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D4006-肠道微生物群分析
使用QIIME2进行16S菌群分析（Qiime 2 Development Team（2017））处理从测序得出的数据。使用Qiime 2版本2020.8.0分析了已经具有条形码和衔接器的反复列出的配对端序列。用于质量过滤和特征（OTU）预测，我们使用了DADA2（Callahan等人（2016））。回顾了序列质量数据后，我们从正向的5'末端和反向读取的0 nts缩小了0个核苷酸（NTS）。正向读数被截断为270 NT，并反向读取为200 nts。使用MAFFT对齐代表序列（Katoh和Standley（2013））。使用FastTree 2（Price，Dehal和Arkin（2010））制成对齐序列的系统发育树。otus/特征是使用预先训练的幼稚贝叶斯分类学分类器分类分类的。使用SILVA 128 97％OTU对分类器进行了训练（Quast等（2013））。产生了分类计数和百分比（相对频率）的表。多样性分析是在由此产生的OTU/特征表上进行的。BIOM表，以提供α和β多样性的系统发育和非细胞发育指标（Lozupone等人。（2011））。使用R进行其他数据分析（PLS-DA）和统计。可视化文件（.QZV）可以通过http://view.qiime2.org查看。以这种方式浏览的最相关文件是特征表（Table.QZV（分类单元的SEQ计数数据）和相对_FREQ_TABLE.QZV（分类单元的％丰度））和Taxa bar Prot（tublea bar-bar-plots.qzv）。
在幸运罢工水热场（EMSO-Azores天文台）中，将Zetaproteobacterial多样性和底层类型连接起来
在全球不同的海洋和陆地环境中，已经报道了抽象的Zetaproteobacteria。它们在富含海洋铁的微生物垫中起着至关重要的作用，作为其自养主要生产者之一，氧化Fe（II），并产生具有不同形态的Fe-氧还氧化物。在这里，我们通过使用Zetaproteobacte Rial操作分类学单元（Zetaotu）分类，研究和比较了来自幸运罢工水热场六个不同地点的富含铁的微生物垫的Zetaproteobacterial社区。我们首次报告了这些富含铁的微生物垫的Zetaproteobacterial核心微生物组，该垫子由四个是国际化的Zetaotus组成，对于垫子的发展至关重要。对位点之间不同Zetaotus的存在和丰度的研究揭示了两个簇，这与它们开发的底层的岩性和渗透性有关。簇1的zetaproteobacterial群落是渗透不良的底层的特征，几乎没有弥漫性排气的证据，而群集2的斑点底层则在水热板或沉积物上形成，允许扩散水热流体的渗透和流出。此外，还确定了两个Newzetaotus 1和2，这可能分别是人类铁的特征和未经证实的玄武岩。我们还报告了某些Zetaotus的丰度与氧化铁形态的含量之间的显着相关性，这表明它们的形成可能是分类学和/或环境驱动的。我们确定了我们命名为“珊瑚”的Fe（III） - 氧氧化物的新形态。总体而言，我们的工作通过提供来自大西洋的其他数据来帮助对该细菌类别的生物地理学的知识，这是Zetaproteobacterial多样性的较少研究的海洋。
从免疫视图中重新访问代谢综合征的免疫代谢基础
