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RNA 测序中逆转录反应的伪影和偏差
近年来，RNA 测序激发了大量的研究领域。大多数方案依赖于在逆转录反应过程中合成更稳定的 RNA 分子互补 DNA (cDNA) 拷贝。结果 cDNA 池经常被错误地认为在数量和分子上与原始 RNA 输入相似。遗憾的是，偏差和伪影会混淆结果 cDNA 混合物。依赖逆转录过程的人们在文献中经常忽视或忽略这些问题。在这篇评论中，我们向读者展示了 RNA 测序实验过程中逆转录反应引起的样本内和样本间偏差和伪影。为了打消读者的疑虑，我们还提供了大多数问题的解决方案并介绍了良好的 RNA 测序实践。我们希望读者能够利用这篇评论，从而为科学合理的 RNA 研究做出贡献。
从 DNA 到 RNA：RNA 转录和 mRNA 加工
9/03/24 Alberts 的第 6 章 – 第 1 部分：DNA 到 RNA • RNA 转录 • RNA 加工 • 一些相关的 CMB 技术 9/05/24 第 7 章 - 基因表达的控制 • 转录因子 • 激活因子和抑制因子 • RNAi + 文章讨论
人类细胞类型的转录基础模型
涉及调节序列和蛋白质之间复杂相互作用的抽象转录调节指导所有生物过程。转录的计算模型缺乏在看不见的细胞类型和条件下准确推断出精确外推的概括性。在这里，我们介绍了Get，这是一种可解释的基础模型，旨在发现213种人类胎儿和成人细胞类型的法规语法。仅依靠染色质可访问性数据和序列信息，即使在以前看不见的细胞类型中，也可以在预测基因表达方面获得实验级的准确性。在新的测序平台和测定中获得出色的适应性，从而在各种细胞类型和条件上实现调节推断，并揭示了通用和细胞类型的特定转录因子相互作用网络。我们评估了其在预测调节活性，调节元素和调节因子的推断以及转录因子之间物理相互作用的情况下的表现。具体来说，我们在预测基于慢病毒的大规模并行记者测定读数中显示出胜过当前模型，并减少了输入数据。在胎儿红细胞中，我们确定了先前模型所遗漏的远端（> 1MBP）调节区域。在B细胞中，我们确定了淋巴细胞特异性转录因子转录因子相互作用，该因子解释了白血病风险易受生殖线突变的功能意义。总的来说，我们提供了一个可推广和准确的转录模型，以及基因调控和转录因子相互作用的目录，均具有细胞类型特异性。主要的转录调节构成了一个关键但在很大程度上未解决的领域，这是不同的生物过程，包括与人类遗传疾病和癌症相关的生物过程。保守的调节机制策划了转录变化，包括与调节序列结合的转录因子；共激活因子，介体和核心转录因素；和RNA聚合酶II 2–4。虽然不同的细胞类型可能具有不同的调节区域，但是当固定表观遗传条件时，蛋白质 - 蛋白质相互作用和蛋白质-DNA相互作用的生物化学在细胞类型中基本相同。已知转录因子结合位点基序的聚类5显示了转录因子DNA结合结构域中的功能冗余，进一步降低了调节相互作用的组合变异性。但是，我们对转录调节的理解通常仅限于特定的细胞类型，尚不清楚不同转录因子的组合相互作用如何决定跨细胞类型观察到的表达曲线的多样性。测序技术的进步和采用复杂的机器学习体系结构的采用使得能够探索各种细胞类型的表达和相关的非编码调节特征。传统方法（例如Expecto 6和Basenji2 7）利用卷积神经网络用于较短的输入序列，而诸如Enformer 8扩展功能的最先进方法具有变压器体系结构。尽管如此，现有模型带来了挑战。关键限制是他们只能对训练细胞类型做出预测，从而阻碍模型的普遍性和效用。
转录因子抑制园艺作物中花青素生物合成
抽象的花色苷是园艺作物中的重要质量特征。转录因子（TFS）在花青素的生物合成中起关键的调节作用。许多TF在园艺作物中众所周知是花青素生物合成的转录激活剂，而最近已经承认抑制花青素合成的TFS。在这里，我们关注的是最近在园艺作物中对TF的作用和机制负调节花青素生物合成的最新进展。我们讨论了TFS抑制激活复合物的功能，调节阻遏物的TFS和抑制基序，以及转录后调节，翻译后修饰以及TFS的甲基化以及抑制峰基素生物合成的甲基化。这些信息将为这些TF的未来利用提供见解，以提高园艺作物的质量。
使用SEQ-DAP-SEQ识别植物转录因子DNA结合位点
5.2索引2 CaagcagaagagcggcataCgagat acatcg gtgactggagttc agacgtgtgtgtgtctcttccgatctccgatc 5.3索引3 caagcagcagaagacggcatacggcataCgctagagctagctcta gccta gccta gcctag gtgactggagttc agacggtgtgtgtgtgcttccgctcgtcggatcgcagtcgcgatc.4 index4 TGGTCA GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.5 Index 5 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT CACTGT GTGACTGGAGTTCA GACGTGTGCTCTTCCGATC 