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蛋白质后翻译修饰（PTMS）的逻辑
图2 PTM研究中的关键范例。在所有面板中（以及本文中的其他数字），用浅红色显示了修改，绿色的蛋白质底物，蓝色的作者，黄色的橡皮擦和紫罗兰的读者。（a）通过蛋白质磷酸化调节酶糖原磷酸化酶的糖原降解活性。该酶的磷酸化和去磷酸化最终受激素胰高血糖素和胰岛素调节，通过用虚线箭头示意性地指示的信号通路。（b）蛋白质泛素化作为26S蛋白酶体降解的信号。泛素化反应是由由E1，E2和E3蛋白组成的酶促级联反应，需要ATP。底物上的Degron基序通过与E3连接酶进行物理相互作用来促进泛素化。poly（ubiquityl）atted底物通过26S蛋白酶体内的受体蛋白识别，展开和降解。（c）通过组蛋白代码调节染色质结构和基因表达。组蛋白尾部的蛋白质修饰是由作者酶安装的，由橡皮擦酶除去，并被读取器蛋白识别。（d）基于面板C的PTMS调节蛋白质的一般方案。（E）从单个蛋白质编码基因产生多种蛋白质成型的变异来源。单个基因可以剪接以产生多种同工型，可以通过差异PTM模式进一步多样化。该图中省略的蛋白质成型多样性的其他来源包括，例如，单核苷酸多态性和替代翻译起始位点。ac，乙酰化；我，甲基化； P，磷酸化； UB，泛素。
![arxiv：2407.02109v2 [cs.cv] 2024年11月23日](/simg/a\ae4d53ed1d1cc0ff7fb46a3f603ec01aff994b63.webp)
arxiv：2407.02109v2 [cs.cv] 2024年11月23日
任何模型（SAM）具有先进的分割分割，但受高分辨率图像上的高计算成本的限制。这需要下采样以满足GPU的约束，牺牲了高精度交互式分割所需的细粒度。为了解决SAM的局限性，我们专注于视觉长度外推，并提出了一个名为HRSAM的轻量级模型。外推可以使接受低分辨率的HRSAM推广到高分辨率。我们首先找到推断和注意力评分之间的联系，这使我们在Swin的注意力下基于HRSAM。然后，我们使用CUDA优化的有效记忆注意以加速HRSAM引入灵活的局部关注（FLA）框架。在FLA中，我们实施了Flash Swin的注意，与传统的Swin注意相比，速度达到了35％的速度，并提出了一种仅KV的填充机制来增强术语。我们还开发了使用状态空间模型有效扩展HRSAM的受访场的自行车扫描模块。我们通过添加锚固图进一步开发了FLA中的HRSAM ++，从而以少量的计算成本为外推提供了多尺度数据和更大的接受场。实验表明，在标准培训下，HRSAMS仅占延迟的38％。随着SAM-依据，推断会使HRSAM能够在较低的延迟下胜过教师模型。进一步的填充能够显着超过先前的SOTA。代码可在https://github.com/youhuang67/high-resolution-segment-anything.git
引用发布版本（APA）：Rodriguez-Cano，R.，Perini，S。和Lanagan，M。（2024）。材料在5G mm-Wave free
实施5G毫米波（MM-WAVE）无线网络需要重新设计RF前端组件（例如天线，过滤器和放大器），以便它们可以比前几代更高的频率操作[1]。这些设备通常是使用介电底物材料和金属导体制造的，需要在新的频带上表征这些设备。5G应用的介电常数和低损失的材料[2]是可取的。较低的介电构造可以通过基板更快地信号传播，从而允许更高的数据速率和较低的延迟。此外，低损耗切线有助于补偿MM波频率上本质上较高的衰减，从而确保通过设备可接受的传播损失[3]，[4]。然而，材料的介电特性表现出由固有的松弛机制引起的频率依赖性。这些原子尺度过程会导致跨电磁频谱的共振峰和分散效应。在固体材料中，分子偶极子的偶极弛豫倾向于在MHz频率中发生，而在THZ区域中发现了晶格离子的振动共振[5]，[6]。与5G设备相关的GHz范围中的介电行为位于中间区域，该区域可能分别受到MHz和THz频率的偶极和离子弛豫的尾巴的影响。因此，准确的宽带特征对于完全捕获这些基本物理过程引起的介电特性的频率变化至关重要。仅测量低频响应可能会提供材料适合5G应用的不完整图片。但是，已发表的研究有限
物理报告量子的非平衡动力学...