全球海洋基因组（海洋生物中的基因库及其编码的功能信息）是科学和社会的主要，未开发的资源，在生物医学，能源和食品等领域的生物技术应用不断增长。shot弹枪测序和宏基因组学现在可以用来分类海洋微生物寿命的多样性并探索其功能潜力，但受样本覆盖，访问合适的测序平台的访问和计算能力的限制。在这里，我们基于对2,102种采样的海洋宏基因组的分析提供了全球海洋基因组的新综合，并通过KAUST元基因组分析平台（KMAP）全球海洋基因目录1.0包含〜31750万基因簇的基因组装和注释。从分类学上，我们报告了海洋基因在生命之树以及不同的海盆和深度区域生物群落中的分布。在功能上，我们将其与蛋白质家族和生物地球化学过程的关系绘制，包括主要的微生物代谢途径，这些途径是处理三个元素在生物地球化学周期中起着基本作用的元素，并且与气候变化有关。这些数据扩展了我们对海洋微生物组及其代谢能力的复杂，动态性质的理解。进一步的研究对于释放海洋基因组的潜力并理解和预测人类引起的变化的影响，包括污染和气候变化至关重要。进一步的假设驱动的研究应使用增强的宏基因组方法靶向采样不足的深海和底栖微生物群落，以更好地了解海洋生态系统功能。对必要的计算能力进行投资至关重要，合适的知识产权框架也是必不可少的。
遗物物种Baronia Brevicornis的基因组学阐明了其人口统计学历史和跨燕尾蝴蝶的基因组大小的演变
coelacanth，Gingko，Tuatara等遗物是以前在生态和分类学上更多样化的谱系的残余物。它提出了为什么它们目前贫穷，生态限制并且通常容易灭绝的问题。估计杂合性水平和人口统计学历史可以指导我们对遗物物种的进化史和保护性的理解。然而，与脊椎动物相比，很少有研究重点是遗物无脊椎动物。我们对Baronia brevicornis（鳞翅目：木瓜科）的基因组进行了测序，该基因组是一种濒危物种，是所有燕尾蝴蝶的姐妹物种，是所有现存蝴蝶中最古老的谱系。从干燥的标本中，我们能够同时生成长阅读和短读数据，并作为男爵的基因组为406 MB的基因组。与其他燕尾黄油蝇相比，我们发现了相当高的杂合性（0.58％），这与其濒危和危险状态形成鲜明对比。考虑到重组与突变的高比例，人口统计学分析表明，在过去一百万年前开始的有效人口规模急剧下降。此外，男爵基因组用于研究乳头状科中的基因组大小变异。基因组大小主要是通过可转座的元素活动来解释的，这表明大基因组似乎是燕尾蝴蝶中的一个衍生特征，因为最近的可转座元素活动是最近的，并且涉及物种之间不同的可替代元素类。第一个男爵基因组提供了一种资源，用于协助旗舰和遗物昆虫物种的保护以及了解吞咽基因组进化。
引用了原始发表的论文（记录的版本）：Moraes Zenker，M.，Portella，T.，Pessoa，F。等（2024）。物种的低覆盖范围
蚊子（Culicidae）代表全球主要的媒介昆虫，它们还居住在世界上许多陆地和水生栖息地。DNA条形码和元法编码现在广泛用于涉及蚊子的研究和常规实践中。但是，这些方法依赖于由代表分类学凭证标本的条形码序列组成的数据库中可用的信息。在这项研究中，我们评估了主要在线数据库中蚊子的公共数据的可用性，专门针对Culicidae：COI及其2的两个最广泛使用的DNA条形码标记。此外，我们对影响物种覆盖范围的可能因素（即在线数据库中覆盖的物种的百分比）对不同国家的COI以及COI的DNA条形码间隙的出现进行检验。我们的发现显示了存储库公开可用的数据差异，Bold + GenBank的COI的分类学或物种覆盖率为28.4–30.11％，而GenBank的ITS覆盖率为12.32％。非洲，澳大利亚和东方的生物地理区域的覆盖范围最低，而近乎度，果皮和大洋洲的覆盖范围最高。新热带区域具有中间覆盖范围。通常，蚊子多样性和较高数量的医学重要物种的覆盖率较低。此外，较高数量的特有物种的国家往往具有更高的覆盖范围。我们希望这项研究可以帮助指导蚊子的区域物种清单，并为所有蚊子物种的DNA条形码提供公开可用的参考文献库。尽管我们的DNA条形码间隙分析表明，需要在数据库中可用的一半蚊子中修改物种边界，但必须收集其他数据以确认这些结果并允许解释DNA条形码间隙的发生。
咨询-II：使用对区域敏感的哈希
