XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemveal
单细胞的转录分析揭示了新型的Rab13+内皮亚群和纤维性间充质细胞中的熟悉人骨髓
纳瓦拉（Navarra），纳瓦拉（Navarra），西班牙。。Sanitialias de Navarra（西班牙Idiwdna。4 Centro 4 Centro 4。马德里，西班牙。。6纳瓦拉的医院，西班牙帕姆普洛纳。 西班牙纳瓦拉。 9 克莱尼卡纳瓦拉大学。 西班牙西班牙。 。6纳瓦拉的医院，西班牙帕姆普洛纳。西班牙纳瓦拉。9克莱尼卡纳瓦拉大学。西班牙西班牙。。
CRISPR-CAS9编辑和转录组的联合单细胞分析揭示了广泛的脱靶事件及其对基因表达的影响
具有CRISPR-CAS9的基因组工程中的长期障碍一直无法衡量Cas9编辑结果及其在单细胞分辨率下的功能效应。在这里，我们提出了Superb-Seq，这是一种利用T7原位转录和单细胞RNA测序的新技术，以共同测量靶向靶标Cas9编辑及其对基因表达的影响。我们在10,000 k562细胞上进行了高级seq，靶向了四个用七个引导RNA的染色质重塑基因。Superb-Seq在所有七个目标站点和其他36个非目标位点上确定了11,891个编辑事件。尽管选择了七个指南的高特异性，但其中有六个导致靶向脱靶编辑，频率从0.03％到18.6％的细胞范围不等。在USP9X的第一个内含子中，明显的脱靶编辑破坏了该基因的表达和超过150个下游基因。总而言之，由于罕见和常见的编辑事件的结合，CAS9非目标是普遍存在的，主要发生在靶向基因的内含子内，并且可以对基因表达产生广泛的影响。Superb-Seq使用现成的套件，标准设备，并且不需要病毒，这将使全基因组CRISPR屏幕能够在不同的细胞类型中以及与临床相关的指南的功能表征。
异常DNA修复揭示了组蛋白H3.3 ...
1 1表遗传学和细胞命运中心，CNRS /PARISITéParisCité，巴黎，法国2 Arthur和Sonia Labatt脑肿瘤研究中心，病假儿童医院，多伦多，多伦多，加拿大，加拿大玛格丽特癌症中心，玛格丽特癌症中心，大学健康网络，大学街101号，多伦多，多伦多，M5G1L7，M5G1L7 INSERM，CHU LILLE，U1192 -PROTéomiqueréponseinfymatoirespectrométrieDeMasse- Prism- Prism- F -59000法国Lille，法国6生物科学系，纽约大学，纽约，纽约，10027，10027 York, NY 10032, USA 9 CNRS UMR9019 Genome Integrity and Cancers, Université Paris-Saclay, Gustave Roussy Institute, Villejuif, France 10 Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA 11 Protein Analysis Unit, BioMedical Center, Faculty of Medicine, Ludwig-Maximilians-University, Martinsried, Germany 12 Department of美国波士顿的小儿肿瘤学，达纳 - 法伯波士顿儿童癌和血液疾病中心1表遗传学和细胞命运中心，CNRS /PARISITéParisCité，巴黎，法国2 Arthur和Sonia Labatt脑肿瘤研究中心，病假儿童医院，多伦多，多伦多，加拿大，加拿大玛格丽特癌症中心，玛格丽特癌症中心，大学健康网络，大学街101号，多伦多，多伦多，M5G1L7，M5G1L7 INSERM，CHU LILLE，U1192 -PROTéomiqueréponseinfymatoirespectrométrieDeMasse- Prism- Prism- F -59000法国Lille，法国6生物科学系，纽约大学，纽约，纽约，10027，10027 York, NY 10032, USA 9 CNRS UMR9019 Genome Integrity and Cancers, Université Paris-Saclay, Gustave Roussy Institute, Villejuif, France 10 Department of Medical Oncology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, USA 11 Protein Analysis Unit, BioMedical Center, Faculty of Medicine, Ludwig-Maximilians-University, Martinsried, Germany 12 Department of美国波士顿的小儿肿瘤学，达纳 - 法伯波士顿儿童癌和血液疾病中心
丝状质的系统发育和表型揭示了来自中国的三种新物种（丝状科，丝状科）
