在这项研究中,我们对十项可公开可用的基准测试进行了全面的荟萃分析,该测试评估了使用RNA-SEQ数据评估基因融合检测工具的性能。我们的分析集中在关键性能指标上,包括灵敏度,精度和F1分数。我们评估了工具在不同数据集中的性能。我们检查了数据集特征的影响,例如样本类型(真实或模拟)和读取长度,以及结果对结果的其他样本和测序参数。除了评估绩效外,我们还分析了基准测试的组织和设计,突出了诸如数据集的清晰描述,详细的仪器参数和透明方法。但是,我们还确定了常见的陷阱,包括不足的可重复性信息,数据集的多样性和缺乏广泛接受的黄金标准数据集。这些限制使得很难始终如一地评估工具并跨基准进行比较。通过综合这些发现,我们为未来的基准项目提出了建议,强调了标准化的需求,提高透明度和健壮真理集的发展。本研究旨在帮助社区创建更可靠和可重复的基准测试,最终加速了用于临床和研究应用的基因融合检测工具的开发和评估。
与其他编程语言的集成。第 4.1.1 节讨论了建模工具和其他编程语言的选择。第 4.1.3 节和 4.1.4 节分别讨论了众包数据的整合和关键位置的识别。最后的建议和结论在第 8 章中。 4.1.1. 建模工具和软件 用于开发模型、对数据进行地理处理和实施为整合土地覆盖变化和堵塞数据而开发的方法的研究中使用的建模工具或软件产品如下所示。 HEC-HMS 和 HEC-RAS 美国陆军工程兵团 (USACE) 的水利工程中心 (HEC) 开发了用于集水区水文建模的水文建模系统 (HMS) 软件和用于河流网络和洪泛区水动力学建模的河流分析系统 (RAS) 软件。这两种软件产品都是免费软件,可以下载。友好的用户界面和对复杂集水区和河流进行建模的能力使得这些软件产品在水建模者群体中广受欢迎。HEC-HMS 是一个概念模型,具有不同的组件,代表集水区中的过程,并相互关联以保持系统中的水平衡。它提供了许多不同的方法来计算损失、变换水文图和通过河流路由水文图。该软件还有一个扩展(HEC-GEO-HMS),用于处理盆地模型,该模型描述了 HEC-HMS 中集水区的物理特性。研究区域的水文建模是在 HEC-HMS 上完成的。HEC-RAS 是一个数值模型。其 5.0.3 版本具有求解 1D、耦合 1D/2D 和完整 2D 的能力。在 2D 中,有两个选项:使用浅水方程的完整解或使用浅水方程的扩散波近似。用户友好的界面以及标记结构化或非结构化网格和子网格测深的可能性使其成为复杂网络建模的宝贵选择。使用全动量方程在 HEC-RAS 上对研究区域进行了水动力学建模。HEC-RAS 和 HEC-HMS 有一个通用的程序,即将输出结果存储在称为 HEC-DSS 的数据库中。这些软件还可以从 DSS 文件中读取输入数据。它们之间的集成是通过将 HEC-HMS 的输出存储在 DSS 中并从 DSS 读取数据以输入 HEC-RAS 来完成的。详细信息请参见第 5.3 节。MATLAB 和 Python 编程语言使用一种编程语言来探索 HEC-HMS 和 HEC-RAS 中的文件,以便将数据从一个软件传输到另一个软件,并将众包数据合并到 HEC-RAS 和 HEC-HMS 中。为了整合土地覆盖数据,需要对土地覆盖图进行地理处理。处理是在 ArcGIS 中完成的。为了实施关于土地覆盖数据整合的方法,ArcGIS 中的流程已实现自动化。ArcGIS 基于 Python 编程语言,可以完成以下流程
麦当劳标准(Thompson等,2018),MS的诊断结合了临床,成像和实验室证据。神经系统检查与成像[磁共振成像(MRI)或光学相干断层扫描]和神经生理测试(视觉诱发电位)结合使用。在MRI上患有临床症状和病变的患者中,脑脊液通过腰椎穿刺收集。在脑脊液流体中存在寡克隆条带证实了MS的诊断(Thompson等,2018)。磁共振成像技术,例如双重反转恢复,相位敏感的反转恢复和使用梯度回声序列的磁化的快速采集来突出大脑皮层的MS病变。这些区域是由T1,T2或流体衰减反转恢复(Flair)方法获得的MRI图像中存在的高强度白质区域(Hitziger等,2022)。在图1a上,有一个示例MRI T1图像,带有两个病变,这些损伤显示为白质的高强度区域(Sarica和Seker,2022年)。在长轴中至少有3毫米的高强度区域被认为是病变(Thompson等,2018)。监测该疾病的演变,但治疗的效率也通过在年度随访MRI图像上出现或没有新病变来分析(Martínez-Heras等人,2023年)。