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amotl2在多能性和人类干细胞分化中的作用
在过去的几年中，对发育过程的转录调节进行了广泛的研究，但仍然存在有关机械和代谢线索的知识差距，并且基本的形态事件伴随着人类多能干细胞（HPSC）差异。在寻找此类信号时，我首先从胚胎天14.5天（E14.5）和16.5（E16.5）的发育中的鼠pancreata的单细胞RNA-sequect（SCRNA-Seq）数据中识别出Amotl2基因。有趣的是，尽管有保守的规范标记，但这些时间点的内分泌祖细胞（EP）种群在其转录组中差异很大，E16.5 EPS更容易形成胰腺β细胞，而E14.5 EPS优先形成α-Cells。amotl2在E16.5 EPS的亚型中特异性表达，该EPS反映了EPS与上皮绳索的分层，这是一个可能影响内分泌细胞命运的事件。
分段：用DNA粉底模型在单核苷酸分辨率下注释基因组
摘要次数下器器官（SCO）是位于大脑中西尔维乌斯渡槽入口处的腺体。它存在于与两栖动物和人类一样远的物种中，但其功能在很大程度上是未知的。为了探索其功能，我们比较了SCO和非SCO脑区域的转录组，并发现了SPO，CAR3和SPDEF的三个基因，它们在SCO中高度表达。在胚胎发育过程中，这些基因内源性启动子/增强子元素表达CRE重物组合酶的小鼠菌株用于遗传烧蚀SCO细胞，从而导致严重的脑积水和神经元迁移和神经元素轴突的神经元迁移和发育的缺陷。无偏的肽组分析表明，三种SCO衍生的肽富集，即胸腺素β4，胸腺素β10和NP24，并将其重新引入SCO启动的脑室心室，主要救出了发育缺陷。一起，这些数据确定了SCO在大脑发育中的关键作用。
阿玛莉亚·巴罗内
工作相关技能 Amalia Barone 的主要研究兴趣是利用基因组工具研究遗传资源的变异性，并将其应用于植物育种的传统和创新策略。近年来，她的基础研究主要集中在提高番茄果实品质和增强对非生物胁迫的耐受性。她的研究活动针对野生物种或其他种质来源的基因组和转录组的研究，以检测决定理想表型的等位基因变异。高通量基因分型平台与深度形态生理多性状评估相结合是她目前使用的育种方法，用于识别参与对非生物胁迫耐受性反应的关键基因。最近，基因组编辑技术的发展促使她开始在研究中使用 CRISPR-Cas 9，以了解可能与果实品质有关的候选基因的作用。 数字技能 熟悉 Web 服务器、茄科数据库服务器和 Microsoft Office 软件。
利用活细胞中的 ADAR 编辑进行模块化和可编程的 RNA 传感
随着单细胞转录组的可用性不断提高，RNA 特征为靶向活细胞提供了有希望的基础。分子 RNA 传感器将能够在不同情况下研究和治疗干预特定细胞类型/统计数据，特别是在人类患者和非模型生物中。在这里，我们描述了一种使用作用于 RNA 的腺苷脱氨酶 (RADAR) 进行活体 RNA 传感的模块化和可编程设计。我们验证并扩展了我们的基本设计，表征了其性能，并彻底分析了其与人类/小鼠转录组的兼容性。我们还确定了进一步提高输出水平和改善动态范围的策略。我们表明 RADAR 是可编程和模块化的，并且独特地支持紧凑的 AND 逻辑。除了定量之外，RADAR 还可以区分与疾病相关的点突变。最后，我们证明 RADAR 是一个独立的系统，具有在各种生物体中发挥作用的潜力。
疾病网络中的基因靶向
整个转录组的分析已成为分子生物学的基石，也是表征临床表型和识别疾病亚型的宝贵工具。随着我们不再局限于简单的比较，而是考虑高阶相互作用和关联网络，对这些数据的分析变得越来越复杂。基因调控网络模拟了转录因子和基因的调控关系，并允许识别疾病系统中差异调控的过程。从这个角度来看，我们讨论了基因靶向评分，它衡量推断的调控网络相互作用的变化，以及它们在识别疾病相关过程中的用途。此外，我们提供了一个胰腺导管腺癌的示例分析，展示了基因靶向评分识别复杂表型之间差异过程的能力；如果只进行差异表达分析，这些过程可能会被忽略。这个例子表明，基因靶向评分是基因表达分析在疾病和其他复杂表型表征中的宝贵补充。
