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2024 年第三季度收益电话会议记录
提醒一下，我们的策略是将我们的气凝胶技术平台推向大型动态市场，尤其是那些具有可持续发展主题的市场。在与贷款计划办公室无关的工作中，美国能源部向 Aspen Aerogels 提供了 730 万美元的研发补助金，专门用于推进我们在电池材料领域的气凝胶技术平台。我们的研发团队已经推进了我们在各种电池化学中的碳气凝胶的开发，这项能源部研发补助金赞助了我们的科学家团队进一步开发专有的碳气凝胶，以提高快速充电高功率 LFP 阴极材料的性能。作为这项研发补助金的一部分，Aspen 正在与橡树岭国家实验室合作，利用其深厚的 LFP 电池专业知识，推进和验证该技术。
TEMPLARS 记录：能源与自然资源文摘
该命令授予 ISERC 在其监管监督领域内确定和采用最终用户电价方法的专有责任。ISERC 批准的最终最终用户电价将是伊莫州唯一适用的电价，伊莫州政府将负责为该州的最终用户提供所有电价政策支持。但是，对于 EEDC SubCo 从电网连接工厂获得的电力，发电和输电服务的合同和电价必须得到 NERC 的批准。这标志着朝着《环境法案》中设想的电力行业分散化迈出了一系列步伐。此前，NERC 已将翁多州和埃努古州的监管监督权移交给各自的电力监管机构。
数据匿名用于隐私性的大语言模型在呼叫成绩单上微调
大型语言模型（LLMS）功能的最新进展（Devlin等人，2019年；布朗等人。，2020年； Zhao等。，2023年），导致了他们广泛的收养，作为工业和学术NLP各种任务的基础（Bom- Masani等人。，2021）。在数十亿和数十亿的参数计数中，这些模型需要大量的数据才能进行训练和微调（Hoffmann等人。，2022）。同时，这种过度分析能够记忆和潜在的LLMS训练数据的泄漏或提取（Biderman等人，2023; Carlini等。，2023; Hartmann等。，2023）。综上所述，LLMS所需的培训数据和记忆能力提出了实质性问题（Li等人，2023）。这种风险更加复杂，因为LLM与所有监督学习者一样，在具有与培训数据相似的分布的测试集上表现最好。因此，寻求部署实际上有效的LLM的组织必须使用反映其部署分布的数据，并使用特定的，敏感的数据（例如医疗记录或通话记录），导致绩效提高，但相应地
具有大语言模型的历史文本成绩单的校正：探索性研究
遗产文档的自动转录质量，无论是从印刷，手稿还是音频来源，都对搜索和处理历史文本的能力都有决定性的影响。尽管在文本识别（OCR，HTR，ASR）中取得了重大进展，但从图书馆和档案收藏中得出的文本材料仍然很大程度上且嘈杂。因此，有效的转录后校正方法是必要的，并且已经进行了多年的深入研究。由于大型语言模型（LLMS）最近在各种与文本相关的任务中表现出了出色的表现，因此我们研究了它们修改不良历史抄录的能力。我们针对包括不同语言，时间段和文档类型以及不同文字质量和起源的各种校正后基准评估了14个基础语言模式。我们比较了不同模型大小的性能以及在零和少数射击设置中增加复杂性的不同提示。我们的评估表明，LLM在这项任务上毫无效率。对结果的定量和定性分析使我们能够分享有价值的见解，以便将来与LLMS校正后的历史文本工作。
三个主要植物进化枝中叶绿体转录本 RNA 编辑的多样性
不容低估。我们还观察到不同基因组区域之间的读取密度也存在很大差异，在少数物种中从不到30到800多个不等，表明基因的表达水平或序列偏向性不同。基于RNA-seq数据映射和SNP调用的结果，在REDO工具（Wu，Liu et al. 2018）中实现的自动化生物信息学流程在默认阈值下进行。因此，在叶片中检测到的叶绿体基因组原始编辑位点共有6,011个。然而，尽管经过多重严格过滤，偶尔仍会出现符合RNA编辑的序列错配，因此我们手动检查所有错配以消除假阳性，仅保留C-to-U和U-to-C编辑类型，编辑效率接近100％的编辑位点可能来自基因组变异也被消除。最终，总共有5,205个RNA编辑位点，
