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比较基因组学结合易位肾...
在儿童和青少年中（1, 2）。据估计，tRCC 约占所有 RCC 的 5%，但由于组织学特征重叠以及需要分子检测来确认诊断，其患病率可能被低估（2, 3）。tRCC 预后不良，没有特定的治疗方法，在转移性环境中无法治愈。tRCC 的特征是涉及 MiT 转录因子家族的 3 个基因的染色体易位：TFE3（Xp11.23）、TFEB（6p21.1）和 MITF（3p13）（4-7）。最常见的易位基因是 TFE3 ，已鉴定出十几个伴侣基因（8），包括 ASPSCR1 t(X;17) (p11.23; q25.3) (9)、SFPQ t(X;1) (p11.23; p34.3) (10) 和 PRCC t(X;1) (p11.23; q23.1) (5)。最常见的基因融合是 ASPSCR1-TFE3 。值得注意的是，ASPSCR1-TFE3 还与肺泡软组织肉瘤 (ASPS) 的发病机制有关，肺泡软组织肉瘤是一种罕见的软组织肉瘤（11, 12），与 tRCC 一样，可能出现在儿童和年轻人中（13）。 ASPSCR1-TFE3 与其他 TFE3 融合蛋白一起，也促进了血管周围上皮样细胞亚群的发育
标题 1 罕见癌症靶点发现框架 2 ...
虽然大规模功能性基因筛选已经发现了许多癌症依赖性，但罕见癌症在这些努力中表现不佳，而且许多罕见癌症的依赖性状况仍然不清楚。我们对一种典型的罕见癌症——TFE3- 易位肾细胞癌 (tRCC) 进行了基因组规模的 CRISPR 敲除筛选，揭示了与线粒体生物合成、氧化代谢和肾脏谱系特化相关的途径中以前未知的 tRCC 选择性依赖性。为了推广到其他可能不易获得实验模型的罕见癌症，我们采用机器学习根据肿瘤或细胞系的转录谱推断其基因依赖性。通过将依赖性预测应用于肺泡软组织肉瘤 (ASPS)，一种也是由 TFE3 易位驱动的独特罕见癌症，我们发现并验证了 MCL1 代表 ASPS 中的依赖性，但不代表 tRCC。 24 最后，我们应用我们的模型预测了 TCGA 中的肿瘤（11,373 个肿瘤；28 25 个谱系）和多种其他罕见癌症（16 种类型的 958 个肿瘤，包括 26 种肾癌的 13 种不同亚型）中的基因依赖性，从而确定了几种特征不明显的癌症类型中可能存在的潜在可操作漏洞。27 我们的研究结果将无偏功能性基因筛查与预测模型结合起来，建立了 28 种癌症候选漏洞的概况，包括几种目前缺乏潜在靶点的罕见癌症。29