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深层曲目开采发现靶向多种峰值表位的超大冠状病毒中和抗体
- Bryan Briney（Briney@scripps.edu）-Wyatt J. McDonnell（通讯@10xgenomics.com）摘要开发疫苗和治疗剂的开发，这些疫苗和治疗剂对已知和新兴的冠状病毒广泛有效，这是紧迫的优先事项。当前开发泛病毒对策的策略主要集中在冠状病毒尖峰蛋白的受体结合结构域（RBD）和S2区域。目前尚不清楚N末端结构域（NTD）是否是通用疫苗和广泛中和抗体（ABS）的可行靶标。此外，许多靶向RBD的ABS已被证明容易受病毒逃生的影响。我们使用多重的单位杆编码抗原在高通量单细胞工作流程中筛选了Covid-19幸存者和疫苗的循环B细胞库，以分离9,000多个SARS-COV-2-特异性单氯基ABS（MABS），从而使SARS-COV-COV-COV-2 SPECICIDIC ABSEIDICABERIDIC ABSIDICIDICABSIFICICADEIDIC。我们观察到个体之间的许多克隆聚结的实例，这表明AB反应经常在相似的遗传溶液上独立汇聚。在回收的抗体中是TXG-0078，这是一种公共中和的mAB，它结合了冠状病毒尖峰蛋白的NTD超级站点，并识别出多种α-和β-核纳病毒的收集。TXG-0078实现了其出色的结合宽度，同时利用相同的VH1-24可变基因特征和重型链的结合模式在其他NTD超级特异性特异性中和中和腹肌中可见，具有较窄的特异性。我们还报告了CC24.2的发现，CC24.2是一种泛核病毒中和MAB，它针对新型的RBD表位，并针对所有测试过的SARS-COV-2变体（包括BQ.1.1.1和XBB.1.5）显示出相似的中和效力。 TXG-0078和CC24.2的鸡尾酒提供了针对SARS-COV-2的体内挑战的保护，这表明将来可能在耐种的治疗性AB鸡尾酒中使用，作为泛环病毒疫苗设计的模板。我们还报告了CC24.2的发现，CC24.2是一种泛核病毒中和MAB，它针对新型的RBD表位，并针对所有测试过的SARS-COV-2变体（包括BQ.1.1.1和XBB.1.5）显示出相似的中和效力。TXG-0078和CC24.2的鸡尾酒提供了针对SARS-COV-2的体内挑战的保护，这表明将来可能在耐种的治疗性AB鸡尾酒中使用，作为泛环病毒疫苗设计的模板。
成纤维母细胞网细胞中podoplanin聚类的定量单分子分析发现CD44功能
在初始免疫挑战时，树突状细胞（DC）迁移到淋巴结，并通过C型凝集素样受体2（CLEC-2）与成纤维细胞网状细胞（FRC）相互作用。CLEC-2与FRC上的膜糖蛋白podoplanin（PDPN）结合，通过FRC网络抑制肌动蛋白的收缩性，并允许淋巴结扩展。已知透明质酸受体CD44是FRC对DC做出反应所必需的，但作用机理并未完全阐明。在这里，我们使用定量的单分子超分辨率技术DNA-PAINT可视化和量化FRC质膜中PDPN聚类的调节方式。我们的结果表明CLEC-2相互作用导致形成大型PDPN簇（即以CD44依赖性方式每个群集超过12个蛋白质。这些结果表明，CD44表达需要在CLEC-2相互作用后在FRCS膜上稳定大的PDPN，这揭示了CD44通过该分子机制促进FRC和DC之间的细胞串扰。
发现有效的SARS-COV-2 NSP3大域抑制剂发现缺乏对细胞抗病毒反应的翻译
Discovery of potent SARS-CoV-2 nsp3 macrodomain inhibitors uncovers lack of translation to cellular antiviral response Alpha A. Lee 1,2* , Isabelle Amick 1,2 , Jasmin C. Aschenbrenner 1,3,8 , Haim M. Barr 1,4 , Jared Benjamin 1,5 , Alexander Brandis 1,9 , Galit Cohen 4 , Randy Diaz-Tapia 1,5 , Shirly Duberstein 1.4 , Jessica Dixon 1,7 , David Cousins 1,6 , Michael Fairhead 1,7 , Daren Fearon 1,3,8 , James Frick 1,2 , James Gayvert 1,2 , Andre S. Godoy 1,10 , Ed J. Griffin 1,6 , Kilian Huber 1,7 , Lizbé Koekemoer 1,7 , Noa Lahav 1,4 , Peter G. Marples 1,3,8，Briana L. McGovern 1,5，Tevie Mehlman 1,9，Matthew C. Robinson 1,2，Usha Singh 1,7，Tamas Szommer 1,7，Charles W.E.Tomlinson 1,3,8，Thomas Vargo 1,2，Frank Von Delft 1,3,7,8，Siyi Wang 1.7，Kris White 1,5，Eleanor Williams 1,7，Max Winokan 1,3,8