近十年来，原子、分子和光学平台的实验进展激发了人们对许多长程相互作用粒子的量子相干动力学的广泛兴趣。这些系统突出的集体特性使得新的非平衡现象成为可能，而这些现象在具有局域相互作用的传统量子系统中是没有的。该领域的许多理论工作要么集中于可变范围相互作用尾部对局域相互作用物理的影响，要么依赖于基于全对全无限范围相互作用的相反极限的平均场类描述。在本报告中，我们系统而有机地回顾了该领域的最新进展。使用典型的无无序相互作用量子自旋晶格，我们的报告取决于一种多功能的理论形式，它介于少体平均场物理和准局域相互作用的多体物理之间。这种形式使我们能够将这两种机制联系起来，既提供了正式的定量工具，也提供了基本的物理直觉。我们利用这个统一的框架来回顾过去十年的几项发现，包括量子关联的特殊非弹道扩散、纠缠动力学的反直觉减速、热化和平衡的抑制、穿越临界状态时缺陷的异常缩放、动态相变以及通过周期性驱动稳定的真正非平衡相。本报告的风格属于教学方面，这使得没有相关经验的读者也可以理解。© 2024 作者。由 Elsevier BV 出版 这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
对 PILATUS3 CdTe 探测器进行多能量校准，用于磁约束聚变等离子体的硬 x 射线测量
1 普林斯顿等离子体物理实验室，美国新泽西州普林斯顿 08540 2 DECTRIS 有限公司，瑞士巴登-达特维尔 5405 3 威斯康星大学麦迪逊分校工程物理系，威斯康星州麦迪逊 53706，美国 PPPL 开发了基于 PILATUS3 X 100K-M CdTe 探测器的多能量硬 X 射线针孔相机，以安装在 WEST 托卡马克上。该相机将用于研究热等离子体特性（例如电子温度）以及非热效应（例如 LHCD 产生的快速电子尾和逃逸电子的诞生）。该系统的创新之处在于可以为探测器的每个 ~100k 像素独立设置阈值能量。此功能允许以足够的空间和时间分辨率（~1 厘米，2 毫秒）和粗能量分辨率测量多个能量范围内的 X 射线发射。在本工作中，使用钨 X 射线管和各种荧光靶（从钇到铀）的发射，在 15-100 keV 范围内校准了每个像素的能量依赖性。对于每个能量间隔，对应于 K α 发射线对的数据都与特征响应度（“S 曲线”）拟合，该响应度描述了每个像素 64 个可能的能量阈值上的探测器灵敏度；通过对每个 ~100k 像素的电荷灵敏放大器后的 6 位数模转换器的电压进行微调，可以探索这种新颖的能力。本工作介绍了校准结果，包括统计分析。结果发现，可实现的能量分辨率主要受 S 曲线宽度的限制，对于阈值能量高达 50 keV 的情况，S 曲线宽度为 3-10 keV，对于 60 keV 以上的能量，S 曲线宽度为 ≥ 20 keV。
Lumi-LAB：一个基础模型驱动的自主平台，可以发现新的电离脂质设计用于mRNA的脂质设计
