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识别物种丰富的分类单元的挑战：在线多...
对高度多样化的植物分类单元的保护和研究可能是一个巨大的挑战，因为具有潜在复杂关系的不可管理的物种通常会导致物种鉴定困难。cyrtandra举例说明了这些挑战。CA缺乏身份资源。170种伯恩斯·西拉德拉（Bornean Cyrtandra）的物种使许多标本未识别，从而减慢了该地区的研究工作。本项目通过使用在线生物多样性数据管理平台XPER3（https：//app.xper.fr/）来描述为高度多样化的分类单元创建识别资源的工作流程来解决这一问题。该密钥现已发布并可以在线自由访问。在线多功能分类键通过将可访问的用户友好平台与动态分类研究工具相结合，为生物多样性研究提供了有希望的工具，使其特别适合于解决高度多样化的分类学组。
阴道微生物网络分析揭示了新型分类群
摘要：非最佳的阴道微生物组（VMB）通常伴有乳酸乳杆菌的稀少，通常与细菌性阴道病（BV）和性传播感染（ETIS）有关。尽管VMB的组成表征是充分表征的，尤其是对于BV而言，知识仍然限制了不同细菌与事件性传播感染的关系如何，尤其是在青少年中。在这项研究中，我们将肯尼亚中学女孩的VMB（通过16S核糖体RNA基因扩增子测序衡量）与那些在30个月内对STIS和BV持续的负面持续的vMB（淋病，淋病和毛炎的复合物）进行了比较。我们应用微生物网络分析来识别关键分类单元（即，与其他分类单元的联系在与其他分类单元之间的联系最大的分类单元），如是与本特征和特征向量中心的衡量，以及集群分类单元的子群体。VMB网络持续反映了更大的连接性。具有最高中心的分类单元与相对丰度无关，并且没有STI的人之间有所不同。主题级别的分析表明，社会人口统计学（例如，年龄和社会经济地位）和行为（例如，性活动）因素有助于微生物网络结构，并且在设计干预措施以改善VMB健康时可能具有重要意义。
主动自由生活的微巴拉齐微生物组在很大程度上由稀有的表面分类群
假定一个持续的微生物种子库来维持海洋生物圈，最近的发现表明，海洋表面中存在的原核分类群在整个水柱中占主导地位的原核群落。然而，环境条件对原核生物的活性产生了严格的控制，并且已知这些条件的急剧变化从表面到深水发生。总（DNA）和活动的同时表征（即具有蛋白质合成的潜力，RNA）在分布在热带和亚热带全球海洋中的13个站点的自由生活社区使我们能够评估它们沿水柱沿水柱的结构和多样性的变化。我们观察到，在垂直梯度上，主动社区比总体社区更相似。从活性和总体社区的垂直连通性观察，我们发现在表面上检测到的分类单元有时占低质体水的活性微生物组的75％以上（平均为50％）。这些活性分类单元通常在表面很少见，代表了所有表面分类单元的一小部分。我们的发现表明，环境条件的急剧变化会导致大部分表面分类单元的失活和消失，但是某些表面稀有的分类群保持活跃（或具有蛋白质合成的潜力）并占据了沐浴型活性微生物组。
未知基因的功能和进化意义来自未经文化的分类群
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在（混杂）人类微生物组研究中识别差异丰富的分类单元的现实基准
结果在这里我们开发了一个模拟框架，该框架将校准信号植入实际的分类学概况，包括模仿混杂因素的信号。使用几个全元素组和16S rRNA基因扩增子数据集，我们验证我们的模拟数据与疾病关联研究的真实数据相比，其程度要比以前的基准更大。使用广泛的参数化模拟，我们基准了18种DA方法的性能，并进一步评估了混杂模拟的最佳方法。只有线性模型，Limma，Fastancom和Wilcoxon测试以相对较高的灵敏度正确控制虚假发现。在考虑混杂因素时，这些问题会加剧，但是我们发现事后调整可以有效地减轻它们。在大型心脏代谢性疾病数据集中，我们展示了未能说明诸如药物等协变量的情况，这会导致现实世界中的虚假关联。
核心分类群是次级继承期间土壤微生物社区流动
抽象理解基于细菌社区组装的过程是微生物生态学中的关键挑战。我们研究了大规模继承的托管和废弃草地的土壤细菌群落，并与成熟的森林遗址配对，以解开社区营业额和集会的驱动因素。多样性分配和植物 - 网络零模型表明，在放弃和继承继承后，草原的细菌群落在构图上保持稳定，但它们与充分森林的地点有明显差异。Zeta多样性分析表明，核心微生物分类单元的持久性反映了和与全尺度社区离职模式不同。土壤pH和c：n的差异是成对的草原和森林部位之间社区周转的主要驱动因素，而在演替阶段，pH的变异性是与确定性组装过程的相对优势相关的关键因素。我们的结果表明，草原微生物可能在组合上有弹性，对遗弃和继任继承，并且在树木和森林之间的微生物群落的主要变化是在树木成为主要植被时的一生中相当后期发生的。我们还表明，核心分类单元可能显示出对草原管理和遗弃的反应。
