XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemtaxa
将人乳寡糖代谢和早期肠道肠道菌属联系起来：双歧杆菌和超越
摘要人乳寡糖（HMOS）是人类母乳中存在的复杂的多功能聚糖。它们代表了异质结构的复杂混合物，这些结构在抵抗胃肠道消化时以完整形式到达婴儿肠。因此，他们直接和/或间接地向发展中国家赋予了许多好处。某些双歧杆菌物种是母乳喂养婴儿的最早肠道殖民者之一，具有适应性的功能能力来代谢各种HMO结构。通常在婴儿相关的双歧杆菌RIA中观察到这种能力，而不是与成熟的菌群相关的双歧杆菌。近年来，有关这些婴儿相关的双歧杆菌以及某些其他类群如何能够吸收HMO的信息，包括如何使其获取和消费的机械策略。此外，HMO促进的微生物之间发生了复杂的代谢相互作用，包括利用HMO降解释放的分解产物。对HMO介导的微生物组成和功能变化的兴趣一直是众多研究的焦点，在近期，由于单个生物合成HMO的可用性，其中一些现在通常包含在婴儿配方中。在这篇综述中，我们概述了婴儿相关双歧杆菌采用的主要HMO同化和分解代谢策略，讨论其他具有母乳聚糖降解能力的类群，并涵盖了HMO支持的交叉食物相互作用和相关的代谢物，因此已经描述过。
肺微生物组和基因表达签名区分小儿造血细胞移植候选
基线肺功能受损与小儿同种异体造血细胞转移（HCT）后的死亡率有关，但对表征预处理肺部功能的分子途径的了解有限，从而阻碍了肺部靶向的干预措施的发展。在这项研究中，我们量化了支气管肺泡灌洗（BAL）元转录组和配对的肺功能测试之间的关联，在荷兰的104名儿童的同种异体HCT之前进行了1至2周的甲麦中。异常的肺功能记录在一半以上的队列中，最常见的是限制和扩散受损，并且与HCT后全因和肺部损伤相关的死亡率都相关。在BAL微生物组中，共生型超块状类群（例如嗜血杆菌）的耗尽，例如嗜血杆菌和鼻和皮肤分类群（例如葡萄球菌），与肺活量和气体扩散的量度较差有关。此外，牙槽上皮激活，上皮 - 间质转变和下调免疫的BAL基因表达标志与肺活量受损和扩散有关，这表明后炎后纤维化反应。BAL中微生物耗竭和异常上皮基因表达的检测增强了HCT肺功能测试的预后效用，以实现HCT后死亡率的结果。这些发现表明，在HCT肺部功能障碍的发病机理中，微生物组耗竭，肺泡损伤和肺纤维化之间存在潜在可行的联系。
Vaxneuvance，INN-肺炎球菌多糖结合疫苗（15价，吸附）
** CMG 比率和 CI 是使用 t 分布计算的，其方差由血清型特异性线性模型估算，使用对数转换的天然抗体浓度作为响应，并使用疫苗接种组的单个项。 † 对 13 种共享血清型得出非劣效性的结论是基于 95% CI 的下限，即 IgG 反应率差异（Vaxneuvance - 13 价 PCV）> -10 个百分点或 IgG GMC 比率（Vaxneuvance/13 价 PCV）> 0.5。 ‡ 另外 2 种血清型的优越性结论是基于 95% CI 的下限，即 IgG 反应率差异（Vaxneuvance - 13 价 PCV）>10 个百分点或 IgG GMC 比率（Vaxneuvance/13 价 PCV）>2.0。 n = 随机分组、接种疫苗并参与分析的参与者人数。 CI=置信区间； CMG= 平均几何浓度（µ g/ml）； IgG=免疫球蛋白G
通过大脑接口控制的机械臂
由于受试者 1 得分为 100%，因此他被选中来测试机械臂运动学。使用 3 个不同的物体进行测试，两个直径不同的泡沫球和一个 20 毫米高的塑料圆柱体。下表 3、4 和 5 中的结果与手臂将物体移动到所需点的成功率有关。可以观察到，对于该项目，直径较小的泡沫球的成功率更高，约为 93%。在一些案例中观察到的一个问题是机械臂无法安全地携带或握住物体，导致物体在运输过程中掉落或滚动。对于圆柱体来说，这种情况发生的频率较低，因为它具有直底座。直径最大的球会在放置后从握把中滑落并滚出放置地点。
古细菌互动
