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开发模块化双生病毒载体以实现植物的高表达和基因靶向
* 通讯地址：电话：919-515-5729；电子邮件：jmalonso@ncsu.edu 摘要 病毒载体可以成为表达重组蛋白以及递送基因编辑机制的有用工具。尽管它们很有用，但这些工具的开发和后续优化通常是一个困难而繁琐的过程。因此，尽管已经做了大量工作来创建用于基因编辑和蛋白质表达的有用病毒载体，但对于如何最好地设计这些载体以用于特定应用，人们缺乏了解。例如，通常不清楚加入异源启动子序列或不同的病毒成分是否会改善货物表达或复制子积累。为了解决其中一些障碍，我们设计了一种基于双生病毒 - 甜菜卷叶病毒 (BCTV) 的 GoldenBraid (GB) 兼容病毒载体系统。该系统允许对各种报告构建体进行简单的模块化克隆。利用这种模块化克隆策略，我们比较了各种替代病毒载体架构。有趣的是，天然 BCTV 启动子的表现优于组成型 35S 启动子，而 BCTV 病毒体正义基因的去除则促进了报告基因的表达。有趣的是，这些修改对总复制子积累没有影响。这些结果表明了新的模块化基于 BCTV 的病毒载体在蛋白质表达和基因靶向应用方面的实用性，同时也揭示了可能为未来基于双生病毒的病毒载体架构提供信息的设计原则。我们预计，这种新模块化系统的推出将引发基于复制子的策略在植物蛋白质表达和基因编辑实验中的广泛应用。关键词：病毒载体、基因编辑、甜菜曲顶病毒、双生病毒、GoldenBraid、瞬时表达。简介病毒载体已被证明可用于各种生物技术应用，例如基因组编辑和蛋白质表达。基于双生病毒的病毒载体已用于递送基因组编辑酶，例如锌指核酸酶 (ZFN) 和 Cas9，以及用于同源定向修复 (HDR) 的修复模板 (RT) (Butler 等人，2016 年；Wang 等人，2017 年；Yu 等人，2020 年；Gil-Humanes 等人，2017 年；Dahan-Meir 等人，2018 年，Eini 等人，2022 年)。
生成的AI可改善Web可访问性-IJRPR
D-1,2,4-丁二醇（BT）是增塑剂，聚合物，阳离子脂质和药物生产中的重要化学物质。它在1,2,4-丁二醇三硝酸酯（BTTN）生产中也具有重要作用，这是一种适合更换传统硝酸甘油（Abdel-Ghany等，2013; Cao等，2015）的推进剂和爆炸性配方中的能量增塑剂。对冲击，较高的热稳定性和挥发性较小的敏感性比硝酸甘油的优势降低了（Gouranlou，＆Kohsary，2010年）。Chemical reduction of malic acid using NaBH 4 leads to 1,2,4-Butanetriol producedion (Gouranlou & Kohsary, 2010; Bamba et al., 2019), Although this production process generates great amount of borate salts as a disposal by-product, but provide other catalysts such as copper chromite and rubidium for 1,2,4-butanetriol production (Niu et al., 2003年），催化减少需要特定条件，例如高压和高温。此外，副产品的不可避免的产生降低了1,2,4-丁二醇生产率（Niu等，2003； Bamba等，2019）。
具有声学靶向基因递送的工程病毒向量
靶向基因传递到大脑是神经科学研究的关键工具，并且具有治疗人类疾病的重要潜力。然而，通常通过入侵注射限制其适用的研究范围和临床应用的范围，通常通过侵入性注射来进行常见基因载体（例如腺相关病毒（AAV））的特定地点传递。另外，集中的超声血脑屏障开口（FUS-BBBO）进行了无创，可以从系统性循环中使AAVS进入大脑的位点特异性进入。但是，当与天然AAV血清型结合使用时，该方法的转导效率有限，并且会导致周围器官的实质性不良转导。在这里，我们使用高吞吐量在体内选择来设计新的AAV矢量，专门设计用于FUS-BBBO位置的局部神经元转导。所产生的载体显着增强了超声靶向的基因递送和神经元的偏移，同时减少了周围转导，从而在两种经过测试的小鼠菌株中靶向特异性的靶向提高了十倍以上。除了增强非侵入性基因递送到特定大脑区域的唯一已知方法外，这些结果还建立了AAV矢量为特定物理递送机制而进化的AAV量的能力。
AXV-101，一种新的密码子优化的BBS1 AAV9向量，停止...