在MRI图像上对脱髓鞘区域的手动识别和划定(图1B)具有一些缺点,耗时,需要合格的人员。其结果取决于专家解释MRI图像的经验。除了人为因素的主观性外,还可能发生差异,这是由于不同分辨率或具有各种质量的MRI图像而发生的。为了减少这些缺点,已经提出了几种用于诊断和监测MS的自动解决方案(Shoeibi等,2021)。通过在深度学习算法中使用神经网络与纹理分析相结合(Componick等,2021a),获得了与专家注释相当的结果。纹理分析是医学图像处理中的一种已知且有前途的技术,可在检测硬化病变方面具有显着的结果(Elahi等,2020; Boca等,2023)。通常,尝试通过那些特征来检测病变,这些特征是强度,照明,几何变换或噪声变化的图像不变的。为此,量化了像素强度和像素分布的相互关系,因此获得了许多特征。这些功能可以分为以下类别:第一阶特征(灰度直方图分析),二阶特征(灰度依赖矩阵),光谱特征和分形特征(小波变换和傅立叶变换)。用随机纹理识别的像素被归类为噪声(Friconnet,2021)。为了提高信号噪声比并降低噪声,将包括数学过滤组成的预处理操作应用于MRI图像。为例,高斯带通滤波器用于消除背景噪声(Kumar等,2023)。放射线学的方法由于出现了用于检测医学图像病变的自动方法(Lambin等,2012),因此有必要开发一种方法来通过自动检测方法来分析和评估结果的可重复性和质量。放射素学已逐渐应用于病理损害,诊断,差异诊断和MS预后的分析。开发了使用放射线特征的机器学习(ML)模型来检测MS病变(Peng等,2021)。
1。O'Keefe H,Rankin J,Wallace SA等。调查文本挖掘方法,以帮助构建搜索策略的系统诊断测试准确性 - 案例研究。2023。2。Clark J,McFarlane C,Cleo G等。系统审核自动化工具对完成系统审查任务所花费的时间的影响:案例研究。Jmir Med Educ。2021。3。Borissov N,Haas Q,Minder B等。使用Deduklick减少系统审查负担:一种新颖,自动化,可靠且可解释的重复数据删除算法来促进医学研究。2022。4。Janka H,Metzendorf Mi。 高精度但可变的召回 - 比较五个重复数据删除工具的性能。 2024。 5。 Noel-Storr A,Dooley G,Affengruber L,Gartlehner G.使用众包和机器学习的引文筛选产生了准确的结果:评估Cochrane修改后的Screen4me服务。 J Clin Epi。 2020Janka H,Metzendorf Mi。高精度但可变的召回 - 比较五个重复数据删除工具的性能。2024。5。Noel-Storr A,Dooley G,Affengruber L,Gartlehner G.使用众包和机器学习的引文筛选产生了准确的结果:评估Cochrane修改后的Screen4me服务。J Clin Epi。 2020J Clin Epi。2020
1。O'Keefe H,Rankin J,Wallace SA等。调查文本挖掘方法,以帮助构建搜索策略的系统诊断测试准确性 - 案例研究。2023。2。Clark J,McFarlane C,Cleo G等。系统审核自动化工具对完成系统审查任务所花费的时间的影响:案例研究。Jmir Med Educ。2021。3。Borissov N,Haas Q,Minder B等。使用Deduklick减少系统审查负担:一种新颖,自动化,可靠且可解释的重复数据删除算法来促进医学研究。2022。4。Janka H,Metzendorf Mi。 高精度但可变的召回 - 比较五个重复数据删除工具的性能。 2024。 5。 Noel-Storr A,Dooley G,Affengruber L,Gartlehner G.使用众包和机器学习的引文筛选产生了准确的结果:评估Cochrane修改后的Screen4me服务。 J Clin Epi。 2020Janka H,Metzendorf Mi。高精度但可变的召回 - 比较五个重复数据删除工具的性能。2024。5。Noel-Storr A,Dooley G,Affengruber L,Gartlehner G.使用众包和机器学习的引文筛选产生了准确的结果:评估Cochrane修改后的Screen4me服务。J Clin Epi。 2020J Clin Epi。2020
