XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemtp53
CRISPR/Cas9 切割的 TP53 依赖性毒性在不同的基因组位点存在差异，并且可能会影响基因筛查
CRISPR/Cas9 基因编辑可以精确地灭活基因。该过程涉及 DNA 双链断裂 (DSB)，这可能导致细胞适应性丧失。我们假设 DSB 毒性可能因目标基因座中的染色质环境而异。在这里，通过分析同源细胞系对 CRISPR 实验以及来自约 900 个细胞系的先前筛选数据，我们发现 TP53 相关的断裂毒性在含有活性染色质的基因组区域（例如基因调控元件或转录延长组蛋白标记）中更高。DSB 修复途径选择和 DNA 序列环境也与毒性有关。我们还表明，由于 sgRNA 靶向位点的差异毒性引入了噪声，在 TP53 野生型细胞中，基因筛选检测条件必需性的能力降低。了解 Cas9 切割毒性的决定因素将有助于改进 CRISPR 试剂的设计，以避免偶然选择 TP53 缺陷和/或 DNA 修复缺陷的细胞。
使用儿童脑肿瘤分子分层的临床试验
刺猬因子 (SHH) 激活和肿瘤抑制蛋白 p53 (TP53) 突变、SHH 激活和 TP53 野生型以及非 WNT/非 SHH（第 3 组和第 4 组）]，其中第 3 组 MB 在所有亚组中预后最差，TP53 突变状态是 SHH 激活 MB 中最重要的风险因素 (4-6)。同样，儿童低级别胶质瘤 (PLGG) 在 BRAF 基因 (B-Raf 原癌基因或 v-Raf 鼠肉瘤病毒癌基因同源物 B1) 中存在不同的异常，这提供了有关肿瘤表型以及患者总体生存的信息 (7,8)。此外，儿童高级别胶质瘤 (PHGG) 患者的预后因编码组蛋白变体 H3.3 (H3F3A) 和 H3.1 (HIST1H3B) 的基因突变而不同 (9)。鉴于这些分子差异的临床意义，最近的临床试验旨在确定驱动突变和其他生物标志物，以便进行靶向治疗。本综述介绍了最近的文献，并重点介绍了利用
疾病中的17p删除：（p53）协会的罪恶感
单词17染色体（DEL17P）短臂的单相关缺失是预后较差的癌症的复发异常。与血液学恶性肿瘤有关的最佳研究，相关的功能结果主要归因于TP53的损失和/或功能障碍，TP53位于17p13.1，但位于17p上其他基因的删除的较大影响较大。17p是基因组中最大的基因密集区域之一，包括TP53之外的肿瘤抑制基因，对于细胞存活和增殖所必需的基因，以及小和长的非编码RNA。在本综述中，我们利用数据驱动的方法来划定多种癌症中17p删除的程度，并确定常见的功能丧失基因特征。我们讨论了产生的杂合性丧失（LOH）和单倍依的效率如何影响细胞的行为，但也可以确定有可能通过治疗性利用的脆弱性。最后，我们强调了DEL17P的新兴动物和同源细胞系模型如何为癌细胞行为提供关键的生物学见解。
逐步相关
摘要背景：具有胆囊癌 (GBC) 风险因素的患者致癌的潜在基因改变仍存在争议，尤其是在胰胆管合流异常 (PBM) 患者中。本研究旨在使用新一代测序 (NGS) 阐明 GBC 风险因素与基因改变之间的关联。方法：我们回顾性分析了 64 例确诊为 GBC (n = 26)、PBM [患有 GBC (n = 8)、不患有 GBC (n = 20)] 和慢性胆囊炎患者的切除组织，作为对照组 (n = 10)。从肿瘤及其周围组织中提取 DNA，通过激光捕获显微切割技术精确分离。通过 NGS 检测 50 个癌症相关基因的基因改变，并与临床信息（包括 PBM 状态）进行比较。结果：GBC组织中最常见的基因变异为TP53（50%），其次是EGFR（20.6%）、RB1（17.6%）和ERBB2（17.6%）。20例（58.8%）检测到可通过分子靶向药物靶向的基因变异。对基因变异及危险因素进行统计分析发现，合并PBM的GBC患者TP53变异率高于非PBM患者（p=0.038），对照组上皮、非GBC的PBM患者上皮、合并PBM的GBC患者瘤周黏膜及合并PBM的GBC患者肿瘤组织中TP53突变率分别为10%、10%、38%和75%（p<0.01）。结论：TP53变异比KRAS变异更能导致PBM患者的癌变。
TP53阳性乳腺癌肝转移患者通过个性化医疗获得贝伐单抗持续快速缓解的病例报告
1 伊朗德黑兰医科大学伊玛目霍梅尼医院综合楼癌症研究所癌症研究中心，2 伊朗德黑兰医科大学伊玛目霍梅尼医院综合楼 BESTforPM（个性化医疗生物标志物评估与监督小组），3 伊朗德黑兰医科大学伊玛目霍梅尼医院综合楼癌症研究所放射肿瘤学系，4 伊朗卡拉季放射肿瘤学中心诊所 (ROCK)，5 伊朗德黑兰伊朗癌症协会，6 伊朗德黑兰医科大学伊玛目霍梅尼医院综合楼血液学和医学肿瘤学系，7 伊朗德黑兰医科大学伊玛目霍梅尼医院综合楼癌症研究所解剖与临床病理学系，8 伊朗德黑兰医科大学医学院医学物理系
欢迎新年！多样性，公平和包容
