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对遗传上不同的恶性疟原虫菌株进行条形码编码，以比较评估其适应性和抗疟药物耐药性
摘要 恶性疟原虫对抗疟药物（包括目前最前沿的抗疟药物青蒿素）的耐药性不断出现，是疟疾控制的一个长期问题。下一代测序大大加速了耐药性相关基因多态性的鉴定，但也凸显了需要更灵敏、更准确的实验室工具来分析现在和未来的抗疟药物，并量化耐药性获得对寄生虫适应度的影响。适应度和药物反应之间的相互作用对于理解为什么特定的遗传背景更能推动自然种群中耐药性的进化至关重要，但寄生虫适应度状况对耐药性流行病学的影响通常很难在实验室中准确量化，因为检测的准确性和通量有限。这里我们提出了一种可扩展的方法来分析基因上不同的恶性疟原虫菌株的适应度和药物反应，这些菌株对几种抗疟药的敏感性有很好的描述。我们利用 CRISPR/Cas9 基因组编辑和条形码测序来追踪整合到非必需基因 (pfrh3) 中的独特条形码。我们在三种具有不同地理来源的菌株的多重竞争性生长测定中验证了这种方法。此外，我们证明这种方法可以成为一种追踪青蒿素反应的有力方法，因为它可以在多种寄生虫系混合物中识别出青蒿素抗性菌株，这表明了一种在条形码寄生虫系文库中扩展费力的环状阶段存活率测定的方法。总的来说，我们提出了一种新颖的高通量方法，用于多重竞争性生长测定来评估寄生虫的适应度和药物反应。
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染
高羊茅的新内生菌菌株的基因组表征显示了杂交后基因组碎片
1 Institute of Plant Breeding, Genetics and Genomics, University of Georgia, Athens, GA 30602 2 Department of Plant Biology, University of Georgia, Athens, GA 30602 3 Genomics and Bioinformatics Research, USDA-ARS, Athens, GA 30605 4 Department of Crop and Soil Sciences, University of Georgia, Athens, GA 30602 ABSTRACT Interspecific hybridization in真菌在真菌进化和潜在商业应用中的作用引起了人们的关注。成功的杂交可以增强适应性并促进对新生态壁ches的适应。然而，真菌中杂交的基因组后果知之甚少。epichloë是一种真菌属，包括非杂交和杂化物种，通过寄生虫杂交和无性繁殖形成杂种。某些Epichloë杂种具有商业意义，因为它们将Lolium arundinaceum（Schreb。）殖民地殖民darbysh。，一种至关重要的草料和草皮草。在这项研究中，我们试图为两个先前未表征的Epichloë杂种菌株生成高质量的基因组组件，这两种菌株都类似于Epichloësp。fatg-3。我们旨在表征它们的基因组，并检查寄生间种间杂交对真菌基因组结构的影响。我们的结果表明，这两种菌株的基因组都富含富裕的块和重复元素。与推定的祖细胞基因组进行比较后，我们观察到明显的碎裂和重排。尽管存在基因组不稳定性，但仍保留了来自每个祖细胞物质的85％以上的基因同源物。这项研究表明，虽然寄生虫杂交显着改变了基因组结构，但并未显着影响基因含量。
液 - 液相分离和α-核蛋白的构象菌株：对帕金森氏病发病机理的影响
帕金森氏病（PD）和其他突触核心病的特征在于脑细胞中α-核蛋白（α -Syn）的聚集和沉积，形成不溶性内含物，例如Lewy身体（LBS）和Lewy Neurites（LNS）。α -syn的聚集是一个复杂的过程，涉及从其天然随机线圈到富含β-呈β-片的定义明确的二级结构，形成淀粉样蛋白样纤维。证据表明，在此转化过程中形成的α -Syn聚集体的中间物种是细胞死亡的原因。然而，与α -Syn聚集有关的分子事件及其与疾病发作和进展的关系尚未完全阐明。此外，在各种突触核力病中观察到的临床和病理异质性。液态液相分离（LLP）和凝结物的形成已被提议作为可能是α -Syn病理学的替代机制，并有助于在突触核生石病中看到的异质性。本综述着重于细胞环境在α -Syn构象重排中的作用，这可能导致病理学和存在不同毒性模式的不同α -Syn构象应变。讨论将包括细胞应激，异常LLP形成以及LLP在α -Syn病理学中的潜在作用。
细胞和转录组对致病性和非致病性弧菌性副溶血性菌株的菌株，导致急性肝癌坏死疾病（AHPND）litopenaeus vannamei
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2023年11月8日。 https://doi.org/10.1101/2023.11.08.566166 doi：biorxiv preprint
使用综合生物信息学方法设计针对多种水痘带状疱疹病毒株的多价疫苗
2 孟加拉国吉大港大学生物科学学院遗传工程与生物技术系，3 印度浦那 Sinhgad 技术教育协会 Sinhgad 药学院药物化学系，4 孟加拉国达卡圣母学院，5 孟加拉国吉大港国际伊斯兰大学药学系，6 内蒙古自治区高校人畜共患病预防与控制重点实验室，内蒙古民族大学医学院，中国通辽，7 郑州大学第二附属医院脑血管病科，中国郑州，8 加拿大阿尔伯塔省卡尔加里大学微生物学、免疫学和传染病系，9 孟加拉国吉大港大学生物科学学院微生物学系
RADA和DNA聚合酶在重组中的作用 - ...
摘要：背景：使用基因组数据，我们确定了MRSA ST398分离株的起源，该分离物是无知的牲畜接触患者的侵入性感染。方法：我们使用Illumina Technique测序了2013年至2017年之间具有侵入性感染患者的七个MSSA和四种MRSA ST398分离株的基因组。预言相关的毒力基因和耐药基因。为了确定分离株的起源，其基因组序列被包括在系统发育分析中，还包括NCBI上可用的ST398基因组。结果：所有分离株都带有ϕ SA3预言，但是免疫逃避簇的变化：MRSA分离株中的C型，MSSA分离株中的B型B型。所有MSSA都属于SPA Type T1451。MRSA菌株具有相同的SCC MEC类型IVA（2B）盒式盒子，属于SPA型T899，T4132，T1939和T2922。所有MRSA都携带四环素抗性基因TET（M）。系统发育分析表明，MSSA分离株属于人类相关的分离株，而MRSA分离株属于含有牲畜相关的MRSA的簇。结论：我们表明临床分离株MRSA和MSSA ST398具有不同的起源。通过牲畜相关的MRSA分离株对毒力基因的获取使它们能够在人类中诱导侵袭性感染。
检测汤利亚地区腹泻的大肠杆菌中的耐药性：多药抗性菌株的分析
结果：结果表明，所有40种分离的大肠杆菌菌株均表现出对磺胺嗪钠，Enrorofuins和环丙沙星的耐药性，其中90％的菌株易受多型多糖质B。值得注意的是，应变11、23和24表现出严重的抗性。抗生素耐药性基因TEM-1，TEM-206，Stra，Strb，Qach和Blactx的检测率为100％，表明这些基因的患病率很高。此外，大多数菌株携带抗生素抗性基因与其抗性表型一致。wg菌株11、23和24个揭示了4,897,185 bp，4,920,234 bp和4,912,320 bp的基因组大小。这些菌株分别携带两个，一个和两个质粒。抗生素抗性基因的预测显示了基因组中的这些基因中的大量数量，菌株24具有最高数量，总计77个含有88种抗生素耐药基因的亚种。
