XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemumi
比较固体器官移植受者的血浆中供体衍生的无细胞DNA定量的方法
在同种异体器官移植受体的同种异体移植监测中，使用供体衍生的无细胞无细胞DNA（DD-CFDNA）在等离子体中的液体活检已成为一种新型方法。尽管对技术进行了早期临床实施和分析验证，但仍缺乏对DD-CFDNA定量方法的直接比较。此外，关于尿液中DD-CFDNA的数据是稀缺的，到目前为止，基于高通量测序的方法尚未利用独特的分子识别剂（UMIS）来实现绝对DDDNNA量化。在肾脏和肝脏受体的尿液和血浆中比较了不同的DD-CFDNA定量方法：a）使用等位基因特异性检测的液滴数字PCR（DDPCR），可检测七个常见的HLA-DRB1等位基因和Y染色体； b）使用定制的QIASEQ DNA面板的高通量测序（HTS），该面板的靶向121个常见多态性； c）商业DD-CFDNA定量方法（Alloseq®CFDNA，Caredx）。dd-cfDNA定量为％dd-cfDNA，用于DDPCR和HTS，并使用UMIS作为供体副本。此外，在临床稳定的受体中比较了尿液和血浆中的相对和绝对DD-CFDNA水平。此处介绍的HTS方法表明，％dd-cfDNA与ddpcr（r 2 = 0.98）和Alloseq®CfDNA（R 2 = 0.99）之间的相关性很强，仅显示最小的比例偏见。绝对DD-CFDNA拷贝也与UMI和DDPCR之间的HTS之间也有很强的相关性（τ= 0.78），尽管具有相当比例的偏置（斜率：0.25; 95％-CI：0.19 - 0.26）。在30个稳定的肾脏移植受者中，尿液中的中值％dd-cfDNA为39.5％（四分位数，IQR：21.8 - 58.5％），含36.6份/μmol尿肌氨酸（IQR：18.4 - 109）和0.19％（IQR：0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01 - 0.01-01）： 12.9）在体液之间没有任何相关性的等离子体中。来自八个稳定肝脏受体的血浆中的中位数％DD-CFDNA为2.2％（IQR：0.72 - 4.1％），使用120份/ml（IQR：85.0 - 138），中位DDDNNA拷贝/ml低于0.1，尿液中低于0.1。尿液和等离子体中DD-CFDNA绝对和相对定量的方法的第一个正面比较，支持与方法无关的％DD-CFDNA截止
原创文章 使用基于捕获的超深度靶向测序技术在未接受治疗的 p 患者中识别出广泛的可操作变异
摘要：精准医疗需要准确的多基因临床诊断。在目前的临床实践中，靶向新一代测序 (NGS) 对手术标本变异调用的最低置信阈值设定为 2%-5%。然而，很少有研究使用基于捕获的超深度靶向测序来识别广泛的可操作变异，其检测限 (LOD) 为 1%。对 372 例来自未经治疗的原发性肺腺癌患者的手术标本进行了 AmoyDx® Essential NGS 面板的基于捕获的超深度靶向测序（带 UMI 的双索引测序接头），以检测与每位患者相关的可操作的体细胞驱动突变。报告了单核苷酸变异、插入/缺失事件和重排。进行了扩增-阻滞突变系统 (ARMS) 检测和荧光原位杂交 (FISH) 以验证 EGFR 和 ALK、ROS1 和 RET 融合中的热点突变。在可测序的非同义变异中，80.5% (352/437) 的样本被鉴定为可操作变异，最常见的是 EGFR 突变 (59.7%, 261/437)，其次是 KRAS 突变 (5.5%, 24/437)、PIK3CA 突变 (3.7%, 16/437)、ALK 重排 (3.4%, 15/437)、BRAF 突变 (2.7%, 12/437)、ERBB2 突变 (2.5%, 11/437) 和 RET 重排 (2.3%, 10/437)。共计 7.2% (28/372) 的样本具有多个可操作突变。在 93 例未发生 EGFR、KRAS 或 BRAF 突变的三阴性病例中，26 例（28%）检测到基因融合。在 328 份样本中，318 份样本（97.0%）的 EGFR ARMS 检测结果与 NGS 一致，32 份样本中，30 份样本（93.8%）的 ALK/ROS1/RET 融合基因 ARMS/FISH 检测结果与 NGS 一致。在这里，我们证明了基于捕获的超深度靶向测序方法（其 LOD 为 1%）可以分析初治肺腺癌患者手术标本中多种可操作变异，这突出了初治患者进行基因组分析的必要性。