元生物研究为我们对微生物及其宿主之间的相互作用以及它们的共同进化做出了重大贡献。大多数研究目前都集中在细菌群落上，而古细菌通常保留在与元素相关的研究中。在这里，我们描述了整个生命的系统发育树中总共有11种古典和新兴的多细胞模型生物的考古。为了确定每个宿主的微生物群落组成，我们利用了古细菌和细菌特异性16S rRNA基因扩增子的组合。在每个多细胞宿主中，描述了两个原核生物领域的成员。此外，确定了针对海洋模型的细菌和古细菌群落之间的特定宿主和可能的相互作用伙伴的关联。我们的数据表明，海洋中的考古宿主主要由硝基脂肪科和纳米章，这代表了Porifera中的Keystone分类单元。陆地宿主中的考古存在差异很大。关于大量的古细菌分类单元，它们在水生环境中具有更高比例的甲烷藻。我们发现，古细菌社区的多样性要比其细菌的多样性要少得多。古细胞扩增子序列变体通常是宿主特异性的，表明通过与宿主共进化来适应。我们的数据显示了很大的比例虽然水生细菌的丰富度比陆地宿主高，但在古细菌数据集中无法观察到这些群体之间的多样性和丰富性的显着差异。
社论：甲虫和相关微生物的多样性
与有益的微生物的共生物是众多昆虫进化枝的进化创新来源（Moran，2007； Douglas，2015）。甲虫代表最特异的昆虫秩序鞘翅目，依赖于共生的多种适应性（Biedermann and Vega，2020； Salem and Kaltenpoth，2022）。从升级草食分类群的营养生理学（Biedermann和Taborsky，2011; Vigneron等，2014; Ceja-Navarro等，2015; Anbutsu等，2017; Anbutsu等，2017; 2017; Hirota et al。捕食者和病原体的拮抗威胁（Piel，2002;Flórez等，2017; Berasategui等，2022），微生物共生是甲虫进化成功的关键特征。该研究主题旨在阐明甲虫 - 微生物相互作用的多样性和功能方面，跨越了生命的鞘翅目树。值得注意的是，我们的目的是强调分子和分析进步在促进这些伙伴关系如何维持和传播的研究中的作用，它们对它们对甲虫代谢和生理学的影响，以及最终对生态相互作用的影响以及啤酒如何适应其环境。该研究主题吸引了研究细菌共生物多样性，定殖，定位和传播的文章。这些对几个分类单元的一般肠道微生物组的特征调查，包括木制甲虫甲虫Agrilus Mali（Buprestidae）（Bozorov等人）。甲虫拥有一个稳定的细菌群落，但似乎缺乏持续的真菌。）。）。）。在阐明肠道细菌群落是否积极排斥植物相关的真菌时，作者采用了几种分析技术来突出细菌产生的化合物的抑制作用。事先暴露于病原体也可以塑造与甲虫相关的细菌群落，如我们的红色甲虫Tribolium castaneum（Tenebrionidae）所示，并突出显示了寄主免疫系统与居民微生物组成员之间的相互作用（Korša等人（Korša等）诸如瓢虫甲虫和harmonia axyridis（Coccinellidae）等昆虫类似地可以容纳各种各样的细菌伴侣，包括葡萄球菌，肠杆菌，肠肠杆菌，谷氨酰胺和腺苷（Du等人（Du等）但是，在整个宿主的整个发展周期中，这个社区有多可变？这些分类单元在成年人和幼虫之间的丰度差异很大，这表明甲虫宿主的特定阶段作用（Du等人
系统和应用微生物学
最近，作为具有命名类型的原核生物的新的命名法守则已发表，因此随后已生效。系统和应用微生物学的编辑器（SAM）想概述日记本将如何处理所得的两个独立代码（ICNP和SEQCODE），以期在此期间将它们共存。sam都热衷于支持两种界限，因此提出了高质量，因此增加了耕种和未经培养的原核生物的分类价值。在这里，我们描述了将在SAM中发表的新分类单元描述手稿的最低要求和建议。分类学家和分子生态学家之间的最新辩论使微生物学带入了空前的十字路口，其中有两个独立的命名法规已生效。目前正在进行广泛修订的原核生物命名法（ICNP;（Parker等，2019））（Oren等，2021），一直是过去60年来命名原核生物的基础，自2001年以来，自2001年以来，仅在两种不同的过滤材料中沉积了纯纯培养物。 On the other hand, and after our sugges- tion to take action ( Konstantinidis et al., 2017 ), some microbiologists, including several molecular ecologists and taxonomists, created the new Code of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data (SeqCode; ( Hedlund et al., 2022; Whitman et al., 2022 )), which considers genome sequences deposited in INSDC回购之一是类型材料。