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生物弦：高效操纵生物弦
查找回文..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................11 GENETIC_CODE....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................14 获取序列....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................14 获取序列.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ... . . . . . . . . . . . . 19 IUPAC_CODE_MAP . ... .................................................................................................................................................................................................................................................................. 23 longestConsecutive .................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 lowlevel-matching .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 MaskedXString-class .................................................................................................................................................................. . ... ................. ... . . . 47 matchPDict-inexact . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . . . . . . . . . 67 removed_to_pwalign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 MultipleAlignment-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 needwunsQS . . . . . . . . . . . . . . . ... ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................81 pmatchPattern ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................85 preset_scoring_matrices ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................86 QualityScaledXStringSet 类。..................................................................................................................................................................................................................................................................................86 replaceAt ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................89 replaceLetterAt ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................93 reverse Complement .. ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................95 RNAString 类 ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................97 seqinfo 方法 ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................97 seqinfo 方法 .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 99 至复杂 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 xscat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 XString 类 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108 XStringPartialMatches 类 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 XStringQuality-类. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 XStringSet-类. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113 XStringSet-比较. . . . . . . . . . . . . . . . . ..................................................................................................................................................................................................119 XStringSet-io ........................................................................................................................................................................................................................................122 XStringSetList-class ........................................................................................................................................................................................................................................................129..................................................................................................................................................................................119 