipeline）用于基于测序基于序列的中核中源的方法，以其他方法来衡量该方法的其他方法。