CRUK 剑桥中心 MRes 轮换项目
轮换项目名称 使用 100 万个可诱导 DNA 条形码进行原位谱系追踪实验室主任 (PI) 姓名 Jamie Blundell 第二位指导老师（如适用） N/A 项目早期检测指导老师电子邮件 jrb75@cam.ac.uk 实验室位置 哈奇森 MRC 研究中心项目概要目的和目标维持血液、皮肤、肠道和其他组织的干细胞处于不断更新的状态，从而积累基因改变，其中一些导致克隆扩增和癌症 [1]。理解这一点需要能够测量组织维持期间发生的群体动态。在此，我们建议构建一个原位谱系追踪工具，该工具可以诱导生成数百万个 DNA 条形码组合，从而允许人们使用下一代测序以精确度并行追踪数百万个细胞谱系。与以前的半定量方法 [2] 不同，这项技术将能够定量追踪与体内组织维持相关的克隆动态，并深入了解如何实现体内平衡以及它在癌症早期阶段如何崩溃。我们之前在酿酒酵母中的工作已经证明，基于 cre-lox 系统的位点特异性 DNA 条形码和谱系动态的定量追踪可用于深入了解突变如何在大量细胞群体中产生、扩展和竞争 [3]。我们与长期合作伙伴 Sasha Levy 进一步开发了这项技术，现在可以原位生成条形码多样性，而无需转化质粒文库。这项改进的技术将利用 3 个串联 loxP“着陆垫”，每个“着陆垫”（在 Cre 诱导后）可以不可逆地整合存储在基因组其他地方的三个独立串联阵列中的约 100 个独特条形码序列中的一个。对于这个 MRes 轮换项目，我们计划扩大这项技术的规模，以在酵母中稳健地生成 100 万个独特的条形码组合。这将证明该技术能够以单细胞精度追踪体内细胞谱系，从而为干细胞生物学和癌症发病中的主要未解问题提供参考。实验计划 学生将首先构建由 loxP 位点分隔的约 100 个条形码组成的长串联阵列构建体，并使用标准同源重组将此构建体整合到已包含 cre-lox 着陆垫的酵母菌株的基因组中。然后，学生将研究此构建体可诱导的条形码多样性如何取决于串联阵列的诱导条件和基因组位置。优化后，学生将整合另外两个串联阵列，并尝试实现超过 100 万个独特条形码的多样性，将使用定制设计的 2 步 PCR 协议进行仔细量化，该协议使用唯一分子标识符 (UMI) 来标记单个 DNA 分子。
幸存板：多摩斯癌症生存模型的标准化基准测试
单细胞测序技术，包括单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）和单细胞ATAC测序（SCATAC-SEQ），使研究人员能够量化细胞的OMIC PHE-NOTYPES。理想的单细胞数据分析有望帮助研究人员了解细胞上的异质性，提取感兴趣的细胞亚群，识别与细胞亚群相对应的特征基因集，并揭示细胞子源的关系。在这些分析任务中，识别特征基因集是一个关键步骤。特征基因集定义为在细胞亚群之间差异表达的基因集。它们通常用于注释细胞亚群并进行基因集富集分析。现有的特征基因鉴定方法经常采用两步方法（此后称为两步方法）：首先将细胞聚集（例如Seurat [1-4]，简单的Louvain [5]，通过插入性和维度降低（CIDR）（CIDR）[6]和Scanpy [7]和差异表达基因（例如9）（例如9）[8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [8] [14,15]，limma-voom [16]和桅杆[17]）随后在细胞簇上进行以识别特异性特异性特征基因。