目前正在进行广泛修订的原核生物命名法（ICNP;（Parker等，2019））（Oren等，2021），一直是过去60年来命名原核生物的基础，自2001年以来，自2001年以来，仅在两种不同的过滤材料中沉积了纯纯培养物。On the other hand, and after our sugges- tion to take action ( Konstantinidis et al., 2017 ), some microbiologists, including several molecular ecologists and taxonomists, created the new Code of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data (SeqCode; ( Hedlund et al., 2022; Whitman et al., 2022 )), which considers genome sequences deposited in INSDC回购之一是类型材料。这代表了一种直接的解决方案，用于推进有关以稳定命名法的未经文化类群分类法进行的科学沟通。ICNP和SEQCODE广泛重叠，但后者包括几种改进，使命名法更易于访问，更易于应用，并且更容易被启用（Whitman等，2022）。除了基因组序列作为类型材料的改进和实施外，Seqcode还包括一个在线自我注册系统（https://seqco.de/），该系统代表了生成官方记录并确定名称优先级的主要机制。名称的验证是通过注册表平台进行的，其中包括原始出版物的DOI，或者作者可以在获得DOI之前注册其名称，这将使他们能够在审查时收到反馈并在手稿中纠正术语。相比
可富集的微生物共生菌群落降解了 Kyphosus 鱼中的大型藻类多糖
摘要 沿海食草鱼类以大型藻类为食，这些藻类随后被其消化道中的微生物降解。然而，关于进行这种降解的微生物群的基因组信息很少。本研究通过计算机模拟研究碳水化合物活性酶和硫酸酯酶序列，探索了 Kyphosus 胃肠道微生物共生体协同降解和发酵红、绿和棕色大型藻类中的多糖的潜力。从先前描述的 Kyphosus 肠道宏基因组和新测序的生物反应器富集物中回收宏基因组组装基因组 (MAG) 揭示了 Kyphosus 肠道中主要微生物类群之间的酶活性差异。回收的 MAG 中用途最广泛的是来自拟杆菌门，其 MAG 中含有能够分解各种藻类多糖的酶集合。 Bacillota（Vallitalea 属）和 Verrucomi crobiota（Kiritimatiellales 目）基因组的独特酶和预测降解能力凸显了多个门的代谢贡献对拓宽多糖降解能力的重要性。很少有基因组含有单独完全降解任何复杂硫酸化藻类多糖所需的酶。来自不同分类群的 MAG 之间合适酶的分布，以及在候选酶中广泛检测到信号肽，与这些碳水化合物的协同细胞外降解相一致。这项研究利用基因组证据揭示了 Kyphosus 共生体在酶和菌株水平上尚未开发的多样性及其对大型藻类分解的贡献。生物反应器富集为降解和发酵过程提供了基因组基础，对于将从该系统获得的知识转化为水产养殖和生物能源领域至关重要。
响应原位实验脱氧
抽象的全球气候变化通过表面温度升高，海洋酸化和脱氧而影响海洋生态系统。虽然对前两种效应的珊瑚霍洛比的响应已经相对较好地研究了，但对珊瑚微生物组对脱氧的反应的了解较少。在这项研究中，我们研究了微生物组对两个珊瑚物种缺氧的反应，它们对缺氧的耐受性有所不同。我们在巴拿马加勒比海沿岸的巴伊亚·阿尔米兰特（BahíaAlmirante）的珊瑚礁上进行了原位氧气操作，该珊瑚礁以前曾经历过封闭的缺氧发作。siderastrea siderea和lamarcki的幼稚的珊瑚菌落（以前暴露于缺氧）被移植到礁石上，要么封闭在造成缺氧条件的腔室中，要么在环境氧气中留下。接触48小时后，我们收集了表面粘液和组织的样品，并通过测序16S rRNA基因来表征微生物组。我们发现，两种珊瑚物种的微生物组相互不同，并且在响应缺氧的响应中表现出相似的微生物组组成转移后。暴露于缺氧后，丰度和厌氧微生物的分类群都增加了。这些分类单元中的一些可能会在珊瑚霍洛比恩（Coral Holobiont）中发挥有益的作用，通过在低氧压力期间对周围环境排毒，或者可能代表利用宿主压力的机会主义者。这项工作描述了在缺氧下的珊瑚微生物组的首次表征，并且是确定对这种环境压力源面对的珊瑚的潜在有益细菌的第一步。