琼应该考虑这是否是适合AI的用例。AI工具可能缺乏产生有意义的报告见解或减轻偏见所必需的上下文理解。它也可能误解数据并产生不准确和无关的信息。琼还应考虑知识和人类专业知识是否会丢失。通常会开发报告的员工对主题的了解不会太多。
经济分析非常适合为海洋和沿海环境中的保护资源管理提供信息。本综述的目的是将海洋保护资源管理者面临的挑战与可以帮助解决这些挑战的特定形式的经济分析联系起来。我们确定并说明了几种常见的保护资源管理挑战,包括保护资源的稀缺性、科学的不确定性以及制定促进物种保护和恢复的政策。然后,我们调查了相关的经济工具,并确定了为海洋保护资源管理提供信息的机会。最后,我们讨论了应用经济分析为海洋保护资源管理提供信息的重要考虑因素。
软件开发工具:效率和生产力的催化剂软件开发工具本质上是计算机程序的集合,可帮助开发人员创建,维护或调试应用程序。这些工具的范围从直接与代码交互的口译器到简化程序员生活的更复杂的系统。在本文中,我们将深入研究前10个软件开发工具,探讨它们如何促进协作,提高生产率并提高软件应用程序的质量。使用软件开发工具简化了创建软件的过程,使开发人员能够更有效地编写,测试和调试代码。这些工具还通过跟踪变更和管理任务来促进团队成员之间的协作,最终导致提高生产率和更高质量的软件。市场提供了广泛的软件开发工具,但有些脱颖而出,在其高级功能方面显着提高了软件应用程序的质量。以下是2025年前10个软件开发工具中的一些:Visual Studio代码Visual Studio Code是一个开源代码编辑器,在包括Linux,MacOS和Windows在内的各种平台上无缝运行。此工具支持多种编程语言,并在其最新更新中继续以令人兴奋的新功能发展。功能: - 自动凹痕 - 括号匹配 - 语法突出显示 - 工作场所和集成的自定义 - 内置代码调试2。使用GIT用作软件开发工具的最新趋势表明了其在现代开发工作流程中的关键作用。git git是一个版本控制系统,可确保开发人员可以恢复其作品的先前版本,多个个人进行的跟踪更改,并促进精简的协作。诸如GIT之类的版本控制系统在敏捷开发实践和自动化中起着至关重要的作用。关键功能包括: *跟踪历史记录和非线性开发 *与简单的分支和可扩展性的协作支持 *自动备份作为开源解决方案Jenkins是一家备受推崇的开源自动化服务器,可帮助软件开发人员变得高效并降低质量和可扩展性,同时降低错误和降低错误。其插件生态系统,自定义功能和主要行业赞助(Cloudbees,Comnubine Deliver Foundation)强调了其广泛使用。关键功能包括: *易于安装和配置 *建筑物,测试,部署和报告JIRA的自动化是一种工作管理工具,支持Scrum和Scrum和Canban等敏捷方法。它被软件开发人员广泛用于错误跟踪,问题跟踪和敏捷项目管理。JIRA在2024年的关键更新包括: * AI驱动的自动化以简化规则创建 *目标跟踪功能,以增强团队协作 *新的可视化选项和与Confluence和Loom Docker的集成是一个强大的平台,是建立,共享,共享和运行软件应用程序的强大平台。它具有UIS,API,CLI和安全应用程序,以简化开发周期。开发人员可以借助Kubernetes快速创建和部署云本地软件。Postman是一种著名的软件开发工具,特别用于API测试。Docker在2025年的更新包括: *同步的文件共享和增强的基于云的构建功能 * Docker Scout用于积极主动的脆弱性识别和分辨率 * AI和机器学习技术的集成(Genai stack,docker ai,docker ai)以促进开发人员的构建码和范围的应用程序,以构建代码,以构建代码,以构建代码,以构建代码,以构建代码,并综合范围的图像,使图像集成,并在范围内整合图像,通过Docker Hub图像。如2024年Kubernetes基准报告所示,对330,000多个工作量的分析表明,效率和可靠性大幅提高,许多组织采用自动化工具来识别和纠正错误配置。这种持续的发展和采用强调了Kubernetes在现代云本地环境中的关键作用。Kubernetes拥有自动缩放和生命周期管理等功能,提供可扩展性,可用性和自我修复功能。与Postman一起,开发人员可以轻松地开发,测试和共享文档API。这个简单的图形用户界面使用户可以发送和查看HTTP请求和响应。