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自适应细菌免疫中的可编程双 RNA 引导 DNA 内切酶
成簇的规则间隔短回文重复序列 (CRISPR)/CRISPR 相关 (Cas) 系统通过使用 CRISPR RNA (crRNA) 引导入侵核酸的沉默，为细菌和古细菌提供针对病毒和质粒的适应性免疫。我们在此表明，在这些系统的一个子集中，与反式激活 crRNA (tracrRNA) 碱基配对的成熟 crRNA 形成双 RNA 结构，该结构指导 CRISPR 相关蛋白 Cas9 在靶 DNA 中引入双链 (ds) 断裂。在与 crRNA 引导序列互补的位点，Cas9 HNH 核酸酶结构域切割互补链，而 Cas9 RuvC 样结构域切割非互补链。当双 tracrRNA:crRNA 被设计为单 RNA 嵌合体时，它还会指导序列特异性 Cas9 dsDNA 切割。我们的研究揭示了一个使用双 RNA 进行位点特异性 DNA 切割的核酸内切酶家族，并强调了利用该系统进行 RNA 可编程基因组编辑的潜力。B
通过选择性修饰带有 2'-氟和锁定核酸的向导 RNA 来提高 CRISPR/Cas9 系统的稳定性和特异性
摘要：利用 CRISPR/Cas 系统组件的基因组编辑方法已广泛应用于分子生物学、基础医学和基因工程。一种有前途的方法是通过修改基于 CRISPR/Cas 的基因组编辑系统的组件来提高其效率和特异性。在这里，我们设计并化学合成了含有修饰核苷酸（2'-O-甲基、2'-氟、LNA — 锁定核酸）或在某些位置含有脱氧核糖核苷酸的向导 RNA（crRNA、tracrRNA 和 sgRNA）。我们比较了它们对核酸酶消化的抵抗力，并检查了由这些修饰向导 RNA 引导的 CRISPR/Cas9 系统的 DNA 切割效率。用 2'-氟修饰或 LNA 核苷酸替换核糖核苷酸增加了 crRNA 的寿命，而其他类型的修饰不会改变它们的核酸酶抗性。 crRNA 或 tracrRNA 的修饰可保持 CRISPR/Cas9 系统的有效性。否则，具有修饰 sgRNA 的 CRISPR/Cas9 系统会显著降低 DNA 切割有效性。2'-氟修饰 crRNA 的系统 DNA 切割动力学常数较高。crRNA 的 2'-修饰还可降低体外 dsDNA 切割的脱靶效应。
jiao -chunlei.pdf-新加坡
传统的诊断工具不足以检测和应对大流行病和复杂的慢性疾病。crispr是原核生物中的自适应免疫系统，是新技术的永无止境的来源，提供了新的解决方案。在这里，我们将CRISPR发现转换为创新的RNA检测和疾病诊断的记录平台。我们发现，促进CRISPR-CAS9系统中CRISPR RNA处理和成熟的tracrocrna也可以介导源自宿主细胞转录本的非典型CRISPR RNA（NCRRRNA）的产生。我们的ncrrna Discovery启发了重编程的tracrrnas（RPTR）的工程，该工程将任何利益的存在与DNA靶向靶向不同的CAS9直系同源物，从而创建了可多发性诊断平台称为Leopard（Leverage toveraging tracrrrnas和tharge tracrrrnas和target DNAS for-targe dnas for-tartarge dnas for-ty-targe dnas）。我们将tracrrna的重编程扩展到涉及dsDNA的cas12核酸酶，从而产生puma平台（可编程的tracrRNA解锁了原始的基序 - 通过cas12核酸酶对核糖核酸的独立检测）。最后，我们将RPTR的概念从体外应用到细胞上下文，并建立了用户定义的RNA记录平台Tiger（通过基因编码的记录推断出的RNA）解决了在单细胞水平上记录转录历史事件的挑战。
可编程双 RNA 引导的 DNA 内切酶...