Pawel Michalak，PhD
动态领导|生物信息学|综合基因组学|一家健康研究中心（VCOM-VIRGINIA TECH）的一家健康P Rofessor专注于比较基因组学，生物信息学和一种健康。他的团队采用了各种分子，计算和建模技术的综合方法，包括对整个基因组，表观基因组和转录组的NextGen测序，以严格地理解从基因组中通过基因调节网络从基因组中阐明的复杂性如何通过基因调节网络来阐明，以及生物多样性如何响应对环境压力的响应对环境压力和本质上的响应，并如何逐渐发展。他曾在三大大洲四个国家的九所大学工作。他的研究导致了一本书（另一篇正在准备），多本书的章节以及60多个在科学期刊上进行的同行评审论文，包括“科学”，“自然”，“美国国家科学院美国国家学院”和“皇家学会会议论文集”和“皇家学会会议论文集”，已经引用了大约1,900次的公共媒体，并受到了大约1,900次公共媒体的流行。教育
绘制无种子植物的基因组图谱
在陆地定居后的1.5-2亿年左右，陆地植被以无种子植物为主。现代无种子植物是一个并系群落，以苔藓植物（苔类、地钱和角苔）、石松植物和蕨类植物为代表（图1）。从进化角度来看，无种子植物是追溯陆地植物进化重大转变的关键；从应用角度来看，它们是更好地理解种子、果实和花等农学重要性状的生物学的重要外群。无种子谱系的系统发育关系一直存在广泛争议，尤其是苔藓植物之间的关系。几乎所有苔藓、苔类、角苔和维管植物之间的分支顺序的可能组合都是根据形态学、核糖体和/或细胞器DNA证据提出的（参见参考文献1-3）。直到最近，使用转录组和基因组数据集的系统发育基因组学研究才开始提供更明确的答案。Wickett 等人 1 首次应用大量核基因来推断绿色植物的系统发育。在他们的研究中，苔藓和苔类之间的姐妹关系得到了强有力的支持，而角苔的位置则因数据类型（核苷酸与氨基酸）、子集（密码子位置或过滤阈值）和推理方法（连接与物种树方法或最大似然与贝叶斯）1 而异。随后，Puttick 等人 2 和 de Sousa 等人 2 3 使用可以更好地模拟速率和成分异质性的方法重新分析了 Wickett 等人 1 的数据集。这两项研究都证实，苔藓和地钱组成一个进化枝，而 de Sousa 等人 3 则进一步以高置信度将苔藓植物解析为单系植物。然而，应该强调的是，Wickett 等人 1 的数据集中金鱼藻的代表性非常有限，只有两种密切相关的 Nothoceros 物种的转录组。2019 年，随着千株植物 (1KP) 转录组 4 的全面发布，采样更加均衡。1KP 4 和 Harris 等人 5 的分析都支持将金鱼藻置于苔藓和地钱的姐妹地位。最近对金鱼藻基因组的分析进一步支持了所有苔藓植物的单系性 6、7。越来越多的证据表明，现存的陆地植物基本上是由
无标题-IU Indianapolis Scholarworks
在这里，我们为黑甲虫T. molitor提供了基因组组装草案。我们的工作为T. molitor增加了越来越多的遗传资源，目前包括线粒体基因组（Liu和Wang，2014年），转录组（Liu等人。，2015年；朱等。，2013年），肠道微生物组（Brandon等人，2018年； Jung等。，2014年），表达模式分析（Johnston等人。，2014年； Oppert等。，2012年）以及基因和肽注释（Liu等人，2015年； Prabhakar等。，2007年）。最近已经证明，可以人为地选择黄色粉虫（Morales-Ramos等人。，2019年）。这一发现强调了基因组需要上下文化和解释选择结果，并探索了更有效的特质优化手段。基因组测序和基于生物信息学的基因组组装术语在补充材料S1中解释了。