心房尿液肽的类似物（C-ANP4-23）调节人分化脂肪细胞中的葡萄糖代谢
抽象的累积异生物益生性暴露具有环境和人类健康的影响，目前在一种健康方法下进行了评估。双酚A（BPA）的暴露及其与儿童肥胖的潜在联系，在过去的几十年中，它们相当于增加。它在产前或早期生活中存在，可能会引发生活中的合并症和非传染性疾病。合成化学物质性质的累积支持“环境肥胖”假设，例如BPA。这种模仿雌激素的异生元已经显示出内分泌的破坏性和肥胖作用，伴随着肠道微生物群的失误，但尚未得到很好的阐明。这项研究旨在研究通过直接BPA暴露分离并选择的特定微生物群，并揭示其在整个Chil Dren Microbiota社区和动态上的作用，并促进特定的肥胖症性疾病。在评估了几个暴露条件后，通过培养获得了总共333种抗BPA的孤立物种，以评估其与全球微生物群落的作用和相互作用。选定的BPA培养分类生物标志物对α多样性显示出重大影响。具体而言，梭状芽孢杆菌和romboutsia正与促进微生物群落的丰富性有正相关，而肠道，大肠杆菌，双歧杆菌杆菌和乳酸杆菌却负相关。根据研究组，微生物通讯动力学和网络分析显示出差异。与超重和肥胖的群体相比，正常的体重儿童群体表现出更丰富，结构化和连接的分类单元网络，这可能代表了对异生物生物物质的更具弹性的社区。从这个意义上讲，用BPA培养属生成的子网分析显示了分类单元连通性与更多样化的潜在酶BPA降解能力之间的相关性。
唾液抽样方法影响口服微生物组的组成和与口腔疾病相关的分类分类
唾液是一种容易获得且廉价的生物标本，可以研究口服微生物组，可以用作口腔和系统健康的生物标志物。有两种常规方法来收集唾液，刺激和未刺激；但是，对抽样方法如何影响口服微生物组指标尚无共识。在这项研究中，我们分析了来自7-18岁的88名个人的配对唾液样品（未刺激和刺激）。使用16S rRNA基因测序，我们研究了样品类型之间细菌微生物组组成的差异，并确定采样方法如何影响与未经处理的龋齿和牙龈炎相关的分类单元的分布。我们的分析表明样品类型之间的微生物组组成有显着差异。两种抽样方法都能够检测健康受试者和未经治疗的龋齿受试者之间的微生物组组成的显着差异。然而，只有刺激的唾液显示出微生物组的多样性与诊断性牙龈炎的个体之间存在显着关联。此外，先前与龋齿和牙龈炎相关的类群优先富集于每种分解性疾病的个体中，仅在受刺激的唾液中。我们的研究表明，与未刺激的唾液相比，刺激的唾液对与未经处理的龋齿和牙龈炎相关的微生物组组成和分类分类分布更为细微。
策划和验证普遍适用的引物，以有效地基于ITS2的DNA条形码
对植物物种的快速准确鉴定越来越多地寻求采用分子技术。ITS2区域在DNA条形码中高度评价，因为它的短长度和易于测序，使其成为物种识别的理想候选者。在这项研究中，通过对广泛植物分类群的底漆序列进行细致的分析和比较，我们策划了一系列具有证明普遍性的底漆，能够有效地扩大不同植物物种的ITS2区域。为了验证识别引物的普遍性，我们均采用了硅和体外方法。在计算机分析中涉及生物信息学工具，以评估公共数据库中可用的大量植物DNA序列的底漆结合位点。随后，使用从各种植物标本中提取的DNA样品进行了体外实验，以验证引物的扩增成功。通过这个全面的验证过程，我们确保了选定的引物用于DNA键编码目的的可靠性和适用性。我们发现的重要性在于使用ITS2区域建立了标准化的DNA栏编码方法，这有助于准确而有效的植物物种识别。通过为研究人员提供一组普遍适用的底漆，我们旨在简化底漆选择过程，从而减少实验设计所涉及的时间和精力。该标准化协议促进了DNA条形码研究中的一致性和可重复性，最终促进了我们对植物生物多样性的理解并有助于保护工作。
通过在史密森尼国家自然历史博物馆收集陆地节肢动物来增强DNA条形码参考库黑暗分类墙中的另一个裂缝：富含物种和普通的eurytomidae（膜翅目，chalcidoidea）的定制DNA条形码方案
DNA条形码是加速物种鉴定和补充物种划界的绝佳工具。此外，DNA条形码参考文献是生物多样性监测，保护或生态学中任何元法编码研究的决定性主链特征。但是，在某些分类单元中，DNA条形码不能以令人满意的成功率产生，因此这些群体将在任何基于条形码的物种清单中都在很大程度上缺少。在这里，我们为eurytomidae（膜翅目，沙尔西多德亚）提供了定制的DNA条形码向前底漆，将高质量DNA条形码的成功率从33％提高到88％。eurytomidae是一种严重研究的，分类学上具有挑战性的，物种丰富的群，主要是寄生的黄蜂。较高的物种数量，多样化的生态作用以及广泛和共同存在确定Eurytomidae是陆地生态系统中众多关键家庭之一。现在可以在研究和监测陆地动物区系时包括eurytomidae，强调基于条形码的方法将需要定期使用不同的引物来避免其数据和推论中的偏见。新的DNA条形码方案也是我们对小组的综合分类研究的先决条件，旨在划界和表征Central