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血小板传播在骨关节炎中的作用
骨关节炎（OA）是一种普遍的慢性变性关节疾病，其特征是软骨变性，关节炎症和疼痛。OA的发病机理仍然不清楚。在促成OA的各种因素中，细胞外基质（ECM）蛋白，尤其是血小板传播（TSP）的作用引起了极大的关注。TSP是多功能细胞外基质糖蛋白的家族，已知参与许多生理和病理学过程，包括细胞粘附，迁移，分化，血管生成，血管生成以及突触发生通过细胞细胞和细胞 - 基质相互作用。在这篇综述中，我们提供了OA发病机理中对TSP蛋白的当前理解的摘要，包括它们对软骨稳态，滑膜炎症以及软骨下骨重塑和关节炎疼痛的影响。我们还回顾了支持TSP蛋白作为诊断生物标志物和治疗靶标的潜力的证据，重点是最近的软骨再生，基因递送治疗和疼痛管理的进展。考虑到TSP蛋白在维持关节稳态的多方面作用，TSP蛋白出现为OA的有希望的治疗靶标。
对从Larimichthys鳄鱼分离的大环病毒的基因组和蛋白质组学特征的全面分析
结果：FD201807基因组包括112,214 bp的双链DNA，G + C含量为53.53％。它包含130个潜在的开放式阅读框架，编码能力范围为41至1,293个氨基酸。对全基因组序列的系统发育分析表明，与FD201807相关的最接近的巨型细胞病毒是Pompano Iridovirus，其序列身份为98.98％。在病毒感染的细胞培养上清液中鉴定了27种病毒蛋白的无标记蛋白质组学分析，而FD201807的纯病毒病毒中的46种病毒蛋白。在这些病毒感染的细胞培养上清液和纯净的病毒样品中都检测到19种病毒蛋白，而在病毒感染的细胞培养上士中仅鉴定了8种病毒蛋白。值得注意的是，有两种蛋白质来自培养的细胞系MFF-1（普通话炸细胞系-1），即细胞色素c和泛素激活酶E1，它们都存在于纯化的病毒样品和受感染细胞的培养物中。这些细胞蛋白可能与病毒宿主蛋白相互作用和/或宿主细胞凋亡有关。
利用蛋白质的网络的演变来逆转认知
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年3月2日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.28.640897 doi：Biorxiv Preprint
无损单分子计数以绝对量化蛋白质成型
引入了一种新型免疫测定，称为蛋白质相互作用偶联（PICO），以提供清晰的，无参考的蛋白质成型定量 - 精确定量。pico采用隔室化的，均质的单分子测定法，无损和敏感的信号产生，能够检测到每个反应的几个分子。此外，它使用了一个无背景的数字枚举原则，称为decouplexing。pico被视为数学理论，提供了对其化学的理论理解。因此，PICO证明了精确的定量，例如重组和非重组ERBB2和多标记肽RTRX靶标的例证，从而验证了分析和细胞矩阵中内部和外部参考的定量。此外，PICO启用了组合多路复用（CPLEX），这两种抗体之间的读数，通过8个PLEX抗体，12-CPLEX PICO证明，测量模拟和Dactolisib处理后ERBB途径的功能变化，可提供定量的细胞固定图。pico具有对多功能，标准化和准确的蛋白质测量值的重要潜力，从而提供了对生理和干扰细胞过程的见解。
BMP9增强了类风湿关节炎中的成骨分化：一种潜在的治疗方法
抽象的客观类风湿关节炎（RA）是一种慢性炎症性疾病，会导致关节损伤，包括软骨降解和骨侵蚀。骨形态发生蛋白9（BMP9）是TGF-β超家族的成员，在成骨和组织修复中起关键作用。然而，其在RA中的骨侵蚀和炎症中的作用仍然不足。本研究旨在评估BMP9在RA中的治疗潜力，重点是其对骨骼破坏，成骨和炎症的影响。本研究的材料和方法，使用免疫组织化学，qRT-PCR和Western印刷物分析了来自RA和骨关节患者的滑膜组织中的BMP9表达。通过Micro-CT成像，组织学分析和临床评分，在CIA小鼠模型中评估了BMP9对骨骼破坏的治疗作用。成骨分化，而通过耐锈酸磷酸酶染色检查破骨细胞活性。荧光双标记用于跟踪新的骨形成。数据，并进行了适当的统计检验以确定显着性。在这项研究中，在RA患者的滑膜组织和CIA小鼠的踝关节中，BMP9表达显着下调。BMP9在CIA小鼠中的治疗改善了关节炎症，如肢体肿胀，下关节炎指数减少和改善的组织形态所示。此外，BMP9显着减轻了骨质流失，这可以通过骨矿物质密度和小梁结构增加证明。但是，BMP9处理并未明显影响破骨碎裂发生或骨吸收。BMP9还增强了骨矿化和形成，如矿物质的含量和骨形成率的提高所示。此外，BMP9促进了滑膜细胞的成骨分化，增强了碱性磷酸酶活性和矿物结节的形成。这些结果表明，BMP9对RA的关节炎症和骨质流失具有保护作用，这可能是通过促进骨形成而不会影响破骨细胞活性的。结论我们的研究得出的结论是，靶向BMP9减轻RA中的炎症并促进成骨的差异，强调BMP9是解决RA中骨骼破坏的有前途的治疗靶标。关键词BMP9，类风湿关节炎，成骨分化，骨骼破坏，炎症
