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肿瘤学临床途径 - 急性髓细胞性白血病（AML）
a Diagnosis must include flow cytometry, karyotype, rapid order (<72 hours) molecular tests (to include: FLT3, NPM1, IDH1, and IDH2), and myeloid NGS test (at minimum must include: ASXL1, BCOR, CEBPA, EZH2, FLT3, IDH1, IDH2, NPM1, RUNX1, SF3B1, srsf2，stag2，tp53，u2af1和zrsr2）;其他可选基因包括：CBL，DDX41，KIT，KRAS，NRA和其他与髓样肿瘤相关的基因；也可以在病理学家的前提下或自行决定进行AML鱼类测试（可以包括：-5/5Q，-7/7Q，-7/7Q，KMT2A，T（8; 21）runx1 :: Runx1t1，t（15; 17; 17）PML :: Rara，t（16:16）或Inv（16:16）或Inv（16）或Inv（16）CBFB :: bbfb :: bbl :: bbl：n; TP53）
MicroRNA-141-3P，E2F3，CDK3和KAT2B过表达对未经治疗的乳腺癌组织中组织学肿瘤等级和转移状态的影响
摘要简介：越来越多的证据报道了乳腺癌组织（BC）组织中的基因表达改变，需要进行研究以突出疾病发育或进展的分子基础。这项研究研究了MiR-141，E2F3，CDK3，TP53和KAT2B的表达，以及它们与BC组织中的组织学等级和转移的相关性。方法：通过RT-QPCR分析了MiR-141，E2F3，CDK3，TP53和KAT2B基因的RNA表达水平。评估了这些基因的表达水平与BC组织样品的临床病理特征的关联。该研究还探索了基因与miR-141的RNA水平之间的相关性。结果：MiR-141，E2F3，CDK3和KAT2B的表达在BC肿瘤中的水平明显高于正常组织。TP53表达与正常组织相比显示出肿瘤的增加，尽管它微不足道。此外，增加了MiR-141，E2F3，CDK3和KAT2B的RNA表达，对应于BC的晚期和区域转移。此外，结果表明，miR-141的RNA表达水平与CDK3和E2F3与Kat2b之间存在显着相关性。结论：我们的发现强调了与侵略性BC相关的临床病理学指标。此外，BC组织中miR-141，E2F3，CDK3和KAT2B的过表达之间的相关性表明了调节作用。在一起，这项研究的结果似乎可以提供证据，表明基因表达失调有助于揭示BC的基本分子基础。
分析结直肠的多基因分子面板...
简介：最常见的癌症之一结直肠癌（CRC）是全球主要的公共卫生问题，尤其是在西方国家。在波兰，无论是男性和女性，CRC都是一种癌症，发病率和死亡人数率很高，占据了第二–3 –3的位置。由于分子分析中的里程碑以及对分子途径的深入了解，现在可以进行个性化处理。下一代测序（NGS）技术可实现许多基因检测，因此可以鉴定患有癌症的突变的人。研究的目的：在当前的研究中，我们分析了≤50岁患者的CRC的分子研究。材料和方法：我们将没有事先放射和化学疗法的患者纳入纳入标准。我们与FFPE分离了DNA。我们使用了包含50个基因（700个扩增子）的Illumina热点癌面板。结果：年龄的中位数为43岁。女性比率为1：1。我们记录了以下突变频率：TP53 76％，APC 57％，KRAS 43％，NRAS 29％，SMAD4 9％，PIK3CA 14％和FBXW7 5％。我们注意到20％的患者的共发生APC/ KRAS/ TP53突变。结论：在86％的患者中发现了突变的共发生，最常见于2或3。IDH1仅在预后更好的患者中发现，而TP53，APC和KRAS突变的预后患者的发生频率更高。
胶质瘤综合分子分析结果...
