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全基因组测序揭示了智利临床弯曲杆菌菌株中 T3SS 和 T6SS 效应子候选物的基因组多样性和独特库的变化
1 智利圣地亚哥大学医学院 ICBM 细胞和分子生物学项目，2 智利圣地亚哥德国临床实验室，智利圣地亚哥发展大学医学院德国临床实验室，3 智利圣地亚哥发展大学医学院医学科学与创新研究所 (ICIM)，4 智利圣地亚哥安德烈贝罗大学生命科学学院生物信息学和综合生物学中心，5 美国马里兰州学院公园市食品药品管理局食品安全与应用营养中心，6 智利圣地亚哥安德烈贝罗大学医学院和生命科学学院生物医学科学研究所，7 生物医学研究中心' dicas y Aplicadas (CIBAP)，医学院，智利圣地亚哥大学医学科学学院，智利圣地亚哥
非洲优良水稻品种的基因组编辑使其能够抵抗地方性和新兴的稻瘟病病原菌菌株
由水稻白叶枯病 (BB) 病原菌 (Xoo) 引起的水稻细菌性叶枯病威胁着全球粮食安全和小规模水稻生产者的生计。对来自亚洲、非洲和美洲的 Xoo 样本的分析表明，尽管全球大米贸易强劲，但其分布却呈现出令人惊讶的大陆隔离现象。本文，我们报告了坦桑尼亚前所未有的 BB 疫情。与地方性的 Xoo 不同，病原菌株携带针对蔗糖转运蛋白 SWEET11a 并抑制 Xa1 的亚洲型 TAL 效应物。系统基因组学将这些菌株与来自中国的 Xoo 菌株聚集在一起。非洲水稻品种没有携带合适的抗性基因。为了保护非洲水稻生产免受这种新出现的威胁，我们开发了一种混合 CRISPR-Cas9/Cpf1 系统来编辑东非优良品种 Komboka 的三个 SWEET 启动子中的六个 TALe 结合元素。经过编辑的品系表现出对亚洲和非洲Xoo菌株的广谱抗性，包括最近在坦桑尼亚发现的菌株。这一策略可能有助于保护全球水稻作物免受BB大流行的影响。
代表性的Paenibacillus polymyxa，Cereus芽孢杆菌，Fictibacillus sp。和Brevibacillus agri菌株的基因组序列草案序列草案序列。
此处介绍的菌株先前是在2016年从ADE土壤和两个不同的普通豆品种的实验中分离出来的，表现出对土壤传播病原体的抗氧体的抗性水平。该实验是在圣保罗大学农业核能中心进行的（22°42'27.60“ S，47°38'41.17” W）（4）。植物，并摇动根以去除松散的粘附土壤。用无菌刷子收集牢固的土壤，并被认为是根际土壤。用于微生物分离，将1 g根际土壤与9 ml盐水溶液（8.5 g L-1 NaCl）混合。串行稀释液（10 -1至10 -6），然后转移到国王中板上（5）。在25°C孵育48小时后，使用条纹板法分离了菌落。从分离株中提取总DNA。
囊膜多糖抑制疫苗诱导的O-抗原抗体结合和功能，跨经典和高度鞭打的K2：O1的Klebsiella pneumoniae
克雷伯氏菌肺炎作为两种循环病原体：经典k。肺炎（C KP）和高毒性k。肺炎（HV KP）。经典的分离株由于其抗生素抗性概况而被视为紧急威胁，而HV KP分离株历史上易感性易感性。最近在HV KP和CP中都观察到了抗生素耐药性的提高，进一步强调了对预防和有效免疫疗法的需求。作为针对K的疫苗候选物，两种不同的表面多糖已获得了吸引。肺炎：囊囊多糖和脂多糖的O-抗原。尽管两个目标都具有实际的优势和缺点，但尚不清楚疫苗中包括哪种抗原将为匹配的K提供优越的保护。肺炎菌株。在这里，我们报告了两种生物偶联疫苗的产生，一种靶向K2囊型血清型，另一种靶向O1 O-抗原。使用鼠模型，我们研究了这些疫苗是否诱导了识别K2：O1 K的特定抗体反应。肺炎菌株。虽然每种疫苗在小鼠中都是免疫基因的，但在存在胶囊的情况下，C KP和HV KP菌株均表现出O-抗体结合的降低。此外，O1抗体在血清中杀死的杀伤力降低，并带有封闭菌株，表明存在K的存在。肺炎胶囊阻断O1抗体结合和功能。最后，在两个不同的鼠感染模型中，K2疫苗对C KP和HV KP的O1疫苗的表现优于O1疫苗。这些数据表明，由于胶囊阻断了O-抗原，基于胶囊的疫苗可能优于靶向HV KP和某些C KP菌株的O-抗原疫苗。
非洲优良水稻品种的基因组编辑使其能够抵抗地方性和新兴的稻瘟病病原菌菌株