5.6 Index 6 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT ATTGGC GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.7 Index 7 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT GATCTG GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.8 Index 8 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT TCAAGT GTGACTGGAGTTCA GACGTGTGCTCTTCCGATC 5.9 Index 9 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT CTGATC GTGACTGGAGTTCA GACGTGTGCTCTTCCGATC 5.10 Index 10 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAAGCTAGTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.11 Index 11 CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT GTAGCC GTGACTGGAGTTC AGACGTGTGCTCTTCCGATC 5.12索引12 caagcagaagacggcatacgagat tacaag gtgactggagttc agacgtgtgtgctttccgatc
针对POU2F-POU2AF转录因子驱动的MSWI/SNF复合物
总结POU2F3-POU2AF2/3（OCA-T1/2）转录因子复合物是簇状细胞谱系和簇状细胞样小细胞肺癌（SCLC）的主调节剂。在这里，我们发现SCLC（SCLC-P）的POU2F3分子亚型表现出对哺乳动物开关/不可发酵（MSWI/SNF）染色质重塑复合物的活性的精致依赖性。SCLC-P细胞系对MSWI/SNF ATP酶蛋白水解靶向降解剂的纳摩尔水平敏感。pou2f3及其辅助因子与MSWI/SNF复合物的组件相互作用。POU2F3转录因子复合物在MSWI/SNF ATPase降解时从染色质中驱逐，从而导致SCLC-P细胞中下游致癌信号传导的衰减。一种新型的，可生物利用的MSWI/SNF ATPase Protac Degrader，AU-24118，相对于SCLC-A亚型，SCLC-P中表现出优先效率，并且在旋界模型中显着降低了肿瘤的生长。AU-24118没有改变肺或结肠中正常的簇状细胞数，也没有在小鼠中表现出毒性。b细胞恶性肿瘤对POU2F1/2辅助因子POU2AF1（OCA-B）的依赖性也对MSWI/SNF ATPase ATPase降解非常敏感。从机械上讲，在多个骨髓瘤细胞压实的染色质，移位POU2AF1和IRF4的MSWI/SNF ATP酶降解器处理中，并降低了IRF4信号传导。与POMALIDOMIDE相比，在POU2AF1依赖性的多发性骨髓瘤的鼠模型中，AU-24118增强了生存率，Pomalidomide是多发性骨髓瘤的批准治疗。综上所述，我们的研究表明，POU2F-POU2AF驱动的恶性肿瘤对MSWI/SNF复合物具有内在的依赖，代表了治疗性脆弱性。关键字POU2F3，POU2AF1/2/3，MSWI/SNF复合物，Smarca2/4，蛋白水解靶向嵌合体（Protac），小细胞肺癌（SCLC），多发性骨髓瘤，IRF4，IRF4
指南 - IT SGRNA体外转录套件产品组件列表
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WRKY转录因子反应和对植物中非生物应力的耐受性
摘要：植物在整个发育期都会承受非生物胁迫。非生物应力包括干旱，盐，热，冷，重金属，营养元素和氧化应激。改善植物对各种环境压力的反应对于植物的生存和实用性至关重要。WRKY转录因子具有特殊的结构（WRKY结构域），这使得WRKY转录因子具有不同的转录调节函数。WRKY转录因子不仅可以通过调节植物激素信号通路来调节非生物应激反应以及植物的生长和发育，而且还可以通过与W-Box [Tgacca/Tgacct]结合在其靶基因的启动子中通过与W-Box [TGACCA/TGACCT]结合来促进或抑制下游基因的表达。此外，WRKY转录因子不仅与其他转录因子家族相互作用，以调节植物防御对非生物胁迫的反应，而且还通过识别和与W-box的结合来自我调节，以调节其对非生物胁迫的防御反应。然而，近年来，关于高等植物中WRKY转录因子的调节作用的研究评论稀缺。在这篇综述中，我们着重于WRKY转录因子的结构和分类，以及鉴定其下游目标基因和参与对非生物压力的反应的分子机制，这可以提高植物在非生物压力下的耐受能力，我们还期待着未来的研究指导，并提供了对属性的影响，并提供了属性的影响。