但是，这种方法对具有复杂或微妙的异质性的数据具有可疑的精度，因为不准确的初始聚类步骤可能会导致随后的错误特征基因鉴定[18]。但是，这些方法不会将特征基因分离为亚群特异性基因集，从而限制了它们的注释细胞的效用。这些基因集用于计算细胞基因集富集评分，然后注释细胞。另外，某些方法通过检测高度可变基因（HVG）的偏差来识别特征基因，这些基因与人群相对于模型拟合的偏差[19]，辍学率[20]和UMI计数分布[21]（此后称为HVG方法）。为了克服现有方法的局限性，我们提出了Sifinet，这是一种直接识别特征基因集的独特方法，可消除对先前细胞聚类的需求。源于关键观察，即在细胞亚群中共差异表达的基因也表现出共表达模式（供应。注1），Sifinet构建了一个基因共表达网络，并检查其拓扑以识别特征基因集。此外，这些基因集中的网络意味着细胞亚群之间的关系（图1）。此外，Sifinet可以选择地整合SCATAC-SEQ数据，因为它形成了基因合作 - 染色质网络，并探讨了其拓扑以确定表观基因组特征基因集。Sifinet分析SCRNA-SEQ和SCATAC-SEQ数据的能力使研究人员深入了解了细胞多瘤异质性。我们证明，在识别特征基因集和增强细胞注释精度时，Sifinet优于现有的两步方法和HVG方法。此外，我们认为Sifinet可以鉴定细胞之间的复杂异质性，并揭示细胞亚群中潜在的发育谱系。Sifinet也可以缩放以分析数百万个单元的数据集。我们将Sifinet应用于五个已发表的实验数据集，并发现了一些潜在的新发现，例如潜在的新细胞周期标记和衰老标记，衰老细胞富集的亚群，髓样祖细胞的发育效果以及CD8细胞的发育效果以及CD8细胞的构造以及可能的过渡路径。
RNase 4（NEB＃M1284）MRNA 5´CAP结构的DNA探针指导分析| neb nebnext UltraExpress FS DNA库准备套件E3340手册 化学品安全技术说明书 使用Nebridge®金门组件进行蛋白质工程的DNA洗牌 君主质粒小型套件T1010手册 新英格兰Biolabs分析证书 胜任的细胞 基因组编辑 Authenticase M0689手册 R＆D和对... 的制造支持 新英格兰Biolabs分析证书 Authenticase M0689手册 裂解靠近DNA片段的末端（线性化矢量） Nebnext Ultra DNA库Prep套件，用于Illumina E7370手册 腺病毒2 Nebnext Ultra II DNA库Prep套件，用于Illumina，用于Illumina（独特的双索引UMI适配器DNA）E7645 E7645 E7103手动 NEBNEXT微生物组DNA富集试剂盒E2612手册 DNA组装与合成生物学 DNA组装与合成生物学 通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体 nebnext®快速DNA库预备组件454 Monarch MAG病毒DNA/RNA提取套件T4010手册 新英格兰Biolabs分析证书 T4 DNA连接酶（M0202）CHN 的安全数据表 翠鸟柔性自动隔离病毒DNA/RNA的方案| neb 基因编辑 φx174
已测试至少20 nt。探针可以用3´或5´生物素/Desthiobiotin亲和力组设计，用于链霉亲和素富集（NEB＃S1421）。为了获得最佳结果，受保护的DNA：RNA杂交区应为4或5个核苷酸
阿贾耶·德乌干 Ka Gana 平台
使用上述协议。瑞典印度尼西亚村庄的肖像小企业和企业家，也称为晶体管 mos。随着用户输入的字符逐个字符地出现在所有用户屏幕上，brown 和 woolley 消息发布了基于网络的 talkomatic 版本，通过超链接和 URL 链接。最后，他们确定的所有标准成为了新协议开发的先驱，该协议现在被称为 tcpip 传输控制协议互联网协议，通过超链接和 url 连接。Knnen sich auch die gebhren ndern，dass 文章 vor ort abgeholt werden knnen。