背景：神经胶质瘤是最常见的原发性脑肿瘤类型，其潜在的分子异质性导致不同的治疗反应。我们的回顾性研究旨在从大量神经胶质瘤患者中探究生物标志物，以确定具有治疗意义的改变。方法：采用多平台方法分析了 871 个神经胶质瘤肿瘤样本（79％ 为 WHO IV 级胶质母细胞瘤，GBM），包括测序、IHC、FISH/CISH 和甲基化检测，以研究可操作的生物标志物异常。对整个患者队列和患者分子亚组进行了回顾性数据分析。结果：在 871 个患者样本中发现 27 个基因发生突变。观察到神经胶质瘤中常见的 TP53（39%）、IDH1（22%）、PTEN（13%）和以前未报告的突变，包括 JAK3、SMO 和 ABL1。37% 的病例发生 2 个或更多基因的共同突变。 TP53 突变提示遗传不稳定性，且常与其他并发突变相关（p=0.0006）。IDH1 突变与 MGMT 启动子甲基化、TS、RRM1 和 TOP2A 低表达相关（p 从 <0.0001 到 0.0036），提示对替莫唑胺、氟嘧啶、吉西他滨和依托泊苷的反应不同。IDH1 突变也与 TP53 突变相关；而野生型 IDH1 与 PTEN 突变相关（p=0.0309），且与 EGFR 突变有一定关联（p=0.0543）。在将 GBM 与 II/III 级胶质瘤进行比较时，还观察到 IHC、FISH 和测序得出的不同生物标志物谱，提示 GBM 的生物学特性不同，因此治疗意义也不同。对 20 名 GBM 患者进行了治疗前后分析（正在进行比较分析）。结论：多平台分析显示，胶质瘤表现出高度的分子异质性。IDH1 突变可识别对治疗剂反应不同的患者的分子亚群；而 TP53 突变则表明遗传不稳定性增加。这些结果凸显了分析在考虑胶质瘤患者的治疗方案时的好处。背景
肿瘤学临床途径 - 急性髓细胞性白血病（AML）
a Diagnosis must include flow cytometry, karyotype, rapid order (<72 hours) molecular tests (to include: FLT3, NPM1, IDH1, and IDH2), and myeloid NGS test (at minimum must include: ASXL1, BCOR, CEBPA, EZH2, FLT3, IDH1, IDH2, NPM1, RUNX1, SF3B1, srsf2，stag2，tp53，u2af1和zrsr2）;其他可选基因包括：CBL，DDX41，KIT，KRAS，NRA和其他与髓样肿瘤相关的基因；也可以在病理学家的前提下或自行决定进行AML鱼类测试（可以包括：-5/5Q，-7/7Q，-7/7Q，KMT2A，T（8; 21）runx1 :: Runx1t1，t（15; 17; 17）PML :: Rara，t（16:16）或Inv（16:16）或Inv（16）或Inv（16）CBFB :: bbfb :: bbl :: bbl：n; TP53）
肿瘤学临床途径急性髓细胞性白血病（AML）
a Diagnosis must include flow cytometry, karyotype, rapid order (<72 hours) molecular tests (to include: FLT3, NPM1, IDH1, and IDH2), and myeloid NGS test (at minimum must include: ASXL1, BCOR, CEBPA, EZH2, FLT3, IDH1, IDH2, NPM1, RUNX1, SF3B1, srsf2，stag2，tp53，u2af1和zrsr2）;其他可选基因包括：CBL，DDX41，KIT，KRAS，NRA和其他与髓样肿瘤相关的基因；也可以在病理学家的前提下或自行决定进行AML鱼类测试（可以包括：-5/5Q，-7/7Q，-7/7Q，KMT2A，T（8; 21）runx1 :: Runx1t1，t（15; 17; 17）PML :: Rara，t（16:16）或Inv（16:16）或Inv（16）或Inv（16）CBFB :: bbfb :: bbl :: bbl：n; TP53）
1个植物学组和表观遗传单位，意大利民族...