1 杜塞尔多夫海因里希·海涅大学分子生理学研究所，德国杜塞尔多夫；2 国际水稻研究所，菲律宾洛斯巴尼奥斯；3 蒙彼利埃大学植物健康研究所 (PHIM)、IRD、CIRAD、INRAE、农业研究所，法国蒙彼利埃；4 密苏里大学邦德生命科学中心植物科学与技术部，美国哥伦比亚；5 坦桑尼亚农业研究所 (TARI)-Uyole 中心，坦桑尼亚联合共和国姆贝亚；6 国际水稻研究所，东部和南部非洲地区，肯尼亚内罗毕；7 国际水稻研究所 (IRRI)，非洲区域办事处，肯尼亚内罗毕；8 唐纳德·丹佛斯植物科学中心，美国圣路易斯；9 名古屋大学转化生物分子研究所，ITbM，日本名古屋
摘要：船只的淹没表面充当微生物种子库，在海洋栖息地中引入了非土著微生物菌株。这个stu
摘要：船只的淹没表面充当微生物种子库，在海洋栖息地中引入了非土著微生物菌株。这项研究的重点是使用标准技术在尼日利亚拉各斯州的Badagry Lagoon中从水和淹没的油漆船体中分离的细菌的形态，生化和分子表征。对于水样和船体样品，获得的平均细菌密度分别为1.9 x 10 9 cfu/ml和2.03 x 10 4 cfu/g。形态学，生化和分子表征证实了细菌为枯草芽孢杆菌，B。flexus，B。Cereus，B。Cereus，Brevibacillus Agri，Aeromonas unomonas untctata，sciuri葡萄球菌，B。Licheniformis，licheniformis，kurthia gibsoniii and leclercia adecia adecia adecabbbbebylylylya。该研究的结果表明，某些分离株（B. cereus，B。flexus，S。Sciuri和L. adecarboxylata）是致病性的，而其他分离株（Agri和A. punctate）是机会性病原体。本研究中分离出的致病菌株比例大于非致病菌株。doi：https：//dx.doi.org/10.4314/jasem.v27i7.34 Open Access策略：Jasem发表的所有文章都是由AJOL提供的PKP的开放式访问文章。这些文章在出版后立即在全球范围内发布。不需要特别的许可才能重用Jasem发表的全部或部分文章，包括板，数字和表。版权策略：©2023作者。本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International（CC-By-4.0）许可证的条款和条件分发的开放式文章。（2023）。J. Appl。SCI。SCI。，只要引用了原始文章，就可以在未经许可的情况下重复使用本文的任何部分。将本文列为：Obidi，O。F; Soyinka，O。O； Kamoru，T。A.从水和尼日利亚拉各斯州巴达格泻湖的水和淹没的油漆船体中分离出的细菌的形态，生化和分子特征。环境。管理。27（7）1579-1589日期：收到：2023年6月12日；修订：2023年6月21日；接受：2023年7月4日出版：2023年7月30日关键字：油漆；船体； Badagry泻湖；分子表征；生物污染微生物由于其无处不在的性质在各种环境中自然可用。这些微生物通过使用周围环境中的营养来生长和繁殖而生长。在其他时候，微生物与周围不同种类的微生物形成复杂的关联。该关联有助于提供单个微生物无法综合的代谢产品。一个例子是为协会的厌氧成员创建厌氧微环境。在其他时候，微生物通过合成保护抗菌剂的保护性基质来形成生物膜。海洋菌群的侵略性在适应环境条件变化时会增加。已经发现，污染水的许多材料的腐蚀速率是相对干净
实验室负鼠 Monodelphis domestica 八个品系的遗传和基因组结构 熊晓 1,2 , Paul B. Samollow 3 , 曹文琪 1
1 奥本大学兽医学院病理生物学系，阿拉巴马州奥本 36849，美国 2 同济大学生命科学与技术学院，上海，中国 3 德克萨斯 A&M 大学兽医学与生物医学学院兽医整合生物科学系，德克萨斯州大学城 77843，美国 4 上海交通大学医学院上海精准医学研究所、上海市第九人民医院整形重建外科，上海，中国 5 德克萨斯大学里奥格兰德河谷分校医学院南德克萨斯糖尿病与肥胖研究所和人类遗传学系，德克萨斯州布朗斯维尔 78520，美国 6 阿拉巴马农业实验站，阿拉巴马州奥本 36849，美国 7 HudsonAlpha 生物技术研究所，阿拉巴马州亨茨维尔 35806，美国 † 通讯作者：王旭 电话：(334) 844-7511 传真：(334) 844-2618 电子邮件：xzw0070@auburn.edu ORCID：0000-0002-7594-5004 共同作者电子邮件地址：XX，xzx0019@auburn.edu；PBS，psamollow@cvm.tamu.edu，WC，wzc0047@auburn.edu；RM，Richard.Metz@ag.tamu.edu；CZ，zhangchao@shsmu.edu.cn；ACL，ana.leandro@utrgv.edu；JLV，john.vandeberg@utrgv.edu。 运行标题：实验室负鼠的种群遗传学 关键词：Metatheria、有袋动物、SNP 发现、遗传多样性、种群结构