XStringSet-io ........................................................................................................................................................................................................................122 XStringSetList-类 ........................................................................................................................................................................................................................................129..................................................................................................................................................................................119 XStringSet-io ........................................................................................................................................................................................................................122 XStringSetList-类 ........................................................................................................................................................................................................................................129
JHEP01（2025）064
到目前为止，有关全息复杂性的文献几乎完全集中在（dÞ1） - 维抗 - de Sitter时空的背景下，而不是字符串或M理论中的全部高维仪表/重力二元性。我们提供了一个框架来研究全二元性中全息复杂性，从而解释了较高维理论中复杂性功能与抗抗清时空中的复杂性功能的关系，并且当复杂性功能可以普遍应用于衡量/重力二元性时，而不是特定的双对。我们还表明，仪表不变性以10维超级强度动作为关键示例来限制复杂性函数的边界项。最后，我们提出了按照这些考虑因素的新的通用复杂性函数，包括修订的规格不变的动作复杂性。
![b'Introfuction。现代宇宙学的目标之一是曲率扰动P（k）的原始功率谱的表征。在通货膨胀期间，长波长的量子波动在辐射和物质时代中经典和重新进入哈勃半径，从而为宇宙大规模结构中的重力不稳定性提供了初始种子。 P（k）上最严格的约束来自宇宙微波背景（CMB）各向异性的调查，揭示了在范围内非常大的尺度上的近规模不变的，略带红色的频谱[0。 001，0。 1] mpc \ xe2 \ x88 \ x92 1。 Planck DR3数据在k = 0时限制了p（k）的幅度a s。 05 MPC \ XE2 \ x88 \ x92 1及其规格索引到LN 10 10 A = 3。 044 \ xc2 \ xb1 0。 014和N S = 0。 9649 \ xc2 \ xb1 0。 0042分别为68％Cl [1]。银河系可以将这些约束扩展到O（1）MPC \ XE2 \ X88 \ X92 1，但较小的尺度仍然很大程度上不受限制。最近观察到在NHz频率上通过PUL-SAR计时阵列（PTA）[2 \ XE2 \ X80 \ X935]观察到对P（k）的兴趣很大，因为标量会产生这种标量的兴趣，因为标量会产生此类scgwb。 [6 \ xe2 \ x80 \ x938]在秤[10 7，10 9] mpc \ xe2 \ x88 \ x92 1。最近的研究表明，这种标量诱导的势波背景（SIGWB）](/simg/2/26d4b467966015605fd8b1d34fe521ce2741b56e.webp)
b'Introfuction。现代宇宙学的目标之一是曲率扰动P（k）的原始功率谱的表征。在通货膨胀期间，长波长的量子波动在辐射和物质时代中经典和重新进入哈勃半径，从而为宇宙大规模结构中的重力不稳定性提供了初始种子。 P（k）上最严格的约束来自宇宙微波背景（CMB）各向异性的调查，揭示了在范围内非常大的尺度上的近规模不变的，略带红色的频谱[0。 001，0。 1] mpc \ xe2 \ x88 \ x92 1。 Planck DR3数据在k = 0时限制了p（k）的幅度a s。 05 MPC \ XE2 \ x88 \ x92 1及其规格索引到LN 10 10 A = 3。 044 \ xc2 \ xb1 0。 014和N S = 0。 9649 \ xc2 \ xb1 0。 0042分别为68％Cl [1]。银河系可以将这些约束扩展到O（1）MPC \ XE2 \ X88 \ X92 1，但较小的尺度仍然很大程度上不受限制。最近观察到在NHz频率上通过PUL-SAR计时阵列（PTA）[2 \ XE2 \ X80 \ X935]观察到对P（k）的兴趣很大，因为标量会产生这种标量的兴趣，因为标量会产生此类scgwb。 [6 \ xe2 \ x80 \ x938]在秤[10 7，10 9] mpc \ xe2 \ x88 \ x92 1。最近的研究表明，这种标量诱导的势波背景（SIGWB）
b'Introfuction。现代宇宙学的目标之一是曲率扰动P（K）的原始功率谱的表征。在通货膨胀期间，在辐射和物质时代的哈勃半径经典和重新输入膨胀的半径时，长波长量子波动扩增，为重力不稳定的初始种子提供了宇宙大规模结构中的初始种子。P（k）上最严格的约束来自宇宙微波背景（CMB）各向异性的表达，揭示了在范围内非常大的尺度上的近规模不变的，略带红色的频谱[0。001，0。1] mpc \ xe2 \ x88 \ x92 1。Planck DR3数据在k = 0时限制了p（k）的幅度a s。05 MPC \ XE2 \ x88 \ x92 1及其Spec-Tral索引到LN 10 10 A = 3。044 \ xc2 \ xb1 0。014和N S = 0。9649 \ xc2 \ xb1 0。0042分别为68％Cl [1]。 银河系可以将这些约束扩展到O（1）MPC \ Xe2 \ x88 \ x92 1，但较小的尺度仍然很大程度上不受约束。 Recent observations of a Stochastic Gravitational Wave Background (SGWB) at nHz frequencies by Pul- sar Timing Arrays (PTA) [2\xe2\x80\x935] have sparked a signifi- cant interest in P ( k ) at much smaller scales, since scalar fluctuations can generate such a SGWB at second order in perturbation theory [6 \ xe2 \ x80 \ x938]在秤[10 7，10 9] mpc \ xe2 \ x88 \ x92 1。 