使用基于抗体的新技术对细胞和病毒转录本上的假尿苷残基进行定位
伪尿苷 ( Ψ ) 是哺乳动物非编码 RNA (ncRNA)（包括 rRNA、tRNA 和 snRNA）中最常见的非规范核糖核苷，占总尿苷水平的 ∼ 7%。然而，Ψ 仅占 mRNA 上尿苷的 ∼ 0.1%，其对 mRNA 功能的影响仍不清楚。研究表明，Ψ 残基会抑制宿主先天免疫因子对外源 RNA 转录物的检测，因此病毒可能通过破坏宿主伪尿苷合酶 (PUS) 将 Ψ 残基添加到 mRNA 中来抑制受感染细胞的抗病毒反应。在这里，我们描述并验证了一种新型的基于抗体的 Ψ 映射技术，即光交联辅助 Ψ 测序 (PA- Ψ -seq)，并用它来映射不仅在多个细胞 RNA 上而且在 HIV-1 编码的 mRNA 和基因组 RNA 上的 Ψ 残基。我们描述了 293T 衍生细胞系，其中先前报道的人类 PUS 酶会将 Ψ 残基添加到人类 mRNA 中，特别是 PUS1、PUS7 和 TRUB1/PUS4，通过基因编辑被灭活。令人惊讶的是，虽然这使我们能够将细胞 mRNA 上的几个 Ψ 添加位点分配给这三种 PUS 酶中的每一种，但 HIV-1 转录本上的 Ψ 位点仍然不受影响。此外，PUS1、PUS7 或 TRUB1 功能的丧失并没有显著降低在人类总 mRNA 上检测到的 Ψ 残基水平（低于野生型细胞中的约 0.1% 水平），因此意味着将大量 Ψ 残基添加到人类 mRNA 中的 PUS 酶仍有待确定。
使用果蝇种系组织中的长阅读RNA-seq鉴定和定量可转座元件转录本
转座元件（TES）是重复的DNA序列，可能能够在整个基因组中移动。除了它们固有的诱变效果外，TE还可以通过捐赠其内在的调节序列（例如促进细胞基因的异位表达）来破坏附近基因。te转录不仅对于TE换位本身是必需的，而且还可以与Te-Gene Fusion转录本相关，在某些情况下也是普遍转录的产物。因此，正确确定了TE副本的转录状态，是为了理解TE在宿主基因组中的影响。识别和量化TE转录的方法主要依赖于简短的RNA-seq读取以在家庭级别估算TE表达，同时使用特定算法来区分副本特定的转录。但是，将简短的读数分配给其正确的基因组位置，基因组特征并不是微不足道的。在这里，我们检索了果蝇的全长cDNA（远程prime，词汇），并使用牛津纳米孔技术进行了对其进行验证。我们表明，可以使用长阅读RNA-Seq来识别和量化复制级别的转录TE。尤其是，使用长读数比简短读数更好地估计了插入过度插入的注释基因。尽管如此，长TE转录本（> 4.5 KB）并未得到很好的捕获。大多数表达的TE插入对应于失去其转置能力的副本，在家庭中，只有几份副本表示。长阅读测序还允许识别约107个TE副本的剪接转录本。总的来说，睾丸和卵巢之间TE的第一个比较在子类和插入水平上发现其转录景观中的差异。
靶向RNA测序的表演，用于分析血液恶性肿瘤中融合转录，基因突变和表达的表达
然而，诸如全基因组测序，转座酶访问的染色质 - 序列或RNA测序（RNA-SEQ）之类的技术暴发可能通过在编码区域外部编码区外的基因组改变区域，分别为3个表面签名，4,5和Gene Cresessional cressions profiles。6在这项研究中，我们选择评估RNA-seq的诊断值，因为该技术允许探索3个遗传信息：基因序列，基因融合和基因表达。有趣的是，这些不同级别的分析都带来了有关肿瘤细胞的独立信息，因此，它们的整合应完善诊断的精度。