接种二价 COVID-19 疫苗后对疫苗株和 Omicron 亚型（BQ.1.1、BN.1、XBB.1 和 EG.5）的长期体液和细胞免疫
自 2019 年 12 月首次出现以来，严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 一直在全球传播，尽管全球为遏制该病毒做出了诸多努力。截至 2024 年 2 月，全球每月报告约 500,000 例 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 病例和 10,000 例死于 COVID-19 的病例 (1)。自 2021 年底出现 Omicron 变体以来，其亚变体已广泛传播并持续存在 (2)。在公共卫生方面，接种疫苗是降低 COVID-19 发病率和死亡率最有效的措施。疫苗诱导的免疫力会因宿主和环境因素而有所不同，例如年龄、性别、合并症、先前存在的免疫状态、疫苗配方和接种间隔 (3 – 6)。针对野生型 (WT) SARS-CoV-2 和 Omicron 亚变体 (BA.4/BA.5 或 BA.1) 的二价 COVID-19 疫苗已被开发出来，以增强对 Omicron 亚变体的免疫力 (7)。2022 年 10 月，当二价 COVID-19 疫苗首次在韩国推出时，韩国的主要亚变体是 BA.5，后来逐渐被 BN.1 取代。BN.1 是 2022 年 12 月至 2023 年 3 月最流行的亚变体，此后被 XBB 亚谱系取代 (2)。研究发现，二价 COVID-19 疫苗的实际有效性因研究期而异 (8 – 10)。以色列 2022 年 9 月至 2023 年 1 月进行的一项研究发现，疫苗对住院率的有效性为 72% (8)。然而，2023 年 12 月至 4 月在英国进行的一项研究发现，疫苗对住院的有效性较低，从 29.7% 到 52.7% 不等，具体取决于传播的 SARS-CoV-2 变体的流行程度 ( 9 )。这些研究利用医疗保健数据库，有一个严重的缺点，即依赖于报告的病例。在没有严格监测 SARS-CoV-2 感染的情况下，大量 COVID-19 病例可能无法得到实验室确诊，特别是在有效抗病毒药物有限的环境中。因此，评估疫苗对 SARS-CoV-2 感染的有效性具有挑战性，这对于抑制正在进行的 COVID-19 大流行至关重要。考虑到 SARS-CoV-2 的快速进化和免疫力随时间的减弱，评估对病毒变体的长期和交叉反应免疫对于制定最佳疫苗接种策略至关重要。已知中和抗体 (NAb) 可预防 SARS-CoV-2 感染，而细胞免疫可能降低 SARS-CoV-2 感染的严重程度（11-13）。迄今为止，很少有研究分析接种二价 COVID-19 疫苗后的长期体液和细胞免疫，尤其是接种新型二价 COVID-19 疫苗后的长期体液和细胞免疫。在本研究中，我们的目的是评估接种疫苗后长达 9 个月的长期体液免疫以及双价 COVID-19 疫苗接种后对不同 Omicron 亚变体的交叉反应体液/细胞免疫。
尼泊尔各个地理区域的尼泊尔个体的口腔微生物多样性
一项全面的研究涵盖了整个尼泊尔17个不同地点的口服患者的153个样本的收集。各种样品包括牙齿牙齿，牙菌斑和牙科微积分，是从牙科诊所，牙科医院和牙科营地中购买的。采用六种不同的培养基，即营养琼脂（NA），Muller Hilton琼脂（MHA），甘露醇盐琼脂（MSA），血液琼脂（BA），脑心脏输液琼脂（BHA）和马铃薯糊精琼脂（PDA），用于潜在的Fungal strains，用于5-7°C，用于潜在的Fungal strains for Fungal strains for Fungal strains。随之而来的细菌菌落被明智地分离出来，其形态和生化特征被仔细检查。研究了细菌细胞的显微镜结构，考虑了形状，大小，颜色，不透明度和纹理。革兰氏阴性染色，并评估每个菌落的生化属性的蛋白酶，果胶酶，纤维酶和脂肪酶。