微生物群落的宏基因组测序产生了来自未知的微生物的简短DNA读数（Handelsman，2004），导致需要基于参考数据集的分类学识别。一种方法是从分类学上识别读取并总结结果以获得样本的分类学概况，显示了分类群体的相对丰度。但是，尽管有成熟的读取分类和分析工具的可用性，但基准测试揭示了现有方法的准确性的主要差距（McIntyre等人。，2017年； Meyer等人。，2019年； Sczyrba等。，2017年； Ye等。，2019年）。精确的识别通常会受到查询的新颖性与全基因组参考数据集和模棱两可的匹配的阻碍。此外，对大量基因组进行搜索是计算要求的。分类学识别方法采用各种策略，包括K -Mer匹配（Ames等人，2013年； Ounit等。，2015年；伍德等。，2019年； Lau等。，2019年； Lu等。，2017年），阅读映射（Zhu等人，2022），基于标记的对准（Liu等人。，2011年；米兰等。，2019年； Segata等。，2012年； Sunagawa等。，2013年）和系统发育放置（Asnicar等人。，2020年； Shah等。，2021; Truong等。，2015年）。无论如何，它们本质上都搜索了样本中的读数和参考集之间的匹配。，2017年），尤其是在众所周知的微生物栖息地（如海水或土壤）中（Pachiadaki等人。，2019年）。挑战是地球微生物多样性的很大一部分缺乏参考数据集中的近距离代表（Choi等人因此，大多数方法
海藻养殖与海上风能共建
海藻养殖越来越被认为是一种可持续的海洋资源管理机会，但它也带来了需要仔细评估的社会经济和环境风险。本快速范围审查 (QSR) 考察了通过与海上风能生产共置来扩大海藻养殖的当前知识状态。共分析了 2001 年至 2022 年的 240 份已发表记录，包括关于一般海藻养殖及其与海上风能整合的研究，这两项研究都表明，随着时间的推移，年度出版率显着增加。从地理上看，大多数关于一般海藻养殖的研究是在亚洲进行的，而大多数关于以风能为重点的整合的研究是在欧洲进行的。养殖物种的差异很明显，红藻在一般文献中占主导地位，而褐藻在以风能为重点的研究中占主导地位。生态系统服务分析表明，与一般文献相比，供应服务被过分强调，而文化服务在以风能为重点的研究中代表性不足。环境限制是两份数据集中被提及最多的挑战，但其性质不同：一般文献强调害虫、疾病和附生植物等问题会降低农场产量，而以风为重点的研究则强调农场对当地物种、栖息地和生态系统的风险。虽然环境知识缺口是总体上被提及最多的，但在以风为重点的研究中，法律知识缺口占主导地位。这些发现强调需要对海藻-风能多用途进行更多地理和分类学多样化的研究，以及进一步研究海上环境中的文化服务、减轻环境风险的战略以及制定共同治理框架以促进可持续海洋发展。
没有胰腺微生物组在导管内乳头状粘液肿瘤中
摘要目的本研究旨在验证可与下一代测序程序的分类学多样化的DNA背景区分开的导管内乳头状粘液肿瘤（IPMN）中存在微生物组的存在。设计，我们生成了16S rRNA扩增子测序数据，分析了190名患者和19个阴性对照的338个囊肿样品，后者直接从手术室的无菌注射器中收集。将样品的子集（n = 20）和毛坯（n = 5）与已知的细菌细胞与人类微生物组脱颖而出，以推断微生物痕迹的绝对丰度。术中术中获得了所有囊肿样品，并包括具有不同程度的发育异常以及其他囊性肿瘤的IPMN。进行随访培养实验，以评估微生物学显着信号的细菌生长。结果与阴性对照的囊肿流体样品的微生物组特征密不可分，分类学多样性和微生物群落组成没有差异。在最近接受侵入性手术的患者亚组中，细菌信号很明显。该异常信号的特征不是分类学多样性较高，而是由肠道相关微生物的优势指数增加，而与背景信号相比，分类学均匀度更低。结论IPMN和其他胰腺肿瘤的“微生物组”不会偏离阴性对照的背景签名，从而支持无菌环境的概念。微生物模式与临床或囊肿参数之间没有关联。异常信号可能会出现在一小部分患者中。
CMFRI在印度和发展中的海藻中的作用...