简介：头部和颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的特征是复发的发生率很高，这是HNSCC患者死亡的常见原因。识别支持HNSCC疾病管理的生物标志物在临床肿瘤学中仍然是未满足的需求。Meetials和方法：为此，我们为下一代测序（NGS）分析设计了一个突变芯片，以检测HNSCC患者的肿瘤组织中的突变和匹配的血浆。对HNSCC TCGA队列的分析表明，TP53（72％），CDKN2A（22％）和FAT1（24％）是HNSCC中最常见的突变基因。明显的TP53突变与预后不良相关。已收集了来自HNSCC患者的250种新鲜冷冻组织。特定于每位患者的三个活检，代表非肿瘤（切除缘），周围（距肿瘤≥1cm的组织学上无肿瘤组织）和肿瘤组织。结果：该队列受到定制的突变芯片的挑战，用于NGS分析突变，其中包括TP53，CDKN2A和FAT1基因的整个CD。我们发现，我们队列肿瘤中的TP53（743％）和CDKN2A（243％）突变频率与TGCA相似。我们的数据集中FAT1（38.6％）突变的频率较高。尚未注释许多识别的FAT1突变。由于我们还在手术中收集了匹配的血浆，因此在随访期间，我们的分析正在朝着鉴定患者CCF-DNA突变的鉴定。结论：此分析正在进行中，并将介绍相关数据。F. Ganci：不。F.Stinella：不。G. Cottone：不。 E. Cotronoon：不。 A.非：不。 A.出生：不。 A. Sacconi：不。 V.睡觉：不。 M. Palloca：不。 F. Rollo：不。 A. Covello：不。 M.贝沃夫：非。 Q.春季：不。 F. F. F.：不。 G. Blandino：不。G. Cottone：不。E. Cotronoon：不。A.非：不。A.出生：不。A. Sacconi：不。 V.睡觉：不。 M. Palloca：不。 F. Rollo：不。 A. Covello：不。 M.贝沃夫：非。 Q.春季：不。 F. F. F.：不。 G. Blandino：不。A. Sacconi：不。V.睡觉：不。M. Palloca：不。 F. Rollo：不。 A. Covello：不。 M.贝沃夫：非。 Q.春季：不。 F. F. F.：不。 G. Blandino：不。M. Palloca：不。F. Rollo：不。A. Covello：不。 M.贝沃夫：非。 Q.春季：不。 F. F. F.：不。 G. Blandino：不。A. Covello：不。M.贝沃夫：非。Q.春季：不。 F. F. F.：不。 G. Blandino：不。Q.春季：不。F. F. F.：不。 G. Blandino：不。F. F. F.：不。G. Blandino：不。G. Blandino：不。
rnagenesis：增强RNA序列产生和结构见解的基础模型
急性髓样白血病（AML）是一种遗传异质性恶性肿瘤，其特征是髓样前体细胞的克隆膨胀。基因组分析的进步增强了我们对AML发病机理的理解，从而鉴定了复发突变，包括TP53，FLT3，MUC4，RAS，RAS和IDH1/2。这些突变显着影响治疗反应和预后，TP53突变赋予了较差的结果和对常规疗法的抵抗力。尽管基于Venetoclax的方案出现了，但阻力机制仍然存在，因此需要发展新型的治疗策略。本研究旨在研究药物组合使用体外AML细胞系和体内斑马鱼胚胎异种移植模型的AML治疗的功效。具体来说，我们专注于两种药物组合。 Pan-RAF抑制剂LY3009120与MTOR抑制剂Sapanisertib（指定为LS）和JAK1/2抑制剂ruxolitinib结合使用ERK抑制剂Ulixertinib（指定为RU）。该研究整合了实时细胞活力测定，异种移植成像和基因组分析，以评估药物疗效并探索治疗反应与突变谱之间的相关性，尤其是TP53，FLT3和MUC4突变。与基于Venetoclax的治疗可降低AML细胞系的细胞活力相比，LS和RU这两种组合都表现出了优异的功效。LS组合显示MOLM16和SKM细胞中细胞活力的显着降低，而RU表现出可比的功效，毒性较低。在斑马鱼胚胎中，LS组合有效地抑制了异种移植的人AML细胞的增殖，这表明荧光信号降低，表明细胞死亡。RU组合还破坏了生存信号通路，显示了作为治疗策略的希望。此外，在药物反应和突变谱之间确定了与TP53，FLT3和MUC4突变之间的相关性，从而显着影响对LS和RU组合的敏感性。这些发现支持LS和RU作为当前临床方案的有效替代方案的进一步发展，对个性化AML治疗的影响。
噬菌体开发的初步步骤......