Bardet-Biedl综合征（BBS）是一种与原发性纤毛功能障碍相关的常染色体隐性疾病，表现出视网膜营养不良和进行性视觉丧失，以及其他临床特征。bbs1是在BBS中发现的最常见的突变基因，而错义BBS1 M390R突变是最常见的等位基因。我们先前已经证明，在调节的Remodopsin激酶（AAV8-RK-BBS1）和巨细胞病毒（AAV8-CMV-BBS1）下表达野生型BBS1 cDNA的不同AAV8载体是安全且能够停止BBS1 Missense Youse BBBS Mode bbs1鼠标BBS1 MISSONSE BBS1 MORTENS MISSENSE MOLTENS MISTENS MORTANE DENINALION的促进剂（AAV8-CMV-BBS1）的启动子（M390R）（Freitas等人）。我们还介绍了BBS1的密码子优化版本的开发如何增加蛋白BBS1表达（De Castro等人）。在这项研究中，我们通过AXV-101（在CAG启动子（AAV9-CAG-HCOBB1）调节下表达人类密码子优化的BBS1 cDNA序列（HCOBBS1）（AAV9-CAGBB1），我们提高了AXV-101的视网膜下递送的功效和安全概况。在这里，我们单方面用单一的泡沫给了新生儿P7-9 M390R和野生型（WT）动物的5种不同的队列（n = 5-12）；用AXV-101配方缓冲液和磷酸盐缓冲盐水（PBS）和3个队列的两个对照组，以及增加剂量的AXV-101（1x10 9，5x10 9和1x10 10 10总病毒基因组（VG））。对侧眼被用作内部对照。我们使用光学相干断层扫描（OCT）和用电子图（ERG）的功能救援测量了6个月内的安全性和功效。
海洋表面向量来自ISRO的最新
•ISRO已在板上EOS-06上启动了第三个散射仪任务•有效载荷的性能是正常的•实验高分辨率模式已成功测试•在轨道测试（IoT）阶段期间，主要和冗余链操作都是
基于新城疫病毒载体的 SARS-CoV-2 候选疫苗 AVX/COVID-12 可激活 T 细胞，并能被 COVID-19 患者和接种疫苗者的抗体识别
2 墨西哥墨西哥城国立理工学院国立生物科学学院免疫学研究生，3 美国北卡罗来纳州教堂山市北卡罗来纳大学教堂山分校 Eshelman 药学院药物工程和分子药学系，4 墨西哥墨西哥城卫生部流行病学诊断与参考研究所 (InDRE)“Dr, Manuel Martínez Báez”分子生物学和技术验证系，5 墨西哥墨西哥城国家人文、科学和技术委员会 (CONAHCYT) 墨西哥研究人员，6 墨西哥墨西哥城夸乌特莫克国家医学中心 Siglo XXI UMAE 专科医院健康研究部，IMSS，7 基因组医学服务。墨西哥总医院“Eduardo Liceaga 博士”，墨西哥墨西哥城，8 墨西哥墨西哥城 IMSS 国家医学中心 Siglo XXI 健康研究协调中心，9 墨西哥墨西哥城 Avi-Mex Laboratory SA de CV，10 美国纽约州纽约市伊坎西奈山医学院微生物学系，11 墨西哥墨西哥城 Mextrategy Consulting，SAS de CV，12 美国纽约州纽约市伊坎西奈山医学院疫苗研究和流行病防范中心 (C-VaRPP)，13 美国纽约州纽约市伊坎西奈山医学院病理学、分子和细胞医学系，14 美国纽约州纽约市伊坎西奈山医学院医学系、传染病分部，15 全球卫生和新兴病原体研究所，美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院，16 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院 Tisch 癌症研究所，17 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院伊坎基因组学研究所
对疟疾媒介控制的低阈值基因驱动基因驱动的第一次野外试验
©作者2024。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：//创建ivecommons。org/licen ses/by/4。0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http：//创建ivecommons。Org/publi cdoma in/Zero/1。0/1。0/）适用于本文中提供的数据，除非在数据信用额度中另有说明。
通过...