海藻因其细胞壁多糖（例如琼脂，阿尔金，角叉菜胶等）以及肥料，饲料和生物活性代谢物而被商业地利用。海藻也代表了脂肪酸，维生素和矿物质的极好来源。它们是由分类学杰出的绿色（叶绿体），棕色（Phaeophyta）和红色（Rhodophyta）海藻组成的海洋大植物。这些海藻资源在我们的半岛海岸线以及安达曼 - 尼科巴尔（Andaman-Nicobar）和lakshadweep群岛上的潮汐和潮汐间水中最佳增长。印度被赋予超过206万吨的湿湿生物质，属于700种。，将近60种对它们的多糖和继发代谢物在经济上很重要。每年从印度的野外收获约20,000吨（湿重）。印度对海藻的商业开发已于1966年开始。海藻（例如Gelidiella，Gracilaria和Sargassum）一直从印度出口到1975年。，但是，印度政府考虑到当地琼脂和阿尔金工业的需要，后来禁止出口。但是，印度的海藻行业尚未生产所需数量的藻酸钠和琼脂。结果，印度每年都会进口琼脂和阿尔金，花费大量外汇。目前，来自古吉拉特邦海岸的海藻和泰米尔纳德邦的许多地区都是由小型和大型行业收获的。该电台还开发了一种用于从Gracilaria spp生产琼脂的家庭手工业方法。自1972年以来，印度的ICAR中央海洋渔业研究所（CMFRI）一直在印度开展海藻马养殖和海藻利用率。CMFRI的Mandapam区域站开发了用于使用筏，coir-Rope Nets/Spore方法的琼脂Gracilaria Edulis的商业规模种植技术。和sargassum spp的藻酸。在1980年代，并向许多农民和企业家展示了琼脂和阿尔金的生产。这些示威活动为在泰米尔纳德邦Madurai的许多小规模琼脂行业开发铺平了方法。
心力衰竭患者的嗜中性粒细胞和淋巴细胞定量异常：一项回顾性研究o r i g i n a l r e s a r c h菌群的突出性预测克罗恩病的纤维狭窄
目的：由于克罗恩病（CD）引起的肠纤维狭窄非常普遍。尽管已经确定了几种纤维狭窄的临床危险因素，例如验水，小肠疾病的位置和深层粘膜溃疡，预测纤维狭窄仍然具有挑战性。肠道菌群在CD的发展和进展中起着至关重要的作用。然而，其在肠纤维狭窄中的作用知之甚少。利用单中心横断面研究，我们旨在研究粪便菌群在与CD相关的纤维狭窄中的作用。方法：使用元基因组分析，我们检查了肠纤维狭窄患者与没有狭窄的患者之间的粪便菌群差异。我们鉴定了特定的微生物群，并评估了其对肠纤维狭窄的预测准确性。此外，我们探索了两组之间肠道菌群的功能差异。结果：：我们对粪便样品的研究表明，纤维狭窄患者与CD中没有狭窄的患者之间的肠道菌群结构没有显着差异。但是，从分类学上讲，我们发现了70个分类单元，两组之间的丰度明显不同（p <0.05）。此外，Lefse分析表明，g_bacteroides和g_enterocloster可以预测肠纤维狭窄，而p_actinobacteria，c_actinomycetia，c_bacilli，c_bacilli，o_lactobacilli，o_lactobacilles，f_strepteptoccoccaccaceae and g_strepteptoccus可以预测CDNESISD。结论：粪便菌群在CD中显着影响肠纤维狭窄。功能分析表明，在纤维狭窄的CD患者中，在KEGG途径水平的五个代谢途径中的差异富集，包括鞘脂代谢，脂肪酸代谢以及新霉素，kanamycin和gentamicin的新霉素的生物合成。在蛋酒数据库中，我们观察到两组之间四个功能类别的差异，包括细胞过程，信号传导和代谢。尽管α和β多样性没有显着差异，但纤维狭窄与微生物群组成和功能的变化有关，这表明粪便微生物群在预测与CD相关的纤维狭窄方面的潜力。关键字：克罗恩病，纤维狭窄，粪便菌群，元基因组分析