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酵母 synIX 菌株中端粒酶相关适应性缺陷和染色体替代技术的后果
Build-A-Genome 课程的作者：Breeana G. Anderson、Abena Apaw、Pavlo Bohutskyi、Erin Buchanan、Daniel Chang、Melinda Chen、Eric Cooper、Amanda Deliere、Kallie Drakos、Justin Dubin、Christopher Fernandez、Zheyuan Guo、Thomas Harrelson、Dongwon Lee、Jessica McDade、Scott Melamed、Héloise Muller、Adithya Murali、José U. Niño Rivera、Mira Patel、Mary Rodley、Jenna Schwarz、Nirav Shelat、Josh S. Sims、Barrett Steinberg、James Steinhardt、Rishi K. Trivedi、Christopher Von Dollen、Tianyi Wang、Remus Wong、Yijie Xu、Noah Young、Karen Zeller 和 Allen Zhan。 1 纽约大学朗格尼健康学院系统遗传学研究所和生物化学与分子药理学系，纽约，纽约州 10016，美国 2 约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院环境健康与工程系，美国马里兰州巴尔的摩 21205，美国 3 欧洲分子生物学实验室 (EMBL)，基因组生物学部，德国海德堡 69117 4 爱丁堡大学生物科学学院，英国爱丁堡 EH9 3BF 5 爱丁堡大学信息学院，英国爱丁堡 EH8 9AB 6 约翰霍普金斯大学惠廷工程学院生物医学工程系，美国马里兰州巴尔的摩 21218，美国 7 约翰霍普金斯大学克里格艺术与科学学院生物学系，美国马里兰州巴尔的摩 21218，美国 8 化学与生物分子工程系，约翰霍普金斯大学怀廷工程学院，美国马里兰州巴尔的摩 21218 9 洛克菲勒大学细胞与结构生物学实验室，美国纽约州纽约 10065 10 格罗宁根大学医学中心欧洲老龄化生物学研究所，荷兰格罗宁根 11 哈佛医学院麻省总医院病理学系，美国马萨诸塞州波士顿 02114 12 约翰霍普金斯大学医学院医学系/传染病科，美国马里兰州巴尔的摩 21205 13 约翰霍普金斯大学医学院高通量生物学中心，美国马里兰州巴尔的摩 21205 14 斯坦福大学斯坦福基因组技术中心，美国加利福尼亚州帕洛阿尔托 94304 15 斯坦福大学医学院遗传学系，美国加利福尼亚州斯坦福 94305 16 纽约大学生物医学工程系Tandon 工程学院，纽约布鲁克林 11201，美国 17 现地址：欧莱雅研究与创新，新泽西州克拉克 07066，美国 18 现地址：Pondicherry Biotech Private Limited，Pondicherry 工程学院校区，East Coast Road，Pillaichavady，Puducherry 605014，印度 19 现地址：哈佛大学陈曾熙公共卫生学院生物统计学系，马萨诸塞州波士顿 02115，美国 20 现地址：Neochromosome，Inc.，纽约长岛市 11101，美国 21 现地址：科学与工业研究中心，基因组学与综合生物学研究所，Sukhdev Vihar，Mathura Road，新德里 110025，印度 22 这些作者贡献相同 23 主要联系人 * 通讯：weimin.zhang@nyulangone.org (WZ)，jef.boeke@nyulangone.org (JDB), chandra@jhmi.edu (SC)
使用机器学习优化细胞培养基
目前的研究团队通过实验测试了长期以来的假设，即细菌的遗传多样性限制了病毒物种的多样性。这导致人们期望一种噬菌体类型将胜过所有其他噬菌体成为孤独的幸存者。然而，就像多细胞生物在其微生物组中拥有各种细菌物种一样，新的结果表明，单个细菌菌株本身可以拥有多样化的噬菌体群体。
先前接触过提供 Spike 的亲本菌株可产生对 XBB 谱系的中和免疫力
引用这篇文章：Rahul K. Suryawanshi，Taha Y. Taha，Maria McCavitt-Malvido，Ines Silva，Mir M. Khalid，Abdullah M. Syed，Irene P. Chen，Prachi Saldhi OR-GONZALEZ，威尼斯·塞维利塔，阿米莉亚·格里瓦，珍妮·恩格扬，诺亚·库吉玛，特雷莎·阿雷拉诺，阿利亚·巴斯萨尼奇，维多利亚·赫斯，玛丽亚·赫克斯，玛丽亚·谢克拉，劳伦·洛佩兹NA，Lee Spraggon，Charles Y. Chiu＆Melanie Ott（2023）。
酒精发酵菌株的反应，混合发酵和葡萄酒风味上的极端化合物相互作用
