XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemviruse
欧洲的废水监视，用于非polio肠病毒及以后的
1欧洲非Polio肠病毒网络（E.N.P.E.N.），瑞士日内瓦1207号2国立公共卫生与环境研究所（RIVM），荷兰3721 Ma Bilthoven； kim.benschop@rivm.nl（K.S.M.B。）; erwin.duizer@rivm.nl（E.D。）3芬兰卫生与福利研究所，P.O。框95，70701 Kuopio，芬兰； soile.blomqvist@thl。Fif4疫苗，药品和医疗保健产品监管机构，英国POTTERS BAR EN6 3QG； javier.martin@mhra.gov.uk 5 MRC全球传染病分析中心，英国伦敦SW7 2AZ； a.shaw@imperial.ac.uk 6 Abdul Latif Jameel疾病与紧急分析研究所，伦敦帝国医学院公共卫生学院，伦敦SW7 2BX，英国7 Laboratoire微生物基因组环境（LMGE），Clermont Auvergne Cnrs，63001 Clermont-Clermont-Fercerrand，France，France，France; j-luc.bailly@uca.fr 8病毒监测和研究科病毒和微生物特殊诊断史坦斯大学血清学院，DK-2300，丹麦哥本哈根； lara@ssi.dk 9 Cantacuzino国家医疗研究与发展研究院肠道病毒感染实验室，罗马尼亚布加勒斯特020123； baicus.anda@cantacuzino.ro 10 Nordsjaelland大学医院临床研究系，丹麦1172哥本哈根公共卫生系3400，丹麦哥本哈根大学，丹麦12号哥本哈根12 Microbiology Services National Health Services National Health Services（NHS）血液和伦敦NW9 NW9 5BG，UK，UK，伦敦NHS和移植； Heli.harvalasimmonds@nhsbt.nhs.uk 13感染与免疫部，伦敦大学学院，伦敦WC1E 6BT，英国 *通信：lauretta.bubba@gmail.com（L.B. ）; thea.koelsen。fifin@regionh.dk（t.k.f.）框95，70701 Kuopio，芬兰； soile.blomqvist@thl。Fif4疫苗，药品和医疗保健产品监管机构，英国POTTERS BAR EN6 3QG； javier.martin@mhra.gov.uk 5 MRC全球传染病分析中心，英国伦敦SW7 2AZ； a.shaw@imperial.ac.uk 6 Abdul Latif Jameel疾病与紧急分析研究所，伦敦帝国医学院公共卫生学院，伦敦SW7 2BX，英国7 Laboratoire微生物基因组环境（LMGE），Clermont Auvergne Cnrs，63001 Clermont-Clermont-Fercerrand，France，France，France; j-luc.bailly@uca.fr 8病毒监测和研究科病毒和微生物特殊诊断史坦斯大学血清学院，DK-2300，丹麦哥本哈根； lara@ssi.dk 9 Cantacuzino国家医疗研究与发展研究院肠道病毒感染实验室，罗马尼亚布加勒斯特020123； baicus.anda@cantacuzino.ro 10 Nordsjaelland大学医院临床研究系，丹麦1172哥本哈根公共卫生系3400，丹麦哥本哈根大学，丹麦12号哥本哈根12 Microbiology Services National Health Services National Health Services（NHS）血液和伦敦NW9 NW9 5BG，UK，UK，伦敦NHS和移植； Heli.harvalasimmonds@nhsbt.nhs.uk 13感染与免疫部，伦敦大学学院，伦敦WC1E 6BT，英国 *通信：lauretta.bubba@gmail.com（L.B.）; thea.koelsen。fifin@regionh.dk（t.k.f.）
人类对致癌病毒的先天免疫缺陷
致癌病毒是可导致肿瘤的病毒。目前有七种病毒被确认为人类致癌病毒：爱泼斯坦-巴尔病毒 (EBV)、卡波西肉瘤相关疱疹病毒 (KSHV，也称为 HHV8)、人乳头瘤病毒 (HPV)、乙型肝炎病毒 (HBV)、丙型肝炎病毒 (HCV)、人类 T 淋巴细胞病毒-1 (HTLV-1) 和默克尔细胞多瘤病毒 (MCPyV)。感染这些致癌病毒导致的临床表型范围从无症状感染到侵袭性癌症。患有先天性免疫缺陷 (IEI) 的患者容易患上由窄谱或广谱病原体引起的传染病，在某些情况下包括致癌病毒。对 IEI 患者的研究加深了我们对控制 EBV、HHV8 和 HPV 感染的非冗余机制的理解。导致易患致癌 HBV、HCV、HTLV-1 和 MCPyV 表现的人类遗传因素仍不清楚。我们在此简要回顾目前已知的 IEI 导致易患严重感染致癌病毒的情况。