细胞外基质蛋白水解在大脑发育过程中保持突触可塑性
细胞外基质蛋白水解在大脑发育过程中保持突触可塑性Haruna Nakajo 1，Ran Cao 1，上cao 1，uspriya A. Mula 1，Justin McKetney 2,3,4，Nicholas J. Silva 1，Muskaan Shah 1，Muskaan Shah 1，Indigo V. L. Indigo V. L. Rose 5,6，Martin Kampmann 5 awane l.2 l.7 swane l.7 6,8,9,10 Anna V.Molofsky 1,10 1精神病学和行为科学系/威尔神经科学研究所，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，旧金山，加利福尼亚州94158，美国。2 Gladstone数据科学与生物技术研究所，J。DavidGladstone Institutes，旧金山，94158，美国加利福尼亚州，美国3定量生物科学研究所（QBI），加利福尼亚旧金山，旧金山，旧金山大学，加利福尼亚州94158，美国加利福尼亚州94158，美国44158 94158，加利福尼亚，美国5神经退行性疾病研究所，威尔神经科学研究所，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，旧金山，加利福尼亚州94158，美国。6加州大学旧金山分校的Neuroscience研究生课程，美国加利福尼亚州94158，美国。 7加利福尼亚大学旧金山大学生物化学与生物物理学系，旧金山，加利福尼亚州94158，美国。 8加州大学旧金山分校的解剖系，美国CA94158，美国。 9劳伦斯·伯克利国家实验室，美国加利福尼亚州伯克利。 10卡夫利基本神经科学研究所，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，美国加利福尼亚州94158，美国。 摘要维持动态神经元突触库对于大脑发育至关重要。 小胶质的MMP14对于鱼类和人类IPSC衍生的培养物中都是必不可少的。6加州大学旧金山分校的Neuroscience研究生课程，美国加利福尼亚州94158，美国。7加利福尼亚大学旧金山大学生物化学与生物物理学系，旧金山，加利福尼亚州94158，美国。 8加州大学旧金山分校的解剖系，美国CA94158，美国。 9劳伦斯·伯克利国家实验室，美国加利福尼亚州伯克利。 10卡夫利基本神经科学研究所，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，美国加利福尼亚州94158，美国。 摘要维持动态神经元突触库对于大脑发育至关重要。 小胶质的MMP14对于鱼类和人类IPSC衍生的培养物中都是必不可少的。7加利福尼亚大学旧金山大学生物化学与生物物理学系，旧金山，加利福尼亚州94158，美国。8加州大学旧金山分校的解剖系，美国CA94158，美国。 9劳伦斯·伯克利国家实验室，美国加利福尼亚州伯克利。 10卡夫利基本神经科学研究所，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，美国加利福尼亚州94158，美国。 摘要维持动态神经元突触库对于大脑发育至关重要。 小胶质的MMP14对于鱼类和人类IPSC衍生的培养物中都是必不可少的。8加州大学旧金山分校的解剖系，美国CA94158，美国。9劳伦斯·伯克利国家实验室，美国加利福尼亚州伯克利。10卡夫利基本神经科学研究所，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，美国加利福尼亚州94158，美国。摘要维持动态神经元突触库对于大脑发育至关重要。小胶质的MMP14对于鱼类和人类IPSC衍生的培养物中都是必不可少的。细胞外基质（ECM）通过仍在定义并主要在成年期进行研究的机制来调节突触可塑性。使用斑马鱼后脑中兴奋性突触的实时成像，我们观察到短期（动态）和寿命更长（稳定）突触的双峰分布。通过消化或Brevican缺失破坏ECM的动态动态而不是稳定的突触，并导致突触密度降低。相反，基质金属蛋白酶14（MMP14）的丧失导致Brevican的积累并增加了稳定的突触池，从而导致突触密度增加。