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转基因小鼠的自主生物发光发射
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该预印本版的版权持有人于2024年6月13日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.06.13.598801 doi：biorxiv Preprint
新型合成诱导启动子在缺乏基因表达的水缺陷应激中具有转基因杨树中具有绿色组织特异性的基因表达
和3 0区域进行了六聚体，以生成两个较短的合成启动子，Syn3-10b-1（5 0：GTTAACTTCA）和Syn3-10B-2（3 0：GGGCCTGTGG）。将这些启动子的活性与植物中的Syn3进行了比较。syn3和syn3-10b-1在瞬态的农业固定的烟草本nipiana benthamiana叶片中特异性诱导了3天。在稳定的转基因杨树中，Syn3作为本构启动子呈现，但在叶片中的活性最高。SYN3-10B-1在水功率条件下对绿色组织的诱导比模拟对照更强。因此，包含5 0序列的Syn3序列的合成启动子赋予了组织特异性的细胞和水的诱导性转基因杨树，而3 0序列则没有。因此，我们在杨树工程工具包中添加了两个新的合成启动子：Syn3-10B-1，一种绿色组织特异性和水应力诱导的启动子，以及Syn3，Syn3，Syn3，绿色组织预定的构成构成启动子。
交联的肌动蛋白网络（氏族）会影响转基因转化和原代人小梁网络中的刚度和/或活性动力学
小梁网（TM）细胞中的交联肌动蛋白网络（氏族）可能通过改变TM细胞功能和刚度来增加IOP。但是，缺乏直接证据。在这里，我们开发了转化的TM细胞，形成自发荧光标记的氏族。通过将转化的青光眼TM（GTM3）细胞与柔抗脱反应-EGFP-BLASTR慢病毒载体载体并用BlastCidin选择，构建了稳定的细胞。使用原子力显微镜研究了GTM3-氟法中GFP细胞的刚度。还测量了用/不含地塞米松/TGFβ2处理的原代人TM细胞中氏族的弹性模量，以验证在GTM3-氟法中GFP细胞中的发现。对用1μM拉氏蛋白B或Phrodo Bioparticle处理的GTM3-氟法中的活细胞成像分别确定肌动蛋白稳定性和吞噬作用。GTM3-脱反性GFP细胞形成自发氏族，而无需诱导TGFβ2或地塞米松。与没有氏族的细胞相比，含有细胞的氏族显示出升高的细胞刚度，对latrunculin b诱导的肌动蛋白去聚合的抗性以及造成的吞噬作用。用来塞米松或TGFβ2诱导的氏族的原代人TM细胞也被僵硬，吞噬细胞较少。GTM3- LIFEACT-GFP细胞是研究TM中氏族的机械生物学和病理学的新工具。这些细胞的初始表征表明，氏族至少有助于TM细胞的一些青光眼表型。
一种生成普通菜豆 (Phaseolus vulgaris L.) 转基因毛状根的全面、改进的方案及其在反向遗传学研究中的应用
生成转基因毛状根一直是菜豆 (Phaseolus vulgaris L.) 分子研究的首选策略，因为在该物种中生成稳定的敲除系具有挑战性。然而，按照 2007 年发表的原始方案产生毛状根的植物数量通常很少，这阻碍了进展。自首次发表以来，原始方案已被广泛修改，但这些修改尚未得到充分或系统的报道，因此很难评估该方法的可重复性。这里介绍的方案是对原始方法的更新和扩展。重要的是，它包括生成转基因毛状根并将其用于基于反向遗传学方法的分子分析的新的关键步骤。使用该方案，大约 30% 的转化植物中两种不同基因的表达（用作示例）显著增加或减少。此外，还观察到了给定基因的启动子活性，并成功监测了转基因毛状根中根瘤菌的感染过程。因此，该改进的协议可用于上调、下调普通菜豆转基因毛状根中各种基因的启动子活性分析以及追踪根瘤菌感染。
使用PiggyBac高效的转基因小鼠产生及其在创始人生成的快速表型
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该版本的版权持有人于2023年12月10日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.12.10.570953 doi：Biorxiv Preprint
花粉自我消除 CRISPR-Cas 基因组编辑可防止玉米中转基因花粉的传播