分子发现的复杂性需要有效地播放庞大而未知的化学空间的自主系统。虽然将人工智能（AI）与16个机器人自动化相结合已加速发现，但其应用程序仍在稀有历史数据的领域17中受到限制。一个这样的挑战是脂质纳米颗粒（LNP）的设计，用于18个mRNA传递，它依赖于专家驱动的设计，并受到有限数据集的阻碍。19在这里，我们介绍了一种自动驾驶实验室（SDL）系统Lumi-LAB，该系统通过将分子基础模型与自动化的21个主动学习实验工作流相结合，从而可以使用最小的湿LAB数据进行有效的学习20。通过十个迭代循环，Lumi-LAB合成22，并评估了1,700多种LNP，与临床认可的基准相比，人支气管细胞中具有优质mRNA转染的可离子脂质23人支气管细胞的效力。出乎意料的是，24个自主透露的溴化脂质尾巴是一种新型功能，从而增强了mRNA递送。25体内验证进一步证实，含有表现最佳的26个脂质Lumi-6的LNP在鼠模型中的肺上皮细胞中的基因编辑功效达到20.3％，27个在我们的知识中，在鼠类模型中27次超过了吸入的LNP介导的CRISPR-Cas9递送28的LNP LNP介导的CRISPR-CAS9递送的效率最高。这些发现证明了Lumi-LAB是一个强大的，数据效率的29平台，用于推进mRNA传递，强调了AI驱动的自主30系统在材料科学和治疗发现中加速创新的潜力。31
阿奇霉素对肺结核患者免疫力影响的评价
干预措施 本研究为前瞻性随机研究，旨在评估阿奇霉素对结核病患者的免疫调节作用。对有可疑结核病症状（包括咳嗽 > 两周、体重减轻、疲劳、发烧、夜间出汗）的患者，将进行痰涂片显微镜检查、Xpert MTB/RIF、分枝杆菌培养和胸部 X 光检查以诊断肺结核。将使用 Genotype MTBDR 测试（不再市售）进行在线探针测试 (LPA)，以将耐药结核病患者排除在研究之外。将根据结核病管理指南进行 HIV 检测，并将 HIV 阳性患者排除在研究之外。患者将在征得同意和伦理批准后入组。将使用手动随机化方法（抛硬币，掷出正面 = 有或反面 = 没）将患者分配到标准治疗（2HRZE/4HR）组，接受或不接受阿奇霉素治疗。该研究将以开放标签研究的形式进行。阿奇霉素的初始剂量为 500 毫克，随后每天一次 250 毫克，连续 28 天，形式为薄膜包衣片。两组患者将根据病情严重程度、年龄和性别进行分层。患者将在 12 个月内招募并随访 12 个月。该研究将招募 50 名首次患上肺结核、血清阴性、对所有一线药物敏感且居住在布拉柴维尔的男女成年人（>18 岁）。两组患者的病情严重程度、年龄和性别将尽可能匹配。每次随访咨询时都将通过胸部X光和肺功能测试来评估肺部表现。
clr-face：使用基于得分的扩散模型
最近的生成方法显示出有希望的盲人恢复性能。他们通常将退化的图像投射到潜在空间，然后通过单阶段潜在优化或直接从启动编码来解码高质量的面孔。对投入的信仰产生细粒度的面部细节仍然具有挑战性。大多数现有的方法产生过度平滑的输出或改变身份。这可能归因于潜在空间中质量和分辨率之间的典型权衡。如果潜在的压缩高度压缩，则解码的输出对降解更为强大，但忠诚度较差。另一方面，更灵活的潜在空间可以更好地捕获错综复杂的偏僻，但是对于高度退化的面孔来说，极其难以优化。我们在VQGAN体系结构中引入了基于扩散的优势，该基于未腐烂的潜在嵌入的分布而引起了研究。我们迭代地恢复了降解的柜台上的清洁嵌入条件。此外，为了确保反向扩散轨迹不会偏离潜在的身份，我们训练一个单独的身份恢复网络，并使用其输出来限制反向差异。具体来说，使用可学习的潜在面膜，我们将面部识别网络的梯度添加到一个潜在特征的子集中，这些特征与像素空间中与身份相关的细节相关联，使其他功能未触及。在潜在空间中的感知和忠诚之间的分离使我们能够达到两全其美。我们对多个真实和合成数据集进行了广泛的评估，以验证我们的方法。