从牙科样品中分离出来的1200个菌落，以形态和生化特征区别的300个不同的菌落被选择以进一步的分类学鉴定。Subsequent sequencing revealed the identification of 60 distinct species within 21 genera of bacterial isolates, including Achromobacter , Bacillus , Chryseobacterium , Citrobacter , Curtobacterium , Enterobacter , Enterococcus , Escherichia , Flavobacterium , Klebsiella , Kocuria , Lyinibacillus , Novosphingobium , Ochrobactrum , Proteus，pseudomonas，sporosarcina，葡萄球菌，stnotrophomonas，serratia和链球菌。这项研究强调了口服样本中各种致病细菌物种的存在。
喀麦隆（中非）城市地区地下和雨水中分离出的某些芽孢杆菌菌株的抗生素敏感性以及季节变化的潜在影响
Morelle Raïsa Djiaala Tagne、Mireille Ebiane Nougang、Edith Brunelle Mouafo Tamnou、Awawou Manouore Njoya、Pierrette Ngo Bahebeck、Samuel Davy Baleng、Paul Aain Nana、Yves Yogne Poutoum、Genevieve Bricheux、Claire Stéphane Metsopkeng、Télesphore Sime-Ngando 和 Moïse Nola DOI： https://doi.org/10.22271/micro.2023.v4.i1b.72 摘要 这项研究评估了在雅温得（喀麦隆）的井和雨水样本中分离的蜡状芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌菌株的抗生素敏感性。在长旱季 (LDS)、短旱季 (SDS)、长雨季 (LRS) 和短雨季 (SRS) 期间每月收集水井水样，对于雨水则在 LRS 和 SRS 期间收集。考虑的抗生素包括亚胺培南、阿米卡星、庆大霉素、环丙沙星、氧氟沙星、磺胺甲唑和四环素。对于来自地下水的菌株，对于苏云金芽孢杆菌，抗生素抑制直径从 9.13 毫米（SDS 期间的磺胺甲唑）到 32.78 毫米（LDS 期间的亚胺培南），对于蜡状芽孢杆菌，抗生素抑制直径从 8.2 毫米（SDS 期间的磺胺甲唑）到 35.25 毫米（LDS 期间的亚胺培南）不等，对于枯草芽孢杆菌，抗生素抑制直径从 5.05 毫米（LRS 期间的氧氟沙星）到 29.25 毫米（LDS 期间的亚胺培南）。雨水中的芽孢杆菌直径从 4.55 mm（LRS 期间使用磺胺甲唑）到 25.65mm（LRS 期间使用亚胺培南），蜡状芽孢杆菌从 2.13 mm（LRS 期间使用亚胺培南）到 20.05mm（SRS 期间使用亚胺培南），枯草芽孢杆菌从 5.03 mm（SRS 期间使用庆大霉素）到 25.15mm（SRS 期间使用四环素）。LRS 期间分离出的芽孢杆菌菌株对大多数抗生素具有多重耐药性。大多数抗生素的抑菌直径在不同季节之间存在显著差异（p<0.05）。关键词：抗生素敏感性，芽孢杆菌菌株，地下水和雨水，抑菌直径变化 1. 引言 不同国家的水消耗量差异很大。这取决于其发展、人口和资源本身。当水被污染时，水会成为许多疾病的主要传播媒介之一，而这些疾病是导致人类或动物大规模流行病的原因。污染源包括河流、水体、咸水以及雨水、露水、雪和极地冰。每种环境中的水都可能被化学物质和微生物污染，包括原生动物、病毒和细菌 [1] 。水环境中有各种细菌科。这些微生物具有各种特性。通常用于识别细菌微生物的一些特性是革兰氏染色细胞壁和产孢特性。芽孢杆菌属细菌被称为革兰氏阳性菌和产孢菌。它们存在于空气、水中或土壤中 [2] 。对于人类来说，一些芽孢杆菌种是病原体或机会性病原体，而另一些只是共生菌。然而，细菌的共生特性取决于其环境中的几个因素 [3] 。除了食物中毒外，这些细菌会引起局部和全身感染，有时会导致患者死亡 [4, 5] 。多年来，人们也认识到生物颗粒对大气过程的潜在相关性 [6, 7] 。空气中的生物颗粒作为一个整体也被称为生物气溶胶。它们可以包括细菌细胞和细胞碎片、真菌孢子和真菌