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安大略省的流感基因组监视：2023-24季节
在流感季节中，大多数病例都有两种类型的流感病毒（流感和B）。流感可以进一步分为亚型（例如H1N1PDM09，H3N2）和流感B，可以进一步分类为谱系（例如，维多利亚州Yamagata）。随着流感通过人群传播，病毒的基因组可能发生变化。这些变化或突变的积累可能会导致超出亚型或谱系的新细分，称为进化枝和子甲基。尽管许多子甲级在引起疾病的能力上没有差异，但有些可能具有影响毒力，可传播性或允许病毒逃脱自然或疫苗诱导的免疫力的突变。基因组监测使用整个基因组测序来监测基因组中的这些变化，因为病毒会随着时间的流逝而发展。这使公共卫生专业人员可以为本季节提供背景，评估抗病毒药是否正在针对当前流通的病毒作用，并为即将到来的季节提供疫苗菌株的建议。1对于2023-2024流感季节，安大略省可用的公共资助的疫苗是基于鸡蛋的三价（流感A H1N1PDM09 6B.1A.5A.2A.2A.1，流感A型H3N2 A H3N2 A H3N2 A H3N2 A h3n2 Subclade 3c.2a1b.2a.2a和tardoriaz2a和Traforiaza.2a和Traforiaza.2a和Traforiaza.2a b。四价（添加了流感的B Yamagata子克莱德Y3）灭活疫苗。2-4
安大略省的流感基因组监测：2024–25早期
在流感季节中，大多数病例都有两种类型的流感病毒（流感和B）。流感可以进一步分为亚型（例如H1N1PDM09，H3N2）和流感B，可以进一步分类为谱系（例如，维多利亚州Yamagata）。随着流感通过人群传播，病毒的基因组可能发生变化。这些变化或突变的积累可能会导致超出亚型或谱系的新细分，称为进化枝和子甲基。尽管许多子甲级在引起疾病的能力上没有差异，但有些可能具有影响毒力，可传播性或允许病毒逃脱自然或疫苗诱导的免疫力的突变。基因组监测使用整个基因组测序来监测基因组中的这些变化，因为病毒会随着时间的流逝而发展。这使公共卫生专业人员可以为本季节提供背景，评估抗病毒药是否正在针对当前流通的病毒作用，并为即将到来的季节提供疫苗菌株的建议。1 For the 2024–2025 influenza season, publicly funded vaccines available in Ontario are trivalent (influenza A H1N1pdm09 subclade 6B.1A.5a.2a.1, influenza A H3N2 subclade 3C.2a1b.2a.2a.3a.1, and influenza B Victoria subclade v1a.3a.2）和四价（添加了流感B Yamagata Y3）灭活疫苗。2-5
结构信息的微生物种群遗传学阐明了塑造蛋白质进化的选择性压力
对自然遗传多样性的全面取样具有宏基因组学，可以对生态学与进化之间的相互作用进行高度解决的见解。然而，从人口内基因组变异中解决自适应，中性或净化过程仍然是一个挑战，部分原因是唯一依赖基因序列来解释变体。在这里，我们描述了一种分析预测蛋白质结构背景下遗传变异的方法，并将其应用于SAR11 1A.3.V中的海洋微生物种群，该海洋微生物种群主导了低纬度表面海洋。我们的分析揭示了遗传变异与蛋白质结构之间的紧密关联。在氮代谢中的一个中心基因中，我们观察到来自配体结合位点的非源性变体的发生降低是硝酸盐浓度的函数，揭示了养分可用性所维持的不同进化压力的遗传靶标。我们的工作产生了对进化的管理原则的见解，并可以对微生物种群遗传学进行结构意识研究。
2022 - 23年季节性流感疫苗有效性的临时估计 - 威斯康星州，2022年10月至2023年2月
在美国，2022 - 23年的流感活动开始于平常早，于2022年10月增加，与儿童的住院率高有关*（1）。流感A（H3N2）代表了此期间检测到的大多数流感病毒，但是A（H1N1）PDM09病毒也共同循环。大多数特征的病毒在与2022 - 23年北半球流感疫苗中包含的病毒相同的遗传子基因组中（1，2）。流感疫苗的有效性随季节，流感病毒亚型和与循环病毒的抗原匹配而变化。该临时报告使用了来自威斯康星州Marshfield诊所卫生系统（MCHS）的两项CON当前研究的数据，于2022年10月23日至2023年2月10日，以估计流感疫苗的有效性（VE）。总体而言，在6个月至64岁的患者中，与实验室确认的流感A相关的医学治疗急性呼吸道疾病（ARI）的VE为54％。在一个年龄<18岁的儿童和青少年的社区中，VE为71％，反对有症状的实验室证实的流感病毒感染。这些临时分析表明，流感疫苗接种大大降低了年龄<65岁的患者的医学上患有流感的风险，儿童和青少年患有症状的流感。年度流感疫苗接种是预防流感及其并发症的最佳策略。CDC建议，只要流感病毒循环，医疗保健提供者将继续为年龄≥6个月的人提供年度流感疫苗（2）。
基于高通量测序的中和测定法揭示了重复的疫苗接种如何影响滴度对最近的人类H1N1流感菌株
摘要流感病毒的高遗传多样性意味着传统的血清学测定太低，无法测量针对所有相关菌株的血清抗体中和滴度。为了克服这一挑战，我们开发了一种基于测序的中和测定法，该测定法使用类似于传统的中核测定法的工作流量，同时使用小血清体积来测量许多病毒菌株。关键创新是将独特的核苷酸条形码纳入血凝素（HA）基因组段，然后使用许多不同的条形HA变体池病毒，并使用下一代测序同时量化所有这些病毒。使用这种方法，一位研究人员在大约1个月内进行了2,880种传统中和测定（80例血清样品对36个病毒菌株）。我们应用了基于测序的测定法，以量化流感疫苗接种对中和滴度对最近或尚未接受过疫苗疫苗的个体中和H1N1菌株的影响。我们发现，疫苗接种引起的中和抗体的病毒应变特异性在个体之间有所不同，并且疫苗接种导致上一年也接受过疫苗的个体的滴度较小，尽管在接受和没有上年疫苗接种的个体中疫苗接种后6个月相似。，即使在疫苗接种后，我们还确定了近期H1N1的一个子集的一部分。我们提供实验性Pro tocol（dx.doi.org/10.17504/protocols.io.kqdg3xdmpg25/v1）和计算管道（https://github.com/jbloomlab/jbloomlab/seqneut-pipeline）用于基于测序基于序列的中核中源的方法，以其他方法来衡量该方法的其他方法。