利用成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR)-CRISPR 相关核酸酶 (Cas) 介导的技术进行基因组编辑，彻底改变了基础植物科学和作物遗传改良 ( Chen et al., 2019 )。CRISPR-Cas 盒的稳定遗传转化是植物体内基因组编辑的主要方法。在许多有性生殖植物中，一个主要问题是转基因元件通过花粉传播 ( Devos et al., 2005 )。玉米 ( Zea mays L. ) 是一种典型的异交作物，每株植物可产生多达 200 万至 500 万个花粉粒 ( Goss, 1968 )，由于风传播，建议隔离距离为 200 米 ( Ma et al., 2004 )，甚至由于蜜蜂等昆虫的觅食，隔离距离可超过 3 公里 ( Danner et al., 2014 )。之前报道的使用自杀转基因的策略有效杀死了 T 0 植物产生的含有 Cas9 转基因的未成熟胚和花粉，并产生了无转基因的编辑 T 1 植物 ( He et al., 2018 )。特别是对于无性繁殖植物，该技术解决了去除转基因成分的难题，因为通过减数分裂重组和分离去除转基因成分是不可行的。然而，基因组编辑有许多有用的应用，这些应用需要将 Cas 转基因保留在植物中，包括 RNA 引导的 Cas9 作为体内靶标突变体（ Li 等人， 2017 ）和单倍体诱导偶联编辑（ Kelliher 等人， 2019 ； Wang 等人， 2019 ），通过使用 cenh3- 无效突变体作为雌配子体（ Ravi and Chan， 2010 ）。在本文中，我们提出了 PSEC，它可以防止花粉转基因从含有花粉自杀盒的 T-DNA 的植物中扩散，该 T-DNA 位于特定的单向导 RNA 和 Cas 盒旁边。同时，PSEC 仍然可以通过雌配子遗传到下一代，并且还保留 CRISPR-Cas 基因编辑活性。通过有性杂交，它以反式方式在杂交亲本基因组中诱导有效的靶突变，以用于育种应用。
用E蛋白抑制剂位225的感染后治疗降低了疾病的严重程度，并增加了感染了一系列SARS-COV-2
冠状病毒包膜（E）蛋白是一种小的结构蛋白，具有离子通道活性，在病毒组装，萌芽，免疫发病和疾病严重程度中起重要作用。病毒蛋白E也位于感染细胞的高尔基体和ER膜中，与炎性体激活和免疫失调有关。在这里，我们评估了Bit225的体外抗病毒活性，作用机理和体内功效，用于治疗SARS-COV-2感染。BIT225在CALU3和VERO细胞中对SARS-COV-2和VERO细胞中的宽光谱直接作用抗病毒活性在6种不同的病毒菌株中具有相似的效力。位225抑制E蛋白的离子通道活性，但未抑制内源性术语或钙诱导的TMEM16A在Xenopus卵母细胞中的离子通道活性。位225在感染前12小时从口腔烤12天服用12天，完全预测SARS-COV-2感染的K18小鼠的体重减轻和死亡率（100％存活，n = 12），而所有车辆剂量的动物在两项研究中以第9天（n = 12）到达了死亡率终点（n = 12）。当感染后24小时开始治疗时，还可以预防体重减轻和死亡率（100％存活，n = 5），而在感染后48小时开始治疗开始时，有5只小鼠中的4只小鼠体重增加并增加了。治疗功效取决于位225剂量，并且与肺病毒载量（3.5 log 10），病毒滴度（4000 PFU/mL）以及肺和血清细胞因子水平的显着减少有关。这些结果将Viroporin E验证为可行的抗病毒靶标，并支持Bit225的临床研究，以治疗SARS-COV-2感染。
利用靶向捕获测序鉴定转基因作物中的T-DNA结构和插入位点
转基因作物的商业化需要严格的安全评估，包括对插入的 T-DNA 进行精确的 DNA 水平表征。过去，已经开发了几种识别 T-DNA 插入位点的策略，包括南方印迹和不同的基于 PCR 的方法。然而，这些方法通常难以扩大规模以筛选数十种转基因事件和具有复杂基因组的作物，如马铃薯。在这里，我们报告使用目标捕获测序 (TCS) 来表征马铃薯中 34 个转基因事件的 T-DNA 结构和插入位点。这个 T-DNA 是左右边界之间的 18 kb 片段，携带三个抗性 (R) 基因（RB、Rpi-blb2 和 Rpi-vnt1.1 基因），可完全抵抗晚疫病。使用 TCS，我们在 T-DNA 和连接区域内获得了高序列读取覆盖率。我们确定了 85% 转基因事件两端的 T-DNA 断点。约 74% 的转基因事件的 T-DNA 中 3 个 R 基因序列完整。一半转基因事件的 T-DNA 侧翼序列来自马铃薯基因组，约三分之一 (11) 的转基因事件在马铃薯基因组中定位了一个 T-DNA 插入，其中五个事件不会中断现有的马铃薯基因。使用 PCR 和 Sanger 测序确认了 6 个最佳转基因事件的 TCS 结果，这 6 个转基因事件占适合监管部门批准的转基因事件的 20%。这些结果证明了 TCS 在转基因作物中精确表征 T-DNA 插入方面具有广泛的适用性。
eso-1对转基因收养的响应...