摘要：p53 基因 (TP53) 替代疗法在癌症基因治疗中显示出良好的效果。然而，它的发展受到了阻碍，主要是因为所选的基因传递载体。CRISPR-Cas9 技术 (成簇的规律间隔的短回文重复序列/CRISPR 相关蛋白 9) 可以敲除突变的 TP53 (mutTP53)，但由于其体积较大，许多病毒载体并不适合或需要实施降低治疗效率的策略。在这里，我们介绍了一种具有靶向癌细胞能力的噬菌体或基于噬菌体的载体，旨在研究使用该载体在人肺腺癌细胞中传递 CRISPR-Cas9 转基因的可行性。首先，我们制作了一种携带 CRISPR-Cas9 转基因盒的肿瘤靶向噬菌体。接下来，我们通过定量聚合酶链式反应 (qPCR) 和菌落形成琼脂平板研究了对载体滴度的任何负面影响。最后，我们结合蛋白质印迹分析和免疫荧光染色来证明体外细胞转导。我们表明，针对肿瘤的噬菌体可以包装包含 CRISPR-Cas9 序列的大型载体基因组 (~10 kb)，而不会对活性或总数的噬菌体颗粒产生任何负面影响。然后，我们以有针对性和有效的方式检测了 Cas9 在人肺腺癌细胞中的表达。最后，我们证明了当 p53 gRNA 被整合到 CRISPR-Cas9 噬菌体 DNA 构建体中时，p53 蛋白表达会丧失。这些概念验证结果支持使用工程噬菌体进行肺癌的 TP53 替代疗法。
MDM2 扩增或过表达的尿路上皮癌患者的致死临床结果以及化疗和免疫治疗耐药性
摘要 背景 E3 泛素连接酶鼠双微体 2 (MDM2) 结合 p53 转录激活结构域并作为 TP53 通路的强效抑制剂，TP53 通路是尿路上皮癌 (UC) 中三种最关键的致癌通路之一。然而，MDM2 扩增在 UC 中的临床意义及其对肿瘤免疫背景的影响仍不清楚。 方法 本研究分析了来自两个当地队列（ZSHS 队列和 FUSCC 队列）的 240 名具有匹配临床注释的 UC 患者。我们通过免疫组织化学分析和靶向测序评估了 MDM2 状态与临床结果、治疗效果和免疫学特征之间的相关性。此外，来自五个独立外部队列的 2264 个 UC 样本（包含基因组、转录组和临床数据）用于验证。结果 MDM2 扩增 (MDM2 Amp) 或蛋白质过表达 (MDM2 OE) 与 UC 患者总体生存率较低 (ZSHS 队列，Log-rank p<0.001；FUSCC 队列，Log-rank p=0.030) 和对铂类化疗 (ZSHS 队列，Log-rank p<0.001) 以及抗 PD-1/PD-L1 免疫疗法 (FUSCC 队列，Log-rank p=0.016) 的反应降低有关，无论 TP53/p53 状态如何。MDM2 扩增或过表达进一步与具有去分化形态的高级别 UC 肿瘤相关。此外，MDM2 扩增或过表达的 UC 与免疫逃避结构相关，其特征是三级淋巴结构浸润比例较低、CD8 + T 细胞、IFN-γ + 细胞、GZMB + 细胞丰度较低，以及免疫检查点分子表达降低，包括程序性死亡配体 1 (PD-L1)、程序性死亡-1 (PD-1) 和细胞毒性 T 淋巴细胞相关蛋白 4 (CTLA-4)。结论 MDM2 扩增或过表达定义了一组致命的 UC 患者，无论 TP53 /p53 状态如何，其预后较差，并且对铂类化疗和免疫疗法均有耐药性。这些肿瘤的特点是去分化形态和免疫抑制微环境。准确