在运动学习测定中依赖经验的突触可塑性所必需的MMP14和Brevican。通过数学建模补充，这些数据定义了ECM重塑在保持大脑发育过程中突触的动态子集中的重要作用。引言神经元突触数量在大脑发育过程中明显增加，并经历了长时间的经验依赖性精致，以塑造成人大脑功能1。在人类中，前额叶皮质突触在整个幼儿期间增加，随后在青春期进行修剪2,3，突触可塑性的改变与神经发育疾病有关4,5。细胞外基质（ECM）是糖和糖蛋白的晶格，填充了大脑的细胞外空间，最多占脑体积6的20％。ECM也是突触可塑性的关键调节剂7,8。这种观点的许多证据来自于成年后酶消化ECM的研究。这些发现ECM消化可以在9-11的皮质回路中重新打开可塑性，损害学习和记忆12,13，并促进
范围范围的定量转录组和蛋白质组揭示了酵母中基因表达变异的明显遗传控制
基因表达的调节对应于基因组中编码的信息转化为表型的过程中的关键步骤。尽管已经对转录水平变化的遗传起源进行了广泛的分析，但我们的知识仍然非常有限，因为人群水平上蛋白质丰度变异的遗传起源。在这里，我们生成了近一千个天然酵母菌株的定量蛋白质组。通过与其转录组相比，我们的分析共同表明，转录组和蛋白质组显然是两种不同的调节水平，受自然种群中不同遗传基础的控制。在一起，我们的结果突出了访问这两个级别的基因表达以更好地理解基因型 - 表型关系的相关性。
研究揭示了增加骨关节炎风险的13个基因
Phanstiel是细胞生物学和生理学系的副教授，然后利用实验室在基因组学和生物信息学方面的专业知识来生成基因表达数据，并在计算上识别与骨关节炎风险相关的基因。Brian Diekman博士，UNC-NC州生物医学工程联合系的副教授，基因编辑专家，主持了后续研究，以确定因果基因在骨关节炎中的作用。Brian Diekman博士，UNC-NC州生物医学工程联合系的副教授，基因编辑专家，主持了后续研究，以确定因果基因在骨关节炎中的作用。
仙人掌品种Opuntia stricta（Haw。）Haw的农业气象模型在不同的灌溉频率1
摘要：这项研究的目的是校准和验证仙人掌品种Opuntia stricta（Haw。）HAW，为了模拟农作物产量并使模型适用于半干旱区域中产量的模拟。Aquacrop Model 5.0具有四个模块，涵盖了与气候，农作物，灌溉和土壤有关的方面，这些模块是在Semiarid（INSA）的实验农场进行的一项实验中收集的数据，该实验位于位于PB Campina Grande City，PB，Mesoregion，Braz agraz的PB市政府。基于这些数据，进行了产量估计，观察水对作物产量的影响。为了验证模型，将在7和28天的灌溉频率下在田间获得的数据与Aquacrop模型估计的结果进行了比较。针对仙人掌品种Opuntia stricta（Haw。）HAW，对模拟生产率的令人满意的结果，使Aquacrop成为适用于模拟产量和对这些农作物水应力的响应的模型，这可以帮助生产者在其财产上的决策过程中为生产者提供帮助。
根据分类隶属关系估算共识蛋白质组和代谢功能
摘要目的：元编码和元基因组测序使高度多样化的环境社区的表征能够表征。估计这些社区执行的代谢功能的挑战导致了几种最新方法的发展，其中大多数方法是根据特定基因标记量身定制的。但是，测序技术进步所产生的方法的增加，驱动了能够处理异质微生物社区数据的方法。预测通常取决于其内部分析管道，并受到基础数据库的影响，这些数据库将标记基因与特定功能注释联系起来。这限制了用户通过追踪内部数据和流程来评估预测质量的能力。最后，用户受这些方法提供的特定注释的约束（例如ec数），限制了他们根据中间结果进行进一步专业分析的能力。方法：ESMECATA预测分类学官员的共识蛋白质组及其相关功能。Esmecata的关键特征是其解释性和功能。为了支持异质测序数据的灵活整合，Esmecata利用了通过分析不同测序数据集的分析获得的分类学官方。为了深入了解每种分类学的知识并解释预测功能的相关性，Esmecata确定了在UNIPROT数据库中有记录的蛋白质组织能够辅助代表的给定官能中的分类学等级。根据阈值，将Uniprot蛋白质组的蛋白聚类并过滤，以创建共识蛋白质组。这些共有的蛋白质组会自动用功能信息（例如，EC数字，GO术语）注释，但它们也被设计为用于进一步的自定义注释工作流。功能注释在功能表中报道，该功能表可以充满分类的丰度，以产生全面的功能性文件。结果：ESMECATA预测已使用多个数据集验证，并将其与最新方法进行了比较。此外，它被应用于甲烷剂反应器的新型元编码数据集，表征了微生物群落和沼气在不同的时间点和进气条件上的产生。我们的结果证明了沼气之间的联系