最初发表于：Jetzer, Tania；Studer, Luka；Bieri, Manuela；Greber, Urs；Hemmi, Silvio (2023)。B 类人工腺病毒
最初发表于：Jetzer, Tania；Studer, Luka；Bieri, Manuela；Greber, Urs；Hemmi, Silvio (2023)。B 和 C 类工程化人类腺病毒报告了早期、中早期和晚期病毒基因表达。《人类基因治疗》，34(23- 24):1230-1247。DOI：https://doi.org/10.1089/hum.2023.121
白纹伊蚊和马来伊蚊中肠转录组对登革热和基孔肯雅病毒的反应
登革热 (DENV) 病毒和基孔肯雅 (CHIKV) 病毒是最常见的虫媒病毒。虽然白纹伊蚊和马来伊蚊主要通过埃及伊蚊叮咬传播，但它们也是有效的媒介，并对虫媒病毒流行病学产生影响。在这里，为了填补我们对次级载体和虫媒病毒之间分子相互作用的理解空白，我们使用转录组学分析了感染后 1 天和 4 天 (dpi) 时白纹伊蚊对 CHIKV 以及马来伊蚊对 CHIKV 和 DENV 的全基因组反应。在白纹伊蚊中，1793 个和 339 个基因分别在 1 dpi 和 4 dpi 时受到 CHIKV 的显著调控。在 A. malayensis 中，在 CHIKV 感染时有 943 个和 222 个基因在 1 dpi 和 4 dpi 时显著受调控，在 DENV 感染时有 74 个和 69 个基因在 4 dpi 时显著受调控。我们报告了 81 个基因在所有 CHIKV 感染条件下持续差异调节，确定了 CHIKV 诱导的特征。我们使用从头组装的 A. malayensis 中肠转录组，确定了两种蚊子中表达的免疫基因，并描述了免疫结构。我们发现 JNK 通路在所有条件下都被激活，将其抗病毒功能推广到伊蚊。我们的全面研究为多种伊蚊媒介传播虫媒病毒提供了见解。
Reekeekee 病毒和 roodoodoo 病毒，是两种不同的 Microviridae 进化枝，由最小的 DNA 噬菌体构成
微病毒科 (Microviridae) 的小型环状单链 DNA 病毒在所有生态系统中都很普遍且多样。它们的基因组通常介于 4.3 到 6.3 kb 之间，最近从海洋 Alphaproteobacteria 中分离出的一种微病毒是已知的最小 DNA 噬菌体基因组（4.248 kb）。有人提出用一个亚科——Amoyvirinae——来对这种病毒以及其他相关的感染 Alphaproteobacteria 的噬菌体进行分类。本文，我们报告了在来自各种水生生态系统的宏组学数据集中发现的 16 个完整的微病毒基因组，它们的基因组明显小于（2.991-3.692 kb）已知的基因组。系统发育分析表明，这 16 个基因组代表两组相关但又截然不同的新型微病毒群——amoyvirus 是它们已知的最亲近的亲属。我们认为这些小型微病毒是两个暂时命名为 Reekeekeevirinae 和 Roodoo- doovirinae 的亚科的成员。由于已知的微病毒基因组编码了许多重叠和重印基因，而这些基因无法被基因预测软件识别，因此我们开发了一种新方法，根据蛋白质保守性、氨基酸组成和选择压力估计来识别所有基因。令人惊讶的是，每个基因组只能识别出四到五个基因，重印基因的数量低于 phiX174 中的基因。因此，这些小基因组往往具有较少的基因数量和较短的每个基因长度，从而没有留下可以容纳重印基因的可变基因区域的空间。更令人惊讶的是，这两个 Microviridae 组具有特定且不同的基因内容，以及其保守的蛋白质序列的巨大差异，突出表明这两组相关的小基因组微病毒使用非常不同的策略来用如此少的基因完成其生命周期。这些基因组的发现以及对其基因组内容的详细预测和注释，扩展了我们对自然界中ssDNA噬菌体的理解，也进一步证明了这些病毒在漫长的进化过程中探索了广泛的可能性。
病毒基因组学的进步：SARS-COV-2，SARS，MERS和EBOLA病毒的门控复发单位建模