我们正在应用功能性基因组和遗传研究来填补有关卵巢癌可起作突变的临床知识的空白。我们应用了基于CRISPR/CAS9的基因组规模筛选，以鉴定卵巢癌对PAPR抑制剂敏感性的遗传决定因素。我们还从耐药性的患者中产生了肿瘤衍生的cDNA表达文库，并且我们正在应用功能性遗传筛选来识别促进癌症进展和治疗耐药性的驱动基因。我们还生成了几个TP53诱变文库，以表征对TP53靶向疗法有反应的突变体。该项目最近由国防部卵巢癌研究计划资助。
Li-Fraumeni综合征的基因检测
描述/背景TP53基因TP53基因包含用于产生肿瘤蛋白p53的遗传指令。p53蛋白是一种肿瘤抑制剂，它是细胞周期调节剂，可在发生DNA损伤时防止细胞不受控制的生长和分裂。躯体（获得的）致病变异是人类癌症中最常见的改变之一。种系（遗传）致病变异与Li-Fraumeni综合征（LFS）有关。li-fraumeni综合征Li-Fraumeni综合征是一种癌症易感综合征，与癌症的高寿命累积风险相关，并且受影响个体中多种癌症的趋势。该综合征最初是基于对年轻兄弟姐妹及其生物学相关的堂兄的侵略性软组织肉瘤的回顾性分析进行了描述的。1，肿瘤类型与LFS前大体乳腺癌，骨骼和软组织肉瘤，中枢神经系统（CNS）肿瘤，肾上腺皮质癌，下型淋巴细胞性白血病，异常早期发作，其他腺癌的其他儿童或其他儿童的早期发作。肉瘤，乳腺癌，肾上腺皮质肿瘤和某些脑肿瘤已被称为LFS的“核心”癌症，因为它们解释了在具有种系TP53致病性和可能致病变异的个体中观察到的大多数癌症。2，3，与LF相关的其他恶性肿瘤包括各种胃肠道，肺，皮肤和甲状腺癌以及白血病和淋巴瘤。估计发生第二次肿瘤的风险为40％至49％。2，在1患有LFS的个体患有多种原发性肿瘤的风险增加，随后发生恶性肿瘤，并非所有与以前的肿瘤的治疗明显相关。
拉丁伊比利亚髓母细胞瘤的体细胞突变分析和驱动基因的临床影响：迈向精准医疗
髓母细胞瘤 (MB) 是儿童中最常见的恶性脑肿瘤，以其异质性和治疗相关毒性而闻名，迫切需要新的治疗靶点。我们使用 Illumina TruSight Tumor 15 面板分析了 69 例拉丁-伊比利亚分子特征化的髓母细胞瘤中 15 个驱动基因的体细胞突变谱。我们根据变异的临床影响和致癌性对其进行了分类。在患者中，66.7% 为 MB SHH ，13.0% 为 MB WNT ，7.3% 为 MB Grp3 ，13.0% 为 MB Grp4 。在发现的 63 个变异中，54% 被归类为 I/II 级，31.7% 为致癌/可能致癌。我们观察到 33.3% 的病例至少有一个突变。 TP53（23.2%，16/69）是突变最多的基因，其次是 PIK3CA（5.8%，4/69）、KIT（4.3%，3/69）、PDGFRA（2.9%，2/69）、EGFR（1.4%，1/69）、ERBB2（1.4%，1/69）和 NRAS（1.4%，1/69）。约 41% 的 MB SHH 肿瘤表现出突变，TP53（32.6%）是突变最多的基因。I/II 级和致癌/可能致癌的 TP53 变异与复发、进展和较低的生存率有关。PIK3CA 和 KIT 基因中可能可操作的变异是
KMT2A基因扩增在急性髓样白血病中的作用，
尽管赖氨酸甲基转移酶2a（KMT2A）基因重排，代表急性髓样白血病（AML）中常见的致癌事件，但KMT2A扩增的频率较小，并且与独特的临床和遗传特征相关。我们对三名与KMT2A基因扩增相关的AML患者进行了回顾性分析，并意识到了文献综述。所有病例都是男性，中位年龄为65岁。其中两个已经接受了以前的疗法。骨髓的Aspi速率涂片显示出明显的发育异常，并在红细胞系列中具有细胞质液泡。在所有情况下，细胞遗传学研究均显示出复杂的核型和原位杂交（FISH）分析（FISH）分析显示所有患者的DEL（5Q）和TP53基因的缺失和两名患者的DEL（7Q）。在两名患者中进行了下一代测序（NGS）面板，在这些情况下，建立了TP53的双重变化。所有患者均对治疗难治性，并且出现KMT2A扩增后的74天生存期。总而言之，我们的结果表明，我们的KMT2A扩增患者具有文献中描述的相同的临床和遗传特征：先前治疗，高龄，发育异常的迹象，具有频繁空泡，复杂的Karyotype和TP53突变的患者中存在扩增。
基于患者细胞的药物基因组学评估，揭示晚期肺癌的潜在耐药机制和新疗法
实体肿瘤的表达谱。由于 LUAD 在我们的队列中占主导地位（> 80%），我们将 PDC 基因表达谱与 TCGA-LUAD 数据集（n = 230）进行了比较。正如预期的那样，PDC 基因组图谱与肿瘤样本相似，并与正常邻近组织区分开来（图 1B）[36]。PDC 和 TCGA 样本中的组成性体细胞基因突变相似。TP53、RB1 和 BRAF 突变的复发在 PDC 和 TCGA 样本中都得到了高度保留。PDC 中的 EGFR 突变频率较高，而 KRAS、KEAP1 和 STK11 突变的复发低于 TCGA 样本（图 1B）。因此，在 PDC 模型中经常观察到 TP53（49%）、EGFR（31%）和 RB1（8%）的体细胞突变（图 1C）。此外，MET (10%)、CDK4 (6%)、