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针对乙型肝炎病毒的非结构性蛋白质使用QSAR和机器学习方法预测重新利用的药物
乙型肝炎病毒（HCV）感染引起病毒肝炎，导致肝细胞癌。尽管临床使用直接作用抗病毒药（DAAS），但仍有5-10％的病例的治疗失败。因此，针对HCV开发新的抗病毒药至关重要。在这项工作中，我们使用机器学习和定量结构 - 活性关系（QSAR）方法开发了“抗HCV”平台，以预测针对HCV非结构性（NS）蛋白的重新定义药物。，我们从化学验证的小分子中从化学验证数据库中检索了具有生物活性（IC 50 /EC 50）的实验验证的小分子，该分子针对HCV NS3（454），NS3 /4A（495），NS5A（494）和NS5B（494）和NS5B（1671）蛋白质。这些独特的化合物分为训练/测试和独立验证数据集。使用递归特征消除算法选择相关的分子描述符和细纹。不同的机器学习技术，即。支持向量机，k-nearest邻居，人工神经网络和随机森林用于开发预分类模型。，我们使用最佳开发模型在10倍的横截面中实现了Pearson的相关系数从0.80至0.92，并且在独立数据集上的性能相似。也由适用性域，化学多样性和诱饵数据集分析支持了开发的预测模型的鲁棒性和可靠性。使用“抗HCV”预测模型来识别潜在的重新利用药物。代表性候选者通过分子对接进一步验证，该分子对象表现出高结合功能。靶向HCV NS蛋白。因此，这项研究确定了有望重新利用的药物。naf- tifin，丁亚比塔尔（NS3），乙烯苯甲胺，上rip丁（NS3/4A），pipecuronium，trimephaphan（ns5a），olodaterol和vemurafenib（NS5B）等（NS5B）等这些潜在的重新利用药物可能被证明可用于针对HCV的抗病毒药物开发。2022作者。由Elsevier B.V.代表计算和结构生物技术的研究网络发布。这是CC BY-NC-ND许可证（http：//creative-commons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放式访问文章。
CRISPR-Cas9 工程化同源荧光素酶表达细胞系作为癌症研究的体外和体内模型
CRISPR-Cas9 系统为生物学基础研究和转化研究疾病模型的开发提供了强大的基因编辑工具。本研究的目的是利用包括 CRISPR-Cas9 和生物发光在内的先进技术来生成新的人类细胞系，用作癌症研究中的体外和体内模型。大约 50% 的黑色素瘤患者有 BRAF V600E 突变，并且通常在治疗几个月后对当前的 BRAF 抑制剂产生耐药性。KRAS G13D 是一种与对这些抑制剂的耐药性相关的获得性突变。在这项研究中，CRISPR-Cas9 用于将 KRAS G13D 点突变敲入 A375 恶性黑色素瘤细胞系，该细胞系也含有可靶向的 BRAF V600E 突变。由此产生的 KRAS G13D 突变同源系 A375 已在基因组、转录本和蛋白质生物功能水平上得到验证，在传统的 2D 和 3D 细胞培养中研究时，该突变系对 BRAF 抑制剂达拉非尼和维莫非尼表现出显著的抗性。基于上述体外模型，我们通过将稳定的荧光素酶报告基因引入同源 A375 和 KRAS G13D A375 细胞系，开发了用于活体动物生物发光成像的其他模型。对细胞内的相对和绝对生物发光信号进行了量化，发现发射 4.9 x 10 5 光子/细胞/秒（A375）和 3.5 x 10 5 光子/细胞/秒（KRAS G13D A375）。本研究采用皮下异种移植模型，并使用 Xenogen IVIS™ 成像系统量化体内活体生物发光信号，以将肿瘤生长与荧光素酶表达关联起来。A375-Luc2 和 KRAS G13D A375-Luc2 注射到裸鼠体内后均生长为皮下肿瘤，生物发光水平不断提高。此外，还开发了 5 对人类同源荧光素酶报告细胞系和 18 种人类和小鼠荧光素酶报告细胞系，用于研究各种癌症类型。总之，CRISPR-Cas9 技术和稳定的荧光素酶表达两种技术的结合可以生成同源荧光素酶表达细胞系，这些细胞系是阐明肿瘤发生机制和研究体外和体内药物反应的宝贵工具。
截至 2024 年 8 月 28 日
截至 2024 年 8 月 28 日 海报会议 A（将于 9 月 15 日星期日晚上 7:45-10 点展示）A001 一项开放标签 II 期试验，研究单独使用 ERK 抑制和联合使用自噬抑制治疗转移性癌腺癌患者。Rishi Surana。美国马萨诸塞州波士顿丹娜—法伯癌症研究所。A002 维莫非尼 + 索拉非尼治疗晚期 KRAS 突变胰腺癌的 II 期试验。Erkut Borazanci。美国亚利桑那州斯科茨代尔荣誉健康研究所。A003 在携带 BRCA 1、BRCA2、PALB2、ATM 和 CHEK2 致病变异的晚期胰腺癌患者中测试 PARP 抑制剂尼拉帕尼的 II 期试验。Brandon Huffman。美国马萨诸塞州波士顿丹娜—法伯癌症研究所。 A004 针对转移性胰腺腺癌患者使用 pepinemab 和 avelumab 进行二线免疫治疗的 1B/2 期试验。Luis Ruffolo。罗彻斯特大学医学中心，纽约州罗彻斯特，美国。A005 通过一种新型的、具有细胞穿透性的和核酸结合性的单克隆抗体将治疗性 RNA 系统性地靶向胰腺导管腺癌。Diana Martinez-Saucedo。耶鲁大学医学院，康涅狄格州纽黑文，美国。A006 通过体细胞组织工程生成灵活的胰腺癌小鼠模型。Ziyue (Zoey) Yang。贝勒医学院，德克萨斯州休斯顿，美国。A007 揭示美国黑人和白人患者胰腺导管腺癌组织的分子差异。Saurabh Mandal。亨利福特健康中心，密歇根州底特律，美国。 A008 体重指数对腹部肿瘤治疗场 (TTFields) 强度分布的影响：模拟模型研究结果。Ariel Naveh。Novocure Ltd，以色列海法。A009 通过数字液滴 PCR 评估循环肿瘤 DNA 中的突变 KRAS 作为接受新辅助化疗的胰腺癌患者的生物标志物。Dominic Vitello。西北大学芬伯医学院外科系，伊利诺伊州芝加哥，美国。A010 使用 CRISPR 定向基因编辑作为治疗胰腺导管腺癌的增强疗法的患者优先方法。Eric Kmiec。基因编辑研究所，特拉华州纽瓦克，美国。