Postman是API开发领先的协作平台,它引入了几个更新和功能,包括高级AI驱动功能,以增强API协作和开发,以及新的工作区主题以及改进的专业和企业计划的合作伙伴工作空间。该平台现在在全球范围内为超过3000万开发人员提供支持,反映了其对API开发社区的重大影响。git:具有分支和合并功能的分布式版本控制,提供了灵活性和可扩展性。Postman的功能包括多个内置库,Postman API,代码生成,测试自动化和端到端测试。其他工具及其功能是:Visual Studio Code(VS代码):具有可扩展插件和GIT集成的轻量级编辑器,提供快速的自定义和免费和开源的编辑器。Jenkins:带有插件生态系统的CI/CD自动化,可自定义具有强大的社区支持。JIRA:具有问题跟踪的敏捷项目管理,具有易于使用的界面和强大的集成。Docker:具有隔离环境的容器化,提供一致的环境和易于部署。github:带有拉的请求和CI/CD集成的GIT托管,提供无缝的GIT集成并免费用于开源项目。Sonarqube:具有安全漏洞检测的代码质量分析,提供详细的指标和语言支持。Slack:与实时聊天的团队交流,并与工具集成,促进快速沟通和良好的集成。kubernetes:具有自动尺度和负载平衡功能的容器编排,提供可扩展且可靠的容器管理。软件开发工具在确保团队和企业的高质量可交付成果方面起着至关重要的作用。这些工具促进团队成员之间的协作,启用有效的代码管理并简化部署过程。有多种类型的软件开发工具,包括集成开发环境(IDE),版本控制系统(VCS),调试工具和自动化工具。IDES(例如Visual Studio代码)为计算机程序员提供了有效开发软件的全面设施。软件工具是指开发人员使用的一组工具来创建,测试,维护和部署软件。这些工具通过自动化任务和管理复杂流程来提高开发团队之间的生产率,质量和协作。在当今快节奏的软件开发环境中,正确的开发工具使一切都不同。高级错误跟踪功能,Superb Sprint Management,核心自动化和无缝协作是在软件开发工具中寻找的重要功能。有了许多可用的选项,选择最佳的软件开发工具可能是一项艰巨的任务。但是,本指南旨在通过提供流行的敏捷软件开发平台的概述来简化该过程,从而突出其关键功能,优点和缺点。要增强您的软件开发工作流程,请考虑利用AI驱动的工具来连接任务,文档,人员等,并以前从未如此简化您的工作流程。软件开发工具的示例包括链接器,代码编辑器,GUI设计师,性能分析工具,汇编器,编译器等。一种工具通常可以容纳多个功能,从而更容易管理复杂的项目。通过使用正确的软件开发工具,团队可以提高生产率,质量和协作,最终提供高质量的软件产品和服务。ClickUp Brain用AI,连接任务,文档,人员等简化文章摘要来简化工作流程。作为代码编辑器,性能分析工具和编译器,某些工具可用于多种用途,而另一些工具则需要单独购买每个功能。用于软件开发,考虑了15个顶级工具,包括Clickup,它在敏捷项目管理和冲刺管理方面擅长。它可以在产品路线图,冲刺和积压的情况下进行合作,同时自动化未完成的冲刺并分配优先级。关键功能包括敏捷仪表板,与GitHub,GitLab和Bitbucket的本机集成,无代码数据库工具以及开发人员的Chrome扩展名。其他值得注意的工具包括GitHub,这是一个基于云的软件开发平台,用于共享和审查代码,管理项目和托管文档,以及Microsoft Azure,这是开发人员的最爱,用于构建,部署和管理Web应用程序,因为其对多种程序设计语言,框架,框架,操作系统的支持。每个工具都有其优势,例如自定义选项,集成功能和定价计划,包括具有不同功能和用户限制的免费和付费版本。G2和Capterra的评论突出了这些工具的受欢迎程度和有效性,根据数千条评论,评分在5星中的4.7至4.8不等。 Azure是一个平台,可以通过发现和消除风险来帮助开发人员管理应用程序,从而吸引了遵循精益原则的软件开发人员。 它支持许多编程语言,具有全面的SDK库,并与Microsoft工具(如Visual Studio)进行了很好的集成。 但是,Azure需要专业知识才能维护并且可能是昂贵的。G2和Capterra的评论突出了这些工具的受欢迎程度和有效性,根据数千条评论,评分在5星中的4.7至4.8不等。Azure是一个平台,可以通过发现和消除风险来帮助开发人员管理应用程序,从而吸引了遵循精益原则的软件开发人员。