抽象背景肿瘤抗原NY-ESO-1已被证明是转基因产物细胞疗法（ACT）的有效靶标，用于治疗肉瘤和黑色素瘤。然而，尽管经常产生早期临床反应，但许多患者最终发展为进行性疾病。了解耐药性的基本机制对于改善未来的ACT方案至关重要。在这里，我们描述了一种新型的肉瘤治疗耐药性机理，涉及涉及NY-ESO-1的表达丧失，以响应树突状细胞（DC）疫苗（DC）疫苗和程序性细胞死亡蛋白1（PD-1）阻滞。Methods A HLA-A*02:01-positive patient with an NY- ESO-1-positive undifferentiated pleomorphic sarcoma was treated with autologous NY-ESO-1-specific T-cell receptor (TCR) transgenic lymphocytes, NY-ESO-1 peptide-pulsed DC vaccination, and nivolumab-mediated PD-1 blockade.结果在ACT后2周内与NY-ESO-1-特异性T细胞进行外周血重建，表明体内迅速膨胀。有初始的肿瘤回归，并且周围转基因T细胞的免疫表型随着时间的推移显示出主要的效应记忆表型。通过基于TCR测序的基于TCR测序和基于RNA测序的免疫重建，在治疗活检中证明了转基因T细胞对肿瘤部位的跟踪，并在肿瘤部位证实了转基因T细胞上的Nivolumab与PD-1的结合。在疾病进展时，发现NY-ESO-1的启动子区域被广泛甲基化，并且通过RNA测序和免疫组织化学测量，肿瘤NY-ESO-1表达完全丢失。通过直流疫苗接种和抗PD-1治疗给出的NY-ESO-1转基因T细胞的结论ACT导致瞬时抗肿瘤活性。ny-eso-1表达在纽约ESO-1启动子区域的广泛甲基化的情况下，在治疗后样品中丢失。生物/临床洞察力抗原损失代表了肉瘤中免疫逃生的新机制，并且是细胞疗法方法的新点。试用注册号NCT02775292。
声音学习的神经分子和转基因模型
图 1 P. discolor 基因组的改进基因注释。UCSC 基因组浏览器截图展示了具有各种改进的基因座示例，包括注释 (A) 先前注释中缺失的基因；CNTNAP2 ，(B) 新外显子；FOXP2 ，(C) 改进的 UTR；THSD1 ，和 (D) 替代异构体；GABRP 。在每个面板中，顶部轨道（浅蓝色）表示 Jebb 等人 2020 年报告的先前注释，第二条轨道（黑色）报告当前研究的更新注释。蓝色和红色的附加轨道表示支持当前注释的实验证据。水平线表示预测或观察到的基因座。垂直线或粗矩形表示通过预测或功能数据识别的外显子。较细的矩形表示从第一个外显子（5'UTR）或最后一个外显子（3'UTR）延伸出来的非翻译区（UTR）。箭头表示编码区（外显子）之间的非编码序列（内含子）和基因组中的编码方向。每个基因下方标有以千碱基 (kb) 为单位的比例尺。