成簇的规则间隔短回文重复序列 (CRISPR)/CRISPR 相关 (Cas) 系统通过使用 CRISPR RNA (crRNA) 引导入侵核酸的沉默，为细菌和古细菌提供针对病毒和质粒的适应性免疫。我们在此表明，在这些系统的一个子集中，与反式激活 crRNA (tracrRNA) 碱基配对的成熟 crRNA 形成双 RNA 结构，该结构指导 CRISPR 相关蛋白 Cas9 在靶 DNA 中引入双链 (ds) 断裂。在与 crRNA 引导序列互补的位点，Cas9 HNH 核酸酶结构域切割互补链，而 Cas9 RuvC 样结构域切割非互补链。当双 tracrRNA:crRNA 被设计为单 RNA 嵌合体时，它还会指导序列特异性 Cas9 dsDNA 切割。我们的研究揭示了一个使用双 RNA 进行位点特异性 DNA 切割的核酸内切酶家族，并强调了利用该系统进行 RNA 可编程基因组编辑的潜力。B
针对 Cas9 表达细胞的 Edit-R 合成向导 RNA 转染方案
以下是使用 DharmaFECT™ 1-4 转染试剂（目录号 T-2001、T-2002、T-2003、T-2004）将合成向导 RNA 转染到表达 Cas9 的培养哺乳动物细胞中的简化方案。合成向导 RNA 可以是合成的单向导 RNA，也可以是与 tracrRNA 复合的合成 crRNA。适用于完成细胞系优化后使用。有关完整详细信息以及优化指南，请参阅技术手册。
用于养殖动物繁殖的基因组...
图3。CRISPR/CAS9系统机制6。a）外国DNA序列的破坏。在反对病毒和血浆的斗争中，CRRNA识别出异物DNA的原始探针系列，并与近距离PAM系列有关。tracra改善了CRRA与相应的DNA序列的结合，从而通过与Cas9核的关系触发了双码分裂对CRRA。双重婚礼师特定于该地区，如黑色箭头所示，PAM阵列发生在3个基对上方。b）crıspr / cas系统识别基因组DNA中的靶序列的GRNA（Kimre of CrRNA和Trocrocrna的Kimre），具有相邻的PAM序列，并通过CAS9的复杂形成和诱导靶DSB的复杂形成而激活。下一个DNA修复可用于以后编辑基因组。
荧光 Cas9 mRNA 用于富集 CRISPR-...
图 2：使用荧光 Cas9 mRNA 富集基因敲除 A. 对与 mKate2 Cas9 mRNA 和阳性对照 PPIB crRNA:tracrRNA 共电穿孔并根据 mKate2 荧光进行分选的 K-562 细胞群进行错配检测分析。B. 在次优和最优脂质转染条件下，EGFP Cas9 mRNA 分选的 U2OS 细胞群的 FACS 数据。C. 对 EGFP Cas9 mRNA 分选的 U2OS 细胞群进行错配检测分析
CRISPR/Cas9 Selection 试剂盒产品说明书
CRISPR (clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats) 是一种来自细菌降解入侵的病毒 DNA 或其 他外源 DNA 的免疫机制。在该机制中， Cas 蛋白（ CRISP‐associated protein ）含有两个核酸酶结构域，可以 分别切割两条 DNA 链。一旦与 crRNA （ CRISPR RNA ）和 tracrRNA 结合形成复合物， Cas 蛋白中的核酸酶即 可对与复合物结合的 DNA 进行切割。切割后 DNA 双链断裂从而使入侵的外源 DNA 降解。
斑马鱼胚胎显微注射 - NET
此方案是使用已停产的 Cas9 蛋白版本 (Alt-R Sp Cas9 Nuclease 3NLS) 开发的。目前可用的产品 (Alt-R Cas9 Nuclease V3) 具有改进的 NLS，应以相同的体积和浓度直接替换到此方案中。IDT 建议使用 Alt-R™ Sp Cas9 Nuclease V3 与 Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA 和 tracrRNA 结合使用，以生成核糖核蛋白编辑复合物，从而在大多数目标位点上实现高编辑效率。查看 Alt-R CRISPR-Cas9 用户指南，了解如何将核糖核蛋白转染哺乳动物细胞系（可在 www.idtdna.com/CRISPR 上找到）。