新闻通讯 33
自闭症谱系障碍 (ASD) 是一种复杂的终生神经发育疾病，发病率很高，具有非典型的社会、行为和认知功能，给公共卫生带来了沉重的经济负担。基因型和表型的极度复杂性和异质性是研究 ASD 的主要挑战。尽管病因难以捉摸，但蛋白质合成失调已成为 ASD 潜在机制的交汇点。该项目旨在了解 FMR1、PTEN、TSC1/2 和 RPL10 突变下游的 ASD 病理生理学，这些突变直接影响蛋白质合成。对 ASD 的分子理解将使有效患者分层和识别预测性生物标记物成为可能，从而重新利用现有的针对转化调节剂的疗法。这将通过结合使用现代高通量技术（组学）来量化转录组和蛋白质组，以及对 iPSC 衍生的神经元和含有不同突变的脑类器官进行形态学和功能研究来实现。作为原理验证，我们将筛查深度表型患者的血液样本，以
循环奖励和感觉脑区域的转录组围产期芬太尼暴露的少年小鼠
全文标题：芬太尼外围暴露于奖励和感官大脑区域的转录组合分析jimmy olusakin 1,2，Gautam Kumar 1,2，Mahashweta Basu 3，Cali A. Calarco A. Calarco A. Calarco 1,2，Megan E. Fox 4，Jason B. Alipio Alipio Alipio 1,2，Cathe kela kel kel kell kela kathe turna D.2.2. 1,2,5，Seth A. Ament 2,3,5，Mary Kay Lobo 1,2,5 1解剖学和神经生物学系，马里兰大学医学院，马里兰州巴尔的摩大学医学院。2在马里兰州巴尔的摩的马里兰州医学院神经科学的计划。 3马里兰州马里兰州医学院的基因组科学研究所，马里兰州巴尔的摩。 4宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州医学院麻醉学系。 5马里兰州马里兰州医学院精神病学系，马里兰州巴尔的摩。 通讯作者：马里兰大学医学院神经生物学教授玛丽·凯·洛博（Mary Kay Lobo）博士。 mklobo@som.umaryland.edu短标题：围产期芬太尼小鼠的脑转录组。 关键字：芬太尼，围产期，成绩单，性别差异，奖励，感觉。2在马里兰州巴尔的摩的马里兰州医学院神经科学的计划。3马里兰州马里兰州医学院的基因组科学研究所，马里兰州巴尔的摩。 4宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州医学院麻醉学系。 5马里兰州马里兰州医学院精神病学系，马里兰州巴尔的摩。 通讯作者：马里兰大学医学院神经生物学教授玛丽·凯·洛博（Mary Kay Lobo）博士。 mklobo@som.umaryland.edu短标题：围产期芬太尼小鼠的脑转录组。 关键字：芬太尼，围产期，成绩单，性别差异，奖励，感觉。3马里兰州马里兰州医学院的基因组科学研究所，马里兰州巴尔的摩。4宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州医学院麻醉学系。5马里兰州马里兰州医学院精神病学系，马里兰州巴尔的摩。 通讯作者：马里兰大学医学院神经生物学教授玛丽·凯·洛博（Mary Kay Lobo）博士。 mklobo@som.umaryland.edu短标题：围产期芬太尼小鼠的脑转录组。 关键字：芬太尼，围产期，成绩单，性别差异，奖励，感觉。5马里兰州马里兰州医学院精神病学系，马里兰州巴尔的摩。通讯作者：马里兰大学医学院神经生物学教授玛丽·凯·洛博（Mary Kay Lobo）博士。mklobo@som.umaryland.edu短标题：围产期芬太尼小鼠的脑转录组。关键字：芬太尼，围产期，成绩单，性别差异，奖励，感觉。