酿酒是古老的技术之一，只是通过复杂的生化反应将糖转化为酒精的过程。酿酒的过程涉及一系列的融合技术，该技术在酿酒厂面临许多挑战，包括由于化学和微生物学不稳定性而导致的质量不一致，有限的感官伏特（Avor avor），并且担心微观环境条件的变化。发酵是一种代谢过程，其中有机底物的化学组成在厌氧条件下通过细胞酶破碎。混合发酵涉及使用多种菌株，可以增强发酵食品的香气，克服单菌株发酵的局限性，并改善食物的植物和食物质量。混合发酵在农业食品行业，医疗保健产品和医学科学方面具有重要应用。现代的混合发酵过程显示了葡萄酒香气，豆avor和味道的增强，可通过多种微生物的协同效应来降低挥发性酸度并上调乙酸苯基乙酸苯基乙酸苯基苯基浓度。在酒精发酵中的关键微生物（例如酵母，乳酸和乙酸细菌）在酒精发酵过程中相互相互作用会影响葡萄酒的质量和鸟。极性微生物已经建立了不同的分子策略，可以在不利条件下生存。被称为极端同酶，具有盐含量，热稳定性和冷适应能力的特性。但是，酒精的理化和感觉特性对于最终用品的质量很重要。因此，当优化发酵条件时，选择微生物的正确组合是获得更好的物理化学和感觉特性的关键。的使用使用混合发酵和极端化合物可以提供显着的见解和潜在的补救解决方案来克服这些技术问题并以更可取和可持续的方式来塑造最终产品，从而挑战当前的缺点，以使更具弹性的最终产品具有一致，富有效果的产品，并且可以使许多可能的产品能够受到任何可能的影响。
蘑菇形成真菌菌株之间的高表型和基因型可塑性
schizophyllum cumine是一种蘑菇形成的真菌，以其独特的结实物体具有分裂的g。它被用作研究蘑菇发育，木质纤维素降解和交配类型基因座的模型生物。这是一种高变量物种，菌株之间具有相当大的遗传和表型多样性。在这项研究中，我们系统地表现出16种硫化菌株，用于蘑菇发育方面和木质纤维素降解的18个单被子菌株。有关这些表型的菌株之间存在相当大的异质性。大多数菌株发展出具有不同形态的蘑菇，尽管有些菌株仅在经过测试的条件下营养生长。各种碳源上的生长显示出特异性特异性曲线。对七个单因子菌株的基因组进行了测序，并与六个前发表的基因组序列进行了分析。此外，对相关的物种进行了schizophyllum fasciatum。尽管基因组组件之间存在很大的遗传变异，但与蘑菇形成和木质纤维素降解有关的基因得到了很好的保守。这些测序的基因组与高表型多样性相结合，将为S. comuncom菌株的功能基因组学分析提供扎实的基础。
壳聚糖和纳米 - 硅二氧化二氧化二氧化构混合物的抗微生物活性，导致从
番石榴的后衰减后，主要是由储存时间中的微生物物种引起的。因此，分离出可能导致番石榴后腐烂的真菌和细菌物种分离并评估低分子量（LMW）壳聚糖与纳米二氧化物（Nano Sio 2）的抗菌和抗真菌能力（LMW）壳聚糖结合使用。这项研究成功地隔离了四种真菌物种，即热孢子虫，cladosporium sphaerospermum，Aspergillus wentii，colletototrichum acutatum和三个细菌种类，不，无论是azotobacter sp。发现，有0.04％纳米SIO 2和1％低分子壳聚糖44.5 kDa的混合物能够以最高的抗菌区直径和生长真菌的最低直径进行测试。这项工作为延长番石榴的延长货架寿命的潜在化合物。
种子接种耐盐菌株可促进十字花科植物在盐渍条件下的幼苗生长
摘要：土壤盐分抑制作物发芽和幼苗生长，导致作物立地不均、生长不均匀、产量低下。本研究旨在评估接种从盐渍土中分离的植物生长促进细菌 (PGPB) 菌株 (E1 和 T7) 的十字花科种子的早期耐盐性。在对照和盐度条件下培养未接种和接种的 Lobularia maritima、Sinapis alba 和 Brassica napus 种子，首先在琼脂平板中评估每种盐的发芽抑制浓度，然后在用含有 0 或 75 mM NaCl 的水灌溉的土壤中培养。我们的结果表明，T7 是唯一能够在盐渍条件下增加 L. maritima 发芽的菌株。然而，接种 T7 的 L. maritima 和 S. alba 植物以及接种 E1 的 B. napus 植物的茎生物量、根长和分枝数均有所增加。同时，这些幼苗表现出较少的氧化损伤和更强的平衡植物活性氧生成的能力。这项研究表明，用耐盐 PGPB 菌株接种种子是一种适合在早期阶段改善盐度负面影响的策略。尽管如此，观察到的特定植物-宿主相互作用凸显了针对特定不利环境条件建立定制的 PGPB-作物关联的必要性。
利用抗菌肽和孢子形成因子的靶向基因编辑对短小芽孢杆菌菌株进行表征
摘要：许多芽孢杆菌属物种因能够产生可防止疾病生长的抗菌肽而对植物有益。在本研究中，我们研究了芽孢杆菌3-19菌株及其衍生物在靶向基因组编辑后的拮抗活性。利用CRISPR-Cas9系统特异性地失活了芽孢杆菌3-19基因组中的两个具有抗菌作用的肽基因——芽孢杆菌素 (bac) 和细菌素 (bact)，以及编码孢子形成西格玛因子的sig F基因。由于芽孢杆菌3-19基因组中靶基因的失活，对蜡状芽孢杆菌和布伦纳泛菌的抗菌活性降低，其中对芽孢杆菌素的影响明显。当 bac 、 bact 和 sig F 基因失活时，培养物的生长动态发生变化，并且变异菌株的蛋白水解活性较低。通过失活 sig F 基因获得了 B. pumilus 3-19 的无孢子突变体。已经证明，bacilysin 在 B. pumilus 3-19 对土壤微生物的拮抗作用的形成中起着独特的作用。