菲洛巴氏菌（Filobasidium）属，是菲洛巴·西迪亚斯（Filoba Sidiales）的家族丝虫科的成员，是一组具有许多代表性物种的基本菌。迄今为止，已经在菲洛巴氏菌中描述并接受了14种。尽管最近发表了一些来自中国的新发现，但丝状岛的物种多样性仍未完全理解。样品，并检查了该属的物种多样性。三个新物种，即F. pseudomali sp。nov。 ，F。Castaneaesp。nov。和F. Qingyuanense sp。nov。基于内部转录间隔物（ITS）的系统发育分析以及大亚基（LSU）rRNA基因的D1/D2结构域以及其单独的序列与表型特征相连。提供了完整的描述，插图，与类似物种的比较以及系统发育分析。这项研究的发现实质上丰富了中国菲洛巴氏菌的生物多样性。
揭示了来自单个人类皮肤部位的共生菌群的多样性
。CC-BY 4.0国际许可证。根据作者/资助人提供了预印本（未经同行评审的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年2月25日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2024.11.28.625817 doi：Biorxiv Preprint
BAL的单细胞图集来自学龄前囊性纤维化揭示了CFTR调节剂ivacaftor在早期生活中修饰的关键炎症1途径
1计算生物学计划，彼得·马卡卢姆（Peter MacCallum）癌症中心，澳大利亚维克帕克维尔市7 2呼吸道疾病，默多克儿童研究所，澳大利亚帕克维尔，帕克维尔，澳大利亚帕克维尔8 3 3 3墨尔本大学，帕克维尔大学，帕克维尔大学，维克，维克，维克，维克，澳大利亚9 4呼吸和睡眠医院澳大利亚VIC帕克维尔12 6 6 6墨尔本大学医学生物学系，澳大利亚帕克维尔大学，澳大利亚帕克维尔13 7 Garvan-Weizmann蜂窝基因组学中心，加尔万医学研究所，新南威尔士州悉尼14号，澳大利亚悉尼14 15 8 8 8 UNW Cellular Genomics Futures Institute，New South Wales，New Southney，New Sydney，Newne of Melbcoltion of Mer Berimol，16澳大利亚爵士。帕克维尔，维克，18澳大利亚19 10 10数学与统计学院，墨尔本大学，帕克维尔，维克，澳大利亚20 21 *同等22＃通讯作者23
天然蛋白质组织的接近性分析揭示了自闭症和相关神经发育条件的小鼠模型中的表型修饰符
自闭症谱系障碍的主要驱动因素之一是数百个基因内的风险等位基因，它们可能在共享但未知的蛋白质复合物中相互作用。在这里，我们开发了一种可扩展的基因组编辑介导的方法来靶向小鼠大脑内的14个高强烈的自闭症风险基因，用于基于接近性的内源性蛋白质组学，从而实现了高特异性空间蛋白质组织的识别。产生的天然接近蛋白质组富含自闭症个体大脑失调的人类基因，并揭示了来自高强调风险基因与低调的蛋白质之间的接近性相互作用，这些蛋白质与较低信号的蛋白质之间可能提供新的途径，从而可以为遗传风险确定优先确定遗传风险。重要的是，数据集丰富了可能构成条件的共享旋转功能和遗传相互作用。我们通过两个自闭症模型中的空间蛋白质组学和基于CRISPR的表达调节来测试这一概念，证明了调节其失调机制的功能相互作用。一起，这些结果揭示了与自闭症相关的体内蛋白质组网络，从而为理解和操纵其病因的细胞驱动器提供了新的侵害。
多路复用的单分子实验揭示了Cas9基因组编辑器的核小体入侵动力学
摘要：单分子测量值提供了对分子过程的详细机械见解，例如在基因组调节中，DNA访问受核小体和染色质机械控制。然而，作用于定义的染色质底物上的核因子的实时单分子观察对于定量和可重复性执行具有挑战性。在这里，我们提出XSCAN（染色质关联的多路复用单分子检测），一种通过同时对核小体库的成像并行化单分子实验的方法，其中每种核小体类型在其核体DNA中携带一个可识别的DNA序列。并行实验。我们使用这种方法来揭示Cas9核酸酶在入侵染色质DNA作为PAM位置的函数时如何克服核小体屏障。
研究揭示了对疫苗后心脏炎症病例的见解
“我希望这种新知识能够进一步优化mRNA疫苗，除了在大流行期间提供明显的健康益处外，它具有巨大的潜力，可以在未来的众多应用中挽救生命。”耶鲁大学医学院的学生是与乔恩·克莱因（Jon Klein）的第一位作者，也是耶鲁大学的M.D./ph.d。学生。
单细胞转录组学揭示了鼠心力衰竭中成纤维细胞激活的独特模式，并保留的射血分数
a）综合鼠HFPEF和HFREF（ANGII和MI）成纤维细胞研究的示意图。b+c）综合成纤维细胞的UMAP嵌入，疾病（HF，心力衰竭）与对照（B），研究（C）。d）综合成纤维细胞状态的顶部细胞状态标记表达的概述。e）UMAP嵌入，显示由细胞簇着色的集成的成纤维细胞地图集，即集成的成纤维细胞状态（IFS）。标签指示基于功能表征的可能的成纤维细胞分化。f）基于综合成纤维细胞状态中足迹基因的效果大小（AVG log2折叠变化）的估计途径活动。*后代z得分> 2。g）具有综合成纤维细胞状态标记的细胞外基质基因组的过度代表性分析。使用Benjamini Hochberg校正的超几何测试， *Q <0.05，** Q <0.01，*** q <0.001。