For example, acute myeloid leukemia (AML) patients prognosis is evaluated by cytogenetics (copy number abnormalities and struc- tural variants), further refined by the analysis of the mutational status of a few genes, and could maybe be improved by transcrip- tomic signatures such as the 17-gene leukemia stem cell score (LSC17) which is a proxy of the number of leukemic stem细胞。已经描述了7种不同的RNA-seq库制备技术，从而可以分析样品的所有RNA分子，或者使用富集步骤来靶向感兴趣的基因，例如Messenger RNA或小RNA物种。值得注意的是，图书馆准备的选择应优化感兴趣的目标数量和所需的测序深度之间的平衡，以便在常规环境中保持经济负担。迄今为止，大多数涉及癌症的基因已经通过整个外显子组测序的大型程序来识别。迄今为止，大多数涉及癌症的基因已经通过整个外显子组测序的大型程序来识别。8基于这些考虑因素，我们决定评估涉及癌症生物学的1385个基因的靶向RNA-seq面板的性能。我们在这里介绍了靶向RNA-Seq检测融合转录本的分析性能，以鉴定与临床相关实体相关的转录曲线，并检测血液恶性肿瘤中临床意义的复发突变。
无细胞试验表明 HIV-1 衣壳可保护逆转录产物免受 cGAS 免疫感应的影响
逆转录病毒可被先天免疫传感器环鸟苷酸环磷酸腺苷合酶 (cGAS) 检测到，该合酶可识别逆转录 DNA 并激活抗病毒反应。然而，HIV-1 保护其基因组免受 cGAS 识别的程度仍不清楚。为了详细研究这一过程的机制，我们在无细胞系统中重建了 HIV-1 的逆转录、基因组释放和先天免疫感应。我们发现，即使在完成逆转录后，野生型 HIV-1 衣壳也能保护病毒基因组免受 cGAS 的侵害。病毒 DNA 可能因热应激、衣壳突变或肌醇六磷酸 (IP6) 浓度降低而“脱保护”，这些因素会使衣壳不稳定。令人惊讶的是，衣壳抑制剂 lenacapavir 也会破坏病毒核心并显著增强 cGAS 活性，无论是在体外还是在细胞感染中。我们的研究结果提供了生化证据，表明 HIV-1 衣壳晶格隐藏了 cGAS 的基因组，而病毒核心的化学或物理破坏可以暴露 HIV-1 DNA 并激活先天免疫信号。
反义 RNA 上的 ADAR RNA 编辑导致重叠正义转录本上出现明显的 U 到 C 碱基变化
尽管迄今为止已描述了数百种 RNA 修饰，但只有 RNA 编辑会导致 RNA 分子的核苷酸序列与基因组相比发生变化。在哺乳动物中，迄今为止已描述了两种 RNA 编辑，即腺苷到肌苷 (A-to-I) 编辑和胞苷到尿苷 (C-to-U) 编辑。RNA 测序技术的最新改进导致发现越来越多的编辑位点。这些方法功能强大但并非没有错误，因此必须对新描述的编辑位点进行常规验证。在对 DDX58 mRNA 进行其中一次验证时，除了 A-to-I RNA 编辑位点外，我们还遇到了假定的 U-to-C 编辑。这些 U-to-C 编辑存在于几种细胞系中，并且似乎受到特定环境刺激的调节。在人类长基因间非编码 RNA p21 (hLincRNA- p21) 中也观察到了同样的发现。更深入的分析表明，假定的 U-to-C 编辑是由从相同基因座转录的重叠反义 RNA 上的 A-to-I 编辑引起的。此类编辑事件发生在以相反方向转录的重叠基因上，最近已被证明具有免疫原性，并与自身免疫和免疫相关疾病有关。我们的发现也得到了深度转录组数据的证实，表明此类基因座可以通过同一基因座内 A-to-I 和 U-to-C 错配的存在来识别，在正义转录本和顺式天然反义转录本 (cis-NAT) 中都存在反射性 A-to-I 编辑，这意味着此类簇可能是功能相关的 ADAR1 编辑事件的标志。