如果下达，PTA测量值可能会在通货膨胀的后期提供有价值的信息，对理论模型产生了深远的影响。0042分别为68％Cl [1]。银河系可以将这些约束扩展到O（1）MPC \ Xe2 \ x88 \ x92 1，但较小的尺度仍然很大程度上不受约束。Recent observations of a Stochastic Gravitational Wave Background (SGWB) at nHz frequencies by Pul- sar Timing Arrays (PTA) [2\xe2\x80\x935] have sparked a signifi- cant interest in P ( k ) at much smaller scales, since scalar fluctuations can generate such a SGWB at second order in perturbation theory [6 \ xe2 \ x80 \ x938]在秤[10 7，10 9] mpc \ xe2 \ x88 \ x92 1。如果下达，PTA测量值可能会在通货膨胀的后期提供有价值的信息，对理论模型产生了深远的影响。最近的研究表明，这种标量引起的重力波背景（SIGWB）可以为PTA检测提供一个能力的解释，并且可能会对来自贝叶斯观察的许多其他候选者进行案例[9，10]（但是，请参阅[9 \ xe2 \ x80 \ x80 \ x9313]，以ellite tountion of Extimation of Exteration to inton of toseation portod of tosod of tosod of to pod stod of pod，以供pbod of profod of prod。 [11 \ xe2 \ x80 \ x9316]用于替代分析）。因此，设计这一假设的进一步检验至关重要，并且与cos-'
弦理论简介抽象内容
这些讲义不应该替代文献中可用的教科书和评论。实际上，它们是基于它们的。但是，在课程中，我遵循了一条非标准的路径，这些音符可以在正确的位置找到讨论的材料很有用。这些笔记最初是由F. Marino和B. Valsesia撰写的，他们遵循2020年的第一版。在随后的几年中，手稿对其他学生很快变得相当有用。在进行了一些进一步的编辑之后，这些笔记现在已经达到了更加或不再稳定的状态。这并不意味着错别字已被完全消除，或者不能进一步改善和 /或富集。我们事先感谢任何将向我们指出额外错别字，可能的问题或只是建议的人。讲座的水平是针对具有基本量子场理论和一般相对论知识的本科生的。如果没有先前接触该主题的话，这些注释也可以适用于字符串理论的基本博士学位课程。不需要超对称性。
从superString到索引：使用蒙版洞穴 - 轮毂转换（MBWT）
DNA测序数据的指数增长需要有效的解决方案，以存储和查询大规模𝑘 -MER集。虽然最近的索引方法使用频谱的弦乐集（SPS），全文索引或哈希，但它们通常会施加结构性约束或需求广泛的参数调整，从而限制了其在不同数据集和数据类型上的可用性。在这里，我们提出了FMSI，这是一种最小的参数，高度空间效率的成员索引和压缩字典，用于任意𝑘 -MER集。fmsi将近似最短的超级弦与蒙面的洞穴 - 轮毂变换（MBWT）结合在一起。与传统方法不同，FMSI在没有预定义的假设上进行操作，而对𝑘 -mer重叠模式则可以利用它们。我们证明，与第二好的竞争对手相比，FMSI比SSHASH，SBWT和CBL等已建立的索引提供了卓越的存储效率，其空间节省最高为2-3倍，具体取决于数据集，𝑘 -MER大小，采样，采样和基因组复杂性，同时支持快速成员和词典成员和义务质量。总体而言，这项工作将基于超弦的索引作为基因组数据的高度通用，灵活且可扩展的方法，并在Pangenomics，宏基因组学和大规模基因组数据库中进行了直接应用。
立体化学 - 感知弦乐的分子发电
本研究研究了在分子生成建模中纳入立体化学信息和计算药物发现和材料设计的关键方面的影响。我们使用遗传算法和基于增强学习的技术进行了立体化学感知和常规立体化学 - 基于弦的生成方法的全面比较。为了评估这些模型，我们介绍了专门设计的新型基准，以评估立体化学感知的生成建模的重要性。我们的结果表明，立体化学感知模型通常在各种立体化学敏感任务上与常规算法相同或超越常规算法。但是，我们还观察到，在立体化学作用不太关键的情况下，立体化学感知模型可能会由于必须导航的化学空间的复杂性增加而面临挑战。这项工作为将立体化学信息纳入分子生成模型中所涉及的权衡提供了见解，并为根据特定的应用要求提供了选择适当方法的指导。
通过手性对称性修复和霍金 - unruh效果
编辑器：F。Gelis QCD与字符串模型之间的关系是探索Quarks之间相互作用潜力的宝贵观点。在这项研究中，我们研究了与加速观察者所经历的临床相关的手性对称性的恢复。利用Schwinger模型，我们分析了Quark-Antiquarks之间的弦或染色体孔管的临界点，而夸克之间的分离增加。在这项研究中，确定Quark-Antiquark染色器式孔管或弦弦断裂的临界距离为𝑟= 1。294±0。040 FM。与此临界点相对应的加速度和未温度的温度表示系统的手性对称性从断裂状态到恢复状态的过渡。我们对临界加速度的估计值（𝑎=1。14×10 34 cm/s 2）和未温度（𝑇= 0。038 GEV）与以前的研究保持一致。此分析在夸克相互作用的背景下，阐明了手性对称性恢复，效果的效果以及弦乐或铬发射器的破裂之间的相互作用。
冗余字符串基于对称的错误校正
基于测量的量子计算中的计算能力源于纠缠资源状态的对称性保护的托托（SPT）顺序。但是，资源状态容易出现准备错误。我们使用资源状态的冗余非局部对称性引入了量子误差校正方法。我们基于将一维聚类状态的z 2×z 2对称性扩展到其他图状态的传送协议中。Qubit Zz-Crosstalk错误，在量子设备中突出，降低了通常的群集状态的传送性。但是，正如我们在量子硬件上所证明的那样，一旦我们以冗余对称性生长图形状态，就可以恢复完美的传送性。我们将基本的冗余序列识别为纠缠频谱中受错误保护的脱落。
离壳弦 II：黑洞熵 摘要 目录
1994 年，Susskind 和 Uglum 提出，有可能从弦理论中推导出贝肯斯坦-霍金熵 A / 4 GN。在本文中，我们解释了这一论点的概念基础，同时阐明了它与诱导引力和 ER = EPR 的关系。根据 Tseytlin 的离壳计算，我们明确地从 α ′ 的领先阶球面图中推导出经典闭弦有效作用。然后，我们展示了如何利用这一点从圆锥流形上的 NLSM 的 RG 流中获得黑洞熵。 （我们还简要讨论了 Susskind 和 Uglum 提出的更成问题的“开弦图景”，其中弦在视界结束。）然后，我们将这些离壳结果与使用壳上 C / ZN 背景的竞争对手“轨道折叠复制技巧”进行比较，后者不考虑领先阶贝肯斯坦-霍金熵——除非允许快子在轨道折叠上凝聚。探讨了与 ER = EPR 猜想的可能联系。最后，我们讨论了各种扩展的前景，包括在 AdS 本体中推导出全息纠缠熵的前景。
功能分配的蒙版SuperStrings作为K-MER集的多功能和紧凑数据类型
摘要。DNA测序数据的指数增长需要用于新颖的空间算法以进行压缩和搜索。状态的方法通常使用𝑘-Merization进行数据令牌化，但有效地表示和查询𝑘-MER集仍然是一个重要的生物敏化挑战。我们最近的工作介绍了掩盖超弦的概念，该概念紧凑地表示𝑘 -mer集，而无需依赖常见的结构假设。但是，蒙版SuperSrins在设定操作和会员查询中的适用性仍在打开。在这里，我们开发了𝑓屏蔽的SuperString框架，该框架集成了删除功能𝑓，从而通过串联启用有效的𝑘 -MER设置操作。结合了FM索引的量身定制版本，该框架为𝑘mer集提供了多功能，紧凑的数据结构。我们证明了它在FMSI程序中的有效性，与领先的单个𝑘-Mer-mer-set索引方法（如SSHASH和SBWT）相比，在细菌泛基因组上进行评估时，该程序将空间效率提高1.4至4.5。总的来说，我们的工作突出了𝑓屏蔽的超串将其作为用于𝑘mer集的多功能基本数据类型的潜力。