它支持许多编程语言,具有全面的SDK库,并与Microsoft工具(如Visual Studio)进行了很好的集成。但是,Azure需要专业知识才能维护并且可能是昂贵的。另一方面,其可扩展性,安全性和高可用性使其成为大型项目的理想选择。仍然,一些用户即使对于经验丰富的开发人员,也发现其功能不堪重负。Sendbird vs Linx vs Cloud 9:软件开发工具的全面比较Sendbird提供了一个完全免费的软件包,并提供所有Pro功能和两个付费计划,起价为每月399美元。它为离线消息,交付收据,翻译和聊天分析以及语音和视频API提供了内置的聊天API。Linx是一个低代码开发人员平台,可帮助组织减少开发时间和成本。它为软件开发团队提供本地和云解决方案,价格为每月49美元。但是,与大多数软件开发工具相比,配置可能很难和更昂贵。来自亚马逊的云9 IDE允许用户直接从其浏览器编写,运行和调试代码,包括代码编辑器,终端和调试器。它为流行的编程语言提供了必不可少的软件开发工具,没有用于运行和存储代码的存储资源以外的其他费用。给定文章文本Clickup Brain提供了AI帮助,以帮助从文档到跟踪进度的开发。Red Lion的Crimson编程工具具有拖放配置,专为红狮产品设计。深红色提供图形库,直接访问红狮功能以及C型语法编程环境。本文讨论了几种可以帮助软件开发周期的软件开发工具。通过Bootstrap是一个前端工具包,具有现成的代码块,大量组件列表和功能强大的JavaScript插件。Ultraedit是一个强大的代码编辑器,几乎支持每个编程语言,并提供项目管理和文本编辑功能。vim是一种免费的开源工具,提供了高级搜索和替换功能,用于代码审核的调试模式,支持数百种编程语言和文件格式,并带有插件以扩展其功能。但是,它具有一些缺点,例如buggy语法突出显示,一个不友好的UI,并且缺少优化的自动完整功能。Docker是一个强大的平台,使开发人员能够构建,共享和运行应用程序。它具有与行业领先的工具(如VS Code和Github)的强大集成,并具有大量的社区支持。但是,它需要一个高配置系统才能无缝运行,并且可能是内存密集的。轴是另一个通过启用软件开发计划,原型制作和开发开发产品来弥合开发,设计,客户和业务之间差距的工具。它提供功能强大的原型工具,拖放功能以及与Azure Cloud的集成。但是,它具有有限的协作功能和图像处理工具。本文通过引入Clickup Brain(一种工具),该工具不仅总结了文章,还可以将任务,文档,人员等连接到简化工作流程。提到ClickUP提供了其免费计划中开发所需的大部分功能,这是想要减轻其软件开发周期的软件开发人员的理想选择。
气候变化对农作物生产产生了负面影响,可能会增加产量损失并降低在恶劣环境条件下生长的农作物的产量。因此,我们需要开发具有气候适应能力的农作物品种来应对非生物和生物胁迫。植物育种通过应用传统工具和方法成功地开发了改良的农作物品种,其中植物的选择基于优异的性能(表型)。许多外部环境因素会影响植物表型,从而降低仅基于表型表达的选择的准确性。此外,研究非生物和生物胁迫耐受性/抗性等复杂性状既耗时又具有挑战性。为了缓解这一问题,基因组学为植物育种者提供了用于全基因组研究的尖端分子技术,并使基因型-表型分析成为可能。这有助于利用基因组方法,如“基因组选择”、“标记辅助选择”(MAS)、“标记辅助回交”(MABC)、“数量性状基因座”(QTL)定位和“基因组编辑”,精确高效地开发气候适应性作物品种。这些高通量的现代技术有助于识别重要性状,更好地了解遗传多样性,并显著加快育种计划。此外,革命性的技术,如“CRISPR-Cas9”介导的基因组编辑,可以实现精确的基因编辑,显著加快育种过程。“高通量表型分析”(HTP)、“基因组选择”和 MAS 有助于选择能够提高作物产量、抗逆性和抗病性的特定性状。这些分子工具对于转移受各种环境条件影响的复杂性状非常有用。为确保粮食安全和应对气候变化的挑战,将先进的分子工具与传统育种相结合对于生产气候适应性作物至关重要。 © 2025 Hasan 和 Rahim。这是一篇开放获取的文章,根据知识共享署名 4.0 国际许可证 (www.creativecommons.org/licenses/by/4.0) 分发,允许在任何媒体中不受限制地使用、分发和复制,前提是对原始作品进行适当引用。