通过 iMiGseq 对单细胞个体全长线粒体 DNA 进行测序，揭示了线粒体 DNA 编辑中意外的异质体转移
1 沙特阿拉伯王国阿卜杜拉国王科技大学 (KAUST) 生物科学项目、生物与环境科学与工程部，Thuwal 23955-6900，2 沙特阿拉伯王国阿卜杜拉国王科技大学 (KAUST) 生物工程项目、生物与环境科学与工程部，Thuwal 23955-6900，3 广州医科大学第三附属医院妇产科，广东省产科重大疾病重点实验室，510150 广州，中国，4 北京基因组学高级创新中心 (ICG)，生物医学前沿创新中心 (BIOPIC)，生命科学学院、化学学院、工程学院，北京大学清华生命科学中心，中国，5 Altos Labs，加利福尼亚州圣地亚哥 92121，美国，6 生殖医学中心，产科北京大学第三医院妇产科，北京 100191，7 深圳湾实验室细胞分析研究所，深圳，8 北京大学第三医院干细胞研究中心，北京 100191
高分辨率单型pangenome发现燕麦皇冠锈病中的体细胞杂交，重组和洲际迁移
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年4月1日。; https：//doi.org/10.1101/2024.03.27.583983 doi：biorxiv Preprint
DNA编码的库筛选发现针对隐性变构结合位点的有效DNMT2抑制剂
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。根据作者/资助者，它是根据预印本提供的（未经同行评审的认证），他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年1月16日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2025.01.15.632061 doi：Biorxiv Preprint
动态CD8+ T细胞与巨噬细胞和单核细胞的成功癌症免疫疗法
Alessandro Alunni，Constance Pierre，Jorge Torres-Paz，Natacha Cliaire，AurianeLanglumé等。发展，生长与分化，2023，65（9），pp.517-533。10.1111/dgd.12896。hal-04265637
三阴性乳腺癌异质性建模揭示了一种可克服原发性耐药性的新型组合疗法
三阴性乳腺癌 (TNBC) 是一种高度侵袭性的乳腺癌亚型，其特征是显著的分子异质性。目前，尚无有效的药物靶点和先进的人类疾病临床前模型。在这里，我们生成了一种独特的乳腺肿瘤小鼠模型（MMTV-R26 Met 小鼠），该模型由野生型 MET 受体表达的细微增加驱动。MMTV-R26 Met 小鼠会自发形成排他性 TNBC 肿瘤，重现患者对治疗的原发性耐药性。MMTV-R26 Met 肿瘤的蛋白质组学分析和机器学习方法表明，该模型忠实地重现了人类 TNBC 的肿瘤间异质性。进一步的信号网络分析突出了潜在的药物靶点，其中 WEE1 和 BCL-XL 的共同靶向协同杀死 TNBC 细胞并有效诱导肿瘤消退。从机制上看，BCL-XL 抑制加剧了 TNBC 细胞对 WEE1 功能的依赖，导致组蛋白 H3 和磷酸化 S 33 RPA32 上调、RRM2 下调、细胞周期扰动、有丝分裂灾难和细胞凋亡。本研究介绍了一种独特、强大的小鼠模型，用于研究 TNBC 的形成和进化、其异质性以及确定有效的治疗靶点。
从序列到分子：基于特征序列的基因组开采发现细菌铁载途径的隐藏多样性
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审证明）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年2月1日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2023.10.30.564663 doi：Biorxiv Preprint
全外显子组测序揭示早发并发症家族中二尖瓣主动脉瓣的遗传复杂性
此预印本的版权所有者此版本于 2024 年 2 月 8 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.02.07.24302406 doi: medRxiv preprint