在这场反对病毒的战争中，病毒基因组测序已被证明是有价值的。它提供了有关该病毒引起疾病的能力，传播和抗药性变化的重要信息12,13。因此，DNA测序的主要目标是发展基因组治疗剂14。这些药物试图了解遗传差异，以破译疾病的复杂性及其疗法15。正在做出重大努力，以整合测序，人群级数据和行为的基因组数据，以彻底研究遗传学与健康之间的联系。基因组研究对于理解新兴病毒变异的发展，传播动力学以及潜在的健康影响至关重要，例如SARS，Ebola，Sars-Cov-2和MERS 16。整合人工智能（AI）和相关的创新，包括机器学习，数据分析和深度学习（DL），可能会大大加速实际见解的提取，从而改善全球适应性17,18。对能够分析大型，复杂和高维遗传数据集的计算方法的需求越来越多，突显了基因组数据管道中准确标准和独特兴趣的需求。仔细使用时，AI可以揭示有关此类数据集的新发现，前提是在遗传数据评估过程的不同阶段有一套明确的要求和目标。
研究细菌及其病毒如何帮助我们找到解决抗生素耐药性问题的解决方案？
Tracy的实验室正在使用各种技术研究细菌包膜与抗生素耐药性之间的关系。“我们在细菌遗传学上做了很多工作，”特雷西说。“这涉及寻找具有抗生素耐药性的突变细菌，并研究了哪些基因已突变以及它们如何修饰包膜。”该团队还使用生物信息学和基因组测序技术，涉及比较许多细菌突变体的基因组并使用计算工具来了解遗传突变如何影响其特征。“与此同时，我们使用了许多分子生物学技术，” Tracy说。“一旦我们确定了感兴趣的基因，我们就可以设计特定的突变并将其引入细菌染色体中，以了解它们如何影响抗性。”
家族中的新型病毒Iflaviridae和Partitiviridae与公共东部萤火虫Photinus pyralis
A.pylalis iflavirus的序列信息的注释图1。该图的顶部代表10,561bp的基因组，每个KB在5'至3'方向上指示。显示了多蛋白的ORF的位置以及该动物酸序列的程度。该图的底部显示了核域和登录数，包括病毒外套蛋白，解旋酶和RNA依赖性RNA聚合酶。B.具有分支支持值的昆虫特异性iflavirus多蛋白氨基酸序列的系统发育。PPIV1以橙色显示。C. partiti样病毒的序列信息的注释图。分别显示了两个片段，以及分别为RDRP编码的ORF和每个段上的假设蛋白。在图的底部显示了Interpro域和登录号。
冬季病毒：我们可以采取更多措施防止病例激增
通过信件和短信鼓励符合条件的人去疫苗诊所接种疫苗是一个好的开始，但疫苗接种需要更加容易和广泛地普及。目前在英国，65 岁以上的人、孕妇、患有某些疾病的人、医护人员和学童可以免费接种流感疫苗。该计划应扩大到向全民提供免费流感疫苗接种，并且必须通过提高信任度和降低相关的直接和间接成本来解决接种疫苗的障碍。这有助于实现更高的疫苗覆盖率，并减少流感的发病率和相关的医疗费用。17
医疗保健工作者的健康清理综合指南和患有血源病毒的医疗人员的管理（乙型肝炎，他
In July 2019 UK Advisory Panel for Healthcare Workers Living with Bloodborne Viruses (UKAP) published updated integrated guidance that described new recommendations on the monitoring and clearance of healthcare workers (HCWs) living with hepatitis B infection, and the investigation of situations where a HCW has been diagnosed with a bloodborne virus (BBV), based on the evidence base and experience from over 20 years of UKAP investigations.在过去的两年中，该指南已嵌入实践中，UKAP收到了有关其实施的有用反馈。2020年更新包含基于此反馈的更改，以澄清利益相关者的角色和职责，以及应应用指导的设置。2021更新包含对乙型肝炎的HCW的建议监测时间的变化。这些变化，在第7.2节中详细介绍，与国家实践（1-2）和其他国际（3至5）指南保持一致。2022年更新包括有关免疫抑制后乙型肝炎（RHBV）重新激活的新建议。在分辨出乙型肝炎的病例中，由于增加了治疗性免疫抑制在其他情况下，RHBV变得越来越普遍。此建议包含在第6.4节中，并在第7.2节中详细介绍。2023年更新的措辞修改了有关认可的职业医学专家的重要性，以维护执行暴露程序的HCW的当地记录（EPP），并与HIV或HBV生活在一起，并将结果传达给UKAP秘书处。此更新还加强了对UKAP秘书处的措辞，以维持居住在血源性病毒（UKAP-OHR）的Healthancational Health监测登记册的管理。2024年更新修改了指南，该指南是指向UKAP-OHR的强制性报告职业健康团队的强制性报告，以批准停止UKAP-OHR。此更新包括有关HCW从国外进入英国的建议，他们在英国首次被诊断出患有BBV，并通知HCW进入英国，需要等待3个月的等待，然后才能清算EPP为HIV和HBV患有HBV的人的4周等待。