保留分位数趋势以模拟未来气候影响
摘要：全球气候模型 (GCM) 是理解气候系统及其在情景驱动排放路径下演变趋势预测的重要工具。其输出结果被广泛应用于气候影响研究，用于模拟气候变化的当前和未来影响。然而，与气候影响研究所需的高分辨率气候数据相比，气候模型输出结果仍然较为粗糙，并且相对于观测数据也存在偏差。在现有的全球尺度上经过偏差调整和降尺度处理的气候数据集中，分布尾部的处理是一个关键挑战；许多此类数据集使用了分位数映射技术，而这些技术已知会抑制或放大尾部的趋势。在本研究中，我们应用分位数增量映射 (QDM) 方法 (Cannon 等，2015) 进行偏差调整。在偏差调整之后，我们应用一种名为“分位数保留局部模拟降尺度”（QPLAD）的新型空间降尺度方法，该方法旨在保留分布尾部的趋势。这两种方法都集成到一个透明且可重复的软件流程中，我们将其应用于耦合模式比较计划第六阶段 (CMIP6) 实验 (O'Neill et al., 2016) 的历史实验和四种未来排放情景（从积极缓解到无缓解）的全球每日 GCM 地表变量输出（最高和最低温度以及总降水量），即 SSP1-2.6、SSP2-4.5、SSP3-7.0 和 SSP5-8.5 (Ri-
正交光激活的DNA用于合成细胞内的图案化生物计算
摘要：无细胞基因表达是研究定义最小环境中生物系统的重要研究工具，并且在生物技术中具有有希望的应用。开发控制无细胞表达的DNA模板的方法对于精确调节复杂的生物学途径并与合成细胞一起使用至关重要，尤其是使用远程，非损害刺激（例如可见光）。在这里，我们已经合成了蓝色的光活化DNA部分，这些DNA部分严格调节无细胞的RNA和蛋白质合成。我们发现，这种蓝色光激活的DNA可以与我们先前产生的紫外线（UV）光激活的DNA正交表达，我们用来生成双波长的无光控制的无细胞和栅极。通过将这些正交的光激活DNA封装到合成细胞中，我们使用了两个重叠的蓝色和紫外线模式，以对逻辑门提供精确的时空控制。我们的蓝色和紫外线正交光激活的DNA将为精确控制生物学和医学中的无细胞系统打开大门。■简介基因表达的精确控制具有广泛的应用，包括生物学研究，生物技术和医学。1缺乏控制工具的基因表达的一个区域是无细胞表达（CFE），它从DNA模板中产生功能RNA/蛋白质。cfe被广泛用于生物学，生物技术和合成生物学2，3作为研究基本生物学过程的研究工具，以最小的细胞样环境。304，5使用CFE系统阐明了几种重要的生物学机制，例如DNA复制，6，7遗传密码，8和mRNA Poly-A Tails的作用，9已被阐明。已经开发了大量不同的CFE系统10-12，现代系统提供高表达产量，多功能性，可伸缩性和可访问性。基于CFE逻辑门的生物传感器已被用来生成病原体13-15和小摩尔菌的便携式检测系统。16-18 CFE还允许对SARS-COV-2进行大规模疫苗接种工作所需的快速和高产量产生mRNA疫苗。19，20在脂质双层中的CFE系统的封装也已用于形成合成细胞，21-24允许对研究生物学过程的自下而上方法，例如细胞通信25-27-27和细胞周期28，29 Interro，并在体外并通过与活细胞相互作用在药物中使用未来的应用。