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环状单链 DNA 是一种优良的同源性 - ...
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 12 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.12.01.518578 doi：bioRxiv preprint
使用长单链寡核苷酸供体在秀丽隐杆线虫中高效地进行 CRISPR/Cas9 介导的大型插入
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 9 月 27 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.09.26.509570 doi：bioRxiv 预印本
单链环状 DNA 治疗诊断
过去十年见证了核酸治疗和诊断（治疗诊断学）的蓬勃发展。与传统的小分子药物或蛋白质生物制剂不同，核酸治疗诊断学具有以下特征：作为“信息药物”，它具有编码和执行遗传和治疗诊断信息的内在能力、易于进行核酸工程编程、内在刺激或调节免疫调节、多功能功能以及在热变性或化学变性后易于构象恢复。单链环状 DNA (circDNA) 是一类具有共价闭合拓扑结构的单链 DNA (ssDNA)。除了核酸基材料的基本优势（例如低成本、生物相容性和化学修饰简单性）外，circDNA 中没有末端可防止核酸外切酶降解，从而相对于相应的线性 ssDNA 具有增强的生物稳定性。circDNA 已被用于多种治疗诊断应用。例如，circDNA 已被广泛研究作为生物分析信号扩增的模板和通过滚环扩增 (RCA) 和滚环转录 (RCT) 技术合成纳米/微米/宏观生物材料。circDNA 也被常用作多功能 DNA 折纸自组装的支架。最后，circDNA 已被用作治疗诊断适体、miRNA 抑制剂以及成簇的规律间隔的短回文重复序列 - CRISPR 相关蛋白 (CRISPR-Cas) 基因编辑供体。在这篇综述文章中，我们将讨论 circDNA（不包括双链环状 DNA，如质粒）的化学性质、特性和治疗诊断应用；我们还将展望该研究领域的挑战和机遇。
PNA辅助dnazymes裂解双链DNA，用于具有高序列保真度的基因工程
摘要：Dnazymes已被广泛用于许多传感和成像应用中，但是自1994年发现以来，很少使用基因工程，因为它们的底物范围主要限于单链DNA或RNA，而遗传信息则存储在双链DNA（DSDNA）中。为了克服这一主要局限性，我们在这里报告了肽核酸（PNA）辅助双链DNA通过dnazymes（Panda）辅助的DNA迹象，这是将Dnazyme活性扩展到DSDNA的第一个例子。我们表明，熊猫在有效划痕或导致靶dsDNA上有双链破裂是可以编程的，靶DsDNA模仿了蛋白质核酸酶，并且可以充当分子克隆中的限制酶。除了比蛋白质酶小得多，在我们测试的条件下，熊猫还具有更高的序列保真度，这证明了其作为基因工程和其他生化应用的新型替代工具的潜力。
通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体
总结本申请说明证明了将SGRNA序列插入靶向DNA组件的9.5 kb载体中的便利性。与传统的克隆方法不同，必须合成和重新弥补两个寡核体，该新协议提供了一种设计寡核的简单方法，并与所需的向量组装。Nebuilder HIFI DNA组装主混合物对传统方法的实质性改进，特别是节省时间，易用性和成本。
DNA组装与合成生物学
总结本申请说明证明了将SGRNA序列插入靶向DNA组件的9.5 kb载体中的便利性。与传统的克隆方法不同，必须合成和重新弥补两个寡核体，该新协议提供了一种设计寡核的简单方法，并与所需的向量组装。Nebuilder HIFI DNA组装主混合物对传统方法的实质性改进，特别是节省时间，易用性和成本。
通过体内产生单链 DNA 进行高通量功能变体筛选
与自然界中存在的巨大变异和基因组工程师设想的巨大变异相比，创建和表征单个遗传变异的规模仍然有限。在这里，我们介绍了逆转录子文库重组 (RLR)，这是一种高通量功能筛选方法，其规模和特异性超过了 CRISPR-Cas 方法。我们利用逆转录子的靶向逆转录活性在体内产生单链 DNA (ssDNA)，以 > 90% 的效率整合编辑并实现多路复用应用。RLR 同时引入了许多基因组变异，产生了可通过靶向深度测序寻址的汇集和条形码变异库。我们使用 RLR 对合成的抗生素抗性等位基因进行汇集表型分析，展示了相对增长率的定量测量。我们还使用进化细菌的剪切基因组 DNA 进行 RLR，通过实验查询数百万个序列以寻找因果变异，证明 RLR 特别适合利用大量的自然变异库。使用体内产生的 ssDNA 进行汇集实验为探索整个基因组的变异提供了途径。
海报：使用单链 DNA 模板进行高效的同源定向修复
(ssDNA) 是优于 dsDNA 的 HDR 模板。在此，我们报告了一项系统研究，比较了 HEK293 细胞中的 dsDNA HDR 模板和 IDT Ultramer® 寡核苷酸 ssDNA HDR 模板。测试了链选择和同源臂长度，以确定 HDR 在 Cas9 dsDNA 断裂点创建新的限制位点（6 个碱基插入）的效率。使用较长 ssDNA HDR 模板的初步实验表明，与较短 ssDNA 模板具有类似的优势和行为。具有不对称同源臂的模板的 HDR 插入。使用具有不对称同源臂的 HDR 模板导致 EcoRI 插入率与对称同源臂的插入率相似。使用靶向链模板获得了高 HDR 效率，其中
摘要：人类免疫缺陷病毒类型1（HIV-1）的逆转录酶（RT）是转化单链VIR div>的必需酶
摘要：人免疫缺陷病毒类型1（HIV-1）的逆转录酶（RT）是必需的酶，将单链病毒RNA基因组转化为双链病毒病毒DNA。非核苷逆转录酶抑制剂（NNRTIS）对于开发新型有效抑制剂而引人入胜，因为它们具有很高的敏感性和高特异性。但是，发生突变引起的耐药性的快速发展。如今，影响HIV-1 RT突变的新型nnrtis具有挑战性。在这项研究中，一些新的NNRTI被研究如下。 （1）发现一系列的NNRTIS吡嗪酮可活跃于野生型HIV-1 RT，其中一些也对突变的HIV-1 RT也有效。因此，需要吡唑酮与HIV-1 RT的特异性结合模式，以暗示针对野生和突变的HIV-1 RT的新型有效nnrtis的设计。已经应用了分子对接，3D-QSAR和量子化学计算的组合。选择了每个吡嗪酮的对接构象来构建COMFA和COMSIA模型。这两个模型都表明，在氨基苯基位置处的取代基更喜欢笨重，吸电子，H-copceptor和不利的疏水基团。此外，在化合物No之间获得的相互作用能量。9和量子化学计算的结合口袋显示与GLU138（b）的重要相互作用。使用6-31G（D），6-31G（D，P），6-311G（D）和6-311G（D）和6-311G（D）（D，P）基集，使用B3LYP和MP2方法计算B3LYP和MP2方法之间的相互作用能与BSSE进行。（2）HIV-1逆转录酶抑制剂的相互作用，S-3-乙基-7-氟-4-异丙氧基 - carbonyl-3,4-二氢 - Quinoxalin-2（1H）-Nyoxalin-2（1H）-One（1H） - 酮（GW420867X）（GW420867X），并使用野生型HIV-1 RT结合袋，使用量化量化量。尤其是，使用各种模型计算出与抑制剂结合的最重要氨基酸的相互作用能量，以评估必须考虑哪些终止残基。最佳结果证实了GW420867X通过铵基和Lys101的骨架原子之间的氢键形成了与Lys101最重要的相互作用。结果对于描述NNRTIS的结合模式并提出了新的有效NNRTIS的设计。