摘要 - 基于CPU的推理可以作为外芯片加速器的拟合作用。在这种情况下，由于其高效率，新兴的矢量体系结构是一个有前途的选择。然而，卷积算法和硬件实现的庞大设计空间使设计选项的选择具有挑战性。在本文中，我们介绍了针对基于CPU的卷积神经网络（CNN）推断的共同设计的未来矢量体系结构的持续研究，重点是IM2Col+Gemm和Winograd内核。使用GEM5模拟器，我们探讨了几个硬件微体系特征的影响，包括（i）向量泳道，（ii）向量长度，（iii）缓存尺寸和（iv）将向量单元集成到CPU管道中的选项。In the context of im2col+GEMM, we study the impact of several BLIS-like algorithmic optimizations such as (1) utilization of vector registers, (2) loop unrolling, (3) loop reorder, (4) manual vectorization, (5) prefetching, and (6) packing of matrices, on the RISC-V Vector Extension and ARM-SVE ISAs.我们使用Yolov3和VGG16网络模型进行评估。我们的共同设计研究表明，BLIS样的优化对所有类型的矢量微体系结构都不是有益的。我们还证明，与我们优化的CNN内核相比，较长的矢量长度（至少为8192位）和较大的缓存（256MB）可以提高5倍的性能，而512位和1MB的载体长度则可以提高性能。我们的共同设计研究还表明，与IM2Col+GEMM相比，Winograd需要较小的缓存尺寸（高达64MB）。在Winograd的背景下，我们通过使用每个通道的8×8图块来介绍跨输入/输出通道之间的新颖的瓷砖并行方法，以对向量长度不可知（VLA）体系结构进行载体化算法。我们的方法利用了较长的向量长度并提供了高内存重复使用，与我们在Fujitsu A64FX处理器上优化的IM2Col+Gemm方法相比，对于具有3×3内核大小的非弯曲卷积层的性能提高了2.4倍。索引术语 - CNN，GEMM，Winograd，长量架构，向量长度不可知论ISA，共同设计，优化
药物基因组学辅助精神分裂症管理
气候变化可以直接（例如，暴露于极端温度）和间接（例如，感染性疾病生态学的变化）以复杂的方式影响人类健康，并由生物学，生态和社会经济因素的多种多样而复杂。媒介传播疾病（VBD）的传播是高度复杂和多因素的，并且受到生物学，生态，社会经济，人口统计学和人类引起的多种多样的影响，包括气候，迁移，全球贸易和旅行，包括许多Others。尽管气候是几个驱动因素之一，但它被认为是影响VBD分布的主要环境因素。气候变化加剧了向量和病原体的风险和负担，并使它们的引入和分散到新区域[1]。解散载体（主要是蚊子和壁虱）依赖于外部热源来维持其温度在功能极限内。因此，气候条件是载体的生理，生态，发展和行为的主要决定因素，并且还影响病原体生命周期中的生物学过程[1，2]。当温度升高时，这些生物过程可能会加速。例如，在热浪期间，高温增加了女性蚊子的咬合率。由于疾病向人类传播发生在血液进食期间，因此较高的咬合率导致疾病的发病率更高[2]。疟疾和登革热仍然引起人们的关注，2019年全球每100,000人口为2022年的2.49亿疟疾病例[4]和740.4例登革热病例[5]。尽管气候变量与VBD传播之间的相互作用是复杂的，通常是非线性的，并且在不同的矢量/病原体组合之间变量，但有明确的证据支持气候变化与VBD传播之间的关联[3]。但是，近年来发生了大幅下降，这可能归因于经济发展和公共卫生干预的成功。在2000年至2019年之间，疟疾病例的发病率从全球范围内的81人减少到每1000人的风险，疟疾死亡人数减少了三分之一。增加了对双重成分杀虫剂处理的床网的使用，改善了诊断测试，并扩大了对基于青蒿素的联合疗法的机会，这导致了这种下降[4]。这些成就表明了减少传染病传播的能力，并突出了最终归因和量化临床变化的影响的困难，这是影响VBD传播的许多复杂因素之一。气候变化是VBD地理分布扩展的一个因素，因为较温暖的条件有助于在新地区建立向量。急切地，热带物种朝着两极扩散，并且由于温度升高而建立在更高海拔的情况下。因此，我们现在观察到疾病向量扩散到新的，包括非流行区域，由于栖息地的改善（较温暖）的适合性[6]。病原体可以通过旅行，贸易或移民分散到非流行区域，