沙门氏菌菌株中1类整合子的基因盒的抗菌抗性和分子表征
2022年3月8日收到； 2022年6月23日接受；于2022年9月7日出版作者分支：1个Weifang People Hospital的临床实验室，中国山东省Weifang街151号； 2中国山东省Qingdao Binhai大学临床实验室临床实验室。*通信：Shirong Li，LSR2270@163. COM关键字：1类Integron;沙门氏菌；抗生素抗性；发起人。缩写：氨苄青霉素的放大器； AZ，阿奇霉素； Caz，头孢济； CIP，环丙沙星； CRO，头孢曲松； Inti1，1级整数； Lev，左氧氟沙星； MDR，多药电阻； MIC，最小抑制浓度； PCR，聚合酶链反应； SXT，甲氧苄啶/磺胺甲恶唑。存储库：GenBank No。KY399738.1（样本号 68）; GenBank No。 KY399738.1（样本号 77）; GenBank No。 fr875297.1（示例号 45）; GenBank No。 CP054232.1（样本号 79）; GenBank No。 CP033636.1（样本号 35）; GenBank No。 EU675686.2（样本号 44）。 001574©2022作者KY399738.1（样本号68）; GenBank No。KY399738.1（样本号 77）; GenBank No。 fr875297.1（示例号 45）; GenBank No。 CP054232.1（样本号 79）; GenBank No。 CP033636.1（样本号 35）; GenBank No。 EU675686.2（样本号 44）。 001574©2022作者KY399738.1（样本号77）; GenBank No。fr875297.1（示例号45）; GenBank No。CP054232.1（样本号79）; GenBank No。CP033636.1（样本号 35）; GenBank No。 EU675686.2（样本号 44）。 001574©2022作者CP033636.1（样本号35）; GenBank No。EU675686.2（样本号 44）。 001574©2022作者EU675686.2（样本号44）。001574©2022作者
具有各种生物膜表型的四个假单胞菌临床菌株的基因组序列
囊性纤维化（CF）患者的肺肺部容易受到铜绿假单胞菌的感染（1）。cf肺通常由形成生物膜的非粘液铜绿假单胞菌菌株定植，并且在粘液菌株过量产生藻酸盐的出现后发生慢性感染（2）。他们的生物膜对抗生素和IMUNE介质具有高度抗性，并导致肺部下降（2，3）。铜绿假单胞菌菌株是从慢性感染的成年CF患者的痰液样本中分离出来的，并在法国南特的中心医院大学中心。由于这些痰样品仅用于分离细菌，但不用于人类细胞或人类DNA，因此法国法律（2016-1537，2016年11月16日）不要求由机构伦理委员会审查和批准该研究或参与者提供书面或言语知情的同意。细菌，并使用基质辅助激光解吸离子 - 流量质量光谱法（MALDI-TOF MS [VITEK; VITEK; BIOMERIERIEUX; BIOMERIERIEUX，MARCY-LECELANCE，france）鉴定为铜绿假单胞菌。使用了每个患者的单个分离株。主要基于它们的生物膜结构和粘液表型，分离株MUC-N1，MUC-N2，MUC-P4和MUC-P5被选择构成用于测试抗体FILM化合物的应变板（M. Simon，E.Pernet，E.Pernet，E.Pernet，E.Jouault，A.Jouault，E.Portier，E.M.Boukigb，S.Boukig，S。Pinaud，C。 POC-Duclairoir，M。G。J. Feuilloley，O。Lesouhaitier，J。Caillon，S。Chevalier，A。Bazire和A. Dufour，提交出版），促使我们对其基因组进行了测序。在37°C下在液体LB培养基中生长在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。 使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。 在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。 默认参数用于所有软件，除非另有说明。 使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc 检查其质量在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。默认参数用于所有软件，除非另有说明。使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc