XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemvariant
导航：阐明相邻的小序列变体对功能冲击预测的影响
一旦生成了合适的参考序列，通常会通过重新测试来评估种类内的变化。变体通话过程可以揭示菌株，加收，基因型或个体之间的所有差异。这些变体可以根据可用的结构注释（即基因模型）的功能含义来丰富它们的功能含义。尽管这些功能影响预测以每个变化的基础是准确的，但是一些具有挑战性的案例需要同时将多个PLE相邻变体纳入此预测过程。示例包括相邻的变体，这些变体会改变彼此的功能影响。在预测效果时，邻里感知的变体影响预测变量（NAVIP）考虑给定蛋白质编码序列中的所有变体。作为概念的证明，拟南芥加收哥伦比亚-0和Niederzenz-1之间的变体被注释。Navip可在GitHub（https://github.com/bpucker/navip）上免费获得，并可以通过Web服务器（https：// pbb-tools.de）访问。
CSMD1中的双重变体与具有智力障碍和可变皮质畸形的神经发育障碍有关
csmd1（幼崽和寿司多个域1）是补体级联反应的补体级联反应的重要组成部分。csmd1在中枢神经系统（CNS）中高度表达，其中补体途径的紧急功能调节神经发育和突触活动。虽然神经精神疾病的遗传危险因素，但CSMD1在神经发育疾病中的作用尚不清楚。通过国际变体共享，我们确定了来自六个不同血统家族的八个人的遗传性双重CSMD1变体，这些人出现了全球发育迟缓，智力障碍，小头畸形和多毛糖。我们在早期前脑前脑器类器官中对CSMD1功能丧失（LOF）发病进行了建模，该器官与CSMD1基因敲除人类胚胎干细胞（HESC）区分开。我们表明，CSMD1对于神经上皮细胞结构和同步分化是必需的。总而言之，我们确定了CSMD1在大脑发育和双重CSMD1变体中的关键作用，是先前未固定的神经发育障碍的分子基础。
与MYH6变体相关的复发性降低性左心脏综合征的产前诊断：病例报告
©作者2023。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：//创建ivecommons。org/licen ses/by/4。0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http：//创建ivecommons。Org/publi cdoma in/Zero/1。0/1。0/）适用于本文中提供的数据，除非在数据信用额度中另有说明。
监测工具可在快速传播的 SARS-CoV-2 变体爆发前检测到它们
“在数千个 SARS-CoV-2 突变中，我们发现了少数可以增强病毒传播能力的突变”，多尔蒂研究所实验室主任、墨尔本大学电气与电子工程系 ARC 未来研究员、发表在《自然通讯》上的研究报告的共同主要作者 Matthew McKay 教授说。
SARS-CoV-2 变体 B.1.640.1 的高度融合和细胞病变
摘要 在整个 COVID-19 大流行期间，特性不明的 SARS-CoV-2 变体时有出现。一些变体具有独特的表型和突变，可以进一步表征病毒的进化和 Spike 功能。在 Omicron 扩张之前，2021 年至 2022 年间，非洲和欧洲报告了约 1,100 例 B.1.640.1 变体病例。在这里，我们分析了 B.1.640.1 分离株及其 Spike 的生物学特性。与祖先 Spike 相比，B.1.640.1 携带了 14 个氨基酸替换和缺失。B.1.640.1 逃脱了一些抗 N 端结构域和抗受体结合结构域单克隆抗体的结合，以及来自恢复期和接种疫苗个体的血清的中和。在细胞系中，感染产生大量合胞体和高度细胞病变效应。在原发性气道细胞中，B.1.640.1 复制率低于 Omicron BA.1，并且比其他变体引发了更多的合胞体和细胞死亡。B.1.640.1 Spike 单独表达时具有高度融合性。这是由位于 Spike S2 域的两个特征不明显且不常见的突变 T859N 和 D936H 介导的。总之，我们的结果突出了超融合性 SARS-CoV-2 变体的细胞病变，该变体在 Omicron BA.1 出现后被取代。（本研究已在 ClinicalTrials.gov 注册，注册号为 NCT04750720。）
基因组测序和群体增强的实用性，以支持Marfan综合征中的剪接变体解释
此预印本版的版权持有人于2025年2月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.18.25321172 doi：medrxiv preprint
用epivariant神经网络的机器学习哈伯德参数
具有扩展Hubbard功能（DFT + U + V）的密度功能理论提供了一个可靠的框架，可以准确描述包含过渡金属或稀有元素的复杂材料。它是通过减轻半本地功能固有的自我相互作用误差来做到的，该误差在具有部分填充D和F电子状态的系统中特别明显。但是，在这种方法中实现准确性取决于现场U和现场v哈伯德参数的准确确定。在实践中，这些是通过半经验调整，需要先验知识或更正确地通过使用预测但昂贵的第一原理计算来获得的。在这里，我们提出了一种基于模棱两可的神经网络的机器学习模型，该模型使用原子占用矩阵作为描述符，直接捕获了手头系统的电子结构，局部化学环境和氧化状态。我们在这里以迭代性线性响应计算为单位计算的哈伯德参数的预测，如密度功能性扰动理论（DFPT）和结构放松。值得注意的是，当对跨越各种晶体结构和组成的12个材料的数据进行培训时，我们的模型分别达到了Hubbard U和V参数的平均相对误差，分别为3％和5％。通过规避计算昂贵的DFT或DFPT自洽协议，我们的模型可以显着加快用可忽略的计算开销的哈伯德参数的预测，同时接近DFPT的准确性。此外，由于其可靠性的可传递性，该模型通过高通量计算促进了加速的材料发现和设计，与各种技术应用相关。
常见变异有助于形成人类大脑的内在功能结构
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2020 年 7 月 30 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.07.30.229914 doi：bioRxiv preprint
多种商品的车辆路线问题：调查
丝蛋白是具有肌动蛋白结合特性的大蛋白。FLNC中的突变是人类的三个丝蛋白基因之一，最近与主要的心肌病有关，但基本的机制尚不清楚。在这里，我们的目的是将果蝇杂草果酱作为一种新的体内模型来研究这些疾病。首先，我们表明，成人特异性心脏RNAI诱导的果蝇丝蛋白（DFIL）诱导的心脏扩张，收缩期功能受损和肌膜改变，突出了其对心脏功能的需求和成人舞台上Sarcomere Integrity的需求。接下来，我们使用CRISPR/CAS9基因编辑，三种错义变体，以前在肥厚性心肌病患者中鉴定出来。果蝇没有表现出心脏缺陷或形成丝蛋白聚集体的倾向增加，反对其致病性。最后，我们表明，携带最后四个Ig样域的DFIL的C端部分的缺失对于心脏功能是可分配的。共同强调了该模型探索丝蛋白的心脏功能的相关性，并增加了我们对与FLNC相关心肌病有关的生理病理学机制的理解。
肌营养不良蛋白DP71剪接变体的表达在啮齿动物脑发育期间受到时间调节
摘要肌营养不良蛋白DP71是大脑中Duchenne肌肉营养不良（DMD）基因的主要产物，其在DMD患者和小鼠模型中的丧失会导致认知障碍。dp71表示为一系列蛋白质，该蛋白质是由外显子71至74和78的替代剪接产生的，该蛋白在主DP71D和DP71F组中分类为包含特定C端端的dp71d和DP71F组。但是，尚不清楚每个同工型在大脑发育的不同细胞类型，大脑区域和/或阶段中是否具有特定的作用。在本研究中，我们表征了胎儿（E10.5，E15.5）和产后（P1，P7，P14，P14，P21和P60）小鼠和大鼠脑发育期间DP71同工型的表达。我们通过RT-PCR和在全脑和不同大脑结构中的样品中的RT-PCR和克隆测定方法很好地量化了几个DP71转录本的表达。检测到以下DP71转录本：DP71D，DP71D ∆71，DP71D ∆74，DP71D ∆71,74，DP71D ∆71d ∆71-74，DP71F，DP71F，DP71F，DP71F，DP71F ∆71，DP71F ∆1F ∆1F ∆1FΔ74，dpp0071,71,71,71,71,71,007,71,00f ∆71,了Δ71-74。我们发现DP71F同工型是在E10.5（> 80％）中表达的主要转录物，而其表达则逐渐降低并被DP71D组的同工型从E15.5到产后和成年年龄所代替。第三代纳米孔测序证实了这一主要发现。此外，我们发现特定DP71同工型的表达水平随产后阶段和大脑结构的函数而变化。我们的结果表明，DP71同工型在胚胎和产后脑发育过程中具有不同的和互补的作用，很可能参与了不同细胞类型的各种成熟过程。